genome.fa.s89.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold89
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5168001

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106304--2106369	26	2.8	24	80	15	68	37	0	0	62	0.96
2106403--2106463	11	5.2	11	71	21	52	36	0	1	62	1.05
2107317--2107357	17	2.5	17	84	7	59	43	0	0	56	0.99
2107777--2107814	16	2.3	17	86	4	51	34	0	2	63	1.09
2113869--2113896	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2118126--2118169	23	1.9	23	82	17	56	50	4	4	40	1.43
2120509--2120546	20	2.0	20	89	5	60	42	5	5	47	1.48
2120827--2120859	5	6.6	5	92	0	57	21	0	3	75	0.93
2121442--2121478	17	2.2	17	90	9	58	56	0	0	43	0.99
2121447--2121476	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
2122353--2122397	22	2.1	22	83	4	56	64	0	4	31	1.13
2122371--2122410	21	1.9	21	85	10	55	62	0	0	37	0.95
2122435--2122467	17	1.9	17	88	11	50	42	0	3	54	1.15
2127336--2127383	2	24.5	2	91	4	80	50	0	2	47	1.12
2127857--2127887	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2128427--2128460	16	2.1	16	88	0	50	58	0	0	41	0.98
2128947--2128971	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2128955--2128991	19	1.9	19	88	0	56	16	8	0	75	1.02
2128938--2128980	16	2.6	17	78	10	54	18	4	0	76	0.95
2129294--2129363	2	35.5	2	88	2	79	48	0	5	45	1.26
2131866--2131894	10	3.0	10	95	5	51	79	0	0	20	0.74
2131861--2131894	9	3.7	9	88	7	50	73	0	0	26	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132293--2132339	23	2.0	24	87	4	69	63	0	2	34	1.06
2132313--2132391	33	2.3	37	76	17	96	60	0	0	39	0.97
2132363--2132406	20	2.1	21	84	12	56	52	0	0	47	1.00
2132411--2132444	14	2.4	14	86	13	52	70	0	0	29	0.87
2132523--2132556	10	3.4	10	83	0	50	44	0	2	52	1.16
2132894--2132957	17	3.8	17	71	20	62	65	1	1	31	1.11
2133098--2133133	18	1.9	19	94	5	65	38	0	0	61	0.96
2133126--2133173	21	2.2	22	77	3	53	37	0	0	62	0.95
2133235--2133302	19	3.5	20	76	11	61	64	0	1	33	1.02
2134494--2134542	15	3.3	15	81	10	57	65	0	2	32	1.04
2134562--2134607	11	3.8	12	78	18	51	47	0	0	52	1.00
2134547--2134607	23	2.6	24	78	14	65	50	0	0	49	1.00
2134618--2134664	24	2.0	24	83	8	60	55	0	4	40	1.19
2144750--2144782	16	2.1	16	94	0	57	84	3	12	0	0.72
2146563--2146602	16	2.5	17	84	15	59	57	0	0	42	0.98
2146862--2146961	31	3.2	31	75	10	121	56	4	6	34	1.43
2146836--2146965	64	2.0	64	95	0	233	53	3	6	36	1.44
2147174--2147208	11	3.3	10	88	11	52	0	14	0	85	0.59
2147585--2147631	13	3.8	13	77	11	53	72	4	0	23	1.02
2147764--2147812	23	2.2	22	80	16	57	2	20	2	75	1.00
2147742--2147814	25	2.8	24	75	20	67	4	21	1	72	1.09
2147956--2147999	21	2.0	21	82	8	52	54	2	4	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148022--2148063	13	3.2	13	78	15	50	59	4	0	35	1.19
2148073--2148183	16	6.6	17	70	23	58	63	0	1	33	1.11
2148063--2148146	32	2.5	32	81	16	100	65	1	2	30	1.13
2148016--2148124	27	4.0	27	74	16	84	62	2	1	33	1.20
2148073--2148199	49	2.5	52	80	14	131	63	0	1	33	1.09
2148122--2148199	19	4.2	18	68	14	52	64	0	0	35	0.94
2148110--2148199	26	3.3	26	74	19	78	63	0	1	35	1.02
2159524--2159557	17	2.0	17	94	0	59	41	14	29	14	1.86
2163919--2163974	3	17.7	3	85	10	60	33	0	0	66	0.92
2171039--2171077	11	3.4	12	82	13	55	30	0	10	58	1.31
2172138--2172171	3	11.3	3	87	0	50	32	0	35	32	1.58
2177506--2177534	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2178826--2178855	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2181016--2181084	33	2.1	33	81	13	79	43	0	1	55	1.08
2181089--2181121	16	2.1	16	94	0	57	39	0	3	57	1.14
2181159--2181199	22	1.9	22	90	5	66	51	4	2	41	1.36
2187363--2187403	3	14.3	3	85	10	59	68	0	2	29	1.03
2187363--2187403	20	2.0	20	95	0	73	68	0	2	29	1.03
2187371--2187403	17	1.9	17	93	0	57	66	0	3	30	1.06
2191173--2191221	24	2.1	23	81	11	55	8	16	2	73	1.16
2191997--2192030	17	2.1	16	88	5	50	55	0	2	41	1.15
2192011--2192051	21	2.0	21	85	0	55	43	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192021--2192079	23	2.5	23	73	13	57	40	0	0	59	0.97
2192001--2192099	36	2.7	36	71	16	87	44	0	1	54	1.06
2193970--2194045	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2193969--2194054	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2193960--2194078	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2198002--2198034	12	2.8	12	90	9	50	36	0	0	63	0.95
2198402--2198429	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2198868--2198911	20	2.2	21	92	8	74	56	0	0	43	0.99
2200045--2200085	20	2.0	21	85	4	57	43	2	0	53	1.13
2200626--2200669	20	2.2	21	88	8	65	40	0	0	59	0.98
2200905--2200967	21	3.0	21	85	0	81	44	1	12	41	1.52
2201896--2201936	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2202680--2202706	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2204801--2204844	22	2.0	22	100	0	88	27	9	9	54	1.62
2205156--2205185	7	4.4	7	95	4	53	0	10	0	90	0.47
2206608--2206636	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
2211324--2211373	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2219692--2219719	12	2.3	12	100	0	56	32	7	0	60	1.24
2221342--2221622	92	3.0	93	81	6	363	31	20	16	31	1.94
2234693--2234733	15	2.7	16	81	11	50	56	0	0	43	0.99
2234706--2234743	13	2.7	14	88	8	51	47	0	2	50	1.15
2235021--2235062	16	2.6	16	88	0	66	14	14	28	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2236074--2236132	26	2.3	26	88	5	84	45	6	0	47	1.29
2239810--2239845	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
2241614--2241671	12	4.6	12	80	16	55	39	0	3	56	1.16
2242633--2242673	22	1.9	21	90	5	64	43	9	7	39	1.65
2242780--2242813	8	4.4	8	92	7	61	52	0	0	47	1.00
2245455--2245549	47	2.0	47	91	0	154	41	15	18	24	1.90
2245560--2245595	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2245621--2245718	29	3.2	28	76	15	90	36	0	2	61	1.08
2245625--2245676	24	2.2	23	80	10	61	34	0	1	63	1.06
2245613--2245725	60	1.9	60	85	10	160	38	0	1	59	1.14
2245637--2245781	60	2.5	58	82	10	154	37	4	1	57	1.27
2245745--2245790	22	2.2	20	84	11	56	47	2	0	50	1.13
2246188--2246223	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
2246469--2246521	21	2.6	21	82	11	67	41	0	0	58	0.98
2247121--2247193	27	2.8	27	80	10	73	52	0	0	47	1.00
2257077--2257119	14	3.0	14	80	6	59	34	0	0	65	0.93
2257072--2257140	29	2.3	29	85	2	84	40	2	0	56	1.14
2257518--2257560	23	1.9	22	90	4	68	65	0	0	34	0.93
2257866--2257935	26	2.6	27	74	17	74	51	1	0	47	1.09
2257918--2257976	19	3.0	19	95	5	100	44	0	0	55	0.99
2258691--2258736	13	3.5	13	81	3	56	78	0	2	19	0.86
2258696--2258735	19	2.1	19	90	9	64	77	0	0	22	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2258688--2258759	22	3.4	22	79	11	71	76	4	2	16	1.06
2258996--2259056	22	2.8	23	79	20	78	67	0	3	29	1.07
2258996--2259067	33	2.2	33	82	7	83	65	0	2	31	1.07
2259326--2259400	26	2.8	28	80	15	86	66	10	0	22	1.22
2259358--2259405	22	2.2	22	88	7	71	68	10	0	20	1.18
2259465--2259523	20	2.8	21	80	12	68	69	1	1	27	1.07
2260150--2260174	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2260412--2260463	24	2.2	23	80	16	61	53	1	0	44	1.11
2260409--2260465	25	2.3	26	82	11	75	52	1	0	45	1.11
2260630--2260677	20	2.5	19	77	12	53	39	0	2	58	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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