genome.fa.s75.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold75
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1998514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  9  of  12  ( 1375 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1317381--1317426	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
1319978--1320052	27	2.8	27	87	0	105	45	25	5	24	1.74
1322292--1322323	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1323940--1324065	65	1.9	65	93	3	218	31	10	11	46	1.73
1327215--1327246	8	4.0	8	95	0	55	0	15	0	84	0.63
1329725--1329783	19	2.9	21	76	23	63	64	0	0	35	0.94
1329728--1329791	16	3.6	17	83	14	69	62	1	0	35	1.05
1330502--1330541	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
1332278--1332357	32	2.5	33	82	8	94	56	2	0	41	1.13
1336141--1336208	35	1.9	35	84	0	91	33	11	14	39	1.83
1338956--1339053	48	2.0	48	100	0	196	39	10	12	37	1.77
1342597--1342670	13	5.2	13	71	19	51	74	8	1	16	1.12
1342988--1343041	16	3.1	17	87	12	74	62	1	0	35	1.06
1345821--1345890	37	1.9	36	82	8	88	64	2	12	20	1.40
1348642--1348677	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1350467--1350593	31	4.1	31	90	0	200	29	31	10	28	1.90
1350467--1350593	62	2.0	62	96	0	236	29	31	10	28	1.90
1350903--1350965	31	2.0	31	81	9	74	53	4	4	36	1.43
1351368--1351416	10	4.5	11	76	23	50	61	4	0	34	1.15
1352368--1352408	16	2.4	18	80	8	50	58	0	0	41	0.98
1354443--1354504	19	3.3	19	69	22	51	62	0	1	35	1.05
1354443--1354544	33	3.0	32	83	11	98	58	0	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1354478--1354517	13	3.1	14	83	16	52	60	0	0	40	0.97
1355233--1355265	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
1355831--1355855	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1359510--1359540	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
1361224--1361320	48	2.0	48	100	0	194	39	10	12	38	1.77
1364276--1364314	2	19.5	2	94	0	69	51	0	2	46	1.14
1367981--1368013	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1368974--1369009	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1369098--1369131	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
1369623--1369668	2	22.5	2	95	4	83	47	2	0	50	1.13
1370287--1370322	7	5.1	7	100	0	72	86	0	0	13	0.58
1370468--1370520	25	2.1	25	82	10	63	50	0	1	47	1.12
1376847--1376919	27	2.9	25	75	13	69	2	30	1	65	1.15
1379889--1379939	16	3.1	16	82	5	66	41	0	3	54	1.19
1379868--1379937	27	2.5	26	82	13	70	45	0	2	51	1.16
1379964--1380015	22	2.4	22	81	9	54	61	3	1	32	1.25
1380009--1380036	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
1382938--1382998	22	2.9	21	83	9	70	26	0	16	57	1.39
1382953--1382999	21	2.2	22	92	3	78	27	0	14	57	1.38
1386477--1386551	20	3.7	20	87	1	96	38	10	18	32	1.85
1386601--1386650	20	2.5	20	86	0	64	40	12	12	36	1.79
1390037--1390108	36	2.0	36	91	0	117	36	11	12	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1397494--1397526	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
1398329--1398354	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1398904--1398929	6	4.3	6	100	0	52	15	0	34	50	1.45
1404935--1404974	14	2.7	15	80	7	55	42	0	0	57	0.98
1405239--1405317	22	3.6	21	74	20	72	41	1	1	55	1.16
1405239--1405344	22	4.7	22	75	18	69	45	0	0	52	1.13
1405690--1405716	6	4.5	6	100	0	54	37	0	0	62	0.95
1406713--1406738	12	2.2	12	100	0	52	84	0	15	0	0.62
1406779--1406825	20	2.3	22	85	10	64	59	0	0	40	0.97
1406740--1406819	29	2.5	31	77	18	76	57	0	3	38	1.17
1406834--1406880	12	3.7	13	78	16	53	38	0	0	61	0.96
1406829--1406880	18	2.8	18	76	5	59	42	0	0	57	0.98
1406859--1406890	12	2.4	14	90	10	50	46	0	0	53	1.00
1411410--1411485	20	3.7	20	73	13	64	32	11	11	43	1.78
1412380--1412416	18	2.0	20	89	10	60	10	16	10	62	1.55
1415644--1416076	165	2.6	166	81	3	473	48	16	6	27	1.72
1422388--1422436	13	3.5	14	86	13	66	53	2	0	44	1.12
1422388--1422460	29	2.5	29	82	13	87	53	2	0	43	1.15
1422388--1422437	14	3.6	14	79	15	59	54	2	0	44	1.11
1423108--1423177	9	7.7	9	78	9	61	74	1	1	22	0.98
1423108--1423180	27	2.8	25	75	20	69	75	1	1	21	0.96
1425800--1425892	32	2.9	32	80	0	87	47	9	5	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1437719--1437755	19	1.9	19	89	10	58	29	0	2	67	1.04
1439070--1439098	5	5.8	5	100	0	58	0	0	17	82	0.66
1439072--1439105	15	2.3	15	89	0	50	2	2	17	76	1.04
1440233--1440800	225	2.5	224	90	1	901	36	15	16	31	1.90
1442353--1442452	32	3.1	32	95	2	175	35	11	18	36	1.86
1442372--1442428	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1442351--1442447	19	5.8	18	70	29	81	34	11	17	37	1.86
1442505--1442703	52	3.8	53	91	2	280	32	19	18	29	1.96
1449645--1449680	14	2.6	14	100	0	72	77	5	11	5	1.10
1450002--1450035	15	2.4	14	90	5	50	91	5	0	2	0.51
1450003--1450035	11	2.9	11	95	4	57	90	6	0	3	0.52
1450808--1450845	16	2.3	17	86	4	51	44	23	5	26	1.74
1450945--1451135	32	6.1	29	77	13	141	21	30	15	32	1.95
1450948--1451502	64	8.5	64	76	12	348	21	32	13	32	1.92
1450980--1451594	168	3.7	164	81	8	574	21	32	13	33	1.92
1450978--1451619	100	6.5	98	82	7	508	21	32	12	33	1.91
1450978--1451619	133	4.8	133	77	10	495	21	32	12	33	1.91
1451054--1451611	33	16.8	33	73	12	230	20	32	12	34	1.90
1451605--1451832	33	7.0	33	89	1	325	28	32	17	20	1.96
1451837--1452537	43	14.8	49	78	13	704	25	25	17	31	1.97
1451832--1452488	92	7.1	92	93	2	1082	25	25	17	31	1.97
1451996--1452063	21	3.2	20	66	25	50	27	26	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1452275--1452342	21	3.2	21	67	19	59	26	25	17	30	1.97
1452557--1452654	49	2.0	49	84	7	128	21	26	21	30	1.98
1453182--1453238	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1453162--1453262	32	3.1	32	97	1	184	34	11	17	35	1.87
1453160--1453257	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
1453300--1453324	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1453313--1453461	52	2.9	53	90	4	232	34	18	18	28	1.95
1458683--1458859	57	2.9	62	82	8	247	19	18	18	42	1.89
1458858--1458916	12	4.9	12	85	0	82	20	27	13	38	1.90
1458858--1458916	24	2.5	24	97	0	109	20	27	13	38	1.90
1459356--1459404	22	2.2	22	92	0	80	44	20	24	10	1.82
1466070--1466330	92	2.9	90	88	5	404	44	6	15	32	1.73
1472693--1472738	13	3.5	13	80	11	58	69	2	0	28	1.00
1479048--1479089	19	2.2	20	86	4	59	66	0	0	33	0.92
1479864--1479914	26	2.0	26	96	0	93	49	17	7	25	1.74
1482414--1482513	52	1.9	52	93	0	173	58	0	26	16	1.38
1482414--1482522	26	4.2	25	82	5	128	58	0	24	16	1.38
1482687--1482766	30	2.6	29	76	9	79	51	6	5	37	1.49
1484102--1484488	197	2.0	195	83	8	491	31	12	5	50	1.64
1491232--1491646	216	1.9	216	98	0	803	42	10	10	36	1.74
1492663--1492740	18	4.5	18	76	15	83	33	5	29	32	1.79
1496240--1496292	3	18.0	3	88	11	83	66	1	0	32	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1496567--1496664	6	16.3	6	69	18	53	65	3	0	31	1.08
1496579--1496659	20	4.3	19	74	13	78	66	3	0	29	1.09
1496587--1496633	23	2.0	24	84	12	62	57	6	0	36	1.24
1496630--1496691	19	3.2	19	75	8	63	61	0	0	38	0.96
1496744--1496823	25	3.4	23	88	10	117	56	0	0	43	0.99
1496745--1496823	23	3.3	24	89	10	119	55	0	0	44	0.99
1497626--1497701	37	2.1	37	85	5	100	28	15	23	31	1.96
1499055--1499085	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
1500936--1500974	17	2.2	17	86	4	51	23	15	17	43	1.87
1504315--1504356	20	2.0	21	95	4	77	30	35	4	28	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12