genome.fa.s400.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold400
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2847997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1583216--1583257	16	2.6	17	81	11	52	30	2	2	64	1.19
1583867--1584102	50	4.7	50	95	0	391	28	22	18	30	1.97
1588484--1588721	50	4.8	50	86	0	314	30	19	15	34	1.93
1589170--1589200	11	2.8	11	90	0	53	19	0	0	80	0.71
1589766--1589831	25	2.8	23	80	15	73	24	3	0	72	0.98
1589768--1589831	22	2.8	23	86	9	78	23	3	0	73	0.97
1589766--1589831	11	5.7	12	71	18	59	24	3	0	72	0.98
1589774--1589846	25	3.0	23	82	11	85	26	2	0	71	1.00
1590797--1590845	2	24.5	2	91	0	80	0	44	4	51	1.20
1591857--1591969	34	3.2	33	65	24	79	15	28	9	46	1.77
1591840--1591980	71	2.0	71	95	0	255	16	30	7	45	1.75
1593263--1593345	29	2.9	29	96	0	148	31	10	8	49	1.68
1594509--1594537	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
1597949--1598017	34	2.0	34	94	0	120	39	10	15	34	1.82
1603046--1603080	3	11.7	3	87	0	52	40	0	31	28	1.57
1608852--1608910	28	2.1	28	84	6	75	54	5	6	33	1.49
1609914--1609969	27	2.1	27	100	0	112	51	10	7	30	1.63
1614361--1614386	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1616952--1616990	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
1617111--1617157	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
1618794--1618834	20	2.0	20	100	0	82	34	4	34	26	1.78
1619563--1619588	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1625912--1625954	19	2.1	21	83	12	54	30	4	0	65	1.13
1625921--1625996	35	2.2	32	82	11	89	39	2	3	53	1.33
1625979--1626038	31	1.9	31	83	6	77	40	3	3	53	1.34
1630141--1630703	237	2.4	236	84	3	706	28	24	12	34	1.92
1630067--1630700	158	4.0	157	77	6	595	28	23	13	34	1.92
1630066--1630711	79	8.2	78	79	6	534	28	23	12	34	1.92
1631870--1631919	2	25.0	2	87	0	73	44	0	6	50	1.26
1631870--1631921	14	3.9	14	90	10	90	42	0	7	50	1.31
1634883--1635096	118	1.8	118	81	4	270	31	14	20	34	1.92
1637042--1637066	13	1.9	13	100	0	50	68	8	0	24	1.16
1642209--1642234	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
1642268--1642307	10	4.1	10	93	3	55	37	5	30	27	1.78
1642385--1642521	53	2.6	53	94	3	240	27	17	17	37	1.92
1642491--1642561	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
1642601--1642641	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1651871--1651898	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
1651850--1651917	33	2.1	32	81	13	77	39	11	11	36	1.79
1658783--1658827	18	2.5	18	89	7	65	4	24	0	71	1.05
1658783--1658847	18	3.6	18	80	2	58	3	21	0	75	0.94
1663433--1663483	22	2.3	22	80	12	52	47	3	1	47	1.32
1664640--1664684	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
1671421--1671468	25	1.9	25	91	0	78	43	8	0	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1673768--1673804	15	2.3	17	90	9	60	43	8	5	43	1.57
1674112--1674176	21	3.1	20	75	4	67	53	3	3	40	1.32
1674119--1674186	21	3.2	21	73	8	66	51	2	7	38	1.45
1674392--1674431	18	2.2	18	86	0	53	40	2	2	55	1.27
1675011--1675049	20	2.0	20	89	0	60	33	10	5	51	1.58
1676301--1676384	19	4.8	18	80	18	106	33	11	16	38	1.86
1676341--1676365	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1676322--1676390	32	2.2	32	97	0	129	34	11	15	37	1.84
1676463--1676591	52	2.5	52	94	0	222	36	16	17	29	1.92
1678186--1678214	10	2.7	11	94	5	51	24	13	0	62	1.32
1679922--1679997	32	2.4	32	90	0	116	42	7	11	38	1.71
1680009--1680124	46	2.5	45	91	4	187	35	6	2	55	1.41
1680659--1680709	20	2.6	20	90	3	77	43	17	13	25	1.86
1684786--1684852	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1684806--1684830	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1684896--1684920	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1684929--1685049	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1692497--1692697	52	3.9	52	95	1	341	29	17	19	33	1.95
1692686--1692710	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1692773--1692797	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1692855--1692896	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
1693539--1693810	49	5.3	48	75	11	204	33	15	26	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1693831--1694284	30	15.5	30	78	9	366	24	16	29	29	1.97
1693815--1694071	58	4.4	59	85	6	317	20	17	29	32	1.96
1693815--1694071	88	2.9	87	90	4	383	20	17	29	32	1.96
1694108--1694280	29	5.9	29	80	6	161	25	19	29	26	1.98
1693993--1694275	121	2.4	116	78	5	282	26	17	28	26	1.98
1695721--1695865	1	145.0	1	75	0	101	2	2	9	85	0.78
1695722--1695865	28	5.1	27	81	11	132	2	2	9	85	0.78
1695721--1695860	42	3.5	37	80	14	145	2	2	9	85	0.77
1696623--1697180	279	2.0	279	100	0	1116	26	21	24	26	2.00
1705834--1705860	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
1709989--1710189	52	3.9	52	95	1	341	29	17	19	33	1.95
1710178--1710202	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1710265--1710289	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1710347--1710388	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
1711660--1711698	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1714236--1714261	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1714218--1714281	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
1716327--1716390	20	3.2	19	76	12	65	31	14	18	35	1.91
1716550--1716586	13	2.8	14	88	8	51	35	18	16	29	1.93
1717270--1717294	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1717763--1717829	37	1.9	35	85	11	93	34	11	23	29	1.91
1718920--1718961	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1719353--1719513	84	1.9	84	82	5	200	53	3	18	25	1.59
1720993--1721017	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1723353--1723419	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1725520--1725705	97	1.9	95	82	2	228	31	21	9	38	1.85
1725524--1725746	97	2.3	95	78	4	223	29	22	11	36	1.89
1729157--1729194	20	1.9	20	100	0	76	34	7	10	47	1.67
1733051--1733102	20	2.7	20	77	19	56	30	3	3	61	1.32
1733119--1733179	29	2.2	28	80	8	70	36	4	6	52	1.49
1734062--1734130	22	3.2	22	85	4	79	52	0	0	47	1.00
1736582--1736620	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
1736691--1736745	21	2.5	22	91	5	94	40	10	21	27	1.87
1736778--1736914	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
1736902--1736955	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
1736994--1737034	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1737787--1737881	46	2.0	46	85	8	127	35	31	4	28	1.76
1740723--1740764	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
1742393--1742431	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
1742502--1742556	21	2.5	22	91	5	94	40	10	21	27	1.87
1742589--1742725	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
1742695--1742765	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
1742805--1742845	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1743330--1743390	21	2.9	21	78	11	63	49	3	0	47	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1745164--1745202	20	2.0	20	85	10	53	35	0	5	58	1.20
1752106--1752226	51	2.3	52	88	4	174	34	14	23	26	1.94
1752158--1752463	79	3.9	79	89	1	479	33	14	24	27	1.94
1752395--1752669	51	5.4	51	80	6	268	33	12	25	28	1.93
1752395--1752631	104	2.3	103	84	7	302	33	11	25	29	1.91
1752683--1752803	51	2.4	50	87	4	163	30	10	27	31	1.90
1753755--1753893	43	3.2	43	88	2	199	7	23	38	30	1.82
1753729--1753804	18	4.2	18	74	14	66	6	26	38	28	1.81
1754249--1754401	51	3.0	51	93	4	263	11	26	7	53	1.64
1754245--1754401	77	2.0	78	96	1	289	12	26	8	52	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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