genome.fa.s75.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold75
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1998514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  5  of  12  ( 1375 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658116--658169	20	2.7	20	100	0	108	37	18	11	33	1.86
658138--658202	33	2.0	33	84	6	87	36	15	16	30	1.90
658229--658287	19	3.0	20	85	7	86	32	15	15	37	1.88
660632--660671	21	2.0	21	90	5	64	47	0	20	32	1.50
660707--660776	34	2.1	34	97	0	131	22	0	34	42	1.54
660833--660859	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
667113--667170	19	3.0	20	82	7	75	34	15	15	34	1.89
667154--667178	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
667135--667199	32	2.0	33	90	3	105	36	13	16	32	1.89
669294--669709	154	2.7	154	80	8	402	50	7	7	33	1.59
669296--669725	153	2.8	153	79	7	453	50	7	7	34	1.59
669443--669769	153	2.1	153	80	3	381	50	7	8	33	1.63
670215--670240	10	2.6	10	100	0	52	76	7	0	15	0.99
673469--673680	97	2.2	95	88	2	298	34	14	23	27	1.93
673469--673700	96	2.4	96	86	3	306	33	13	25	27	1.93
676831--676888	19	3.0	20	82	7	75	34	15	15	34	1.89
676872--676896	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
676853--676917	32	2.0	33	90	3	105	36	13	16	32	1.89
679012--679427	154	2.7	154	80	8	402	50	7	7	33	1.59
679014--679443	153	2.8	153	79	7	453	50	7	7	34	1.59
679161--679487	153	2.1	153	80	3	381	50	7	8	33	1.63
679933--679958	10	2.6	10	100	0	52	76	7	0	15	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683187--683398	97	2.2	95	88	2	298	34	14	23	27	1.93
683187--683418	96	2.4	96	86	3	306	33	13	25	27	1.93
685603--685741	52	2.7	52	87	1	190	42	13	14	29	1.84
689077--689130	19	2.7	20	85	5	74	38	11	16	33	1.84
690315--690355	20	2.0	20	90	0	64	39	21	12	26	1.89
690377--690429	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
690490--690515	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
690470--690537	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
697286--697310	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
697298--697350	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
697411--697436	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
697391--697458	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
707297--707503	27	7.2	27	76	12	180	21	32	13	32	1.92
707355--707995	33	19.8	32	74	10	358	21	31	12	35	1.90
707282--707991	66	11.1	66	79	9	672	21	31	12	35	1.90
707351--707991	99	6.6	99	79	7	604	21	31	12	35	1.90
708150--708442	32	9.2	32	75	8	269	30	29	18	21	1.97
708156--708446	63	4.6	63	83	5	322	30	30	17	21	1.96
708225--708456	95	2.5	93	79	8	249	30	30	17	22	1.96
708446--708616	43	3.7	43	73	16	146	25	25	17	31	1.97
708498--708933	52	8.6	50	71	10	221	26	23	15	34	1.95
708451--708670	95	2.3	95	83	6	261	26	23	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708543--708633	43	2.1	43	85	0	119	27	21	16	34	1.95
708697--708940	105	2.4	101	79	7	258	25	25	15	34	1.95
708883--709019	61	2.2	61	86	0	184	22	27	11	38	1.89
718566--718616	19	2.7	20	84	6	61	62	0	0	37	0.95
718983--719031	26	1.9	25	84	12	64	44	4	4	46	1.41
719144--719200	30	1.9	30	92	0	96	50	0	1	47	1.11
719146--719209	15	4.1	17	78	17	75	50	0	1	48	1.10
719187--719265	25	3.2	24	71	15	63	46	1	2	49	1.23
719168--719245	41	2.0	39	85	7	104	50	0	1	48	1.09
725567--725608	21	2.0	21	95	0	75	45	7	0	47	1.30
732425--732458	14	2.4	14	85	0	50	55	20	0	23	1.43
733156--733257	16	6.4	16	71	10	75	11	17	30	40	1.86
733153--733257	32	3.3	31	77	5	111	11	17	29	41	1.84
733364--733420	29	1.9	30	82	10	73	38	1	1	57	1.19
733444--733490	18	2.7	18	83	3	60	48	0	2	48	1.13
736483--737121	323	1.9	324	88	5	951	29	18	20	30	1.97
737109--737165	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
737122--737184	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
737108--737192	32	2.7	32	98	0	161	32	12	17	36	1.88
748266--748386	1	121.0	1	70	0	80	85	9	4	0	0.78
749808--750047	57	4.2	58	93	2	389	31	33	15	20	1.93
749808--750048	115	2.1	115	92	1	403	31	33	14	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750024--750109	32	2.7	32	82	8	111	17	32	15	34	1.91
750195--750279	30	2.8	30	89	0	125	31	29	16	22	1.96
750305--750708	49	8.1	49	88	2	583	23	25	17	34	1.96
751541--751565	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
751554--751603	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
751668--751796	52	2.5	52	84	2	188	35	16	17	30	1.92
756755--757145	32	12.2	32	98	0	746	34	21	12	31	1.90
757457--757624	29	5.9	29	87	1	223	22	19	30	26	1.98
757457--757624	57	2.9	58	87	3	250	22	19	30	26	1.98
758862--758898	18	2.1	18	94	0	65	8	0	8	83	0.80
758863--758897	9	3.9	9	84	0	52	8	0	2	88	0.61
768775--768991	79	2.7	79	82	4	249	33	12	25	28	1.92
768930--769045	51	2.3	51	87	3	162	29	9	27	33	1.88
769033--769096	28	2.3	28	86	5	85	29	12	31	26	1.93
769141--769208	28	2.4	27	81	13	68	29	19	25	26	1.98
769196--769375	51	3.5	51	78	6	188	34	12	24	28	1.92
771731--771793	20	3.5	20	72	28	77	46	15	14	23	1.83
771747--771773	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
771714--771793	33	2.4	34	95	2	144	46	15	15	23	1.83
772468--772567	42	2.4	42	83	8	125	41	11	29	19	1.85
772660--773255	55	10.4	55	81	9	628	26	20	25	26	1.99
772660--773255	117	5.2	115	85	8	747	26	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772660--773255	172	3.5	170	83	7	737	26	20	25	26	1.99
774647--774690	20	2.2	20	87	0	61	68	6	11	13	1.39
778951--779025	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
778948--779025	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
779327--779471	78	1.9	78	82	5	186	30	20	14	34	1.93
779407--779523	60	2.0	60	81	10	141	28	20	13	37	1.91
785252--785345	33	2.8	33	73	10	84	47	11	12	27	1.76
786360--786430	9	7.9	9	73	10	56	2	22	1	73	1.05
786360--786433	14	5.1	14	70	14	60	2	22	1	72	1.04
786983--787021	8	4.7	9	90	9	57	7	7	0	84	0.77
789189--789318	51	2.5	51	81	6	145	33	10	25	30	1.89
789307--789379	27	2.6	28	80	8	87	21	23	32	21	1.98
789366--789497	51	2.5	52	82	7	158	31	10	25	31	1.90
791297--791325	12	2.4	12	100	0	58	0	0	13	86	0.58
791868--791893	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
791847--791913	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
791936--791960	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
792017--792074	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
792817--793125	55	5.6	55	89	3	478	22	22	27	26	1.99
792817--793124	110	2.8	110	97	0	580	23	22	27	26	1.99
793591--793899	55	5.6	54	84	3	420	23	22	27	26	1.99
793591--793898	110	2.8	110	96	0	562	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792351--794672	774	3.0	774	97	0	4412	28	18	27	26	1.98
794365--795031	55	11.9	54	85	9	838	22	20	29	27	1.99
794365--795031	110	5.9	110	89	7	948	22	20	29	27	1.99
801272--801407	51	2.6	50	79	10	148	33	12	24	30	1.92
801238--801407	52	3.3	51	77	5	180	32	11	24	31	1.90
803938--803963	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
803917--803983	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
804025--804049	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
804006--804068	32	2.0	32	93	0	108	34	15	12	36	1.86
804003--804070	19	3.9	19	78	21	76	36	14	11	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12