genome.fa.s400.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold400
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2847997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418965--1418998	12	2.8	12	90	0	50	44	20	8	26	1.81
1419240--1419340	32	3.2	32	95	0	175	22	12	22	41	1.88
1420379--1420428	26	1.9	26	100	0	100	22	28	18	32	1.97
1422082--1422131	26	1.9	26	95	0	91	22	30	18	30	1.97
1424434--1424523	13	6.0	13	69	26	54	35	14	16	33	1.89
1424447--1424509	19	3.6	19	72	24	75	34	12	17	34	1.88
1424433--1424522	32	2.8	32	94	0	162	34	14	16	34	1.89
1424561--1424588	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1424541--1424606	33	2.0	33	84	0	87	30	15	12	42	1.83
1426924--1427093	51	3.4	49	77	9	177	27	27	14	30	1.95
1426924--1427060	46	2.9	46	79	7	132	27	27	13	31	1.94
1427072--1427358	79	3.6	78	90	1	441	26	28	14	29	1.96
1427234--1427465	107	2.2	107	82	4	281	26	26	15	31	1.96
1427313--1427381	28	2.5	28	90	4	104	23	21	21	33	1.97
1427341--1427510	79	2.1	79	84	5	218	27	24	15	32	1.95
1427158--1427510	186	1.9	186	82	4	444	26	26	14	32	1.95
1432229--1432259	13	2.3	14	94	5	55	3	6	19	70	1.22
1432554--1432663	37	3.0	36	93	5	184	49	13	19	18	1.80
1438656--1438687	5	6.2	5	96	3	55	0	40	21	37	1.54
1439138--1439205	18	3.8	19	77	13	72	39	1	0	58	1.07
1439169--1439238	19	3.5	19	77	15	61	50	0	0	50	1.00
1439269--1439300	11	2.8	12	95	4	57	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1439248--1439287	16	2.3	19	87	12	59	35	5	0	60	1.19
1439378--1439429	20	2.5	20	81	12	52	44	3	0	51	1.19
1439392--1439456	20	3.6	19	75	21	68	47	1	0	50	1.10
1439962--1440043	16	5.2	16	71	14	62	9	21	35	32	1.87
1439988--1440081	47	2.0	48	87	2	136	12	21	31	34	1.91
1440046--1440101	16	3.5	15	79	15	60	14	19	25	41	1.89
1440488--1440535	24	2.0	24	88	4	71	56	2	0	41	1.11
1442368--1442979	164	3.7	165	87	3	880	38	12	11	37	1.80
1442368--1442979	328	1.9	328	91	2	1014	38	12	11	37	1.80
1445683--1445712	16	1.9	15	93	6	51	26	16	3	53	1.59
1459543--1459596	27	2.0	26	82	10	65	40	0	0	59	0.98
1459613--1459713	31	3.2	30	68	10	85	41	6	3	47	1.49
1459587--1459723	64	2.2	64	92	2	224	38	6	3	51	1.46
1460750--1460794	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
1466007--1466043	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
1467276--1467325	17	2.8	18	73	17	50	40	0	0	60	0.97
1472407--1472452	24	1.9	25	91	8	78	45	23	8	21	1.80
1472416--1472505	27	3.4	27	86	4	114	45	22	8	23	1.80
1474379--1474424	21	2.1	22	88	4	67	19	28	19	32	1.96
1482340--1482393	27	1.9	29	92	7	94	22	16	35	25	1.95
1482355--1482414	27	2.2	27	85	5	77	31	15	31	21	1.94
1482382--1482611	34	6.7	34	81	7	259	37	12	30	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482382--1482616	104	2.3	103	83	4	303	37	12	30	20	1.89
1482382--1482615	68	3.4	68	84	6	319	37	12	30	19	1.89
1482590--1482731	28	4.9	29	78	12	141	20	17	31	30	1.96
1484169--1484208	17	2.5	16	88	8	55	0	0	17	82	0.67
1484201--1484245	22	2.0	24	86	8	67	2	17	0	80	0.82
1486474--1486519	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
1488402--1488492	28	3.5	26	82	5	96	23	8	21	46	1.79
1488456--1488501	24	1.9	24	91	8	76	19	8	26	45	1.79
1493946--1494018	27	2.7	27	82	0	92	23	9	19	47	1.78
1495180--1495221	21	2.0	21	85	0	57	35	21	23	19	1.96
1500130--1500351	50	4.5	50	87	1	311	31	19	19	30	1.96
1500130--1500351	99	2.2	100	86	2	322	31	19	19	30	1.96
1504669--1504790	49	2.5	50	87	1	174	31	21	18	29	1.96
1506078--1506258	97	1.9	94	84	5	238	45	9	13	30	1.77
1510657--1510714	14	3.9	16	70	17	54	34	0	0	65	0.93
1510625--1510722	53	1.9	50	87	10	144	36	0	2	61	1.08
1511591--1511622	15	2.1	15	94	0	55	62	6	0	31	1.20
1517700--1518252	79	7.0	78	84	3	671	33	13	24	28	1.93
1517700--1518252	237	2.3	236	90	2	831	33	13	24	28	1.93
1518264--1518548	51	5.5	51	83	2	320	34	10	24	31	1.89
1518893--1518922	15	2.0	15	100	0	60	40	33	6	20	1.78
1520918--1520943	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1523868--1523914	21	2.2	21	85	7	60	46	23	23	6	1.75
1529519--1529579	25	2.5	24	82	12	63	63	6	3	26	1.34
1538259--1538332	21	3.4	21	80	10	78	79	9	1	9	0.99
1538259--1538329	20	3.3	20	84	11	63	78	9	1	9	1.02
1540365--1540408	22	2.1	21	87	8	63	47	6	9	36	1.62
1540504--1540561	13	4.0	13	72	23	53	27	13	17	41	1.87
1540505--1540580	32	2.4	32	93	0	134	26	13	18	42	1.87
1540518--1540580	19	3.7	18	72	24	64	25	12	19	42	1.86
1540643--1540693	20	2.5	20	90	0	75	35	15	17	31	1.92
1541122--1541193	36	2.0	36	91	2	119	31	12	30	25	1.92
1541122--1541207	36	2.5	34	87	7	113	29	13	27	29	1.95
1541482--1541697	84	2.6	84	82	5	222	44	11	22	20	1.84
1541848--1542100	85	3.0	83	77	10	253	36	16	30	17	1.92
1541869--1542343	42	11.1	43	67	16	209	37	15	29	17	1.91
1541979--1542227	129	1.9	127	80	7	290	37	14	30	18	1.90
1541898--1542334	214	2.0	214	99	0	856	37	15	29	17	1.91
1542114--1542367	87	3.0	84	80	7	264	36	14	29	18	1.91
1542448--1542662	85	2.5	85	79	1	243	39	11	27	21	1.88
1542709--1543405	172	4.1	170	75	7	611	38	13	28	19	1.90
1542770--1543586	258	3.2	255	76	7	758	37	13	29	19	1.90
1543595--1543762	85	2.0	85	81	4	196	41	14	25	18	1.89
1542611--1544105	86	17.4	85	72	7	480	37	13	28	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1543027--1544372	86	15.8	84	71	8	377	37	14	28	19	1.90
1543768--1544678	86	10.7	87	70	9	295	36	14	28	20	1.91
1544127--1544678	258	2.2	257	79	5	591	37	14	28	19	1.91
1544863--1545042	82	2.2	83	81	6	211	39	16	26	17	1.91
1545303--1548840	85	41.5	84	69	11	1046	36	12	29	21	1.90
1546272--1546398	43	2.9	43	69	16	118	32	11	32	24	1.90
1545298--1548506	172	18.9	170	69	11	732	36	12	29	21	1.90
1546106--1546578	257	1.8	255	82	7	609	34	12	31	21	1.91
1547059--1547295	87	2.8	85	80	5	262	36	13	26	22	1.92
1548064--1548453	169	2.3	168	81	2	431	36	13	28	20	1.91
1548539--1548848	172	1.8	171	82	2	406	37	12	28	21	1.90
1548968--1549124	81	1.9	81	81	0	188	37	11	25	25	1.89
1549933--1549958	11	2.4	11	100	0	52	7	7	0	84	0.77
1550215--1550245	16	1.9	16	93	0	53	12	3	0	83	0.75
1553860--1553893	13	2.8	12	86	8	50	38	8	26	26	1.85
1557447--1558148	155	4.6	152	75	9	563	38	19	16	25	1.93
1557852--1558115	144	1.8	143	81	5	327	42	18	13	25	1.87
1559717--1559759	13	3.4	13	80	3	52	9	11	0	79	0.95
1560076--1560633	167	3.4	165	78	7	506	49	8	10	32	1.67
1561863--1561954	46	2.0	45	89	4	141	6	19	6	67	1.36
1562354--1562415	27	2.3	27	85	0	79	32	8	30	29	1.86
1562456--1562496	20	2.0	20	95	0	73	41	12	24	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1571749--1571882	66	2.2	58	81	16	164	27	11	17	44	1.82
1571768--1571893	66	1.9	66	98	0	243	28	10	17	43	1.82
1571877--1571937	32	1.9	32	93	0	104	29	9	9	50	1.67
1578280--1578346	20	3.3	20	75	6	64	56	0	0	43	0.99
1578285--1578336	10	5.1	10	79	4	50	50	0	0	50	1.00
1579457--1579485	8	3.8	8	95	4	51	79	0	0	20	0.74
1579586--1579643	24	2.3	25	82	8	73	48	0	0	51	1.00
1579585--1579648	20	3.3	19	73	4	56	46	0	0	53	1.00
1580586--1580611	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
1581150--1581184	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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