genome.fa.s75.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold75
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1998514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3879--3909	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
10306--10346	20	2.0	21	85	4	57	39	7	14	39	1.74
18479--18513	14	2.6	14	95	4	63	40	0	17	42	1.49
25661--25692	10	3.4	10	83	16	50	50	9	0	40	1.35
26646--26672	10	2.7	10	100	0	54	44	11	0	44	1.39
35366--35400	17	2.0	17	88	5	52	37	2	5	54	1.39
36075--36109	14	2.5	14	100	0	70	42	22	25	8	1.82
43298--43482	52	3.6	51	82	6	228	33	10	25	29	1.90
45835--45860	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
45814--45880	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
45900--45999	19	5.9	18	73	26	103	38	15	12	35	1.84
45922--45978	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
45903--45997	32	3.0	32	98	0	181	36	15	12	34	1.86
46742--48141	59	24.3	58	88	5	1783	24	19	28	27	1.99
46742--48115	226	6.0	227	88	5	1819	24	19	28	27	1.99
49134--49175	12	3.4	12	86	3	57	0	2	14	83	0.75
49130--49175	18	2.6	17	86	6	56	0	2	15	82	0.76
56000--56024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56065--56131	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
56087--56111	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
67739--67764	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
67718--67784	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67804--67903	19	5.9	18	73	26	103	38	15	12	35	1.84
67826--67882	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
67807--67901	32	3.0	32	98	0	181	36	15	12	34	1.86
70006--70031	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
74151--74207	19	2.9	19	86	2	78	31	19	14	35	1.91
74256--74280	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
74236--74300	33	2.0	33	87	6	96	30	13	16	38	1.88
78198--78232	18	1.9	18	88	11	54	45	11	5	37	1.64
78682--78858	46	4.0	46	84	11	262	42	5	12	39	1.66
78692--78860	84	2.0	84	96	0	311	40	5	13	40	1.68
78980--79024	21	2.3	19	75	14	54	40	26	0	33	1.57
78844--79119	127	2.2	127	92	1	448	33	22	2	41	1.66
80975--81010	13	2.8	13	95	0	63	33	8	19	38	1.82
81801--81827	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
81811--81868	19	3.1	18	88	11	89	34	15	17	32	1.91
81782--81846	32	2.0	33	87	3	96	30	13	15	40	1.86
81812--81867	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
89788--89844	29	2.0	29	82	6	71	14	10	12	63	1.53
90594--90646	19	2.7	20	94	2	90	30	15	20	33	1.93
90675--90728	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
94981--95020	21	1.9	21	85	10	55	20	20	0	60	1.37
103067--103093	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103080--103213	50	2.7	50	86	8	182	31	14	12	41	1.83
108144--108510	182	2.0	182	93	2	630	39	19	22	19	1.93
108927--108963	3	12.3	3	100	0	74	35	0	32	32	1.58
110316--110367	19	2.7	20	87	3	70	42	11	15	30	1.82
111023--111080	28	2.0	29	83	9	75	20	22	3	53	1.60
112957--112995	13	3.0	13	92	0	60	38	10	17	33	1.84
118056--118111	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
118181--118206	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
118163--118228	32	2.0	32	88	8	96	45	15	12	27	1.81
123055--123089	13	2.7	13	95	0	61	34	11	17	37	1.85
132291--132361	19	3.7	19	98	0	124	43	14	11	30	1.80
132814--132868	17	3.2	17	82	12	69	78	0	1	20	0.85
132815--132865	9	5.9	9	76	17	54	78	0	1	19	0.85
132819--132863	15	2.9	15	84	12	56	77	0	2	20	0.87
132814--132869	26	2.2	25	81	12	69	76	0	1	21	0.87
133956--134009	13	4.2	13	83	4	74	68	25	5	0	1.11
133956--134009	25	2.2	25	96	0	99	68	25	5	0	1.11
139490--139524	17	2.1	17	88	0	52	85	2	8	2	0.79
141433--143532	42	50.2	42	70	10	839	18	27	17	36	1.93
141833--143532	84	20.2	83	75	7	938	18	27	17	36	1.93
144122--144169	22	2.1	22	84	7	60	77	0	2	20	0.88
144134--144175	15	2.7	15	75	17	50	73	0	2	23	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144122--144175	24	2.2	24	83	6	65	75	0	1	22	0.89
144122--144173	17	3.2	16	76	15	54	76	0	1	21	0.87
144418--144450	10	2.9	12	82	17	52	18	24	15	42	1.88
144792--144870	33	2.4	33	87	4	106	51	15	15	17	1.76
145446--145486	21	1.9	22	85	5	57	17	9	9	63	1.51
148420--148446	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
148432--148483	19	2.6	20	81	9	61	34	11	17	36	1.86
148532--148562	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
148516--148582	33	2.0	33	86	11	93	37	13	16	32	1.88
150994--151019	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
151058--151134	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
151079--151151	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
151058--151151	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
151705--151800	48	2.0	48	97	0	183	26	29	8	36	1.85
153641--153678	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
155758--155788	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
159848--159873	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
159933--160005	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
159912--160005	41	2.3	41	94	0	161	29	15	12	41	1.85
159912--159988	21	3.7	21	77	6	86	28	14	11	45	1.80
161163--161224	33	1.9	32	90	3	97	27	12	17	41	1.86
162893--162926	16	2.2	16	89	5	52	50	2	5	41	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166152--166205	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
166238--166292	19	2.8	20	78	13	69	36	18	10	34	1.86
166273--166299	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
171287--171340	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
171373--171427	19	2.8	20	78	13	69	36	18	10	34	1.86
171408--171434	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
179748--179773	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
179833--179905	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
179812--179888	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
179812--179905	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
180457--180552	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
182393--182431	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
184510--184540	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
188602--188627	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
188687--188759	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
188666--188742	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
188666--188759	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
192105--192221	56	2.1	56	83	3	146	29	16	10	43	1.81
192580--192647	35	2.0	34	88	8	102	27	26	11	33	1.91
195760--196002	83	2.9	84	84	4	305	32	15	10	41	1.82
199638--199688	20	2.6	19	81	3	57	29	15	15	39	1.89
201340--201373	3	11.3	3	87	0	50	38	2	32	26	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203237--203278	20	2.0	21	86	4	59	54	9	19	16	1.69
207467--207502	18	2.0	18	94	0	63	27	5	25	41	1.77
208581--208627	19	2.4	20	78	3	60	36	17	14	31	1.90
217470--217929	79	5.8	79	72	12	309	31	13	26	28	1.94
217544--217659	51	2.3	51	90	0	187	31	12	28	28	1.92
217645--217715	28	2.5	29	86	13	112	23	15	35	25	1.94
217677--217927	78	3.2	78	82	4	306	30	13	27	28	1.95
217864--217992	51	2.5	51	91	0	195	34	10	26	28	1.90
219824--219929	53	2.0	53	94	0	185	27	8	16	47	1.76
221059--221387	61	5.4	60	86	6	432	27	19	27	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12