genome.fa.s89.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold89
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5168001

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145398--145428	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
146646--146676	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
146949--146986	13	3.1	13	85	11	53	36	0	0	63	0.95
146993--147058	32	2.1	33	82	5	82	56	1	0	42	1.08
147779--147832	20	2.7	21	83	11	60	51	1	5	40	1.36
152459--152494	14	2.6	14	91	8	56	41	0	0	58	0.98
152968--153001	2	17.5	2	87	6	52	44	0	0	55	0.99
153321--153366	15	3.0	15	82	14	58	56	0	0	43	0.99
154220--154269	16	3.1	17	80	8	68	50	0	0	50	1.00
154207--154316	37	3.1	35	72	25	97	52	0	3	43	1.18
154216--154316	32	3.0	31	77	17	103	51	0	3	44	1.20
155186--155250	19	3.7	18	70	19	57	56	0	0	43	0.99
155178--155302	35	3.7	35	81	11	138	53	1	1	43	1.20
155172--155332	31	5.0	30	80	10	126	52	2	2	42	1.28
155208--155306	16	6.1	16	71	13	76	50	2	1	46	1.19
157494--157567	29	2.5	28	77	12	69	58	4	0	37	1.17
159033--159060	1	28.0	1	100	0	56	0	100	0	0	0.00
163384--163427	21	2.1	21	87	8	63	70	0	0	29	0.88
163453--163499	22	2.3	19	86	13	67	25	0	0	74	0.82
163663--163719	29	2.0	29	82	6	71	49	1	0	49	1.11
164659--164683	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
166239--166263	6	4.2	6	100	0	50	32	16	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171654--171703	21	2.3	22	86	3	66	44	0	0	56	0.99
172524--172558	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
172699--172728	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
174711--174753	23	2.0	23	86	9	63	48	2	6	41	1.43
177522--177581	26	2.3	28	77	16	74	63	0	0	36	0.95
177488--177576	21	4.0	21	70	21	65	57	1	0	41	1.06
177770--177795	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
178312--178362	4	12.8	4	91	0	57	35	0	13	50	1.42
178320--178362	16	2.7	16	96	0	77	37	0	11	51	1.39
178309--178362	20	2.7	20	94	0	99	37	0	12	50	1.41
178889--178921	14	2.4	14	90	5	50	48	0	0	51	1.00
179035--179060	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
181459--181502	13	3.1	14	81	18	56	34	0	2	63	1.07
182769--182799	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
183450--183489	14	2.9	15	85	14	59	40	0	0	60	0.97
183620--183661	21	2.0	22	86	13	61	47	0	0	52	1.00
183618--183895	117	2.5	107	83	10	292	52	1	1	44	1.20
183724--183870	35	4.1	36	66	18	92	49	1	0	48	1.14
183800--183879	33	2.4	33	79	10	83	53	0	1	45	1.08
183869--183922	23	2.4	23	87	6	76	64	5	3	25	1.32
183714--183922	109	1.9	109	84	3	276	53	2	1	43	1.23
184214--184567	119	2.9	120	81	11	395	42	2	1	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188166--188200	18	1.9	18	88	0	52	82	8	5	2	0.91
188883--188933	14	3.4	15	78	15	52	76	0	21	1	0.88
188880--188935	17	3.3	17	74	0	58	78	0	19	1	0.84
189277--189336	29	2.1	29	81	12	70	21	1	5	71	1.14
195272--195313	19	2.2	19	100	0	84	47	26	4	21	1.70
196470--196504	12	3.2	11	92	8	54	0	0	8	91	0.42
196470--196506	18	2.0	19	89	5	58	0	0	10	89	0.49
199848--199893	23	2.0	23	87	12	67	45	0	0	54	0.99
199991--200035	16	2.8	16	86	3	63	46	0	0	53	1.00
200318--200359	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
200429--200466	17	2.1	19	85	9	53	71	0	0	28	0.87
201336--201362	14	1.9	14	100	0	54	59	14	14	11	1.62
204195--204229	16	2.2	16	100	0	70	22	11	5	60	1.52
204482--204510	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
206343--206388	18	2.7	18	83	6	51	69	0	0	30	0.89
212989--213044	28	2.0	28	96	0	103	30	14	10	44	1.79
214080--214147	33	2.0	33	82	5	82	33	1	4	60	1.26
214133--214186	11	4.6	12	77	11	58	33	3	0	62	1.12
214135--214186	23	2.2	24	86	10	72	34	3	0	61	1.14
215875--215912	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
216685--216720	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
217284--217340	23	2.4	24	94	2	98	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219623--219669	24	1.9	24	87	12	69	68	0	0	31	0.90
220444--220477	11	3.0	11	91	4	50	67	0	0	32	0.91
221892--221933	22	1.9	22	85	0	57	38	4	0	57	1.20
223985--224061	11	6.6	11	71	25	52	28	1	1	68	1.05
223954--224023	20	3.5	20	76	9	79	28	2	0	68	1.04
223998--224035	15	2.5	15	86	0	58	26	2	0	71	1.00
224106--224138	17	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
224309--224337	14	2.0	15	93	6	51	34	3	6	55	1.44
224532--224574	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
225466--225492	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
226014--226060	22	2.1	22	84	7	60	46	0	0	53	1.00
228525--228566	15	2.8	15	82	10	59	28	0	0	71	0.86
231237--231273	19	2.0	18	89	5	56	45	0	0	54	1.00
232471--232504	3	10.7	3	87	12	50	67	0	2	29	1.05
232471--232504	17	2.1	16	89	10	52	67	0	2	29	1.05
234106--234149	23	2.0	23	81	4	54	34	6	22	36	1.81
236310--236385	28	2.6	29	86	12	95	59	1	0	39	1.06
240521--240553	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
241238--241293	27	2.1	27	96	0	103	33	12	12	41	1.81
245920--245968	13	3.8	13	78	7	55	44	4	4	46	1.41
247274--247311	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
249170--249194	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249646--249676	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
250935--250989	27	2.0	28	85	3	76	40	0	0	60	0.97
250985--251029	23	1.9	24	90	4	74	57	2	0	40	1.11
251337--251382	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
252342--252375	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
252595--252630	16	2.2	16	95	0	63	38	0	2	58	1.13
256194--256237	17	2.6	17	77	0	52	45	2	2	50	1.27
259632--259688	16	3.6	15	79	11	60	57	3	0	38	1.16
259651--259683	13	2.4	14	90	10	50	54	0	0	45	0.99
260086--260120	18	1.9	18	94	0	61	37	0	14	48	1.44
261859--262015	83	1.9	84	87	1	235	51	5	6	36	1.51
264826--264878	22	2.3	23	81	18	67	58	0	0	41	0.98
265038--265082	23	1.9	24	86	13	67	42	0	0	57	0.98
266641--266673	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
267220--267273	27	2.0	27	82	7	65	38	1	0	59	1.08
267270--267331	23	2.7	23	92	0	79	56	3	0	40	1.15
267281--267331	23	2.2	23	100	0	102	56	3	0	39	1.18
267522--267559	16	2.4	16	87	12	53	60	2	0	36	1.11
267620--267656	19	2.0	18	89	5	56	62	0	0	37	0.96
267686--267751	33	2.0	34	87	3	98	34	7	9	48	1.63
269913--269945	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
276109--276158	26	1.9	26	91	0	82	48	2	8	42	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277047--277090	23	1.9	23	85	0	61	56	0	0	43	0.99
278097--278144	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
278881--278915	18	1.9	18	88	11	54	54	5	0	40	1.24
279451--279490	16	2.5	16	84	12	55	55	0	0	45	0.99
280208--280271	26	2.5	26	100	0	128	50	6	0	43	1.27
280471--280558	5	18.6	5	69	23	57	62	2	0	35	1.08
280485--280555	11	6.5	11	73	13	67	60	2	0	36	1.11
280490--280555	14	4.4	16	72	14	68	60	3	0	36	1.12
280471--280530	21	3.1	19	81	11	68	65	1	0	33	1.03
281459--281867	208	1.9	210	81	5	495	50	8	7	33	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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