genome.fa.s50.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold50
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2541760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1620673--1620792	60	2.0	61	82	8	147	25	20	25	28	1.99
1620838--1621301	61	7.8	60	80	8	484	26	19	27	26	1.99
1620840--1621301	116	3.9	116	78	10	420	26	19	27	26	1.99
1620840--1621301	177	2.6	176	84	4	597	26	19	27	26	1.99
1621153--1621238	27	3.1	27	67	15	68	27	24	22	25	1.99
1621241--1621328	28	3.2	26	66	17	70	26	18	28	27	1.98
1622386--1622458	9	7.7	9	73	20	51	2	6	6	83	0.89
1622403--1622458	29	2.0	28	89	3	85	3	3	7	85	0.81
1648284--1648412	52	2.5	52	98	0	249	29	18	17	34	1.94
1648483--1648583	32	3.1	32	91	1	166	37	16	9	35	1.82
1648488--1648584	19	5.7	19	65	27	65	38	16	10	35	1.83
1648620--1648650	16	1.9	16	100	0	62	25	12	16	45	1.83
1649962--1650017	22	2.5	22	88	0	85	39	3	33	23	1.72
1650515--1650553	20	1.9	21	94	5	71	30	23	15	30	1.95
1652662--1652703	18	2.3	18	84	8	50	35	4	23	35	1.76
1655045--1655141	36	2.9	35	79	8	105	29	23	14	31	1.94
1655579--1655626	20	2.4	20	92	0	78	37	18	10	33	1.85
1655686--1655749	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1659843--1659895	20	2.7	20	88	11	74	32	18	11	37	1.87
1662453--1662477	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1666570--1666626	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
1666683--1666720	19	2.0	19	100	0	76	36	10	10	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1666757--1666795	13	3.0	13	96	0	69	30	12	15	41	1.85
1669273--1669339	27	2.4	28	85	11	86	22	38	19	19	1.93
1669324--1669492	51	3.3	51	80	4	194	30	26	10	32	1.90
1669158--1669602	212	2.1	211	89	2	680	28	27	13	30	1.94
1669258--1669633	107	3.5	106	72	10	338	26	28	14	30	1.95
1669506--1669660	79	2.0	80	85	6	217	26	27	15	30	1.96
1677468--1677535	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1677470--1677532	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1677489--1677513	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1677575--1677600	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1677555--1677621	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
1680082--1680150	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
1680027--1680420	107	3.7	105	74	11	352	27	27	14	30	1.95
1680137--1680312	52	3.4	52	75	15	159	28	26	12	32	1.92
1679969--1680312	104	3.3	103	72	14	306	29	26	12	31	1.92
1679967--1680362	212	1.9	212	88	4	611	28	27	13	30	1.94
1680320--1680521	78	2.6	78	82	3	228	25	29	16	28	1.97
1688377--1688444	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1688379--1688441	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1688398--1688422	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1688484--1688509	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1688464--1688530	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1690979--1691047	27	2.5	27	85	2	84	23	31	23	21	1.98
1691034--1691203	52	3.3	51	76	9	157	29	24	12	32	1.93
1690864--1691259	212	1.9	212	87	3	591	28	26	13	31	1.94
1691192--1691263	28	2.6	27	84	8	83	22	34	19	23	1.96
1691220--1691419	79	2.5	80	81	4	219	26	29	15	29	1.95
1697211--1697266	12	4.3	12	88	9	58	85	8	5	0	0.73
1697209--1697277	13	5.0	14	84	10	81	82	10	7	0	0.84
1697224--1697270	17	2.7	18	90	9	71	87	10	2	0	0.63
1697210--1697276	16	4.0	17	81	11	68	85	8	5	0	0.75
1698256--1699309	55	18.5	55	82	11	1112	26	28	20	24	1.99
1698256--1699309	343	3.1	338	89	3	1612	26	28	20	24	1.99
1698337--1699309	284	3.4	283	91	3	1470	26	28	20	24	1.99
1699526--1699550	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1699506--1699575	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
1699616--1699640	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1699649--1699769	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1702847--1703015	55	3.1	54	82	4	203	26	27	20	26	1.99
1705561--1705617	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
1705677--1705740	19	3.7	18	74	23	66	39	12	12	35	1.81
1705694--1705718	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1705677--1705737	32	1.9	32	93	0	104	37	13	13	36	1.83
1705780--1705805	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1705760--1705826	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1708277--1708352	27	2.8	28	85	2	91	25	35	21	18	1.95
1708337--1708505	51	3.3	51	79	4	185	30	25	10	33	1.90
1708381--1708505	53	2.4	54	81	6	159	30	24	11	33	1.90
1708168--1708517	51	6.6	51	68	14	151	29	26	12	32	1.92
1708171--1708615	212	2.1	211	89	2	671	28	26	13	31	1.94
1708226--1708646	107	3.9	106	72	10	338	27	27	14	30	1.95
1708519--1708673	79	2.0	80	87	6	226	26	28	15	29	1.96
1710108--1710151	23	1.9	23	85	0	61	31	9	22	36	1.86
1711048--1711142	28	3.4	28	91	0	136	21	23	30	25	1.99
1711140--1711315	28	6.2	28	80	9	180	25	16	30	28	1.97
1711140--1711279	57	2.5	57	89	0	208	25	17	29	28	1.97
1711067--1711235	93	1.8	92	82	3	214	20	20	31	27	1.97
1712534--1712621	15	5.7	14	72	16	59	2	4	12	80	0.95
1712534--1712572	18	2.2	17	86	9	51	2	0	12	84	0.72
1712545--1712623	11	7.0	11	70	11	52	2	5	11	81	0.96
1712534--1712601	32	2.1	33	81	10	79	2	1	13	82	0.86
1719767--1719825	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
1720106--1720131	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1720085--1720149	19	3.6	19	73	26	70	29	12	15	43	1.83
1720085--1720149	32	2.0	34	93	6	116	29	12	15	43	1.83
1722690--1722721	13	2.5	13	94	0	55	31	15	18	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1724796--1724833	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
1726632--1726680	21	2.3	23	82	13	68	22	16	4	57	1.56
1728561--1728619	32	1.9	30	83	13	75	61	10	8	20	1.54
1728900--1728925	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1728879--1728943	19	3.6	19	73	26	70	29	12	15	43	1.83
1728879--1728943	32	2.0	34	93	6	116	29	12	15	43	1.83
1730444--1730624	52	3.5	52	96	0	335	27	17	18	36	1.93
1730633--1730657	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1730702--1730770	19	3.6	19	96	2	120	39	18	10	31	1.84
1740452--1740849	28	14.0	28	76	10	303	23	18	28	29	1.98
1740452--1740849	85	4.7	84	80	9	396	23	18	28	29	1.98
1743151--1743176	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1743131--1743195	33	2.0	33	84	6	87	29	13	15	41	1.86
1743820--1743910	39	2.3	39	79	11	105	32	21	6	38	1.80
1745744--1745782	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
1754025--1754115	32	2.8	33	76	16	100	30	25	14	29	1.95
1754025--1754117	36	2.8	33	81	13	111	30	25	13	30	1.94
1754548--1754602	20	2.8	20	97	0	101	36	20	10	32	1.87
1754662--1754723	32	1.9	33	93	3	108	38	12	16	32	1.86
1754821--1754864	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
1757083--1757159	28	2.8	28	87	0	100	32	16	25	24	1.96
1757266--1757713	234	1.9	234	85	4	618	33	12	25	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1757509--1757854	51	6.6	51	72	13	197	31	11	26	29	1.92
1757561--1757632	27	2.6	27	82	8	92	23	19	31	25	1.98
1757615--1757853	51	4.6	51	83	2	282	32	10	26	30	1.89
1760253--1760304	19	2.6	21	87	6	72	34	15	11	38	1.83
1761188--1761422	61	3.9	61	79	7	230	27	18	27	26	1.98
1761247--1761638	215	1.8	215	85	7	553	27	18	28	25	1.98
1761464--1762275	55	14.4	55	83	6	876	24	20	27	27	1.99
1761666--1761751	27	3.1	27	63	3	73	29	20	24	25	1.99
1763361--1763422	11	5.4	11	90	3	88	0	1	11	87	0.62
1763350--1763424	1	75.0	1	77	0	60	0	2	10	86	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16