genome.fa.s50.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold50
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2541760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059794--2059983	54	3.5	54	85	7	269	32	13	30	24	1.94
2059794--2059982	82	2.3	82	82	6	233	32	13	29	24	1.94
2060034--2060209	51	3.7	51	69	18	171	40	12	17	29	1.86
2060034--2060228	90	2.2	91	87	2	286	42	12	16	29	1.84
2060102--2060239	70	2.0	71	86	4	199	42	12	16	28	1.84
2060034--2060228	20	8.7	20	67	23	95	42	12	16	29	1.84
2061147--2061177	16	1.9	16	93	0	53	16	22	12	48	1.80
2065190--2065214	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2071763--2071916	79	1.9	79	86	0	218	34	11	25	28	1.90
2071876--2071947	28	2.6	28	91	4	110	27	19	30	22	1.98
2071795--2072027	107	2.2	107	85	3	299	31	15	27	26	1.96
2071902--2072314	79	5.2	79	90	1	641	30	16	27	25	1.97
2072301--2072534	51	4.6	51	84	1	281	32	10	25	31	1.90
2072250--2072534	102	2.8	103	83	3	351	32	11	25	30	1.91
2074937--2074988	19	2.6	20	88	11	72	28	13	15	42	1.85
2078190--2078253	31	2.1	31	100	0	128	35	18	28	17	1.93
2079430--2079468	20	1.9	21	94	5	71	33	10	20	35	1.86
2079529--2079554	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2079627--2079679	20	2.7	20	87	0	88	35	18	16	28	1.93
2081949--2081989	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
2090885--2090953	21	3.4	19	82	11	75	82	13	2	1	0.85
2092232--2092850	28	21.6	28	80	6	494	27	31	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094955--2094987	16	2.1	16	94	0	57	60	12	12	15	1.59
2095917--2095974	20	2.9	20	84	0	89	29	17	12	41	1.85
2095988--2096040	20	2.7	20	93	0	88	26	15	13	45	1.82
2095908--2096042	71	1.9	71	82	0	171	26	17	11	45	1.81
2096157--2096271	27	4.2	27	85	1	131	23	31	17	27	1.97
2096282--2096855	86	6.5	86	78	11	405	29	28	18	24	1.98
2096277--2096855	28	19.6	29	79	10	392	29	27	17	24	1.98
2096272--2096875	58	10.2	56	75	12	372	29	27	18	25	1.98
2096274--2096876	32	20.3	30	79	11	421	29	27	17	25	1.98
2096971--2097253	46	6.1	46	87	3	345	22	27	16	33	1.95
2096988--2097062	25	3.2	25	67	18	70	22	28	18	30	1.97
2096980--2097296	46	6.7	48	84	2	335	21	25	17	35	1.95
2098144--2098298	55	2.9	54	82	6	190	25	32	12	30	1.92
2098137--2098298	27	5.9	27	80	5	182	25	31	13	29	1.94
2098145--2098298	82	1.9	82	87	5	231	25	31	12	30	1.92
2098481--2098803	28	11.1	28	79	5	270	29	30	17	21	1.97
2098481--2098725	58	4.3	58	78	5	160	31	29	17	21	1.96
2098503--2098803	86	3.5	84	81	5	287	29	30	17	22	1.97
2098532--2098803	58	4.7	56	80	7	249	29	30	18	22	1.97
2098312--2098803	32	16.5	30	77	9	259	30	29	18	22	1.97
2098926--2098997	25	3.1	25	68	24	75	27	23	12	36	1.91
2098920--2099288	46	7.9	46	89	2	427	21	27	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099991--2100045	20	2.8	20	80	0	74	32	12	12	41	1.81
2099978--2100114	71	1.9	71	89	2	213	31	17	10	40	1.84
2100060--2100136	20	3.8	20	76	10	68	32	16	10	40	1.83
2100008--2100174	91	1.8	91	82	7	214	30	17	11	40	1.86
2107158--2107182	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2107219--2107269	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
2107355--2107476	52	2.3	52	95	0	226	35	18	18	27	1.95
2110936--2110993	20	2.8	21	84	2	82	32	8	13	44	1.75
2111011--2111108	19	5.7	19	69	27	76	36	16	12	34	1.86
2111006--2111106	32	3.1	32	94	1	175	35	16	11	35	1.86
2111030--2111086	13	3.9	13	72	24	51	33	15	14	36	1.88
2111502--2111560	29	2.0	29	100	0	118	13	23	16	45	1.83
2112021--2112427	43	8.9	43	76	13	336	30	18	26	25	1.98
2111909--2112542	49	13.1	49	75	13	551	31	17	26	25	1.97
2111975--2112427	92	4.9	92	88	1	654	30	17	25	25	1.97
2112411--2112446	17	2.1	17	100	0	72	30	25	27	16	1.97
2112319--2112536	109	2.0	109	90	0	346	29	18	26	25	1.98
2112542--2112710	32	5.2	33	91	3	274	19	17	34	27	1.95
2112717--2113382	31	20.7	31	72	16	328	32	14	33	20	1.92
2112717--2113262	100	5.5	95	77	10	419	32	13	33	19	1.91
2112717--2113262	131	4.1	134	77	9	570	32	13	33	19	1.91
2112978--2113167	61	3.0	63	88	5	267	31	13	34	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2112905--2113381	161	3.0	159	81	10	512	32	13	33	20	1.92
2112692--2113265	231	2.5	228	81	9	620	32	13	33	20	1.91
2113107--2113265	34	4.7	34	80	8	164	31	13	33	21	1.92
2113243--2113288	23	2.0	23	95	0	83	17	21	32	28	1.96
2114332--2114369	14	2.8	13	88	11	58	0	0	10	89	0.49
2114331--2114371	17	2.4	17	92	8	66	0	0	12	87	0.53
2114411--2114443	14	2.3	15	89	5	50	0	9	6	84	0.76
2114668--2114750	37	2.2	38	78	6	89	7	8	15	68	1.37
2114697--2114752	18	3.1	18	76	5	58	7	3	17	71	1.23
2121698--2121722	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2121834--2121875	21	2.0	21	85	0	57	38	14	11	35	1.83
2135546--2135593	18	2.6	18	86	6	60	85	2	12	0	0.69
2135545--2135620	22	3.6	21	84	10	84	82	9	7	0	0.83
2135550--2135629	25	3.2	24	81	13	83	81	11	7	0	0.88
2135587--2135629	20	2.3	18	92	8	68	81	18	0	0	0.69
2135564--2135627	22	3.0	21	86	9	76	81	14	4	0	0.85
2137068--2137157	29	3.1	30	73	9	105	30	27	15	26	1.96
2137130--2137274	33	4.3	34	78	7	125	20	32	12	34	1.90
2137265--2137335	30	2.5	28	83	4	88	35	30	16	16	1.92
2137346--2137584	91	2.5	94	81	11	297	25	27	16	30	1.97
2137346--2137618	101	2.8	97	85	6	317	26	27	16	30	1.96
2137350--2137678	101	3.4	102	80	8	283	25	27	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137801--2137987	48	3.8	49	83	6	209	23	25	19	31	1.98
2137786--2138035	97	2.5	102	80	10	307	24	26	17	32	1.97
2137390--2138052	52	13.1	50	70	12	315	23	26	16	33	1.96
2138777--2138873	19	5.8	18	68	27	79	34	11	16	38	1.84
2138779--2138881	32	3.2	32	94	0	179	33	11	17	36	1.86
2138830--2138854	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2138959--2139087	52	2.5	52	89	0	204	37	17	16	29	1.91
2142404--2143098	27	25.7	27	78	7	599	25	32	14	27	1.94
2142403--2143112	82	8.7	81	76	9	518	25	32	14	28	1.94
2142972--2143013	18	2.3	18	100	0	84	26	47	4	21	1.70
2142868--2143098	127	1.8	128	83	6	308	23	32	15	28	1.95
2143118--2143713	28	20.1	28	83	6	458	30	30	18	20	1.97
2143118--2143753	32	21.2	32	82	8	441	30	30	18	21	1.97
2143103--2143733	58	10.6	57	79	7	514	30	30	18	21	1.97
2143673--2143753	31	2.5	34	84	6	105	34	30	13	20	1.92
2143833--2144154	46	6.9	46	91	2	421	20	26	17	35	1.95
2144858--2145037	20	8.4	20	75	12	135	30	16	13	39	1.88
2144872--2145087	91	2.4	91	92	0	360	29	17	13	39	1.88
2149551--2149587	13	2.8	13	91	0	56	32	13	18	35	1.90
2153065--2153128	33	2.0	33	87	3	94	39	17	15	28	1.90
2159695--2159739	20	2.1	21	84	8	56	20	46	26	6	1.75
2161111--2161142	16	2.0	16	93	0	55	40	6	15	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161748--2161800	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
2161860--2161885	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2161842--2161905	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
2163361--2163398	3	12.7	3	88	0	58	28	31	0	39	1.57
2165230--2165293	19	3.7	19	72	23	77	39	15	14	31	1.87
2165232--2165329	32	3.0	32	91	5	153	38	16	13	31	1.87
2165281--2165306	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2169101--2169130	10	3.1	10	90	9	53	60	10	0	30	1.30
2169090--2169131	9	4.4	9	85	8	57	54	9	2	33	1.46
2169090--2169130	19	2.1	20	90	4	66	56	9	2	31	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16