genome.fa.s50.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold50
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2541760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858228--858280	9	5.0	11	76	23	60	28	35	0	35	1.58
858224--858280	21	2.7	21	94	0	105	28	36	0	35	1.58
859874--859899	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
859854--859917	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
860328--861228	475	1.9	475	86	3	1294	37	11	17	33	1.86
861824--861877	20	2.7	20	82	2	72	42	9	14	33	1.78
861997--862052	3	18.7	3	84	0	76	26	35	0	37	1.57
861992--862054	9	7.3	9	80	10	60	23	34	0	41	1.55
863623--863661	20	2.0	20	94	0	69	38	15	15	30	1.88
864168--864212	6	6.9	7	80	10	51	0	11	4	84	0.76
864167--864226	26	2.3	26	78	13	70	5	11	3	80	1.00
866840--866873	14	2.4	14	90	0	50	52	11	2	32	1.53
868182--868218	14	2.6	14	95	0	65	40	5	29	24	1.77
868382--868430	23	2.1	24	88	3	73	32	2	0	65	1.04
872815--872890	29	2.7	26	80	13	89	52	1	0	46	1.08
872965--873035	35	2.1	34	82	10	83	46	0	0	53	1.00
872971--873083	61	1.9	60	83	7	149	48	0	0	49	1.13
874557--874602	22	2.1	22	95	0	83	41	4	10	43	1.59
875579--875769	95	2.0	96	96	1	357	35	16	9	38	1.81
883622--883886	132	2.0	132	91	1	433	39	5	4	50	1.44
886817--887400	167	3.5	164	77	6	518	32	10	9	47	1.71
887727--887777	11	4.5	11	85	7	59	80	1	17	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887726--887777	12	4.5	12	85	9	65	80	1	17	0	0.80
889275--889732	155	3.0	152	76	7	456	24	16	19	38	1.92
890042--890191	48	3.1	48	99	0	291	37	8	19	35	1.81
890968--891019	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
893219--893269	21	2.4	21	77	12	59	52	3	21	21	1.62
897179--897216	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
899072--899123	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
903663--903690	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
903735--903805	32	2.2	32	90	5	108	39	14	11	35	1.81
905944--905970	14	1.9	14	100	0	54	44	11	29	14	1.80
906384--906419	16	2.2	16	90	0	54	86	2	11	0	0.68
907468--907676	43	4.8	43	71	13	142	22	17	14	44	1.85
907604--907676	20	3.5	20	70	18	58	24	16	13	45	1.84
909099--909167	20	3.5	20	97	0	129	31	18	10	39	1.84
913457--913524	20	3.8	20	74	25	87	36	17	11	33	1.86
913455--913540	13	7.5	13	68	28	70	37	17	11	33	1.86
913455--913535	33	2.5	33	97	0	153	38	18	11	32	1.86
913455--913556	33	3.1	33	91	2	134	37	17	11	33	1.86
913585--913657	20	3.7	19	83	3	74	36	19	16	27	1.93
913588--913638	19	2.6	20	87	3	68	35	19	17	27	1.94
914182--914237	22	2.5	22	94	0	94	23	35	3	37	1.72
917124--917149	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919366--919410	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
921214--921244	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
923317--923342	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
925878--925903	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
932243--932273	13	2.4	13	94	0	53	35	6	16	41	1.74
932322--932371	18	2.7	18	81	3	55	42	14	10	34	1.78
932359--932394	13	2.8	13	95	4	65	41	16	13	27	1.87
932785--932841	19	2.9	19	86	2	78	33	15	17	33	1.92
932870--932920	20	2.5	20	90	6	77	31	9	19	39	1.84
933357--933656	148	2.0	148	99	0	591	33	11	25	29	1.91
935294--935336	21	2.1	21	87	12	63	53	9	13	23	1.69
935655--935688	17	2.0	17	100	0	68	52	11	11	23	1.70
939172--939198	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
941073--941114	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
941708--941734	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
941718--941774	19	2.9	19	84	2	78	33	15	15	35	1.90
941803--941856	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
945775--945808	15	2.2	16	89	5	52	76	5	11	5	1.14
946685--946819	27	5.0	27	89	1	162	22	31	15	30	1.95
946685--946846	55	3.0	55	86	2	213	23	31	16	29	1.96
946677--946944	82	3.2	84	80	8	253	25	30	16	27	1.97
946931--947617	32	22.6	32	78	7	510	31	27	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
946808--947625	124	6.8	122	76	11	520	30	27	18	23	1.97
946965--947617	156	4.3	156	81	6	641	31	28	17	22	1.97
946817--947625	32	26.8	31	77	11	439	30	27	18	23	1.97
947742--947844	48	2.1	48	89	0	152	21	30	13	34	1.92
947771--947873	48	2.1	48	92	0	170	18	28	16	36	1.92
948604--948678	20	3.8	20	81	0	96	33	13	12	41	1.81
949964--949998	10	3.5	10	96	0	61	22	31	20	25	1.98
950022--950047	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
950108--950162	20	2.6	21	80	8	58	30	12	16	40	1.86
950148--950172	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
952635--952672	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
953874--953991	52	2.3	52	88	2	166	30	11	27	31	1.91
956318--956343	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
957076--957167	42	2.2	42	77	7	100	38	9	31	20	1.85
957195--957415	42	5.1	41	80	12	248	40	14	27	17	1.88
957260--957781	248	2.1	248	91	0	846	33	17	26	21	1.96
957509--957663	42	3.6	42	81	11	156	40	15	25	19	1.90
957702--957841	55	2.6	55	88	4	203	21	22	30	26	1.99
957855--958162	55	5.4	56	81	10	313	25	21	26	25	1.99
957706--957991	155	1.9	149	84	5	385	23	20	29	26	1.99
957855--958142	116	2.5	116	83	7	343	26	20	27	25	1.99
958023--958320	155	2.0	148	82	7	366	26	19	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958184--958380	55	3.5	55	86	5	216	21	20	30	27	1.98
957971--958585	210	2.9	210	89	0	917	25	20	28	25	1.99
958392--959246	55	15.5	55	74	12	610	24	21	27	26	1.99
958392--960402	171	12.1	171	71	16	921	25	21	28	25	1.99
958923--959220	61	5.1	60	82	8	323	25	19	29	25	1.98
958733--959108	206	1.9	200	87	5	558	24	21	28	25	1.99
958923--959245	116	2.8	115	79	11	349	26	19	28	25	1.99
959265--959632	55	6.3	58	84	7	364	25	20	27	26	1.99
959265--959629	110	3.2	112	83	9	416	24	21	27	26	1.99
959462--959609	27	5.3	29	59	21	73	22	20	29	27	1.99
957647--963055	713	7.6	705	81	10	4161	25	20	28	25	1.99
959653--959937	60	4.8	60	87	8	406	23	20	30	25	1.98
959762--960153	214	1.8	216	89	3	621	25	20	29	24	1.99
959978--960404	55	7.4	60	85	3	364	25	22	27	24	2.00
959983--960402	110	3.7	114	84	7	423	25	22	27	24	2.00
960179--960324	29	5.2	29	59	15	74	23	21	29	24	1.99
960096--960402	55	5.5	55	86	5	409	24	23	27	25	2.00
960408--960705	61	5.1	60	83	9	343	24	20	29	25	1.99
960418--960731	55	5.5	55	81	10	328	24	21	28	26	1.99
960408--960731	116	2.8	115	78	13	351	25	20	28	25	1.99
960418--960733	171	1.8	171	90	2	510	24	21	28	25	1.99
959979--962899	265	10.6	271	72	18	1039	25	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960541--962900	210	10.8	203	69	21	617	25	20	28	25	1.99
960750--961117	55	6.3	58	84	7	339	25	21	27	26	1.99
960947--961094	27	5.3	29	59	21	73	22	20	29	27	1.99
960863--961117	55	4.6	54	85	7	348	23	21	27	27	1.99
961187--962479	55	23.6	55	68	13	450	24	21	28	25	1.99
960482--962148	768	2.2	764	74	13	819	25	21	28	25	1.99
961283--961424	29	5.1	29	60	16	75	19	23	28	28	1.98
961441--961738	61	5.1	60	83	9	343	24	20	29	25	1.99
961441--961764	116	2.8	115	78	13	351	25	20	28	25	1.99
961451--961766	171	1.8	171	90	2	510	24	21	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16