genome.fa.s400.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold400
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2847997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  2  of  17  ( 1977 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106335--106404	17	4.1	17	76	7	70	47	0	2	50	1.16
106336--106387	27	1.9	27	84	7	70	46	0	3	50	1.20
106339--106412	17	4.5	15	74	15	58	44	0	4	51	1.20
106658--106728	27	2.4	30	79	18	94	46	1	5	46	1.35
106666--106725	27	2.2	27	96	0	111	48	1	6	43	1.39
107278--107333	28	2.0	28	100	0	112	39	14	25	21	1.91
109936--110014	21	3.8	20	73	5	77	34	11	15	39	1.83
119875--119927	2	27.5	2	90	7	83	50	1	0	47	1.12
122587--122649	27	2.5	25	80	14	76	42	0	3	53	1.16
122604--122685	17	5.2	17	74	24	74	46	0	2	51	1.14
122624--122654	10	3.1	10	95	0	53	45	0	0	54	0.99
122625--122690	34	2.0	33	87	3	96	45	0	3	51	1.16
122639--122693	17	3.4	15	75	18	56	43	0	3	52	1.18
122693--122757	26	2.5	26	97	0	121	41	16	4	36	1.70
122965--123035	27	2.4	30	77	18	85	45	2	5	46	1.41
122973--123032	27	2.2	27	93	0	102	46	3	6	43	1.46
126212--126285	21	3.6	21	85	1	87	36	10	13	39	1.80
127483--127519	18	2.1	18	89	0	56	48	0	24	27	1.51
130435--130465	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
130415--130481	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
130511--130565	19	2.8	20	88	5	85	36	16	14	32	1.89
130534--130594	32	1.9	31	90	3	95	42	16	14	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131238--131266	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
132930--132976	22	2.2	23	85	14	66	46	0	21	31	1.51
133096--133121	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
136920--136947	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
136902--137074	32	5.4	33	73	18	105	34	16	16	32	1.91
136991--137074	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
136999--137061	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
136991--137074	32	2.6	32	98	0	159	35	17	13	33	1.89
142887--142939	20	2.7	20	91	5	81	30	16	13	39	1.87
142969--143024	19	2.9	19	86	2	76	37	17	14	30	1.90
143009--143035	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
142990--143054	33	2.0	32	87	3	94	43	15	15	26	1.86
149942--149979	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
150126--150168	20	2.2	20	87	4	61	48	4	0	46	1.22
151787--151826	16	2.6	16	80	4	55	40	5	5	50	1.46
155270--155361	28	3.3	28	84	1	114	47	2	3	46	1.30
162865--162908	21	2.1	21	83	8	54	43	6	11	38	1.67
165504--165551	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
167097--167140	22	2.0	22	95	0	79	45	6	4	43	1.51
167104--167176	38	1.9	38	85	0	101	45	8	4	42	1.53
168268--168344	23	3.2	23	77	16	84	44	1	2	51	1.23
168285--168322	17	2.2	17	90	0	58	44	2	2	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168319--168373	17	3.2	16	85	10	74	45	0	1	52	1.11
168283--168349	27	2.5	26	81	11	73	46	1	1	50	1.19
168268--168379	44	2.7	42	78	10	131	42	0	2	53	1.21
168620--168690	27	2.4	30	77	18	85	45	2	5	46	1.41
168628--168687	27	2.2	27	93	0	102	46	3	6	43	1.46
171871--171926	21	2.7	21	75	8	60	32	7	19	41	1.79
172777--172864	45	2.0	45	100	0	176	29	14	22	32	1.94
173527--173570	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
173604--173654	20	2.6	20	90	3	77	25	13	17	43	1.86
176193--176231	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
182309--182352	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
182406--182431	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
182386--182449	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
191313--191364	24	2.1	25	85	3	70	48	1	1	48	1.24
194962--194992	14	2.2	14	100	0	62	29	12	12	45	1.80
196191--196279	27	3.2	27	82	6	115	47	3	4	44	1.40
199460--199512	18	2.8	18	82	8	52	54	0	22	22	1.45
200874--200913	18	2.2	18	90	0	62	25	27	0	47	1.52
209753--209784	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
210207--210267	12	4.9	12	76	9	52	55	3	0	40	1.16
210578--210602	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
211151--211203	16	3.3	16	81	0	61	32	11	7	49	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211143--211215	32	2.3	32	73	0	74	32	9	9	47	1.68
214589--214669	34	2.4	35	79	8	96	46	0	3	49	1.19
214637--214675	19	2.2	19	90	9	64	43	0	0	56	0.99
214923--214982	27	2.2	27	87	0	84	45	3	10	41	1.54
222030--222072	22	1.9	22	85	4	59	53	0	2	44	1.13
223421--223506	43	2.0	43	97	0	163	32	8	9	50	1.64
227346--227392	18	2.6	18	78	18	53	27	25	2	44	1.65
232895--232932	20	1.9	19	89	5	58	47	2	0	50	1.15
233931--233965	14	2.6	14	95	4	63	42	0	0	57	0.99
237993--238061	17	3.9	17	92	5	102	40	0	4	55	1.20
244318--244585	136	2.0	134	89	2	412	28	13	29	27	1.94
250451--250580	69	1.9	69	85	3	181	45	9	3	42	1.51
250520--250620	38	2.7	37	85	10	118	51	5	0	42	1.26
250522--250570	16	3.3	15	83	8	57	51	8	0	40	1.32
250566--250598	16	2.1	16	94	0	57	60	0	0	39	0.97
253822--253848	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
259163--259390	117	2.0	112	89	5	350	40	21	8	29	1.83
260220--260250	6	5.2	6	92	0	53	3	32	29	35	1.73
260584--260635	20	2.6	20	90	0	86	40	1	3	53	1.30
261387--261453	11	5.8	11	82	10	55	58	0	0	41	0.98
261402--261445	23	2.0	22	95	4	79	68	0	0	31	0.90
261402--261446	11	3.9	12	91	8	76	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261788--261856	25	2.8	26	86	8	99	50	0	0	49	1.00
262315--262359	22	2.1	21	88	12	65	57	0	0	42	0.98
262453--262482	14	2.1	14	100	0	60	40	0	0	60	0.97
262760--262821	11	5.5	11	83	7	72	66	0	0	33	0.92
262765--262845	34	2.4	33	84	12	94	62	1	0	35	1.03
262832--262909	32	2.5	32	82	13	94	53	0	0	46	1.00
263275--263344	2	36.5	2	78	13	76	51	0	2	45	1.16
263557--263587	14	2.1	15	94	5	55	58	0	0	41	0.98
263542--263582	20	2.0	20	100	0	82	60	0	0	39	0.96
263762--263863	27	3.5	29	74	19	97	55	0	0	44	0.99
263763--263813	13	3.7	14	77	10	52	50	0	0	49	1.00
264645--264704	27	2.2	28	81	3	68	45	15	11	28	1.81
265112--265149	17	2.2	17	100	0	76	23	26	10	39	1.87
265163--265189	13	2.1	13	100	0	54	29	14	22	33	1.94
265992--266060	28	2.5	28	83	4	79	31	5	13	49	1.65
267269--267368	48	2.1	48	88	1	146	62	14	4	20	1.47
271496--271525	2	15.0	2	92	0	51	46	3	0	50	1.18
273469--273501	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
277421--277470	17	3.0	16	85	5	55	30	2	2	66	1.14
277468--277526	6	9.7	6	78	14	59	77	0	0	22	0.76
277467--277526	29	2.1	28	84	9	77	78	0	0	21	0.75
277468--277520	26	2.2	22	87	12	70	77	0	0	22	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277466--277520	22	2.5	23	80	13	62	76	0	0	23	0.79
277474--277527	17	3.2	17	84	10	58	75	0	0	24	0.80
277466--277524	23	2.4	26	81	18	81	76	0	0	23	0.79
284923--284964	21	2.0	20	86	4	57	42	0	0	57	0.99
285100--285139	14	2.9	14	80	0	53	60	0	0	40	0.97
285103--285162	13	4.8	13	74	17	65	56	0	0	43	0.99
285763--285814	22	2.4	22	81	15	63	57	1	0	40	1.10
286071--286109	19	2.1	19	100	0	78	46	20	5	28	1.72
286909--286992	44	1.9	44	80	9	100	42	1	1	54	1.15
287265--287297	14	2.4	14	94	0	57	63	0	0	36	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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