genome.fa.s89.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold89
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5168001

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260686--2260758	25	3.0	25	75	15	71	32	0	4	63	1.14
2260686--2260785	49	2.0	49	81	7	114	40	0	3	57	1.14
2261325--2261354	8	3.6	8	91	8	51	86	0	13	0	0.57
2261556--2261580	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2261714--2261747	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
2262464--2262523	17	3.8	16	78	10	61	46	1	0	51	1.10
2262873--2262914	22	2.0	22	81	13	52	47	0	0	52	1.00
2265776--2265812	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2265983--2266135	74	2.0	76	93	6	265	54	10	7	27	1.62
2272098--2272143	2	23.0	2	90	0	74	45	0	2	52	1.13
2272662--2272727	30	2.2	30	81	13	82	53	0	4	42	1.21
2272701--2272738	10	3.7	10	80	19	51	44	0	7	47	1.32
2272866--2272894	11	2.7	11	94	5	51	72	0	0	27	0.85
2272855--2272893	16	2.4	16	87	8	53	71	0	0	28	0.86
2273628--2273679	23	2.3	23	86	6	70	67	3	0	28	1.08
2276501--2277030	264	2.0	264	98	0	1033	22	27	14	35	1.93
2282547--2282601	28	2.0	27	82	10	67	40	5	0	54	1.23
2288455--2288711	140	1.8	140	93	1	444	31	18	15	34	1.92
2293017--2293048	16	2.0	16	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2293507--2293549	17	2.4	18	84	3	52	37	0	2	60	1.10
2294226--2294257	14	2.2	15	94	5	57	6	3	6	84	0.86
2295114--2295154	17	2.3	19	79	12	50	51	2	7	39	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295189--2295239	17	3.1	17	81	10	54	62	1	0	35	1.06
2297761--2297801	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
2311938--2312012	37	2.0	37	97	0	141	22	26	4	46	1.69
2315641--2315734	47	2.0	48	91	2	154	42	9	15	31	1.80
2315855--2315901	25	1.9	24	83	12	60	55	0	0	44	0.99
2318246--2318287	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2318753--2318785	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
2318755--2318789	8	4.4	8	92	0	52	51	5	0	42	1.25
2320327--2320412	27	3.3	26	79	9	95	40	0	2	56	1.12
2320866--2320890	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2322067--2322104	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2322259--2322289	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2325652--2325730	6	13.7	6	77	15	60	32	0	0	67	0.91
2325652--2325727	23	3.4	22	75	8	73	32	0	0	67	0.91
2328262--2328308	18	2.6	19	83	9	64	48	0	0	51	1.00
2328251--2328333	28	3.1	27	80	14	84	50	0	0	49	1.00
2330473--2330538	22	2.9	22	82	10	71	60	0	0	39	0.97
2330483--2330538	11	5.0	11	78	8	60	64	0	0	35	0.94
2331657--2331684	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2331902--2331939	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2341188--2341241	26	2.0	28	82	7	67	50	0	0	50	1.00
2343716--2343881	83	2.0	83	95	0	296	30	8	30	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345458--2345513	28	2.0	28	100	0	112	21	14	25	39	1.91
2346298--2346606	153	2.0	151	97	1	582	38	15	19	26	1.92
2349127--2349175	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2353161--2353208	23	2.1	23	84	0	60	45	2	2	50	1.25
2353851--2353887	8	4.9	8	83	9	51	67	2	0	29	1.04
2353858--2353889	15	2.1	16	94	5	57	65	6	0	28	1.16
2359685--2359725	21	1.9	22	85	5	57	31	0	7	60	1.24
2359828--2359910	44	1.9	42	82	7	103	55	0	0	44	0.99
2360298--2360326	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2360550--2360599	17	3.0	17	71	11	50	68	0	2	30	1.01
2365318--2365383	13	4.8	13	75	15	53	42	3	3	51	1.32
2365515--2365593	26	3.0	26	77	14	83	68	6	1	24	1.20
2365569--2365609	20	2.0	20	86	9	57	73	0	0	26	0.84
2365571--2365612	9	4.4	9	80	19	50	73	0	0	26	0.83
2366130--2366176	19	2.4	20	80	20	55	36	0	2	61	1.08
2366270--2366314	21	2.3	19	84	7	54	62	0	0	37	0.96
2369323--2369365	22	2.0	22	86	9	61	53	4	0	41	1.21
2376203--2376236	15	2.3	15	89	0	50	44	5	0	50	1.26
2383527--2383600	30	2.6	29	82	16	84	55	0	1	43	1.08
2383896--2383920	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2388167--2388225	30	1.9	31	86	3	84	66	0	0	33	0.92
2391993--2392044	19	2.7	20	80	17	65	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391994--2392044	18	2.7	20	76	11	63	37	0	0	62	0.95
2392529--2392588	30	2.2	26	85	11	75	45	0	0	55	0.99
2401604--2401672	30	2.3	31	80	14	74	47	0	0	52	1.00
2402263--2402293	16	1.9	16	93	0	53	51	16	0	32	1.44
2406816--2406859	2	22.0	2	100	0	88	0	0	50	50	1.00
2411563--2411601	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2413654--2413692	15	2.6	14	80	11	51	46	0	0	53	1.00
2419982--2420018	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2425742--2425766	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2438261--2438289	6	4.8	6	100	0	58	86	13	0	0	0.58
2440604--2440679	38	2.0	37	82	7	91	39	0	1	59	1.06
2440617--2440709	20	4.6	19	83	11	73	38	0	0	61	0.96
2440648--2440711	22	2.9	23	88	11	82	39	0	0	60	0.97
2440653--2440723	23	3.3	22	84	5	65	39	0	2	57	1.13
2441526--2441560	3	11.7	3	93	0	61	68	0	2	28	1.04
2442556--2442623	20	3.3	20	79	4	73	45	0	0	54	0.99
2442556--2442609	11	5.2	11	80	13	69	48	0	0	51	1.00
2442556--2442639	41	2.0	41	81	4	96	46	0	1	52	1.08
2444274--2444309	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2445038--2445079	21	2.0	21	100	0	84	38	9	23	28	1.86
2461508--2461549	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
2461533--2461592	27	2.2	27	82	8	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467528--2467568	18	2.3	18	87	8	57	58	0	0	41	0.98
2467537--2467579	19	2.2	20	84	12	54	62	2	0	34	1.08
2468048--2468154	27	3.9	27	75	15	94	62	0	0	37	0.95
2468041--2468101	25	2.6	21	76	19	59	67	0	0	32	0.91
2468063--2468102	20	2.0	20	85	9	55	60	0	0	40	0.97
2468087--2468169	19	3.9	21	74	16	73	61	0	0	38	0.96
2469304--2469335	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2469277--2469331	18	3.1	18	82	10	51	20	7	3	69	1.28
2470270--2470326	28	2.0	30	86	6	82	35	0	1	63	1.05
2470270--2470326	29	2.0	29	86	13	82	35	0	1	63	1.05
2470269--2470332	29	2.2	28	82	17	78	34	0	1	64	1.03
2470322--2470416	23	4.3	22	78	14	72	47	0	1	51	1.07
2470392--2470447	16	3.3	17	73	12	53	57	0	1	41	1.09
2470612--2470701	31	2.8	32	77	12	87	45	0	1	53	1.07
2482654--2482682	11	2.6	11	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2482654--2482686	12	2.8	12	90	4	50	30	0	0	69	0.88
2482704--2482760	20	2.9	19	76	10	62	57	0	0	42	0.98
2484112--2484155	20	2.2	21	84	8	56	45	4	4	45	1.44
2484176--2484238	28	2.2	29	83	11	85	39	0	0	60	0.97
2484219--2484270	15	3.4	14	75	17	50	42	0	0	57	0.98
2484206--2484290	33	2.5	34	79	14	95	45	1	0	52	1.08
2484655--2484687	17	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2484651--2484708	20	3.0	18	82	17	64	46	0	3	50	1.18
2484661--2484717	21	2.9	20	82	17	75	45	0	5	49	1.24
2485374--2485434	20	3.0	21	80	11	72	57	0	0	42	0.98
2485380--2485440	29	2.1	29	87	6	88	62	0	0	37	0.96
2485495--2485557	31	2.0	30	85	11	83	50	0	0	49	1.00
2485552--2485639	28	3.3	25	72	21	72	55	0	1	43	1.07
2485552--2485585	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
2486290--2486373	17	4.9	17	69	17	57	47	0	0	52	1.00
2488396--2488423	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2490079--2490115	5	7.6	5	85	14	51	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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