genome.fa.s50.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold50
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2541760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1263968--1264608	334	1.9	331	81	8	773	29	9	8	53	1.61
1275433--1275526	30	2.9	32	75	12	93	32	12	25	28	1.93
1277328--1277366	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
1277367--1277411	23	2.0	22	86	4	63	37	6	28	26	1.82
1277398--1277458	22	2.8	22	92	2	106	37	9	24	27	1.87
1277446--1277476	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1277500--1277636	53	2.6	53	92	1	229	27	17	17	37	1.92
1277606--1277676	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
1277716--1277756	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
1278306--1278339	16	2.1	16	100	0	68	41	0	11	47	1.40
1283557--1283601	23	2.0	22	86	4	63	37	6	28	26	1.82
1283588--1283670	22	3.8	22	98	1	159	37	12	24	26	1.90
1283658--1283688	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1283712--1283848	53	2.6	53	92	1	229	26	16	18	38	1.92
1283818--1283888	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
1283928--1283968	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
1284533--1284599	32	2.1	32	97	0	125	28	13	25	32	1.93
1284768--1284850	21	4.0	21	77	3	78	56	1	22	19	1.49
1288631--1289055	28	15.2	28	84	5	432	23	16	31	28	1.96
1288923--1289613	28	25.0	28	83	2	672	28	14	30	26	1.95
1300948--1300992	20	2.2	20	88	0	63	44	2	33	20	1.63
1302432--1302580	31	4.7	31	77	11	142	33	12	25	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1302411--1302580	65	2.7	65	84	6	197	35	10	26	27	1.89
1302388--1302578	31	5.9	31	72	14	138	34	11	25	28	1.91
1305944--1305989	17	2.6	17	93	3	74	84	15	0	0	0.62
1305945--1305991	20	2.4	19	92	3	76	87	12	0	0	0.55
1307076--1307113	17	2.2	17	90	0	58	23	28	7	39	1.83
1310457--1310501	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1312272--1312302	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1314378--1314403	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1314524--1314569	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1316208--1316257	24	2.1	24	100	0	100	36	4	40	20	1.71
1316947--1316972	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1318133--1318169	19	2.0	18	94	5	65	70	0	10	18	1.16
1318749--1318786	13	2.9	13	88	0	58	31	15	15	36	1.90
1328406--1328436	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1328386--1328452	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
1329054--1329087	16	2.1	17	89	10	54	29	35	0	35	1.58
1337135--1337198	33	1.9	32	84	12	85	31	15	14	39	1.87
1337188--1337341	77	2.0	77	92	0	254	33	15	16	34	1.90
1337307--1337362	19	2.8	21	81	10	71	35	17	12	33	1.88
1337348--1337374	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1337763--1337824	13	3.5	19	71	26	64	29	16	14	40	1.88
1337763--1337824	32	1.9	33	93	3	108	29	16	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1338729--1338838	42	2.6	42	79	2	123	25	25	15	33	1.95
1339842--1340495	162	3.9	165	81	8	666	29	11	7	51	1.65
1339854--1340486	169	3.8	161	81	8	607	29	10	8	51	1.66
1341127--1341173	24	2.0	24	91	8	78	80	0	17	2	0.80
1341125--1341171	13	3.8	12	83	11	60	80	0	17	2	0.80
1341126--1341174	11	4.4	11	82	17	57	81	0	16	2	0.78
1341961--1342337	161	2.3	161	84	4	472	38	10	10	40	1.75
1347270--1347346	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
1347329--1347502	52	3.4	50	81	8	199	32	10	25	31	1.90
1347221--1347712	262	1.9	261	93	1	860	31	13	27	28	1.93
1347614--1347713	52	1.9	52	83	4	130	36	8	24	32	1.84
1350084--1350109	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1350096--1350137	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
1350154--1350226	32	2.3	32	82	0	92	34	15	12	38	1.84
1351032--1351170	46	3.1	44	77	16	160	46	12	23	17	1.82
1351034--1351204	43	4.0	41	77	19	145	44	12	24	18	1.84
1351177--1351384	55	3.6	59	78	10	193	25	19	28	25	1.99
1351244--1351384	55	2.6	55	90	1	212	21	21	30	26	1.98
1351195--1351590	210	1.9	211	85	3	548	25	20	28	26	1.99
1351398--1351870	55	8.4	55	81	9	474	23	20	28	27	1.99
1351455--1352025	110	5.2	108	75	14	487	23	20	29	26	1.99
1351398--1351849	225	2.0	226	84	6	599	23	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1354179--1354250	30	2.4	30	95	0	126	6	12	44	36	1.69
1354203--1354254	15	3.5	15	69	10	52	5	11	50	32	1.62
1358072--1358148	28	2.8	28	83	0	82	23	19	33	23	1.97
1358131--1358350	51	4.3	51	82	1	215	32	10	26	29	1.90
1358131--1358304	52	3.4	50	83	5	213	32	10	26	30	1.90
1358388--1358488	52	1.9	53	85	2	141	33	9	25	30	1.89
1360864--1360915	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1360872--1360934	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
1360864--1360936	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
1360903--1360964	19	3.2	19	73	13	63	27	16	14	41	1.87
1360987--1361063	21	3.7	21	91	0	118	35	16	10	37	1.83
1361183--1361384	88	2.3	87	92	3	332	29	29	17	22	1.97
1361588--1361754	20	7.8	20	66	15	82	31	14	13	41	1.84
1361588--1361665	40	2.0	39	84	2	102	32	12	14	41	1.83
1361575--1361785	92	2.3	92	95	2	381	28	15	12	42	1.84
1361680--1361757	40	2.0	39	87	2	111	33	12	14	39	1.84
1375670--1375717	10	4.6	10	85	15	62	85	8	4	2	0.80
1375670--1375707	19	2.0	20	94	5	69	89	7	2	0	0.57
1376939--1378262	28	45.9	29	84	6	1547	28	31	17	22	1.97
1376935--1378262	57	23.0	57	84	6	1536	28	31	17	22	1.97
1378775--1378849	20	3.8	20	74	0	78	34	12	12	41	1.79
1378867--1378944	20	3.9	19	78	6	75	34	11	12	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1378762--1378972	92	2.3	92	93	2	354	30	14	11	43	1.81
1378867--1378944	40	2.0	39	82	7	95	34	11	12	41	1.80
1381561--1381908	167	2.1	167	98	1	671	28	19	17	35	1.94
1384762--1384835	19	3.7	19	85	8	87	27	17	18	36	1.94
1393615--1393659	22	2.0	22	91	8	74	33	11	17	37	1.85
1393613--1393667	22	2.7	20	81	15	67	34	12	16	36	1.87
1394689--1394773	35	2.4	35	86	3	109	34	11	10	43	1.76
1394699--1394809	35	3.2	35	81	2	125	31	11	12	44	1.78
1396003--1396144	34	4.1	34	80	5	144	32	16	13	38	1.87
1396001--1396145	69	2.1	68	82	7	177	33	15	13	37	1.86
1398776--1398814	21	1.9	20	89	5	60	23	23	12	41	1.88
1403623--1403845	114	2.0	114	88	1	331	33	15	15	35	1.89
1404972--1405036	32	2.0	32	93	0	112	32	10	7	49	1.66
1407558--1407717	80	2.0	80	97	0	302	27	16	18	38	1.92
1410229--1410266	20	2.0	20	94	5	69	36	10	15	36	1.82
1410301--1410354	20	2.7	20	85	5	74	37	16	12	33	1.87
1413062--1414199	61	18.8	61	79	6	1118	25	25	19	29	1.99
1415066--1415091	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1415364--1415414	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
1417778--1418162	52	7.4	52	68	13	218	29	27	11	30	1.92
1417884--1417934	27	1.9	26	100	0	93	29	33	15	21	1.94
1417942--1418162	51	4.3	51	79	2	210	29	26	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1417942--1418162	102	2.1	103	86	3	302	29	26	12	31	1.92
1418145--1418226	28	2.9	29	84	8	98	24	31	17	26	1.97
1421905--1421977	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
1421922--1421998	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
1421905--1421998	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
1422037--1422062	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1422364--1422406	22	1.9	22	81	13	52	18	16	9	55	1.67
1425391--1425421	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1427500--1427538	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1429354--1429449	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16