genome.fa.s50.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold50
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2541760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682--731	22	2.1	25	85	10	70	36	0	2	62	1.07
979--1018	15	2.6	16	84	8	55	37	0	7	55	1.29
1057--1159	16	6.4	16	65	12	50	27	6	15	50	1.69
1071--1164	32	2.9	32	79	0	107	26	8	14	50	1.72
1053--1201	80	1.9	80	81	2	183	26	8	17	47	1.76
2257--2373	32	3.7	32	82	3	137	22	15	18	43	1.87
2257--2373	16	7.3	16	68	11	69	22	15	18	43	1.87
3545--3605	26	2.3	26	81	10	70	45	4	0	49	1.23
3605--3640	18	2.0	18	88	0	54	50	0	0	50	1.00
7184--7268	43	2.0	43	86	4	118	37	10	8	43	1.69
8375--8416	15	2.8	15	78	10	50	54	0	2	42	1.13
16830--16885	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
17796--17870	20	3.8	20	78	3	71	40	13	13	33	1.83
17793--17870	40	2.0	39	84	2	102	39	14	12	33	1.84
18359--20878	86	29.3	85	88	4	3507	22	17	31	28	1.96
18347--20877	29	88.2	29	89	2	3518	22	17	31	28	1.96
18347--20880	115	22.1	115	90	2	3644	22	17	32	28	1.96
22121--22170	11	4.5	11	85	9	75	0	0	12	88	0.53
22121--22171	21	2.4	21	93	3	84	0	0	13	86	0.58
35201--35255	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
36166--36240	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
36163--36240	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41802--56524	477	31.0	477	90	1	22077	30	19	14	35	1.91
48745--49883	160	7.2	158	66	14	449	31	19	13	35	1.90
48545--57476	158	56.4	157	63	13	1040	30	19	14	35	1.91
56344--56684	160	2.1	160	87	1	486	29	19	14	35	1.92
55882--57161	636	2.0	637	93	0	2197	29	19	15	35	1.92
56488--62861	477	13.4	477	87	2	8837	30	19	14	35	1.91
56513--62871	952	6.7	952	89	2	8923	30	19	14	35	1.91
67920--68038	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
67953--68028	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
67944--68029	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
67935--68005	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
70285--71926	476	3.4	475	90	2	2574	31	19	13	35	1.91
75364--102289	477	55.3	477	77	10	21344	31	19	14	34	1.92
76708--88309	160	73.0	159	64	13	1562	31	19	13	35	1.91
75364--102293	955	27.7	953	80	9	24154	31	19	14	34	1.92
94247--102293	160	50.6	156	65	12	2285	31	19	13	35	1.91
107270--107388	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
107303--107378	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
107294--107379	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
107285--107355	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
109004--118718	160	61.1	160	65	13	981	31	19	13	35	1.91
109004--146538	477	78.6	477	86	5	30099	31	19	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121586--122706	160	7.1	159	65	14	502	31	19	13	35	1.91
121442--123034	160	10.0	157	66	14	491	31	18	13	35	1.90
122963--123204	131	1.8	131	91	1	396	30	16	11	41	1.83
123226--130073	160	43.1	159	65	13	1222	31	19	13	35	1.91
123478--130317	159	43.0	157	65	14	1508	31	19	13	35	1.91
130247--130487	131	1.8	131	89	0	374	30	16	12	41	1.85
146385--146692	154	2.0	154	93	1	528	30	21	13	34	1.92
146539--227921	477	169.8	477	86	4	95250	30	19	14	35	1.92
130698--177767	160	296.1	159	65	13	6862	31	19	13	35	1.91
181968--182043	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
181967--182052	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
181958--182076	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
197892--227608	159	187.1	159	63	13	1617	31	19	14	35	1.91
236856--236974	42	2.8	42	89	0	175	8	44	2	44	1.47
236889--236964	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
236880--236965	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
236867--236941	18	3.8	18	69	19	51	10	41	2	45	1.53
241573--241704	42	3.1	42	85	2	176	9	43	1	46	1.44
243326--276632	477	70.0	477	91	2	50335	31	19	13	35	1.91
245685--246808	159	7.1	159	66	12	457	30	18	13	36	1.90
252550--253210	158	4.2	160	65	13	353	32	19	13	34	1.91
247280--266560	159	121.4	157	64	12	2855	31	19	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281612--281730	42	2.8	42	89	0	184	8	46	3	42	1.51
281636--281721	24	3.8	24	69	17	76	10	45	3	40	1.55
283535--284192	159	4.1	157	65	15	353	30	17	13	37	1.90
283346--284248	476	1.9	476	98	0	1752	30	18	13	36	1.90
284942--295582	476	22.4	477	90	1	16342	30	19	14	36	1.91
286559--293364	159	43.0	159	64	12	612	30	19	13	36	1.91
284942--295582	948	11.2	950	93	1	16174	30	19	14	36	1.91
300565--300633	30	2.3	30	100	0	138	10	44	2	42	1.53
300578--300618	21	2.0	21	90	0	64	9	43	2	43	1.50
300566--300627	9	6.6	9	76	10	61	9	43	3	43	1.53
301053--303650	159	16.4	156	66	13	725	31	18	14	35	1.91
300793--303871	160	19.4	161	65	15	743	31	19	13	35	1.91
300710--303908	477	6.7	477	93	0	5222	31	19	13	35	1.91
305540--305615	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
305539--305624	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
305530--305648	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
310662--326552	159	100.0	158	63	14	856	31	19	13	35	1.91
310629--327194	476	34.8	477	92	0	26508	31	19	13	35	1.91
310629--327194	954	17.4	954	93	0	26503	31	19	13	35	1.91
329180--329255	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
329179--329264	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
329170--329288	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331690--333326	477	3.5	471	78	7	1684	31	18	15	35	1.91
333427--333751	61	5.6	59	74	12	244	27	26	20	25	1.99
333436--333751	116	2.7	117	79	7	338	28	26	19	25	1.99
333794--334029	61	3.9	61	85	7	309	25	25	20	28	1.99
333798--334026	122	1.9	121	89	0	359	25	25	20	27	1.99
334010--334147	42	3.2	42	82	3	150	20	26	13	40	1.88
334823--334893	21	3.4	21	88	0	97	32	12	19	35	1.90
334925--334982	19	2.9	19	73	14	55	39	13	17	29	1.88
334953--335024	32	2.2	32	85	0	99	31	9	19	38	1.84
338985--339143	61	2.6	61	91	5	243	22	30	20	27	1.98
339172--339288	61	1.9	61	98	0	225	26	29	19	23	1.98
339016--339610	155	3.8	155	90	2	867	24	29	19	26	1.98
339327--339453	61	2.1	61	95	0	227	24	31	18	25	1.97
339483--340010	61	8.9	60	80	11	518	25	26	20	27	1.99
339454--340287	178	4.8	172	75	14	675	25	26	20	27	1.99
340074--340287	61	3.5	61	84	6	292	24	24	21	29	1.99
339811--340218	215	1.9	215	84	4	554	24	27	19	28	1.99
340305--340403	42	2.4	42	81	3	101	16	23	14	46	1.83
341077--341153	21	3.7	21	94	0	136	33	10	20	35	1.87
341183--341240	19	2.9	19	73	14	55	39	13	17	29	1.88
341211--341283	32	2.3	32	90	0	119	32	13	19	34	1.91
341213--341275	19	3.7	18	68	24	55	31	14	19	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343675--343852	51	3.5	51	81	5	200	28	26	10	34	1.90
343807--344239	79	5.6	76	79	7	435	28	25	12	33	1.92
343795--344238	153	2.9	154	89	2	660	28	25	12	33	1.92
344175--344341	51	3.3	50	78	8	171	28	25	11	34	1.91
344273--344420	79	1.9	79	85	2	208	27	27	12	33	1.93
345387--347794	476	5.1	476	82	3	2873	31	18	14	35	1.92
345387--347794	954	2.5	945	82	4	3036	31	18	14	35	1.92
348060--348240	83	2.2	83	98	0	353	34	19	15	30	1.93
348207--348270	33	1.9	32	84	12	85	35	14	18	31	1.91
349007--367738	476	39.3	477	77	6	15487	31	18	13	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16