genome.fa.s365.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold365
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1826335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  6  of  11  ( 1288 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829221--829405	62	3.0	61	82	4	228	25	23	20	30	1.98
829220--829427	62	3.4	59	81	6	220	26	25	19	28	1.99
829286--829580	160	1.8	161	88	2	450	26	27	18	27	1.98
829442--829638	61	3.2	61	84	2	254	25	26	18	28	1.98
828918--829624	221	3.3	221	85	6	907	25	27	18	27	1.98
830241--830287	20	2.3	20	96	0	85	25	14	12	46	1.80
840583--840880	79	3.8	79	80	5	244	28	23	13	34	1.92
840581--840880	158	1.9	158	80	5	347	28	23	14	34	1.93
842278--842553	137	2.0	137	85	2	376	25	27	23	23	2.00
849517--849632	51	2.3	51	84	3	144	31	27	12	29	1.92
849568--849717	79	1.9	79	84	2	203	25	24	16	33	1.96
852025--852053	10	2.7	11	94	5	51	34	13	0	51	1.42
853457--853837	189	2.0	189	98	0	744	25	26	20	27	1.99
861727--861846	51	2.4	51	84	2	170	35	13	21	30	1.92
861569--861872	130	2.3	131	78	7	307	36	13	23	27	1.91
861829--861905	28	2.8	28	80	4	93	29	19	27	23	1.98
861940--862230	79	3.7	79	85	1	374	33	14	24	28	1.94
862167--862278	50	2.3	47	83	10	120	34	13	26	25	1.93
864359--864485	20	6.8	19	77	17	124	41	13	15	29	1.85
864379--864448	33	2.1	33	94	0	122	40	12	17	30	1.87
864359--864468	53	2.1	53	84	6	143	40	12	16	30	1.85
865148--865257	42	2.6	42	81	7	116	40	17	21	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865191--865485	47	6.6	45	74	14	200	40	12	26	21	1.88
865146--865432	45	6.5	43	73	15	180	39	13	26	20	1.90
865172--865454	88	3.1	88	75	14	258	43	12	26	18	1.85
865194--865459	135	2.0	134	85	3	356	41	11	27	19	1.86
865240--865487	47	5.4	46	76	13	201	39	11	27	20	1.88
865475--866185	61	11.6	62	79	7	636	28	18	27	25	1.98
865475--866188	124	5.8	124	83	5	760	28	18	27	25	1.98
866015--866216	54	3.6	55	81	7	235	23	19	30	26	1.98
866235--866447	55	3.8	55	86	8	254	25	20	26	27	1.99
866025--866420	209	1.9	209	86	5	577	24	19	28	27	1.99
873004--873132	52	2.5	52	90	0	222	29	18	16	35	1.93
873141--873165	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
881389--881484	50	1.9	50	80	6	113	36	10	25	28	1.89
881517--881635	51	2.3	51	86	0	175	31	13	26	28	1.94
881359--881663	130	2.4	128	80	7	323	33	13	25	27	1.93
881618--881694	28	2.8	28	91	0	118	23	19	33	23	1.97
881496--881824	158	2.1	159	84	3	423	31	13	26	28	1.94
881677--881791	51	2.3	51	76	7	117	32	8	25	33	1.86
881761--882027	79	3.4	79	87	2	389	34	14	24	26	1.94
881960--882077	51	2.4	48	84	4	137	33	11	27	27	1.92
886991--887030	19	2.3	16	87	12	53	82	12	0	5	0.82
888299--888944	28	22.9	28	83	5	710	31	27	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888299--888944	85	7.6	84	84	4	760	31	27	17	23	1.97
889806--889951	20	6.8	20	71	16	112	30	14	13	42	1.83
889806--889950	40	3.8	40	75	18	166	30	14	13	42	1.84
889795--889931	71	1.9	71	95	0	247	29	14	13	43	1.83
889827--889998	91	1.9	91	86	4	249	28	15	12	43	1.83
893004--893034	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
892991--893054	33	1.9	32	87	12	94	37	14	17	31	1.89
899206--899234	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
901074--901118	23	2.0	23	100	0	90	53	6	26	13	1.64
901721--901746	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
904076--904115	18	2.2	18	95	0	71	55	15	2	27	1.53
904828--904930	38	2.7	38	78	14	106	33	10	21	34	1.88
908191--908800	166	3.7	161	79	8	615	29	10	8	51	1.67
910122--910735	161	3.8	161	78	5	540	35	10	12	40	1.78
924833--924954	55	2.2	54	84	7	158	50	15	18	15	1.78
926353--926813	42	11.1	41	73	6	288	19	25	17	37	1.93
926353--926813	84	5.6	82	75	7	330	19	25	17	37	1.93
926468--926626	40	3.9	41	73	8	110	19	24	16	38	1.92
926468--926626	81	2.0	82	81	6	189	19	24	16	38	1.92
926223--926845	42	15.1	42	70	8	251	21	25	16	37	1.93
926411--926729	121	2.6	124	79	5	331	20	24	16	38	1.93
926784--926979	42	4.7	42	72	6	157	20	25	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
926947--927027	42	1.9	42	80	9	94	18	19	23	38	1.93
928167--928556	166	2.3	167	81	5	477	28	11	8	51	1.67
929393--929441	11	4.3	12	77	12	50	73	2	22	2	1.04
929390--929441	22	2.4	21	81	9	59	73	1	23	1	1.04
929401--929459	22	2.7	21	84	7	64	67	1	20	10	1.28
929782--929952	85	2.0	85	98	0	333	19	14	19	47	1.82
935242--935460	38	5.8	38	75	10	164	29	14	19	37	1.91
936512--936568	16	3.7	15	75	9	53	71	1	3	22	1.10
937298--937333	18	1.9	18	88	5	54	38	0	11	50	1.38
940071--940106	17	2.1	17	100	0	72	30	0	0	69	0.89
940076--940100	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
941902--941983	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
941966--942135	51	3.3	51	77	5	180	32	10	26	30	1.90
942119--942194	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
944658--944683	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
944637--944703	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
944723--944790	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
944745--944769	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
944726--944788	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
945098--945148	18	2.7	20	90	6	79	43	13	15	27	1.85
945684--945729	21	2.3	20	85	7	58	39	19	6	34	1.78
951500--951590	45	2.0	45	100	0	182	24	20	8	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
953830--953860	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
953905--953962	19	3.0	20	82	7	75	34	18	15	31	1.93
953946--953970	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
953927--953988	32	1.9	33	87	9	92	38	14	16	30	1.88
955553--955578	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
955532--955596	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
955532--955596	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
956237--956280	21	2.1	21	83	8	54	25	27	2	45	1.65
957604--957646	20	2.1	20	91	4	68	9	27	44	18	1.80
958078--958115	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
960141--960171	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
964209--964258	19	2.5	20	90	6	75	30	12	12	46	1.77
964643--964692	19	2.5	20	87	3	66	32	12	18	38	1.87
964741--964770	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
964726--964790	33	2.0	33	87	6	96	35	13	16	33	1.89
970923--970962	13	3.1	13	85	0	53	35	12	10	42	1.76
973467--973493	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
973558--973587	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
973543--973607	33	2.0	33	87	6	96	33	12	18	35	1.88
977294--977448	52	3.0	51	82	11	183	55	3	1	38	1.29
977467--977611	55	2.8	52	82	6	175	53	4	1	41	1.29
977304--977659	147	2.4	142	77	9	376	53	4	1	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
977938--977991	22	2.5	22	81	0	63	37	5	11	46	1.63
977790--978188	220	1.8	221	79	3	473	42	13	10	33	1.78
979147--979191	19	2.3	20	84	3	56	44	13	13	28	1.81
979916--979970	27	2.0	27	100	0	110	29	29	7	34	1.84
980619--980751	50	2.7	50	86	2	187	27	18	12	41	1.87
983091--983243	79	1.9	80	85	1	209	29	24	13	32	1.93
983099--983375	130	2.1	130	82	1	349	28	25	13	32	1.94
983634--983672	18	2.2	18	100	0	78	20	0	15	64	1.30
983635--983680	18	2.8	17	90	9	69	19	0	17	63	1.32
983629--983676	18	2.4	21	73	23	57	20	0	14	64	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11