genome.fa.s400.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold400
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2847997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805398--805449	15	3.2	16	78	10	52	59	0	0	40	0.97
805966--806003	18	2.1	18	85	9	51	55	2	0	42	1.14
806186--806225	21	1.9	21	89	0	62	77	0	2	20	0.88
806253--806388	44	3.1	44	98	0	263	36	12	13	37	1.82
806306--806380	13	5.3	13	70	16	51	36	13	13	37	1.84
806580--806625	21	2.1	22	84	4	58	45	6	0	47	1.28
810181--810221	22	1.9	21	85	14	57	34	0	4	60	1.18
810266--810307	21	2.0	21	100	0	84	47	19	14	19	1.82
811384--811458	30	2.5	30	82	10	82	25	16	13	45	1.83
815982--816023	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
816270--816298	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
817634--817677	19	2.3	19	84	7	63	59	2	0	38	1.10
822976--823018	21	2.0	21	82	8	52	37	4	4	53	1.43
823619--823653	16	2.2	16	95	5	63	65	17	0	17	1.27
827000--827104	16	6.4	17	67	23	55	61	0	0	38	0.96
827017--827052	12	3.1	12	88	8	56	63	0	0	36	0.94
827022--827075	28	1.9	28	85	7	74	66	0	0	33	0.92
827068--827126	16	3.7	15	72	18	57	59	0	0	40	0.97
827885--827945	24	2.7	22	88	11	97	40	9	13	36	1.77
827952--827990	18	2.1	19	85	4	53	43	2	0	53	1.14
828856--828952	35	2.8	33	75	18	92	50	0	0	49	1.00
829577--829625	19	2.7	18	80	3	62	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829893--829976	30	2.8	28	81	15	89	45	1	0	53	1.08
831529--831563	13	2.9	12	88	12	54	42	0	0	57	0.99
831538--831641	38	2.6	39	74	17	99	55	0	0	44	0.99
831612--831651	17	2.4	17	91	4	64	47	0	0	52	1.00
832910--832974	28	2.2	28	83	10	76	43	0	0	56	0.99
833392--833418	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
836934--836969	14	2.5	14	90	4	54	25	0	0	75	0.81
836934--836968	10	3.6	10	88	3	54	25	0	0	74	0.82
841731--841771	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
842906--842949	18	2.5	18	85	3	63	56	0	0	43	0.99
843480--843511	15	2.1	15	100	0	64	46	6	0	46	1.27
845689--845766	15	4.6	16	74	16	52	55	0	2	42	1.13
845712--845768	20	3.1	17	74	16	51	56	0	1	42	1.10
845716--845772	18	3.1	18	75	18	55	59	0	1	38	1.08
845722--845778	29	1.9	30	82	10	73	57	0	3	38	1.16
846239--846296	19	2.8	20	79	10	55	53	0	0	46	1.00
847285--847328	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
848274--848315	10	4.2	10	82	11	50	28	0	0	71	0.86
848271--848308	18	2.1	18	90	9	60	34	0	0	65	0.93
848274--848320	9	5.1	9	82	7	51	29	0	0	70	0.88
850556--850598	20	2.2	20	83	8	52	60	0	2	37	1.10
850565--850671	30	3.5	29	72	17	85	58	0	2	38	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850628--850686	27	2.2	27	87	6	84	62	0	0	37	0.95
850625--850673	11	4.5	11	82	17	50	65	0	0	34	0.93
855855--855888	18	1.9	17	88	5	50	61	5	5	26	1.42
856903--856968	19	3.6	18	80	13	73	33	3	0	63	1.10
857884--857923	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
863149--863445	149	2.0	149	93	0	513	36	11	18	33	1.87
863548--863586	19	2.1	19	85	9	53	51	5	5	38	1.46
869430--869495	16	4.1	16	73	7	53	37	6	13	42	1.69
869605--869659	16	3.4	16	85	5	67	50	12	1	34	1.51
869591--869662	32	2.2	33	76	11	78	48	9	1	40	1.45
869605--869668	16	4.0	16	83	4	51	46	10	1	40	1.48
870405--870462	24	2.3	26	77	17	68	43	0	0	56	0.99
870411--870502	24	4.2	24	74	23	94	47	0	0	52	1.00
870422--870491	19	3.6	19	79	7	86	50	0	0	50	1.00
870450--870491	16	2.4	17	88	11	59	50	0	0	50	1.00
870416--870501	40	2.2	40	97	0	163	47	0	0	52	1.00
871187--871233	24	1.9	25	91	4	78	48	0	2	48	1.13
872009--872084	16	4.8	16	75	6	66	51	5	1	42	1.33
872656--872704	3	16.7	3	95	4	91	65	0	0	34	0.93
872962--872999	14	2.8	13	88	11	58	28	0	0	71	0.87
873774--873825	22	2.4	22	80	6	61	42	0	1	55	1.10
873866--873908	16	2.7	16	85	7	52	41	4	0	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873939--873970	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
883090--883134	19	2.4	19	80	0	54	28	6	0	64	1.19
883134--883173	12	3.3	12	83	10	55	67	0	0	32	0.91
884174--884202	9	3.3	9	90	9	51	0	20	0	79	0.74
884577--884637	32	1.9	32	83	12	81	47	1	6	44	1.39
884693--884741	22	2.2	23	85	10	66	36	0	2	61	1.08
884685--884742	21	2.7	21	79	12	64	39	0	1	58	1.08
884994--885036	18	2.4	19	85	11	56	60	0	0	39	0.97
886677--886743	19	3.5	19	80	9	66	58	0	2	38	1.14
886674--886724	19	2.7	19	84	6	68	56	0	3	39	1.18
886689--886743	10	5.8	9	77	12	56	56	0	1	41	1.10
887223--887270	9	5.2	9	78	14	53	72	2	22	2	1.05
887221--887283	13	4.7	13	80	5	63	66	1	30	1	1.10
887342--887416	14	5.0	14	71	15	51	34	0	1	64	1.02
887342--887416	16	4.9	16	72	19	52	34	0	1	64	1.02
887372--887438	24	2.8	23	80	14	82	31	0	2	65	1.07
887349--887448	15	6.4	15	72	16	78	29	0	4	67	1.09
887547--887592	15	3.1	15	84	9	58	28	0	4	67	1.10
888103--888174	32	2.2	33	85	2	92	38	4	0	56	1.18
888319--888374	28	2.1	26	83	12	69	48	0	0	51	1.00
893963--894007	18	2.7	16	77	12	54	33	11	15	40	1.83
901532--901759	48	4.8	48	89	0	330	36	16	26	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901919--903102	28	42.5	28	85	4	939	23	15	32	28	1.95
902324--902971	27	23.4	27	84	3	650	26	14	32	26	1.95
904350--904452	7	13.9	7	78	15	93	0	2	15	81	0.81
904350--904453	24	4.6	22	80	12	106	0	2	15	81	0.80
904350--904452	32	3.2	32	80	13	122	0	2	15	81	0.81
904352--904453	8	12.9	8	78	13	95	0	2	15	81	0.81
904350--904453	15	6.4	15	78	17	102	0	2	15	81	0.80
913763--913789	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
913744--913808	32	2.0	32	91	8	105	27	15	15	41	1.87
913775--913830	19	2.8	20	84	13	71	30	16	14	39	1.88
913860--913897	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
913880--913905	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
919527--919653	20	5.8	20	69	18	92	42	12	16	28	1.85
919528--919736	51	4.3	50	77	14	240	42	12	18	26	1.86
919529--919701	91	1.9	91	95	2	312	41	12	18	27	1.86
919688--919746	31	1.9	31	92	0	100	44	10	22	23	1.83
925578--926411	28	29.8	28	87	2	1057	22	16	29	30	1.96
926210--926623	55	7.4	55	84	7	369	26	13	32	26	1.94
926210--926638	28	15.4	28	86	7	389	26	13	32	27	1.94
927864--927914	22	2.3	22	83	12	61	7	11	5	74	1.21
937488--937514	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
943244--943368	20	5.7	20	67	18	79	41	12	16	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
943244--943450	51	4.3	50	71	16	177	43	11	17	28	1.83
943244--943419	91	1.9	91	91	2	291	43	10	16	29	1.82
943403--943461	31	1.9	31	89	6	93	44	10	22	23	1.83
944114--944158	21	2.1	21	88	8	65	35	22	0	42	1.54
947493--947595	20	5.1	19	69	16	73	34	12	17	34	1.88
948143--948905	28	26.5	30	78	8	218	25	15	30	28	1.96
948139--948566	64	7.1	63	76	11	316	23	16	27	31	1.96
948260--948623	28	12.5	28	80	7	352	23	17	28	31	1.96
948225--948509	150	1.9	150	89	1	446	22	17	28	31	1.96
948228--948712	56	8.4	57	77	9	360	23	16	29	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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