genome.fa.s89.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold89
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5168001

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743558--2743595	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2744335--2744372	19	2.0	20	84	5	51	68	2	2	26	1.16
2746839--2746888	24	2.0	26	84	11	68	58	2	2	38	1.21
2747777--2747836	26	2.3	26	85	8	77	46	0	1	51	1.10
2747852--2747916	14	4.6	13	78	14	58	43	1	0	55	1.09
2748835--2748954	49	2.4	50	81	16	124	45	0	0	54	0.99
2748859--2748934	21	3.7	21	68	18	61	40	0	0	59	0.98
2749062--2749088	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2752661--2752685	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2753100--2753125	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2758687--2758714	5	5.6	5	100	0	56	39	42	17	0	1.50
2760718--2760744	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
2764709--2764750	18	2.4	18	84	11	52	28	2	4	64	1.26
2764728--2764785	19	2.8	21	76	15	57	43	0	1	55	1.10
2765901--2765927	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2768471--2768525	23	2.5	22	82	11	67	58	0	0	41	0.98
2768486--2768532	23	2.0	24	84	12	62	55	2	0	42	1.12
2768574--2768632	16	3.6	17	80	15	63	54	3	0	42	1.17
2773106--2773211	29	3.6	29	77	17	103	56	0	0	42	1.05
2773169--2773208	19	2.1	19	85	0	53	60	0	0	40	0.97
2776852--2776894	21	2.0	21	95	0	77	44	0	9	46	1.35
2779477--2779510	2	17.0	2	93	0	59	0	47	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786577--2786648	27	2.9	24	74	11	63	18	30	16	34	1.93
2790315--2790354	20	2.0	20	95	0	71	20	22	20	37	1.94
2794861--2794902	15	2.7	16	88	3	59	57	0	0	42	0.99
2796468--2796509	19	2.2	19	87	8	59	78	0	2	19	0.86
2798374--2798448	18	3.6	22	68	28	58	49	0	1	49	1.09
2798871--2798912	20	2.1	20	86	0	57	38	0	2	59	1.10
2799310--2799342	17	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
2800314--2800355	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2800496--2800577	13	6.8	13	74	22	65	40	0	0	59	0.97
2800515--2800576	17	3.6	17	72	28	51	43	0	0	56	0.99
2800478--2800569	45	2.1	44	84	10	116	41	0	0	58	0.98
2800492--2800580	25	3.5	25	73	13	65	40	0	0	59	0.97
2800495--2800575	32	2.5	34	84	9	98	40	0	0	59	0.98
2800481--2800580	20	5.1	20	69	24	70	40	0	0	60	0.97
2800492--2800585	13	7.4	13	70	18	56	40	0	0	59	0.97
2808184--2808210	1	27.0	1	100	0	54	0	100	0	0	0.00
2811241--2811266	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2811558--2811587	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2814207--2814242	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
2824730--2824776	16	2.9	16	84	6	60	74	2	0	23	0.93
2824749--2824778	12	2.4	12	94	5	51	83	0	0	16	0.65
2826390--2826531	70	2.0	70	90	0	221	32	14	19	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2832156--2832187	14	2.4	14	94	5	57	53	0	0	46	1.00
2833523--2833562	21	1.9	21	85	10	55	42	0	0	57	0.98
2833933--2833994	22	2.8	22	80	9	63	35	3	0	61	1.12
2834396--2834481	43	2.0	44	81	9	104	41	3	1	53	1.25
2841422--2841458	19	1.9	19	89	10	58	40	0	2	56	1.13
2841494--2841680	34	5.2	37	72	14	167	41	6	2	49	1.40
2841476--2841705	71	3.2	72	80	8	290	39	5	2	52	1.39
2841495--2841701	72	2.9	71	82	2	272	40	5	2	51	1.39
2841689--2841733	23	2.0	22	82	4	54	33	2	0	64	1.06
2842986--2843020	18	1.9	18	88	0	52	2	22	11	62	1.41
2845370--2845442	14	5.9	12	71	19	53	56	0	0	43	0.99
2845405--2845484	23	3.4	23	71	15	65	57	0	0	42	0.98
2845664--2845703	20	2.0	20	85	5	53	40	2	0	57	1.12
2846057--2846121	33	2.0	33	85	14	91	49	0	0	50	1.00
2846797--2846825	14	2.1	14	100	0	58	31	27	13	27	1.94
2848066--2848096	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
2848067--2848122	24	2.3	24	71	0	58	46	1	1	50	1.22
2854192--2854225	2	16.5	2	93	6	59	50	2	0	47	1.16
2863714--2863743	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
2864648--2864712	28	2.3	28	79	10	71	53	1	0	44	1.09
2864842--2864898	20	3.3	18	72	27	61	54	0	0	45	0.99
2864805--2864888	22	3.8	21	75	13	71	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2864842--2864902	33	1.9	31	93	6	104	55	0	0	44	0.99
2864889--2864928	21	2.0	20	90	5	62	62	0	0	37	0.95
2865497--2865532	14	2.6	14	87	12	56	47	0	0	52	1.00
2876952--2877045	40	2.4	40	83	11	117	47	0	0	52	1.00
2878513--2878578	17	4.1	17	69	26	54	50	1	0	48	1.10
2878954--2879003	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
2879472--2879527	19	2.9	18	76	10	58	58	0	1	39	1.08
2880757--2880797	9	4.7	9	80	14	50	65	0	0	34	0.93
2881504--2881570	35	1.9	34	88	8	100	47	1	0	50	1.10
2882221--2882283	22	2.9	21	80	15	58	66	4	3	25	1.26
2882394--2882447	18	3.2	18	74	15	51	1	37	0	61	1.07
2882389--2882452	33	1.9	33	87	0	92	1	32	0	65	1.02
2882410--2882510	20	4.8	20	72	20	80	0	29	0	70	0.88
2882410--2882484	24	3.2	24	72	11	73	0	29	0	70	0.87
2882472--2882518	15	3.1	15	78	6	51	0	27	0	72	0.85
2882476--2882518	10	4.2	10	80	14	52	0	30	0	69	0.88
2883265--2883290	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2883301--2883336	6	6.0	6	90	0	54	33	16	16	33	1.92
2889301--2889340	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
2890324--2890358	3	11.7	3	87	0	52	62	0	34	2	1.10
2890956--2890980	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2891900--2891925	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2893092--2893127	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2894002--2894031	14	2.1	15	93	6	53	23	6	0	70	1.11
2896270--2896329	3	20.0	3	96	0	111	68	0	0	31	0.90
2899633--2899662	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2900780--2900822	20	2.2	20	87	8	61	27	0	2	69	1.00
2900780--2900821	7	6.0	7	81	18	52	28	0	2	69	1.01
2901959--2902123	78	2.1	77	85	8	228	30	13	10	45	1.77
2902036--2902228	96	2.0	97	87	3	280	33	12	8	45	1.72
2902132--2902328	81	2.5	78	83	2	268	34	11	8	46	1.69
2901959--2902306	177	2.0	173	83	4	430	33	12	8	45	1.72
2903013--2903143	25	5.2	25	68	21	71	41	1	0	57	1.08
2903032--2903089	32	1.9	32	86	10	86	50	0	0	50	1.00
2903062--2903119	18	3.3	17	77	13	55	43	3	0	53	1.17
2903097--2903148	20	2.7	19	74	11	52	34	3	0	61	1.14
2903253--2903314	32	1.9	32	83	6	81	43	0	0	56	0.99
2905195--2905224	3	10.0	3	100	0	60	33	33	33	0	1.58
2906269--2906304	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
2921249--2921278	1	30.0	1	93	0	51	0	3	96	0	0.21
2921655--2921694	21	1.9	21	85	10	55	57	2	0	40	1.12
2922929--2922979	17	3.1	16	74	20	52	66	0	0	33	0.92
2923108--2923135	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
2930377--2930405	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2932139--2932172	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2933385--2933451	35	1.9	34	81	3	80	34	7	19	38	1.80
2937598--2937646	14	3.4	14	78	13	55	63	0	4	32	1.13
2944575--2944618	16	2.7	16	86	13	63	34	0	0	65	0.93
2948307--2948357	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
2948608--2948645	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
2952017--2952063	21	2.2	22	82	17	64	55	0	2	42	1.12
2952017--2952067	20	2.5	21	84	15	63	52	0	1	45	1.12
2952231--2952289	26	2.3	26	81	0	73	47	0	8	44	1.33
2952326--2952362	18	2.1	18	100	0	74	48	21	10	18	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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