genome.fa.s89.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold89
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5168001

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1243--1288	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
3174--3241	26	2.6	27	80	4	84	26	4	17	51	1.64
3335--3359	13	1.9	13	100	0	50	24	36	8	32	1.84
4084--4127	21	2.1	21	91	4	72	68	0	0	31	0.90
4777--4818	20	2.1	20	100	0	84	26	9	19	45	1.80
6417--6602	34	5.5	33	81	8	223	40	26	7	24	1.82
6419--6602	67	2.7	67	91	0	278	40	26	7	25	1.82
6419--6602	101	1.8	100	87	3	271	40	26	7	25	1.82
10992--11207	34	6.4	34	84	5	269	40	26	7	25	1.83
10990--11207	67	3.2	67	87	1	310	40	27	7	24	1.82
11311--11344	15	2.2	16	89	5	52	52	0	0	47	1.00
28799--28877	40	2.0	40	97	0	149	26	17	6	49	1.71
32078--32131	20	2.6	21	85	2	74	44	11	12	31	1.78
32101--32151	20	2.5	20	81	9	50	39	15	15	29	1.89
35951--36103	79	1.9	79	86	0	216	33	11	25	29	1.90
36062--36136	28	2.7	28	93	0	114	25	20	32	22	1.98
36198--36375	52	3.4	52	92	0	293	35	10	26	27	1.89
37769--37953	87	2.1	88	91	2	300	10	21	15	52	1.72
38019--38079	20	3.0	20	90	0	95	21	26	11	40	1.87
39611--39660	12	4.1	12	92	2	55	60	0	0	40	0.97
39620--39705	2	43.0	2	83	4	84	51	5	1	41	1.33
39601--39654	14	3.9	14	87	4	65	61	1	1	35	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42168--42207	17	2.4	17	86	0	53	65	2	0	32	1.06
42989--43084	41	2.4	40	83	15	110	43	1	0	55	1.06
43375--43440	31	2.2	30	89	8	98	48	4	0	46	1.22
43636--43669	16	2.1	16	88	5	50	67	0	0	32	0.91
45941--45983	15	2.6	17	85	10	63	58	0	0	41	0.98
45941--46009	15	4.7	15	75	15	56	56	0	0	43	0.99
46123--46174	20	2.6	20	79	17	63	53	0	3	42	1.19
46900--46990	32	2.8	32	80	19	102	62	3	0	34	1.11
46941--46995	22	2.4	22	79	11	58	65	1	0	32	1.03
49239--49279	13	3.2	12	83	10	55	46	2	0	51	1.14
54469--54510	13	3.4	13	78	21	54	26	0	0	73	0.83
56393--56476	27	3.1	26	75	16	82	27	11	23	36	1.90
56393--56463	14	5.2	14	66	19	51	26	12	23	36	1.91
57725--57911	92	2.0	92	87	6	270	45	4	6	43	1.49
57903--57939	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
60731--60818	24	3.7	24	75	0	86	27	23	19	29	1.98
61672--62028	118	3.0	117	87	2	464	34	18	18	28	1.95
69350--69434	15	5.9	15	70	8	61	27	21	23	28	1.99
69450--69476	14	1.9	14	100	0	54	29	33	22	14	1.94
70608--70672	29	2.2	29	83	0	85	46	3	6	44	1.44
70899--70935	19	1.9	19	88	0	56	48	2	8	40	1.47
70919--70975	27	2.2	26	83	3	69	52	0	3	43	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71029--71056	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
71189--71236	17	2.8	17	90	3	69	54	0	2	43	1.12
71227--71286	31	1.9	31	86	0	84	40	10	13	36	1.78
71305--71477	38	4.6	38	74	5	170	54	5	2	36	1.37
71306--71477	76	2.3	76	100	0	344	55	5	2	36	1.37
71586--71632	20	2.5	20	86	6	62	38	2	0	59	1.09
72787--72815	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
73383--73408	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
73389--73483	37	2.6	37	81	5	95	34	1	1	63	1.09
73383--73483	9	10.7	10	70	19	58	34	0	0	63	1.08
73399--73473	27	2.7	27	79	18	84	37	0	1	61	1.05
73462--73498	17	2.2	17	90	0	56	29	2	0	67	1.04
73392--73511	23	5.3	23	65	19	65	34	0	0	64	1.06
73583--73614	13	2.5	13	89	0	55	21	0	3	75	0.95
73607--73646	20	2.1	19	85	4	53	47	0	0	52	1.00
73786--73834	22	2.2	22	85	7	64	22	0	8	69	1.14
73966--74017	26	2.0	26	100	0	104	30	3	19	46	1.68
74825--74873	18	2.9	17	77	11	57	42	0	0	57	0.99
74890--74959	32	2.2	33	84	7	90	48	0	0	51	1.00
76993--77033	21	1.9	21	85	5	55	75	2	2	19	1.03
77695--77725	15	2.0	16	93	6	55	58	0	3	38	1.15
77791--77857	32	2.2	30	84	10	82	44	4	1	49	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79485--79540	2	28.0	2	96	0	103	50	48	0	1	1.11
79540--79564	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
80619--80644	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
81898--81931	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
81997--82029	17	1.9	17	93	0	57	36	0	0	63	0.95
82183--82280	39	2.5	39	83	1	124	44	2	4	48	1.33
86043--86080	12	3.2	12	81	3	51	26	2	0	71	1.00
86036--86093	24	2.4	24	77	11	66	25	3	3	67	1.22
86375--86420	25	2.0	24	83	12	60	45	2	0	52	1.13
87146--87268	40	3.2	40	75	15	159	23	12	13	50	1.75
88751--88794	23	1.9	23	86	9	63	52	0	0	47	1.00
88747--88824	39	2.0	39	82	9	97	55	0	0	44	0.99
88660--88918	140	1.9	135	80	13	296	54	1	1	43	1.17
88660--88930	68	4.0	68	75	9	214	54	1	1	43	1.16
88686--88918	105	2.2	104	84	3	299	52	1	1	44	1.19
88897--88941	19	2.4	18	82	17	56	57	0	0	42	0.98
90789--90874	30	3.0	28	76	8	93	39	8	23	29	1.83
92085--92201	58	2.0	58	96	0	216	33	22	15	29	1.94
92649--92688	18	2.2	18	90	0	62	25	15	7	52	1.68
96512--96631	40	2.9	41	71	18	104	57	0	0	40	1.10
96556--96627	37	2.0	37	81	8	85	59	0	1	38	1.06
96618--96657	21	1.9	21	90	10	64	65	5	0	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96734--96809	24	3.2	23	76	9	73	63	6	1	28	1.28
97015--97057	21	1.9	24	86	13	65	69	0	0	30	0.88
97243--97291	25	1.9	26	83	4	64	51	0	0	48	1.00
97250--97316	30	2.4	27	78	16	73	47	1	0	50	1.10
97806--97842	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
98269--98320	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
102358--102396	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
104469--104506	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
107058--107083	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
107040--107103	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
107958--107990	16	2.0	16	94	5	57	39	12	0	48	1.40
111387--111624	70	3.4	70	89	3	367	30	18	9	41	1.83
111549--112082	90	5.9	93	84	5	700	34	17	7	41	1.77
111549--112082	184	3.0	181	89	3	776	34	17	7	41	1.77
112034--112134	52	1.9	52	89	0	157	31	18	9	39	1.84
112085--112282	89	2.2	91	83	4	249	33	16	7	41	1.77
112929--113069	74	1.9	74	81	11	171	56	1	2	39	1.23
112959--113103	33	4.1	34	69	19	107	54	1	0	43	1.13
112959--113168	108	2.0	107	91	2	341	53	2	1	42	1.22
113375--113409	16	2.1	18	89	10	56	28	17	8	45	1.77
113489--113576	23	3.8	23	74	15	74	34	2	3	60	1.26
113480--113575	47	2.1	47	84	5	124	35	2	4	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113633--113680	20	2.4	19	77	16	53	37	0	4	58	1.18
114376--114420	22	2.0	22	86	0	63	57	0	0	42	0.98
114635--114676	11	3.7	11	83	3	57	35	0	0	64	0.94
120717--120758	14	2.9	15	79	13	52	57	0	0	42	0.99
120733--120777	19	2.3	20	85	11	58	60	0	0	40	0.97
124110--124155	22	2.1	22	100	0	92	54	8	17	19	1.68
129525--129573	22	2.3	21	80	13	55	59	2	0	38	1.09
133583--133612	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
138688--138742	27	2.0	27	85	0	74	12	18	0	69	1.19
141213--141256	21	2.2	21	88	8	65	38	2	6	52	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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