genome.fa.s365.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold365
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1826335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1288 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
621646--621885	52	4.6	51	78	7	250	24	24	16	35	1.95
621641--621898	104	2.5	104	84	3	324	24	24	15	34	1.94
627418--627496	32	2.4	33	85	6	97	16	30	15	37	1.89
627432--627763	27	11.7	27	73	13	213	22	29	14	33	1.93
627598--628287	27	22.0	33	71	14	300	21	30	11	35	1.90
627531--628024	148	3.2	148	78	11	419	22	30	12	35	1.90
627749--627951	65	3.0	67	83	7	209	21	30	10	37	1.87
627719--628286	33	18.0	33	70	19	303	21	30	11	35	1.89
627445--627846	175	2.3	166	74	14	369	22	29	13	33	1.93
627598--628243	66	10.2	64	73	16	321	21	30	11	35	1.90
627746--628098	99	3.6	98	82	7	346	21	31	11	36	1.88
627949--628287	60	5.5	60	73	16	174	22	30	12	35	1.90
627916--628236	93	3.4	92	81	6	281	22	30	11	34	1.90
628143--628273	60	2.1	62	87	5	187	22	32	12	32	1.92
628290--628382	32	2.8	33	69	7	82	29	31	18	21	1.97
628389--628679	49	5.9	49	82	3	300	23	25	17	34	1.96
628386--628680	52	5.9	51	79	9	306	23	25	17	34	1.96
628556--628969	139	3.0	139	86	4	564	25	22	17	33	1.96
629005--629144	52	2.7	52	78	0	154	22	25	17	34	1.96
629813--629868	21	2.7	21	100	0	112	35	14	14	35	1.86
629903--629955	21	2.6	21	79	5	65	37	11	15	35	1.83
631235--631358	51	2.5	51	87	1	178	27	16	15	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
632468--632501	12	2.8	12	86	0	50	0	14	0	85	0.60
633694--633810	51	2.3	52	88	4	175	29	24	11	34	1.90
633633--633882	130	1.9	130	85	4	344	28	24	12	34	1.92
633746--634059	79	4.0	78	76	10	289	27	24	12	35	1.92
634315--634380	32	2.0	33	88	2	98	37	12	15	34	1.84
634421--634445	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
634454--634578	52	2.4	52	95	0	223	35	17	18	28	1.94
641843--641903	32	1.9	32	100	0	122	37	13	14	34	1.85
641870--641981	20	5.1	20	70	23	82	41	11	16	30	1.84
642883--643544	28	23.7	27	78	8	560	23	17	30	28	1.97
642984--643544	56	10.0	56	87	3	666	23	17	29	28	1.97
658364--658448	20	3.8	20	70	26	71	41	10	18	29	1.84
658314--658459	50	2.9	51	88	2	222	39	10	19	30	1.86
662158--662421	106	2.5	104	81	4	296	37	6	21	34	1.79
662376--662555	90	2.0	90	81	6	213	34	10	23	32	1.88
664837--664887	21	2.4	21	83	0	66	27	13	17	41	1.87
665656--665825	73	2.3	74	77	7	175	32	14	24	28	1.94
665906--666429	73	7.2	73	72	11	331	29	13	25	31	1.93
665853--666176	146	2.2	146	80	2	337	26	14	27	31	1.95
666141--666424	144	1.9	147	83	5	371	31	12	24	31	1.92
670414--670508	19	5.7	18	68	27	75	33	14	17	33	1.91
670414--670516	32	3.2	32	97	0	188	33	14	18	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672961--673177	76	2.8	76	95	3	373	26	25	15	32	1.95
673113--673232	51	2.4	51	89	0	186	30	27	12	30	1.93
673037--673309	130	2.1	127	88	3	395	28	26	13	32	1.93
674203--674462	102	2.5	103	86	1	369	33	13	24	28	1.93
679066--679122	20	2.8	21	83	5	71	31	19	10	38	1.86
679066--679139	21	3.6	21	83	7	89	31	18	10	39	1.86
683387--683441	20	2.7	20	77	8	58	32	16	14	36	1.89
687546--687573	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
687632--687688	19	3.3	18	72	27	61	38	15	12	33	1.85
687645--687701	13	3.9	13	76	24	60	33	15	14	36	1.88
687618--687703	32	2.7	32	92	0	145	38	15	11	34	1.83
692084--692212	52	2.5	52	93	2	215	30	17	17	34	1.93
692084--692233	52	2.9	51	87	7	205	32	17	17	33	1.93
692221--692279	13	4.9	13	73	26	67	35	13	16	33	1.88
692221--692300	34	2.4	34	100	0	160	35	12	17	35	1.88
692320--692386	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
692342--692366	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
699574--699605	6	5.3	6	92	0	55	12	15	15	56	1.68
709014--709258	52	4.7	52	86	3	316	28	13	13	44	1.82
711441--711955	79	6.4	80	72	9	332	29	21	11	37	1.89
711430--711952	160	3.3	160	77	6	400	29	21	11	37	1.89
727924--728050	67	1.9	68	85	1	175	39	11	24	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728040--728250	49	4.2	52	78	13	176	34	16	25	24	1.95
728129--728196	22	3.1	22	62	19	52	30	17	25	26	1.97
728107--728248	43	3.2	43	81	11	194	31	16	26	25	1.97
728068--728245	49	3.7	48	82	11	222	32	17	24	25	1.97
728071--728248	92	1.9	93	93	3	304	32	16	25	25	1.96
728251--728750	33	15.2	33	90	0	770	19	18	31	31	1.95
728264--728823	33	17.3	31	86	5	470	20	17	30	31	1.95
740770--740828	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
741109--741134	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
741088--741152	32	2.0	33	90	6	105	26	12	16	44	1.83
745753--745790	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
747593--747637	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
749517--749575	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
753876--753900	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
757718--757806	41	2.1	42	89	6	137	38	10	20	31	1.86
757718--757812	21	4.6	21	77	7	104	40	10	18	30	1.85
757819--758010	31	6.1	31	78	6	156	30	31	18	19	1.96
758897--759004	31	3.5	31	86	6	155	26	19	17	36	1.94
761353--761424	27	2.7	27	86	4	92	26	30	11	31	1.91
768171--768456	134	2.1	135	90	1	457	35	12	14	37	1.84
769179--769219	21	2.0	21	95	0	73	26	31	7	34	1.84
769207--769241	17	2.1	17	94	0	61	17	31	0	51	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770998--771048	19	2.7	19	96	0	93	37	13	11	37	1.82
771251--771299	22	2.4	19	83	13	53	65	24	0	10	1.23
774855--774895	21	2.0	21	85	0	55	24	19	0	56	1.42
775360--775384	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
777265--777289	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
777247--777310	33	2.0	32	87	9	94	39	14	15	31	1.87
778582--778658	22	3.7	21	89	8	113	31	20	11	36	1.89
778687--778759	20	3.7	19	87	3	83	35	16	17	30	1.92
781327--781369	20	2.0	20	82	13	50	53	23	2	20	1.57
783623--783662	21	1.9	21	89	0	62	25	12	5	57	1.55
785855--785903	13	4.2	13	70	24	54	34	20	12	32	1.90
785855--785924	33	2.1	33	92	7	115	32	21	12	32	1.91
785952--786008	19	3.0	20	84	7	82	31	17	17	33	1.93
785993--786017	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
785974--786038	33	2.0	32	90	3	103	35	15	18	30	1.92
787320--787350	16	1.9	16	100	0	62	48	25	12	12	1.77
789155--789227	20	3.6	20	85	5	76	41	13	15	30	1.85
789172--789227	20	2.7	21	86	5	78	41	16	14	28	1.87
789251--789307	20	2.8	21	83	5	71	38	10	19	31	1.86
789172--789387	80	2.7	80	89	1	299	39	15	15	29	1.88
789335--789388	21	2.6	21	77	13	58	38	12	14	33	1.85
797806--797885	20	3.8	20	73	20	72	26	13	15	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797871--797909	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
798030--798076	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
798032--798074	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
800457--800482	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
801803--801940	75	1.9	74	92	1	231	33	15	8	42	1.78
801878--802273	78	5.1	77	75	9	266	29	23	10	36	1.89
803339--803389	19	2.6	20	87	3	77	35	13	21	29	1.92
812657--812686	11	2.6	11	94	5	51	50	6	0	43	1.28
812826--812868	22	2.0	22	85	0	59	44	13	6	34	1.72
815527--815826	79	3.8	79	79	3	309	29	23	13	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11