genome.fa.s75.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold75
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1998514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  6  of  12  ( 1375 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804106--804184	21	3.7	22	81	8	101	34	16	13	35	1.88
807337--807399	33	1.9	33	87	6	92	25	15	17	41	1.89
809777--809817	21	2.0	21	85	9	57	41	9	7	41	1.66
809935--809961	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
810026--810080	20	2.8	20	88	0	74	34	10	21	32	1.89
810438--810570	50	2.7	50	91	0	212	26	17	17	39	1.91
812984--813048	28	2.3	28	81	0	76	27	26	15	30	1.96
812996--813050	28	2.0	28	88	0	83	27	18	16	38	1.92
812917--813226	107	2.9	106	83	3	376	28	24	14	33	1.94
813087--813169	28	3.0	27	77	8	87	27	28	13	30	1.94
813085--813157	27	2.7	27	82	2	92	27	31	16	24	1.96
813218--813331	51	2.2	51	82	3	131	29	22	13	34	1.92
813159--813406	130	1.9	128	83	4	320	29	22	12	36	1.90
813269--813457	79	2.4	78	81	7	213	29	25	11	33	1.91
815376--815413	10	3.9	10	79	6	51	52	5	0	42	1.24
816372--816446	19	3.9	19	89	1	114	37	13	18	30	1.89
818809--818856	21	2.3	20	86	10	62	45	0	16	37	1.48
818975--819012	13	2.9	13	92	0	67	31	13	15	39	1.86
818984--819065	33	2.5	33	84	5	103	41	14	12	31	1.83
824468--824689	51	4.3	51	83	6	245	31	11	27	29	1.91
824450--824690	102	2.3	102	82	6	299	32	10	26	29	1.90
824438--824690	51	4.9	52	78	9	241	33	10	26	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824673--824751	27	2.9	27	84	5	97	21	20	34	24	1.97
824624--824824	103	1.9	105	85	5	282	28	16	28	26	1.97
824808--824973	51	3.3	51	82	6	176	32	12	26	28	1.92
824910--825084	79	2.2	79	86	4	237	30	15	27	26	1.96
825037--825111	27	2.7	27	89	6	107	22	20	33	24	1.97
825095--825216	51	2.4	51	84	8	149	32	11	22	33	1.90
827930--827954	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
828021--828045	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
828054--828174	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
831332--831408	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
833378--833431	19	2.8	19	85	2	63	38	9	14	37	1.79
834289--834419	69	1.9	69	85	1	181	42	21	16	19	1.89
840115--840221	20	5.8	19	66	24	61	47	0	0	52	1.00
840146--840250	41	2.5	42	76	13	108	48	0	0	50	1.07
840135--840228	48	2.0	45	86	10	127	50	0	0	50	1.00
840192--840265	22	3.3	23	75	9	71	48	1	0	50	1.09
841868--841908	22	1.9	21	85	14	57	43	0	17	39	1.49
842206--842236	10	3.1	10	90	0	53	83	0	16	0	0.64
845804--845853	20	2.4	21	80	16	59	38	16	6	40	1.73
847163--847215	24	2.2	25	77	16	58	39	1	1	56	1.21
847366--847407	22	2.0	22	86	9	61	35	7	11	45	1.69
848945--848988	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850798--850823	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
854721--854765	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
856991--857016	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
857400--857606	104	2.0	104	93	0	351	36	17	14	31	1.90
859305--859345	3	13.7	3	94	0	73	36	0	34	29	1.58
859855--859899	21	2.1	21	84	8	56	62	0	11	26	1.29
859916--859956	21	2.0	21	85	9	57	53	9	17	19	1.70
860790--860918	32	4.0	32	85	6	170	41	10	22	26	1.85
860897--860927	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
866284--866312	14	2.0	15	93	6	51	27	0	13	58	1.36
870030--870057	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
870102--870153	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
870110--870170	19	3.5	19	75	25	80	34	18	13	34	1.89
870102--870170	32	2.2	32	100	0	138	34	18	13	33	1.90
871027--871435	48	9.0	47	72	18	271	29	18	25	26	1.98
871133--871432	87	3.4	87	90	0	458	27	19	26	27	1.99
871268--871432	39	4.0	39	75	16	179	26	20	26	26	1.99
871432--871520	32	2.8	32	89	1	124	31	14	34	19	1.92
871502--871609	28	3.8	27	80	10	126	17	16	32	33	1.93
872664--873072	48	9.0	47	72	18	271	29	18	25	26	1.98
872770--873069	87	3.4	87	90	0	458	27	19	26	27	1.99
872905--873069	39	4.0	39	75	16	179	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873069--873157	32	2.8	32	89	1	124	31	14	34	19	1.92
873139--873332	28	6.8	28	81	10	223	19	17	31	31	1.94
873133--873331	57	3.5	57	91	1	326	21	16	31	31	1.95
874712--874781	6	12.2	6	74	19	51	0	5	11	82	0.82
874712--874777	14	4.6	14	78	14	55	0	6	10	83	0.81
888789--888874	19	4.7	19	70	21	67	31	16	13	38	1.88
888781--888851	32	2.2	32	94	0	124	33	18	12	35	1.89
889292--889378	39	2.2	40	93	2	149	29	20	13	35	1.92
889291--889359	20	3.5	20	67	11	61	31	23	14	30	1.94
891326--891381	12	4.5	12	76	14	51	73	7	1	17	1.15
892199--892247	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
892436--892475	20	2.1	19	85	4	53	50	2	0	47	1.14
892663--892722	31	1.9	33	86	10	90	36	3	3	56	1.32
896827--896920	20	4.6	20	81	2	98	41	9	15	32	1.80
896955--897146	52	3.7	52	84	4	226	29	13	11	45	1.79
898023--898061	21	2.0	21	85	10	55	23	20	15	41	1.90
902156--902715	79	7.1	79	81	4	592	27	23	13	34	1.93
902157--902715	237	2.4	237	84	1	753	27	23	13	34	1.93
905149--905285	69	2.0	69	89	0	211	27	16	24	32	1.96
913371--913428	30	1.9	30	100	0	116	24	15	25	34	1.95
914455--914516	1	62.0	1	77	0	52	87	4	3	4	0.76
914455--914515	11	5.5	11	80	5	61	86	4	3	4	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914457--914516	24	2.5	24	81	7	68	86	5	3	5	0.77
914465--914503	21	1.9	20	89	5	60	87	5	0	7	0.68
915508--915926	61	6.9	61	85	3	508	26	27	18	26	1.98
916001--916087	43	2.0	42	86	6	122	22	19	12	44	1.84
915919--916072	77	2.0	79	80	2	177	21	22	10	45	1.82
916001--916087	42	2.0	43	86	6	124	22	19	12	44	1.84
916020--916159	40	3.6	39	74	11	126	20	21	15	43	1.87
916020--916197	77	2.4	77	84	2	227	21	22	15	40	1.90
916137--916209	34	2.3	33	83	9	89	21	27	15	35	1.93
916054--916216	74	2.2	73	79	8	186	19	25	14	41	1.89
916809--916880	30	2.4	30	97	0	135	26	19	16	37	1.93
919253--919733	79	6.1	79	82	4	488	27	22	12	36	1.91
919253--919733	158	3.1	154	81	7	558	27	22	12	36	1.91
919251--919741	236	2.1	237	83	6	620	28	22	12	36	1.91
923067--923106	21	1.9	21	89	0	62	65	0	2	32	1.06
930023--930151	52	2.5	52	94	0	222	28	18	17	34	1.94
930160--930239	34	2.4	34	95	0	142	36	11	16	36	1.84
930261--930304	19	2.2	20	96	4	81	34	18	11	36	1.86
930503--930580	20	3.8	20	81	3	102	33	12	11	42	1.79
937977--938013	15	2.5	15	95	0	65	86	13	0	0	0.57
937990--938015	13	2.0	13	100	0	52	84	15	0	0	0.62
939025--940190	28	41.6	28	84	4	1084	26	31	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939059--940190	82	13.5	82	86	4	1004	26	31	15	26	1.96
939059--940016	357	2.7	357	87	2	1276	26	31	15	26	1.96
940800--940877	20	3.8	20	81	3	102	33	12	11	42	1.79
948699--948813	58	2.0	59	91	5	189	47	19	26	6	1.74
949843--949879	19	2.0	19	89	5	58	64	8	5	21	1.40
950920--951273	79	4.5	79	83	7	407	27	24	13	34	1.93
950920--951273	157	2.2	157	82	6	423	27	24	13	34	1.93
963860--963931	28	2.6	28	80	2	83	26	25	20	27	1.99
964105--964301	63	3.1	62	81	5	216	31	34	14	18	1.92
964111--964277	31	5.3	32	84	6	207	34	35	14	15	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12