genome.fa.s400.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold400
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2847997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391789--2391861	22	3.4	22	73	7	87	38	9	24	27	1.86
2391807--2391879	10	7.1	10	75	6	74	41	5	26	27	1.77
2391793--2391873	42	1.9	42	97	0	153	39	7	24	28	1.82
2391907--2391931	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2392012--2392052	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
2392258--2394284	474	4.3	472	82	4	2280	37	12	18	30	1.89
2395759--2395799	16	2.7	15	92	3	64	85	14	0	0	0.60
2397081--2397254	61	2.9	61	92	1	287	25	31	16	26	1.97
2397076--2397260	31	6.1	31	86	8	247	23	31	15	29	1.96
2397224--2397327	37	2.9	37	92	4	169	19	35	11	33	1.88
2397196--2397327	37	3.9	34	82	10	153	20	34	12	31	1.90
2397366--2397432	33	2.0	33	97	0	125	28	34	17	19	1.95
2397481--2397903	43	8.9	44	80	11	368	23	25	18	32	1.97
2397432--2397957	49	10.8	48	80	10	490	23	25	17	32	1.97
2397616--2397683	22	3.1	22	62	26	54	23	27	17	30	1.97
2397660--2398053	53	7.6	52	78	6	370	23	25	16	34	1.95
2397761--2397957	102	2.0	96	92	0	268	22	25	18	32	1.97
2398725--2398821	19	5.8	18	72	27	97	32	12	17	37	1.87
2398746--2398802	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
2398727--2398829	32	3.2	32	98	0	197	33	12	18	35	1.89
2398907--2399032	52	2.4	52	93	0	225	35	17	19	27	1.94
2402474--2405012	158	16.0	156	67	13	848	37	13	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402132--2405171	475	6.4	473	84	4	3684	37	13	18	30	1.90
2405047--2405299	128	2.0	128	84	1	337	35	13	18	31	1.90
2405599--2406243	158	4.1	156	67	15	372	35	12	20	32	1.89
2405172--2406331	157	7.4	156	67	14	421	36	12	19	31	1.90
2405172--2407633	948	2.6	942	85	3	3308	36	12	19	31	1.90
2409308--2409383	12	6.9	11	77	15	61	39	1	48	10	1.46
2409328--2409388	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
2409298--2409417	42	2.9	42	89	0	177	44	1	45	9	1.45
2418491--2418609	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2418524--2418599	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2418515--2418600	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2418506--2418576	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2421136--2421254	42	2.8	42	89	5	186	8	47	2	42	1.47
2421160--2421245	24	3.8	24	72	17	85	10	46	2	40	1.51
2421164--2421230	21	3.2	21	70	29	70	10	46	2	40	1.53
2427731--2429352	474	3.5	460	82	8	1644	37	13	19	29	1.89
2430135--2430197	33	1.9	33	83	6	83	36	20	9	33	1.85
2430227--2430301	19	3.7	20	78	10	64	41	17	13	28	1.87
2438984--2439773	416	1.9	415	90	0	1258	36	13	19	31	1.90
2439366--2446455	475	15.0	476	85	3	8606	37	13	19	30	1.89
2439366--2446445	949	7.5	948	85	3	8686	37	13	19	30	1.89
2446515--2448171	476	3.5	475	83	3	2120	36	13	19	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442160--2447756	158	35.3	156	64	15	450	37	13	19	30	1.89
2453144--2453262	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2453177--2453252	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2453168--2453253	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2453159--2453229	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2454843--2456084	470	2.6	471	83	5	1569	37	13	19	30	1.90
2456098--2460878	475	10.2	476	82	5	5596	37	13	18	30	1.89
2456098--2457703	158	10.2	156	66	15	633	37	13	18	31	1.89
2461441--2461481	13	3.2	13	96	0	73	19	31	0	48	1.49
2461599--2463122	475	3.2	473	85	2	2005	37	13	18	29	1.90
2468532--2468608	12	6.9	12	69	26	62	40	0	46	12	1.42
2468534--2468641	42	2.6	42	92	2	173	41	0	45	12	1.47
2479787--2479829	18	2.4	18	80	7	52	9	44	0	46	1.35
2479825--2479884	12	5.0	12	80	15	79	11	45	0	43	1.40
2479821--2479885	24	2.7	24	97	0	121	12	43	0	44	1.41
2481895--2482719	159	5.2	157	68	12	461	35	13	18	32	1.90
2481454--2482544	476	2.3	476	86	0	1459	36	13	19	30	1.90
2482565--2484669	472	4.5	475	84	3	2631	37	12	19	30	1.89
2482565--2484658	950	2.2	936	85	3	2792	37	12	19	30	1.89
2489633--2489742	30	3.7	30	91	2	168	10	43	2	42	1.54
2489658--2489742	21	4.2	20	72	11	75	11	42	2	43	1.54
2490503--2490542	15	2.7	15	84	0	53	0	15	2	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490715--2491177	240	1.9	240	97	0	872	42	15	18	22	1.88
2492013--2492677	158	4.2	157	69	11	399	37	13	18	30	1.89
2492917--2501382	475	17.6	474	80	7	8108	37	13	18	30	1.89
2495588--2506524	950	11.3	946	79	8	9726	36	13	19	30	1.89
2500819--2502424	587	2.7	587	93	1	2666	36	12	19	30	1.89
2502099--2507915	158	36.9	158	66	13	1345	36	13	18	31	1.89
2501969--2506524	474	9.7	472	84	3	5683	36	13	19	31	1.89
2506221--2506841	308	2.0	309	85	3	849	38	13	18	30	1.88
2506536--2508317	474	3.8	471	83	5	2128	36	13	18	30	1.90
2506532--2508317	950	1.9	930	84	4	2415	37	13	18	30	1.90
2509258--2509365	21	5.3	18	66	30	58	11	48	0	39	1.45
2509261--2509379	42	2.8	42	92	0	193	10	46	0	42	1.43
2509294--2509369	12	6.9	11	78	15	61	10	48	1	39	1.46
2509289--2509349	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
2513057--2513175	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2513090--2513165	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2513081--2513166	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2513072--2513142	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2515418--2515536	42	2.8	42	84	2	141	13	42	0	43	1.49
2518277--2518337	9	6.1	9	72	20	50	14	44	1	39	1.55
2518262--2518358	42	2.3	42	89	0	140	13	46	1	39	1.50
2520648--2521280	316	2.0	317	90	2	1015	41	17	16	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2525969--2526029	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
2525974--2526008	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
2525941--2526059	42	2.8	42	90	0	184	9	46	1	42	1.46
2525965--2526050	24	3.8	24	73	17	85	11	45	1	41	1.48
2527301--2528063	386	2.0	385	92	1	1269	29	26	13	31	1.94
2528058--2530157	475	4.4	475	83	3	2597	37	13	18	31	1.89
2530426--2531725	478	2.7	474	84	3	1679	37	13	18	30	1.90
2533356--2533478	42	2.9	42	91	2	194	42	2	46	8	1.48
2537069--2537272	79	2.6	79	82	3	223	28	16	30	24	1.97
2537227--2537298	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2540044--2543330	55	58.0	55	84	7	3407	24	20	28	27	1.99
2540648--2540732	26	3.2	26	65	15	64	22	21	29	27	1.99
2540044--2543319	342	9.6	342	96	1	5678	24	20	28	27	1.99
2540990--2541074	26	3.2	26	65	15	64	22	21	29	27	1.99
2542016--2542100	26	3.2	26	65	15	64	22	21	29	27	1.99
2542358--2542442	26	3.2	26	65	15	64	22	21	29	27	1.99
2542700--2542784	26	3.2	26	65	15	64	22	21	29	27	1.99
2543190--2543274	27	3.1	27	61	15	66	23	18	29	28	1.98
2544293--2544381	1	89.0	1	81	0	97	0	0	10	89	0.47
2544294--2544381	19	4.6	18	86	10	113	0	0	10	89	0.48
2544295--2544381	25	3.4	26	81	12	117	0	0	10	89	0.48
2551169--2551194	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2551255--2551327	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
2551233--2551327	41	2.3	42	94	1	165	30	17	12	38	1.87
2553780--2553817	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
2553806--2553882	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
2557009--2557053	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2557520--2557552	17	2.0	17	88	5	50	6	27	12	54	1.60
2559271--2559296	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2559357--2559429	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
2559335--2559429	41	2.3	42	94	1	165	30	17	12	38	1.87
2566040--2566111	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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