genome.fa.s400.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold400
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2847997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1941443--1941534	41	2.2	41	96	0	166	39	13	17	30	1.87
1941573--1941598	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1942717--1942763	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
1942884--1942908	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1942897--1942973	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
1944988--1945018	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1946822--1946866	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1949084--1949109	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1950842--1950938	51	1.9	51	93	0	167	27	15	9	47	1.76
1950842--1950923	20	3.2	26	67	31	68	25	15	9	48	1.76
1950908--1950949	20	2.0	20	86	4	57	30	11	7	50	1.66
1951593--1951618	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1953835--1953879	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1955683--1955721	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
1957726--1957805	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1957791--1957829	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1957950--1957995	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1960371--1960396	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1964005--1967621	476	7.6	476	84	3	4251	37	13	17	31	1.89
1964028--1967426	158	21.4	155	66	13	843	37	13	18	31	1.89
1965020--1967537	159	15.9	159	66	12	550	37	13	17	31	1.89
1972647--1973384	374	2.0	375	84	2	973	36	15	15	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1973487--1974238	375	2.0	374	90	0	1171	34	15	17	32	1.91
1973864--1975249	472	2.9	464	82	4	1580	36	13	18	32	1.89
1974896--1975601	351	2.0	349	82	4	868	37	13	19	29	1.89
1975404--1976116	159	4.5	157	69	15	444	37	14	18	29	1.90
1975598--1976284	159	4.3	158	70	12	474	37	14	18	30	1.90
1975496--1976612	158	7.1	159	67	12	488	36	12	18	31	1.89
1975245--1981688	475	13.7	475	82	4	6797	36	13	18	31	1.90
1977870--1978545	159	4.3	156	69	10	377	36	13	18	31	1.90
1982712--1982736	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1982724--1982776	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
1982837--1982862	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1982817--1982884	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
1990829--1991004	50	3.5	50	92	1	291	40	1	23	34	1.65
1990980--1991024	22	2.0	22	87	8	65	35	0	26	37	1.57
1991580--1991604	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1991705--1991730	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1991685--1991752	33	2.1	32	83	2	82	38	17	11	32	1.86
1992958--1992982	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1992938--1993005	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
1999170--1999208	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2001027--2001146	53	2.3	54	91	5	194	32	5	29	33	1.79
2001853--2001877	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2001833--2001900	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
2002771--2003481	159	4.5	157	69	13	436	39	15	15	29	1.89
2002647--2009121	475	13.7	476	82	4	6964	37	13	17	31	1.89
2009858--2009911	20	2.7	20	88	0	72	33	14	14	37	1.88
2009942--2010003	32	1.9	33	90	3	99	40	11	17	30	1.85
2019649--2019711	33	1.9	33	83	6	83	36	17	11	34	1.85
2020760--2020828	33	2.1	33	88	0	102	34	23	18	23	1.96
2021542--2021606	33	2.0	33	88	8	98	30	12	15	41	1.84
2023405--2023454	20	2.5	20	90	6	75	34	14	18	34	1.90
2025050--2025074	12	2.1	12	100	0	50	28	0	40	32	1.57
2027192--2027261	27	2.7	27	91	4	108	51	12	18	17	1.76
2029807--2029846	21	2.0	21	90	5	64	32	20	0	47	1.50
2033478--2039355	476	12.4	475	82	3	6348	37	14	17	30	1.90
2038362--2039004	158	4.1	157	68	12	382	37	13	18	30	1.89
2038977--2039730	375	2.0	375	89	0	1141	34	15	17	32	1.92
2039352--2046294	475	14.6	474	81	4	7410	37	13	17	31	1.89
2046274--2046316	19	2.3	19	91	0	68	39	20	6	32	1.80
2047025--2047081	19	2.9	19	86	2	78	31	14	19	35	1.91
2047126--2047172	20	2.3	21	79	17	55	34	12	17	36	1.87
2047111--2047162	27	1.9	27	88	7	79	32	9	19	38	1.84
2052982--2053008	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2055493--2055542	19	2.5	20	83	6	66	30	16	16	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056383--2061924	476	11.8	475	82	4	6231	36	13	18	31	1.89
2061242--2061924	158	4.3	157	68	13	436	36	11	19	32	1.88
2065171--2065196	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2067099--2068401	158	8.2	156	68	12	478	37	13	17	31	1.89
2066662--2068524	476	3.9	474	83	3	2241	37	13	17	30	1.89
2068847--2068899	19	2.7	20	82	2	63	28	18	18	33	1.95
2070530--2070579	19	2.5	20	90	3	75	28	16	18	38	1.91
2079775--2079826	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
2082657--2082715	28	2.1	28	96	0	109	44	10	16	28	1.81
2080917--2090137	948	9.7	948	87	4	11196	36	14	19	30	1.91
2080917--2090168	476	19.5	472	81	4	10239	36	14	19	30	1.91
2089980--2090354	194	1.9	193	80	6	436	37	14	18	29	1.91
2090448--2090520	36	2.0	36	97	0	137	38	10	6	43	1.67
2090665--2090703	20	2.0	19	90	5	60	38	23	7	30	1.83
2096804--2096834	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
2097480--2097523	20	2.1	21	87	8	63	22	43	25	9	1.82
2099234--2099306	36	2.0	36	100	0	146	36	10	8	43	1.70
2100404--2101506	472	2.3	474	80	7	1297	36	13	19	31	1.90
2101530--2104145	474	5.5	475	81	4	2833	36	13	18	30	1.90
2101530--2104083	477	5.4	474	81	4	2903	36	13	19	30	1.90
2112440--2112465	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2112809--2137143	475	51.3	475	81	5	23496	36	13	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2112809--2126135	476	28.1	476	81	3	14311	36	13	18	31	1.90
2126254--2134043	158	49.3	158	64	14	971	36	14	18	30	1.90
2134866--2137143	476	4.8	473	79	7	2392	36	13	18	31	1.90
2149991--2150029	13	2.8	13	84	7	51	84	12	0	2	0.72
2149988--2150044	22	2.7	22	86	7	75	80	14	0	5	0.87
2149990--2150044	19	2.9	19	83	5	58	81	14	0	3	0.82
2149991--2150038	9	5.2	9	80	5	51	81	14	0	4	0.84
2151476--2151699	34	6.8	34	79	7	243	21	32	12	33	1.90
2151475--2151783	34	9.5	34	76	12	212	21	31	11	34	1.90
2151708--2151766	27	2.2	26	82	8	73	20	28	15	35	1.93
2151736--2151800	34	1.9	34	83	0	85	20	29	13	36	1.91
2151675--2151793	61	2.0	61	88	3	177	21	29	14	34	1.93
2151550--2151801	95	2.7	95	83	9	318	20	31	13	34	1.91
2151774--2151868	28	3.3	28	88	2	136	34	29	16	18	1.94
2151885--2152617	52	14.8	49	80	7	630	25	24	16	33	1.96
2151934--2152467	87	5.4	101	78	11	295	25	24	17	32	1.96
2152144--2152317	87	2.0	87	94	0	303	25	25	20	28	1.99
2152238--2152568	101	3.3	98	88	2	484	25	25	17	32	1.97
2152238--2152568	150	2.2	149	87	0	500	25	25	17	32	1.97
2152238--2152617	101	3.8	98	84	5	467	25	25	17	31	1.97
2155273--2155300	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2158454--2159299	425	2.0	432	82	4	1030	37	13	17	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158892--2164943	476	12.9	476	76	8	4791	37	13	17	31	1.89
2160231--2160314	41	2.0	41	90	0	132	45	14	16	23	1.84
2165760--2165785	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2165845--2165917	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2165824--2165917	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2165824--2165899	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2166433--2168798	474	5.0	472	81	4	2663	36	13	18	31	1.90
2168435--2169226	437	1.8	436	82	4	1015	38	13	17	31	1.88
2170581--2170634	20	2.7	21	80	5	58	37	11	16	35	1.84
2171212--2171254	21	2.0	22	90	4	70	25	27	2	44	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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