genome.fa.s400.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold400
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2847997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  16  of  17  ( 1977 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568597--2568622	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2568579--2568642	33	1.9	33	87	0	92	42	17	15	25	1.88
2568662--2568729	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2568684--2568708	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2568665--2568727	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2572629--2572760	42	3.1	42	90	2	194	43	2	45	8	1.46
2581940--2582071	42	3.1	41	80	10	124	12	40	0	46	1.41
2581989--2582062	24	3.3	23	69	21	68	14	41	0	43	1.46
2585057--2604822	474	41.7	474	86	3	25010	36	13	19	31	1.90
2585182--2598175	159	82.2	154	66	17	1673	36	12	19	30	1.90
2585057--2604822	949	20.8	949	86	3	25132	36	13	19	31	1.90
2599045--2600172	158	7.1	158	61	19	366	35	12	19	31	1.90
2604303--2604335	17	1.9	17	100	0	66	42	18	18	21	1.89
2604510--2605168	346	1.9	346	89	1	1018	36	13	20	29	1.90
2604830--2612165	474	15.5	476	84	3	8660	36	13	19	30	1.90
2607795--2611313	158	22.2	156	67	14	918	36	13	19	30	1.90
2605741--2612154	158	40.6	156	64	11	906	36	13	19	30	1.90
2612062--2612281	116	1.9	114	82	7	275	37	15	14	32	1.87
2616620--2616690	12	6.3	11	72	18	65	12	45	0	42	1.42
2616609--2616693	33	3.1	25	73	23	73	12	42	0	44	1.43
2616618--2616700	33	2.5	33	90	0	130	12	42	0	45	1.41
2616599--2616675	21	3.7	20	74	17	61	12	44	0	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2618609--2620201	773	2.0	775	82	5	1932	36	13	18	31	1.89
2627710--2628732	158	6.4	158	69	14	439	37	12	18	31	1.88
2627710--2628809	475	2.3	476	88	1	1636	37	12	18	31	1.89
2628841--2630926	476	4.4	472	89	2	2937	36	12	19	31	1.89
2628841--2630933	158	13.2	156	68	13	707	36	12	19	31	1.89
2630928--2658080	475	57.6	475	84	4	31645	36	13	19	31	1.90
2633160--2633808	159	4.2	157	65	16	373	36	12	20	31	1.89
2636726--2637806	158	6.8	155	66	16	403	35	12	20	31	1.89
2641273--2653742	158	79.2	157	65	15	2082	36	13	19	31	1.90
2658887--2658939	20	2.7	20	88	11	74	33	18	15	32	1.92
2659609--2659651	22	2.0	20	86	8	59	39	20	4	34	1.74
2661377--2661426	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
2661384--2661426	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
2661534--2661559	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2664151--2664176	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
2664253--2664307	21	2.5	22	94	5	103	36	10	25	27	1.89
2664295--2664325	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
2664349--2664485	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
2664455--2664525	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
2664565--2664605	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2669556--2676908	474	15.5	475	84	3	8794	36	13	18	31	1.89
2676908--2684396	158	47.2	155	64	16	902	36	13	19	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2676908--2684224	475	15.4	472	84	4	8478	36	13	18	31	1.89
2684049--2684392	176	1.9	177	91	0	555	34	13	20	31	1.91
2684897--2684940	18	2.4	18	81	7	54	9	47	0	43	1.35
2684931--2684987	9	6.8	9	75	15	50	12	38	0	49	1.41
2684904--2685011	41	2.6	41	85	7	130	12	39	0	47	1.42
2695073--2695204	42	3.1	42	86	2	158	11	41	0	46	1.45
2695123--2695195	21	3.3	24	72	21	77	15	42	0	42	1.46
2695114--2695174	9	7.1	9	72	10	56	13	42	0	44	1.43
2697012--2697106	33	2.9	32	90	3	136	13	42	0	44	1.44
2697006--2697115	33	3.4	33	78	15	129	11	40	0	47	1.40
2699860--2700578	158	4.5	155	66	15	380	35	11	20	32	1.88
2698727--2702438	474	7.8	473	84	3	4118	36	13	18	31	1.89
2702237--2702654	217	1.9	216	87	1	604	32	13	20	33	1.91
2702435--2714891	474	26.4	472	85	3	15261	36	13	19	31	1.90
2702435--2714854	158	78.9	156	64	17	1290	36	13	19	31	1.90
2715628--2715658	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2715703--2715759	19	2.9	19	75	15	53	36	17	14	31	1.89
2715744--2715770	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2724418--2724448	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2724398--2724464	33	2.0	32	86	11	91	32	19	13	34	1.91
2724493--2724566	19	3.7	19	83	5	76	36	16	16	31	1.91
2724856--2726433	474	3.3	475	91	1	2538	37	12	18	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2724922--2726179	158	7.9	158	66	14	393	37	12	18	31	1.88
2725715--2726409	158	4.4	158	67	13	363	37	12	18	31	1.88
2727624--2728508	59	15.4	59	87	5	1039	25	28	21	24	1.99
2727657--2728508	55	14.9	55	83	10	886	26	28	21	24	1.99
2727920--2728008	26	3.3	27	63	16	67	28	31	17	22	1.97
2727659--2728485	343	2.4	341	91	3	1324	25	28	21	24	1.99
2728238--2728374	29	4.9	29	63	24	80	27	31	21	18	1.97
2729266--2729322	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2729378--2729445	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2729399--2729423	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2729380--2729442	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2729485--2729510	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2729465--2729531	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
2731871--2732212	52	6.5	53	68	17	178	29	26	11	32	1.92
2731985--2732060	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
2731876--2732213	104	3.2	103	71	12	299	30	26	11	31	1.92
2732196--2732272	28	2.7	30	86	7	99	23	31	19	25	1.98
2731874--2732277	212	1.9	212	89	4	627	28	26	12	31	1.93
2734021--2734065	20	2.1	22	88	8	67	22	48	24	4	1.68
2736869--2736911	21	2.0	22	86	4	61	58	0	13	27	1.37
2746677--2746730	20	2.7	20	83	11	67	37	18	12	31	1.89
2746759--2746831	20	3.7	19	87	7	85	38	17	15	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749685--2749811	35	3.8	35	84	5	149	32	21	12	33	1.91
2750332--2750383	19	2.7	20	81	6	70	40	19	13	26	1.88
2756553--2756592	13	3.1	13	92	0	71	30	17	15	37	1.90
2756712--2756757	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2759036--2759090	20	2.8	20	88	5	76	38	16	16	29	1.90
2759161--2759186	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2759145--2759206	32	1.9	33	90	3	99	40	19	12	27	1.88
2761090--2761263	87	2.0	87	93	2	296	29	21	5	44	1.74
2762956--2762981	10	2.6	10	100	0	52	30	0	26	42	1.56
2766193--2766244	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
2766274--2766347	20	3.7	20	82	8	78	28	18	14	37	1.91
2766792--2766823	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
2767004--2767061	31	1.9	31	85	3	82	32	22	12	32	1.91
2767655--2767704	20	2.5	20	83	6	66	36	12	14	38	1.83
2770383--2770447	21	3.1	21	81	14	80	52	1	0	46	1.10
2770533--2770562	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2772062--2772103	21	2.0	22	86	13	63	57	0	0	42	0.99
2778585--2778781	98	2.0	98	89	0	304	27	13	8	49	1.71
2778776--2778856	28	2.9	28	76	8	85	13	18	7	60	1.56
2780319--2780397	28	2.9	27	72	12	70	12	21	7	58	1.59
2783387--2783451	28	2.3	28	75	0	76	15	18	7	58	1.60
2784182--2784335	81	1.9	80	81	9	188	34	5	14	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785124--2785150	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2785134--2785190	19	2.9	19	84	2	78	33	17	15	33	1.92
2785222--2785287	33	2.0	33	88	5	98	34	12	18	34	1.88
2788847--2789717	140	6.3	141	77	9	649	20	20	17	42	1.90
2788984--2789716	95	7.9	92	74	11	477	20	20	17	42	1.90
2789124--2789713	138	4.3	134	80	9	477	19	20	17	42	1.89
2788936--2789723	182	4.3	182	78	7	713	19	20	17	42	1.90
2788852--2789717	47	18.8	45	76	9	595	20	20	17	42	1.90
2789695--2789752	29	2.0	29	100	0	116	20	24	13	41	1.89
2789650--2789797	77	1.9	76	82	6	183	22	20	14	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17