genome.fa.s75.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold75
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1998514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
560717--560798	42	2.0	42	87	0	119	45	13	4	36	1.65
561494--561551	23	2.5	22	76	18	55	46	5	0	48	1.24
561494--561558	25	2.8	22	79	9	67	46	4	1	47	1.32
562930--562962	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
565178--565238	13	5.2	13	74	22	71	39	14	14	31	1.87
565160--565258	33	3.0	33	91	2	128	41	12	14	32	1.82
565192--565260	20	3.8	20	73	25	80	40	11	13	34	1.80
566079--566282	49	4.1	49	75	6	169	33	18	25	23	1.97
566841--567039	49	4.0	49	73	7	150	33	17	25	24	1.96
567628--567752	52	2.5	51	82	3	146	32	18	25	24	1.97
567585--567787	49	4.1	49	76	6	167	31	16	26	25	1.97
568383--568529	49	2.9	50	80	5	163	34	16	24	24	1.95
570601--570804	49	4.1	49	75	6	160	32	17	26	23	1.96
571356--571559	49	4.1	49	75	6	160	32	17	26	23	1.96
565542--576061	757	14.0	757	92	1	16453	29	17	26	26	1.97
572207--572314	49	2.1	51	81	5	121	30	16	25	27	1.97
572866--573034	52	3.4	51	79	6	152	32	18	26	23	1.97
572866--573069	49	4.1	50	77	9	175	31	17	26	24	1.97
573618--573801	49	3.7	49	73	5	138	32	17	26	23	1.97
574371--574553	49	3.7	48	73	9	154	32	15	25	26	1.96
575419--576716	659	2.0	649	90	1	2013	29	15	27	27	1.96
576574--576693	52	2.4	51	76	4	118	34	15	24	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
578088--578207	52	2.4	51	76	4	118	34	15	24	25	1.95
578801--578989	49	3.8	49	77	5	175	34	18	24	22	1.96
578839--578990	49	3.0	49	82	3	178	36	17	24	22	1.95
579549--579733	49	3.8	48	70	7	129	32	17	24	25	1.97
581062--581250	49	3.8	49	78	5	184	33	18	24	23	1.97
581100--581251	49	3.0	49	84	3	187	35	17	24	23	1.95
581810--581994	49	3.8	48	70	7	129	32	17	24	25	1.97
583361--583512	49	3.0	49	82	3	178	35	17	24	22	1.95
584113--584232	52	2.4	51	76	4	118	34	15	24	25	1.95
584827--585015	49	3.8	49	78	5	184	33	18	24	23	1.97
584865--585016	49	3.0	49	84	3	187	35	17	24	23	1.95
585575--585759	49	3.8	48	70	7	129	32	17	24	25	1.97
587147--587276	49	2.6	49	79	6	127	35	17	23	23	1.95
587904--588031	49	2.6	49	79	3	130	35	15	23	25	1.94
588658--588786	49	2.6	49	81	3	141	34	16	24	25	1.95
590121--590848	365	2.0	365	91	0	1179	29	21	24	25	1.99
576063--590483	757	19.1	757	92	0	22918	29	17	26	27	1.97
592374--593101	365	2.0	365	91	0	1179	29	20	24	25	1.99
593905--594050	49	2.9	49	81	3	139	32	17	26	24	1.97
594706--594800	49	1.9	49	86	0	136	37	17	20	24	1.93
597435--597594	49	3.1	51	80	8	157	33	16	25	24	1.96
597648--597676	15	1.9	15	100	0	58	48	6	20	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
597673--599794	757	2.8	757	91	0	3446	29	16	26	27	1.97
599702--599803	49	2.1	49	83	0	123	30	20	24	24	1.99
599137--600448	660	2.0	660	90	1	2094	29	16	26	27	1.97
599797--601968	756	2.9	757	93	0	3673	29	16	26	26	1.97
601779--601976	49	4.0	48	75	7	182	33	18	25	22	1.96
602063--602240	49	3.6	48	73	5	151	33	17	24	24	1.97
602810--603007	49	4.0	49	74	5	148	33	18	25	22	1.97
603001--605174	758	2.9	757	90	1	3374	29	16	26	27	1.97
605081--605182	49	2.1	49	84	0	132	30	20	23	25	1.99
605345--606067	33	22.3	32	76	11	525	20	33	13	32	1.92
605392--605531	27	4.9	27	83	11	181	23	35	14	27	1.93
605331--606067	100	7.6	99	86	7	803	20	33	13	32	1.92
605362--606067	131	5.4	131	79	11	615	20	33	13	32	1.92
606071--606401	33	10.2	33	87	6	480	28	33	18	19	1.95
606074--606408	65	5.2	66	91	4	533	28	33	18	19	1.95
606075--606408	97	3.4	99	90	4	515	28	33	18	19	1.95
606401--606730	43	6.8	49	79	10	333	25	25	17	32	1.97
606468--606535	21	3.2	20	66	25	50	26	26	16	30	1.96
606396--606668	92	2.9	92	93	2	465	25	25	17	31	1.97
606582--606735	52	2.9	53	79	4	184	24	24	15	35	1.94
606685--606811	67	1.9	68	83	1	166	25	25	11	38	1.88
607531--607614	19	4.7	19	81	18	108	33	11	17	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
607571--607595	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
607552--607616	32	2.0	32	96	0	121	33	12	16	36	1.87
607657--607681	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
607670--607818	52	2.9	50	87	6	208	33	17	17	31	1.93
610899--613360	755	3.3	754	91	1	3968	30	17	25	25	1.97
612475--612603	49	2.6	49	81	3	141	35	17	23	24	1.95
612511--612604	49	1.9	49	88	0	143	35	17	22	25	1.95
612704--623738	660	16.0	660	72	15	7283	29	16	26	27	1.97
613838--614029	49	3.9	49	76	5	154	32	19	24	23	1.97
615915--616106	49	3.9	49	75	5	136	31	19	25	23	1.98
616569--616752	101	1.8	100	82	2	235	32	16	23	27	1.96
616629--616754	49	2.5	49	75	3	117	32	16	23	26	1.96
616857--623738	659	10.0	660	79	11	7437	29	16	26	27	1.97
617985--618170	49	3.8	48	73	5	149	32	17	24	25	1.96
619408--619599	49	3.9	49	74	5	136	32	19	24	23	1.98
621478--621663	49	3.8	48	73	5	158	32	17	24	25	1.97
623553--623738	49	3.8	49	74	5	133	32	18	23	25	1.97
623084--654731	757	41.9	757	92	0	50790	29	17	26	26	1.97
624310--624513	49	4.1	49	74	8	153	32	19	26	22	1.97
625821--626009	49	3.9	48	69	15	129	31	18	24	25	1.98
626618--626763	49	2.9	49	80	7	141	31	18	24	25	1.98
627427--627521	49	1.9	49	89	0	145	31	16	25	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
628111--628275	49	3.4	48	76	12	165	35	16	25	22	1.95
630395--630524	49	2.6	49	82	3	143	35	16	23	23	1.95
631137--631277	49	2.8	50	79	3	140	32	18	26	22	1.97
631944--632051	49	2.1	51	86	5	148	31	17	25	25	1.97
632701--632806	49	2.1	51	85	5	144	30	17	24	27	1.98
635724--635817	49	1.9	49	84	0	125	32	19	23	24	1.97
636353--636465	47	2.3	47	78	7	109	35	18	26	19	1.95
636385--636574	49	3.9	49	78	5	177	33	17	24	23	1.96
637142--637331	49	3.9	48	71	8	132	34	18	25	21	1.96
639410--639585	49	3.6	48	72	11	151	33	19	24	22	1.97
640158--640356	49	4.0	49	76	8	170	35	17	24	23	1.95
643231--643382	49	3.0	49	76	3	142	35	17	26	20	1.95
644706--644881	49	3.6	48	73	11	160	33	19	24	22	1.97
645454--645652	49	4.0	49	77	6	177	34	17	25	23	1.95
646220--646409	49	3.9	48	72	8	141	34	18	26	21	1.96
648527--648678	49	3.0	49	76	3	142	35	17	26	20	1.95
650002--650177	49	3.6	48	73	11	160	33	19	24	22	1.97
650750--650948	49	4.0	49	78	6	186	35	17	24	23	1.95
650759--650943	101	1.8	99	80	2	217	34	18	23	23	1.96
651516--651705	49	3.9	48	71	8	132	34	17	26	21	1.96
653029--653217	49	3.8	49	77	5	175	34	17	23	23	1.96
653125--653232	49	2.1	51	86	8	150	31	17	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
653786--653975	49	3.9	48	72	8	141	34	18	26	21	1.96
654638--654740	49	2.1	49	85	0	134	32	19	24	24	1.98
655202--655385	99	1.8	99	82	2	233	34	17	23	23	1.96
655202--655405	49	4.1	49	75	6	169	34	17	24	24	1.95
655939--656137	47	4.0	50	71	10	149	33	18	25	23	1.97
655959--656144	49	3.8	48	74	6	167	32	18	24	24	1.97
655959--656142	99	1.8	99	83	2	233	32	19	24	24	1.98
654733--657004	757	3.0	753	91	1	3668	29	17	26	27	1.97
656716--656919	49	4.1	49	76	9	171	32	17	26	24	1.96
657187--657418	96	2.4	97	82	5	265	34	12	25	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12