genome.fa.s75.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold75
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1998514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  2  of  12  ( 1375 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221059--221387	122	2.7	120	90	3	493	27	19	27	26	1.99
221428--222121	61	11.4	61	85	6	822	27	19	27	25	1.99
221156--221968	275	2.8	275	81	9	793	28	19	27	25	1.98
228287--228449	51	3.2	51	83	0	200	36	12	20	30	1.90
228437--228508	29	2.6	27	84	10	92	27	19	29	23	1.98
228464--228718	79	3.2	78	80	7	300	30	12	28	28	1.94
228653--228780	51	2.5	50	88	1	175	33	11	25	28	1.91
231217--231267	19	2.7	19	96	0	93	35	21	11	31	1.90
231740--231799	28	2.1	29	84	3	77	41	20	15	23	1.89
234127--234165	21	2.0	19	85	14	53	41	10	12	35	1.77
234133--234204	21	3.5	21	86	3	101	38	9	18	33	1.83
234328--234699	42	8.9	42	81	4	367	42	12	24	20	1.87
234328--234699	83	4.4	83	82	3	399	42	12	24	20	1.87
234349--234698	125	2.8	125	84	2	432	43	12	23	20	1.86
234681--235012	62	5.3	62	83	2	403	34	19	21	24	1.96
234681--235012	126	2.7	126	87	0	443	34	19	21	24	1.96
240982--241098	51	2.3	50	89	1	180	33	8	27	30	1.87
241084--241190	56	1.9	57	86	1	153	30	14	28	26	1.94
241135--241547	79	5.3	79	81	7	419	35	12	25	26	1.92
241135--241547	157	2.6	157	83	4	483	35	12	25	26	1.92
241481--241589	50	2.2	51	88	6	168	33	10	26	29	1.89
243879--243919	20	2.0	20	90	0	64	29	17	7	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243941--243994	20	2.6	21	85	5	74	33	16	9	40	1.80
243958--243997	20	2.0	20	100	0	80	35	20	5	40	1.74
247677--247739	33	1.9	33	83	0	81	36	12	19	31	1.89
252710--252742	16	2.1	16	94	0	57	27	0	33	39	1.57
253403--253440	20	1.9	20	94	0	67	42	10	15	31	1.81
254621--255038	208	2.0	209	99	0	820	34	12	13	38	1.84
255009--255643	316	2.0	318	83	6	815	40	13	13	33	1.82
255725--255754	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
263783--263839	19	2.9	19	86	2	78	33	17	15	33	1.92
263885--263911	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
263868--263936	33	2.1	32	86	10	95	31	11	17	39	1.85
266191--266216	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
266173--266236	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
270295--270325	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
272544--272589	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
272864--272906	20	2.1	20	82	4	50	20	44	25	9	1.81
274043--274086	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
274974--274999	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
274956--275018	32	2.0	32	90	6	101	41	15	14	28	1.87
275981--276058	23	3.2	26	66	26	80	46	30	15	7	1.74
275966--276060	46	2.1	46	100	0	190	45	29	16	8	1.77
282601--282684	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282609--282671	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
282601--282686	32	2.7	32	96	0	163	37	17	12	32	1.88
284385--284426	20	2.0	21	95	4	77	40	11	14	33	1.82
284437--284497	20	3.4	20	66	29	64	31	14	18	36	1.91
284436--284513	33	2.4	33	100	0	156	30	15	17	35	1.91
284489--284549	26	2.3	26	85	0	86	34	11	19	34	1.88
284488--284555	13	5.2	13	72	0	55	35	11	19	33	1.88
286555--286602	25	1.9	25	87	8	71	35	2	25	37	1.68
287325--287372	21	2.3	21	85	3	62	31	12	20	35	1.90
287672--287702	16	1.9	16	93	0	53	45	9	9	35	1.70
287927--287968	12	3.6	12	77	3	50	45	2	0	52	1.13
289834--289924	26	3.3	26	65	11	74	23	21	12	42	1.86
289846--289942	33	3.2	33	64	27	97	20	21	13	44	1.86
289821--289989	56	3.0	56	97	0	311	21	20	12	45	1.84
289860--289954	30	3.3	30	65	11	90	20	21	12	46	1.83
293275--293553	141	2.0	141	100	0	558	25	22	12	39	1.89
296505--296551	20	2.3	20	85	7	60	57	0	4	38	1.18
296664--296708	20	2.3	20	92	3	74	40	0	0	60	0.97
296664--296702	19	2.1	19	86	13	55	38	0	0	61	0.96
296706--296757	14	3.5	14	76	10	50	59	0	0	40	0.97
296713--296759	14	3.3	14	82	14	60	61	0	0	38	0.96
297444--297505	26	2.4	26	75	5	63	41	1	6	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297804--297847	21	2.1	21	91	0	70	38	0	0	61	0.96
299700--299753	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
299781--299836	19	2.8	20	87	12	89	32	17	14	35	1.90
299822--299848	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
300431--300524	31	3.0	31	95	1	161	35	14	11	38	1.83
300513--300573	30	2.0	30	93	0	104	40	18	11	29	1.85
306967--307000	9	3.8	9	88	11	52	29	26	0	44	1.55
308584--308653	33	2.1	33	86	5	97	40	17	11	31	1.85
308683--308752	19	3.7	19	90	7	99	32	14	14	38	1.86
309880--309992	47	2.4	48	93	3	192	38	18	6	37	1.76
310005--310044	15	2.7	15	92	0	71	50	5	2	42	1.37
317793--318372	305	1.9	305	99	0	1142	27	15	17	39	1.90
318357--318447	20	4.6	19	75	5	83	39	12	15	32	1.84
319455--319495	21	2.0	21	90	0	64	41	4	2	51	1.36
319588--319631	23	2.0	22	83	12	56	45	0	0	54	0.99
321209--321241	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
322202--322236	7	5.1	7	93	6	63	28	28	42	0	1.56
322202--322235	13	2.5	13	95	4	59	29	29	41	0	1.57
326003--326041	2	19.5	2	94	0	69	51	0	0	48	1.00
329139--329170	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
329559--329587	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
330078--330114	19	1.9	19	94	0	65	37	0	2	59	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330153--330213	24	2.4	26	78	10	63	26	6	0	67	1.15
331293--331324	12	2.5	13	90	10	57	68	0	0	31	0.90
331292--331331	20	2.0	20	90	5	62	65	0	0	35	0.93
337461--337514	10	5.1	10	76	12	54	5	25	1	66	1.23
337470--337520	15	3.2	15	76	15	57	3	27	3	64	1.28
337456--337520	33	2.0	33	93	0	112	7	26	3	63	1.36
337456--337508	18	3.1	18	71	15	58	9	26	1	62	1.36
339145--339177	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
339145--339177	11	2.9	12	86	13	52	48	0	0	51	1.00
343584--343635	22	2.3	22	83	3	59	0	9	9	80	0.90
344574--344608	18	1.9	18	88	0	52	62	0	2	34	1.10
344618--344664	19	2.5	19	80	16	53	38	0	4	57	1.18
344812--344845	11	2.9	12	86	8	52	64	0	0	35	0.94
344812--344861	12	4.4	11	80	7	55	60	0	0	40	0.97
352630--352692	19	3.7	18	76	24	73	34	12	17	34	1.88
352649--352673	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
352630--352700	32	2.2	32	97	0	133	33	12	18	35	1.89
359708--359783	6	13.0	6	81	10	86	80	18	1	0	0.79
359642--359735	46	2.0	47	93	4	163	62	18	10	8	1.51
359718--359799	30	2.6	31	82	7	94	78	19	1	1	0.89
359710--359812	48	2.2	47	85	14	135	80	16	1	0	0.86
359708--359783	17	4.3	18	78	8	86	80	18	1	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
359709--359812	12	8.2	12	75	15	68	80	16	1	0	0.85
359708--359813	58	1.9	52	81	11	122	79	16	2	0	0.91
361043--361124	30	2.7	30	92	1	128	28	29	17	25	1.97
361072--361219	31	4.7	31	72	21	105	27	30	14	28	1.95
361104--361184	27	2.8	29	75	19	80	28	30	13	27	1.94
361255--361725	49	9.8	49	79	9	477	24	25	18	30	1.98
361422--361489	21	3.2	20	66	25	50	26	27	16	29	1.97
361255--361734	92	5.0	94	82	7	524	24	26	18	31	1.97
361647--362028	176	2.2	173	88	2	568	24	28	15	32	1.95
362616--362686	32	2.2	32	89	0	106	32	18	19	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12