genome.fa.s50.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold50
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2541760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654207--654606	210	1.9	211	89	2	626	25	20	28	25	1.99
654411--654660	55	4.5	55	87	5	335	24	21	28	26	1.99
654413--654656	109	2.2	112	88	6	352	23	21	27	27	1.99
654205--654869	264	2.5	264	86	3	913	25	19	28	26	1.99
654461--654969	209	2.5	207	85	4	724	25	18	29	25	1.98
668382--668457	28	2.7	28	87	0	98	22	17	34	26	1.96
668440--668928	51	9.5	51	72	8	317	32	11	26	29	1.91
670238--670277	17	2.5	17	84	8	57	45	0	10	45	1.37
674951--675351	28	14.0	28	81	7	403	20	16	32	29	1.95
674951--675351	58	7.0	57	81	7	402	20	16	32	29	1.95
674951--675338	86	4.5	84	80	6	377	20	16	32	30	1.95
674986--675351	114	3.2	113	80	5	353	20	16	32	29	1.95
679413--679456	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
683341--683371	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
685166--685210	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
692056--692130	19	3.8	19	82	8	80	30	17	18	33	1.94
692175--692205	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
692159--692225	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
704967--705086	20	5.8	20	70	7	87	41	15	11	30	1.83
705069--705127	31	1.9	31	92	0	100	47	10	16	25	1.78
709185--709519	174	1.9	175	93	0	573	33	15	15	36	1.89
712566--712678	51	2.2	50	83	9	140	32	7	25	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712371--712993	122	4.9	127	81	8	761	33	12	24	29	1.92
712371--713012	252	2.5	252	94	1	1099	32	12	24	29	1.92
712818--712931	51	2.2	51	81	10	144	32	9	25	32	1.88
712870--713037	79	2.1	79	87	0	237	32	12	25	29	1.92
712997--713188	107	1.8	106	84	5	262	33	18	24	23	1.97
713104--713175	28	2.6	28	90	0	108	29	20	26	23	1.99
714854--714884	13	2.4	13	94	0	53	41	16	12	29	1.85
714839--714904	33	2.0	33	96	0	123	43	13	15	27	1.84
714815--714921	53	2.0	53	83	7	137	43	13	14	28	1.82
714868--714921	20	2.7	20	91	5	83	46	12	14	25	1.81
714869--715063	71	2.8	71	90	2	295	38	15	16	29	1.89
718240--718629	51	7.4	51	71	14	238	31	12	25	30	1.93
718293--718462	52	3.3	53	82	3	168	32	13	25	28	1.94
718130--718631	264	1.9	263	88	2	758	30	13	27	28	1.94
718445--718519	27	2.7	27	89	6	107	22	21	33	22	1.97
720896--720921	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
721584--722303	61	12.4	60	86	7	872	23	20	29	26	1.99
721584--722303	116	6.2	117	87	7	929	23	20	29	26	1.99
728387--728590	79	2.6	79	81	3	205	27	17	30	24	1.97
728604--728990	51	7.4	51	72	15	261	32	12	24	29	1.93
728604--728826	52	4.3	53	80	5	170	33	12	24	30	1.92
728494--728995	264	1.9	262	86	3	713	30	13	26	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728809--728883	27	2.7	29	85	6	102	24	20	32	24	1.98
731349--731374	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
731328--731394	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
732058--732938	61	15.1	60	87	6	1160	23	20	30	25	1.98
732037--732938	182	5.1	180	87	7	1195	24	20	29	25	1.99
738951--739042	28	3.3	28	87	0	139	29	14	28	28	1.95
739158--739234	28	2.7	29	84	7	88	22	18	36	23	1.95
739217--739439	52	4.3	51	76	8	207	33	11	23	30	1.91
739422--739496	27	2.7	27	89	6	107	22	21	33	22	1.97
741961--741986	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
741940--742006	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
742606--743453	61	14.4	60	85	7	1061	24	20	29	25	1.99
742607--743453	182	4.8	181	87	6	1108	24	20	29	25	1.99
742606--743453	116	7.2	116	87	5	1065	24	20	29	25	1.99
746033--746099	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
751683--751775	36	2.8	33	72	20	95	30	23	11	34	1.91
752234--752275	22	1.9	22	95	0	75	40	14	16	28	1.88
752332--752397	33	2.0	32	85	8	89	46	15	10	27	1.78
754945--755022	20	3.8	20	78	6	75	37	12	11	38	1.80
758776--758816	21	2.0	21	85	9	57	21	19	2	56	1.54
758798--758838	21	2.0	21	85	0	55	19	24	0	56	1.42
760392--760478	32	2.6	33	74	13	97	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760383--760480	36	2.9	35	80	8	116	28	25	13	32	1.93
760773--760817	21	2.2	21	84	11	58	22	8	24	44	1.81
761030--761056	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
768386--768424	20	2.0	20	89	0	60	33	15	10	41	1.81
772273--772822	155	3.5	154	76	8	515	41	17	12	28	1.86
772261--772903	155	4.1	156	74	9	506	40	16	13	29	1.87
777516--777541	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
777497--777561	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
779775--780212	156	2.8	154	78	5	479	39	19	15	25	1.91
781322--781561	52	4.6	52	81	3	227	25	23	15	35	1.94
781322--781560	103	2.3	104	82	2	275	25	23	15	35	1.94
782473--782525	20	2.6	21	85	11	74	30	15	9	45	1.77
800202--800249	20	2.3	20	86	10	62	83	14	0	2	0.74
800200--800249	10	4.5	11	80	14	50	82	16	0	2	0.77
800202--800249	15	3.4	14	78	21	55	83	14	0	2	0.74
801670--801991	29	11.1	29	85	3	407	30	29	16	23	1.96
801995--802123	49	2.8	45	80	10	138	24	24	18	32	1.97
801983--802754	52	15.6	49	76	10	544	25	26	16	32	1.96
802246--802419	87	2.0	87	89	0	267	28	25	18	28	1.98
802333--802714	101	3.8	101	85	2	426	25	25	16	32	1.96
802333--802754	153	2.8	150	80	6	440	25	26	16	32	1.96
803454--803507	21	2.7	21	85	5	76	37	11	16	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803560--803584	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
803540--803603	33	1.9	33	87	6	94	32	17	10	39	1.84
805557--805604	23	2.1	23	100	0	96	52	10	16	20	1.73
815062--815086	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
821397--821452	21	2.7	21	91	0	94	33	12	16	37	1.86
821484--821573	19	5.1	18	67	22	57	35	10	15	38	1.81
821530--821554	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
821509--821580	32	2.2	32	92	0	117	34	9	16	38	1.82
821607--821651	20	2.2	21	92	4	74	28	22	13	35	1.92
824017--824488	79	6.0	79	88	4	641	27	25	13	33	1.93
824441--824516	28	2.7	28	85	0	89	25	35	15	23	1.94
824361--824596	107	2.2	107	82	0	283	25	28	16	29	1.96
824286--824678	187	2.1	186	87	2	547	25	27	15	31	1.95
824472--824705	79	2.9	79	79	5	258	26	27	14	32	1.94
824206--824690	266	1.8	266	84	4	665	26	27	14	31	1.95
825282--825337	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
825389--825452	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
825407--825432	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
825389--825452	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
829160--829289	62	2.1	64	97	2	246	36	17	12	33	1.87
829559--829589	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
831671--831708	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831820--831865	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
833637--833692	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
833744--833807	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
833762--833787	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
833744--833807	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
842947--842993	15	3.1	15	82	11	53	82	14	0	2	0.75
844680--844705	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
848778--848808	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
850887--850912	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
855846--855876	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16