genome.fa.s50.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold50
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2541760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171219--2171244	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2171199--2171263	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2171293--2171347	20	2.7	21	80	2	67	32	14	14	38	1.87
2173815--2173853	13	3.0	13	88	0	51	35	15	15	33	1.89
2175075--2175146	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2175135--2175471	52	6.4	52	67	17	169	32	12	25	29	1.92
2175291--2175361	27	2.6	27	86	6	90	23	22	30	22	1.99
2175021--2175413	107	3.7	105	70	14	275	30	14	27	27	1.95
2175350--2175468	51	2.3	53	82	7	136	34	10	21	32	1.89
2177831--2177856	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2177810--2177876	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2177896--2177995	19	5.9	18	73	26	103	39	15	11	35	1.82
2177901--2177993	32	2.9	32	96	0	168	38	16	10	34	1.83
2178096--2178136	11	3.6	12	83	9	59	14	0	0	85	0.60
2178843--2178929	28	3.1	28	62	21	65	22	21	29	25	1.99
2178823--2179775	55	17.3	55	91	3	1449	20	20	30	28	1.97
2178869--2178958	26	3.3	26	69	19	76	20	18	33	27	1.96
2178897--2178987	29	3.2	28	68	20	82	20	18	32	27	1.96
2180768--2180811	23	1.9	23	90	9	72	0	6	6	86	0.71
2180775--2180813	14	2.7	14	84	4	51	0	7	5	87	0.68
2180781--2180813	13	2.5	13	95	0	57	0	9	3	87	0.63
2193374--2193445	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193434--2193770	52	6.4	52	68	17	194	31	12	26	29	1.93
2193590--2193660	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
2193320--2193712	107	3.7	106	72	11	343	30	14	27	27	1.95
2193367--2193772	212	1.9	212	89	3	638	31	13	27	28	1.94
2193649--2193767	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
2196132--2196157	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2196111--2196177	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2196197--2196264	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2196219--2196243	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2196200--2196262	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2196320--2196376	21	2.7	21	94	0	96	36	19	8	35	1.83
2197109--2197195	28	3.1	28	62	21	65	22	21	29	25	1.99
2197089--2198044	55	17.3	55	90	3	1437	20	20	30	28	1.97
2197135--2197224	26	3.3	26	69	19	76	20	18	33	27	1.96
2197163--2197253	29	3.2	28	68	20	82	20	18	32	27	1.96
2197912--2197997	26	3.2	26	65	20	68	18	18	33	29	1.95
2199011--2199082	8	9.4	8	72	11	53	1	11	4	83	0.85
2199037--2199078	22	1.9	22	85	9	59	2	7	4	85	0.80
2199045--2199083	13	2.9	13	92	3	60	2	7	5	84	0.84
2204512--2204563	21	2.5	20	78	9	59	23	9	3	63	1.41
2206180--2206205	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2206160--2206224	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208356--2208422	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2208892--2208930	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
2208926--2209009	41	2.0	42	90	2	134	36	10	19	33	1.86
2209026--2209056	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
2209151--2209205	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
2215185--2215392	105	2.0	105	92	0	344	37	13	14	34	1.86
2216027--2216056	15	2.1	15	93	6	53	83	0	10	6	0.81
2222381--2222472	20	4.7	19	73	10	69	35	15	18	30	1.92
2234308--2234375	20	3.4	20	81	0	82	35	11	11	41	1.78
2236246--2236271	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2237372--2237397	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2239617--2239661	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2241465--2241495	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2243349--2243380	8	4.0	8	100	0	64	12	0	25	62	1.30
2243581--2243606	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2245381--2245502	59	2.1	59	100	0	244	40	3	19	36	1.68
2246220--2246245	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2248827--2248863	13	2.8	13	100	0	74	40	16	13	29	1.86
2250941--2250971	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2252773--2252817	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2257289--2257331	21	2.0	22	86	13	63	60	9	0	30	1.28
2258007--2258061	25	2.2	24	75	12	58	60	3	1	34	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259375--2259410	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2260433--2260509	7	11.1	7	75	18	63	42	0	0	57	0.99
2260436--2260525	15	5.7	17	71	17	61	42	0	0	57	0.98
2260436--2260525	24	3.8	24	82	5	112	42	0	0	57	0.98
2260447--2260523	23	3.3	23	82	10	77	41	0	0	58	0.98
2260403--2260519	9	13.1	9	69	19	50	41	0	1	57	1.09
2262810--2263512	236	3.0	236	94	0	1183	36	16	18	28	1.92
2267943--2267969	13	2.1	13	100	0	54	29	14	22	33	1.94
2273771--2273812	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2274626--2274651	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2276727--2276778	2	26.0	2	92	0	86	48	0	3	48	1.20
2278217--2278250	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2279998--2280090	25	3.7	24	71	24	66	50	0	0	49	1.00
2280015--2280081	31	2.1	34	83	8	86	55	0	0	44	0.99
2280058--2280120	14	4.5	14	75	13	58	34	0	1	63	1.04
2280976--2281018	21	2.1	20	82	4	50	37	0	2	60	1.10
2281149--2281212	2	32.0	2	90	0	101	51	3	0	45	1.17
2281141--2281212	14	5.1	14	91	0	108	51	5	0	43	1.25
2281525--2281557	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2281977--2282031	27	2.0	27	82	6	67	29	1	1	67	1.11
2281972--2282071	11	9.3	11	68	12	55	31	4	3	62	1.29
2282758--2282806	24	2.0	24	88	7	73	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2283833--2283872	18	2.4	16	80	15	53	37	0	2	60	1.11
2284207--2284249	13	3.4	13	87	6	61	83	0	13	2	0.74
2284207--2284249	19	2.2	20	84	12	54	83	0	13	2	0.74
2286670--2286742	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2286670--2286764	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
2286803--2286828	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2288353--2288540	97	1.9	97	82	4	236	36	9	22	31	1.86
2288933--2288987	20	2.8	20	88	0	92	41	7	16	34	1.76
2289033--2289084	20	2.6	20	100	0	104	40	9	19	30	1.83
2288932--2289167	100	2.4	100	97	0	445	43	13	13	29	1.82
2292022--2292047	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2292002--2292065	32	2.0	33	87	3	94	29	14	17	39	1.88
2294612--2294637	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2294623--2294676	20	2.7	20	100	0	108	51	11	14	22	1.73
2296739--2296769	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2298572--2298616	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2300832--2300857	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2300812--2300875	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2300812--2300882	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2300949--2300977	15	1.9	15	100	0	58	20	13	17	48	1.81
2303145--2303171	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2308424--2308507	34	2.5	34	100	0	168	21	0	36	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308328--2308687	180	2.0	180	99	0	711	29	4	29	36	1.77
2308604--2308739	34	4.0	34	97	0	245	19	0	38	41	1.56
2308645--2308781	9	12.0	12	66	22	55	21	0	37	39	1.59
2308706--2308761	22	2.5	22	94	0	94	19	1	39	39	1.62
2308679--2308790	56	2.0	56	92	0	188	22	0	37	39	1.60
2308735--2308801	34	1.9	34	84	6	89	28	1	31	38	1.66
2314358--2314398	19	2.2	19	86	8	57	31	0	14	53	1.41
2314657--2314697	22	1.9	21	85	14	57	31	19	0	48	1.49
2316964--2317021	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
2320055--2320176	62	2.0	62	100	0	244	29	11	31	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16