genome.fa.s400.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold400
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2847997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179519--2185999	460	13.8	473	78	7	5863	36	12	17	32	1.88
2182531--2182584	27	2.0	27	96	0	99	31	18	16	33	1.93
2186009--2187270	476	2.7	474	81	4	1468	36	12	18	31	1.89
2187082--2187508	221	1.9	221	82	3	538	37	15	16	30	1.90
2186595--2187955	697	2.0	696	82	3	1693	37	14	17	30	1.90
2188565--2189423	438	2.0	438	83	3	1104	36	13	19	30	1.90
2192595--2195314	474	5.7	474	84	3	3085	35	13	18	31	1.90
2194140--2194828	158	4.4	157	68	10	420	35	13	18	33	1.89
2195085--2195524	221	2.0	222	84	5	570	39	15	15	29	1.89
2196585--2197434	443	1.9	439	83	3	1107	37	12	18	31	1.88
2197743--2198433	159	4.4	153	68	15	401	35	13	20	30	1.92
2197290--2198910	158	10.2	153	66	15	418	35	14	19	31	1.91
2197014--2199325	475	4.9	475	85	3	2829	36	13	18	31	1.90
2200773--2200816	21	2.1	21	91	0	70	27	15	20	36	1.93
2208309--2208346	13	2.9	13	92	0	58	34	13	15	36	1.87
2212401--2212993	159	3.7	157	68	14	408	36	13	18	32	1.89
2215201--2216107	474	1.9	474	83	1	1190	36	14	18	31	1.90
2217143--2217167	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2217251--2217312	33	1.9	32	90	3	97	40	17	12	29	1.87
2219205--2219995	437	1.8	435	84	3	1097	35	13	18	32	1.90
2220327--2222873	158	16.2	156	65	16	483	36	13	18	31	1.89
2219609--2223686	476	8.6	474	84	4	4769	36	13	18	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219609--2223657	942	4.3	942	85	4	5039	36	13	18	31	1.89
2226090--2226131	13	3.2	13	86	0	66	35	11	16	35	1.86
2232375--2232424	19	2.5	20	83	3	66	38	14	16	32	1.88
2232739--2237665	475	10.5	474	81	6	5035	37	13	17	31	1.89
2241672--2241727	19	2.9	20	84	7	80	37	12	17	32	1.88
2242036--2250858	475	18.6	474	81	6	8957	36	13	18	31	1.89
2249731--2250856	158	7.1	159	67	13	520	35	12	19	31	1.90
2251849--2252080	79	2.9	79	81	1	288	35	13	23	28	1.92
2252014--2252112	51	1.9	51	89	0	153	36	9	26	28	1.87
2252014--2252131	51	2.3	50	84	5	146	32	11	27	27	1.92
2251942--2252190	130	1.9	130	81	4	297	34	13	24	28	1.93
2263408--2263717	79	4.0	78	83	4	340	32	10	26	30	1.90
2263408--2263717	158	2.0	157	83	2	390	32	10	26	30	1.90
2267109--2270307	473	6.8	472	82	6	3615	36	12	18	32	1.88
2271141--2271193	19	2.7	20	91	2	81	35	16	16	30	1.92
2273707--2273746	13	3.1	13	85	0	62	37	12	15	35	1.85
2273719--2273798	33	2.4	33	87	0	106	43	11	12	32	1.78
2278058--2278106	19	2.5	19	83	3	62	30	14	16	38	1.88
2280293--2280357	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
2280311--2280336	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2280293--2280357	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
2282355--2282399	21	2.1	21	84	8	56	51	4	17	26	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286293--2286317	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2286429--2286474	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2289310--2292384	473	6.6	473	82	6	3420	37	13	18	31	1.89
2290162--2291756	158	10.1	156	67	12	538	37	12	18	31	1.88
2292387--2294852	474	5.2	472	82	4	2836	36	13	18	31	1.90
2294763--2294945	93	2.0	93	91	1	296	33	10	21	34	1.87
2294293--2295419	566	2.0	567	85	3	1509	34	13	19	31	1.91
2295802--2295984	93	2.0	92	89	1	276	32	10	21	34	1.88
2296841--2297025	93	2.0	93	91	1	300	34	10	21	33	1.87
2297880--2298062	93	2.0	92	91	1	294	35	10	19	34	1.86
2297972--2300422	474	5.2	472	81	4	2640	35	14	18	31	1.90
2300342--2300515	93	1.9	92	89	1	267	33	12	17	36	1.87
2300435--2302851	474	5.1	471	81	4	2718	36	13	18	31	1.90
2302895--2305343	474	5.2	475	82	4	2807	36	13	17	31	1.89
2302894--2305343	950	2.6	943	83	4	3072	36	13	17	31	1.89
2305254--2305436	93	2.0	92	91	1	294	33	9	21	35	1.86
2306296--2306474	93	1.9	92	89	1	277	32	10	20	35	1.87
2305820--2307514	566	3.0	566	91	2	2587	35	13	18	31	1.90
2306950--2307986	473	2.2	473	85	3	1372	35	14	18	31	1.91
2307903--2308079	93	1.9	92	89	1	273	32	11	18	36	1.87
2308002--2311018	474	6.4	475	84	3	3769	36	13	17	32	1.90
2311799--2311824	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2311779--2311843	32	2.0	33	90	3	105	27	13	18	40	1.89
2311779--2311849	19	4.0	18	74	22	62	25	12	21	40	1.88
2313902--2313944	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
2314387--2314412	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2316493--2316523	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2320582--2320607	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2320562--2320626	32	2.0	33	88	8	98	27	13	20	38	1.90
2321274--2322290	471	2.2	473	83	4	1270	36	12	18	32	1.88
2322089--2322568	158	3.1	157	67	17	397	33	14	18	33	1.91
2322061--2322622	306	1.8	306	90	2	914	34	13	18	32	1.90
2322343--2323805	474	3.1	474	86	2	2157	36	13	17	31	1.89
2323396--2324213	408	2.0	407	81	6	958	37	13	18	30	1.89
2322922--2324685	880	2.0	882	82	5	2115	37	13	17	31	1.89
2323805--2327459	473	7.7	472	80	5	3856	37	13	17	31	1.89
2323805--2327459	950	3.9	947	81	5	3979	37	13	17	31	1.89
2328223--2328248	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2328202--2328266	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
2328202--2328266	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
2328318--2328373	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
2328760--2337056	474	17.2	472	70	13	3047	36	13	17	31	1.89
2331272--2331447	89	2.0	88	90	1	280	31	13	21	34	1.91
2330796--2331915	559	2.0	562	84	2	1473	36	13	17	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2331631--2332772	158	7.2	157	66	13	426	38	13	16	31	1.88
2331360--2337039	474	11.9	473	75	10	4012	36	13	17	31	1.89
2331360--2337035	949	5.9	941	77	9	4340	36	13	17	31	1.89
2333705--2333880	89	2.0	89	93	0	298	30	14	21	34	1.93
2335834--2336577	157	4.7	157	68	12	416	35	14	18	31	1.90
2338823--2338898	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2338822--2338907	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2338813--2338931	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2343906--2348740	947	5.1	943	83	5	5558	36	13	18	31	1.89
2343906--2348740	473	10.2	474	81	5	5128	36	13	18	31	1.89
2348594--2348894	150	2.0	150	85	3	401	37	14	17	30	1.90
2348743--2356214	475	15.8	476	81	4	8139	36	13	17	31	1.89
2355481--2356911	789	1.8	791	82	5	1884	36	12	19	31	1.89
2356883--2356940	29	2.0	29	100	0	116	41	6	24	27	1.80
2356279--2362328	475	12.7	475	83	5	7081	37	13	18	30	1.89
2362327--2366068	476	7.9	475	85	3	4525	37	13	18	30	1.89
2365703--2366484	420	1.9	421	85	2	1088	37	12	19	30	1.89
2366075--2368374	473	4.9	468	84	5	2747	37	13	18	30	1.90
2366075--2368374	472	4.9	470	84	4	2785	37	13	18	30	1.90
2367487--2369259	882	2.0	880	84	5	2290	37	13	18	30	1.90
2368377--2378019	475	20.3	471	82	5	10211	37	13	18	30	1.90
2371473--2372116	158	4.1	157	65	16	331	35	13	19	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374084--2374154	34	2.1	34	100	0	142	29	21	19	29	1.98
2377070--2377121	27	1.9	27	100	0	104	42	7	21	28	1.80
2378322--2378374	21	2.5	22	82	11	67	39	16	15	28	1.89
2378435--2378460	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2378415--2378482	33	2.1	33	88	2	102	36	19	13	30	1.90
2384415--2384445	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
2388342--2390892	158	16.1	157	64	17	484	37	13	18	29	1.90
2387403--2390912	949	3.7	946	84	4	4325	37	13	18	30	1.90
2387403--2390956	475	7.5	475	84	4	4195	37	13	18	30	1.90
2391212--2391278	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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