genome.fa.s92.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold92
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2337674

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5046--5370	156	2.1	157	80	3	361	33	14	23	28	1.94
5037--5369	78	4.3	78	80	5	309	33	14	23	28	1.94
5302--5416	51	2.3	51	86	3	151	33	11	27	27	1.91
7692--7816	50	2.5	50	89	0	187	44	13	16	26	1.84
8417--8515	43	2.4	40	79	14	110	45	13	28	13	1.80
8523--8764	42	5.7	42	76	8	220	42	11	24	20	1.86
8445--8593	77	1.9	78	81	9	180	41	15	24	18	1.89
8522--8734	86	2.5	83	80	8	223	42	12	25	19	1.86
8607--8769	85	1.9	86	82	1	202	44	11	23	20	1.84
8523--8762	128	1.9	128	80	6	281	42	12	25	20	1.87
8763--8987	61	3.7	61	79	5	217	30	20	23	25	1.99
10047--10246	107	1.9	108	83	5	262	32	16	25	26	1.96
10121--10197	28	2.8	28	85	0	91	24	19	32	23	1.97
10180--10569	51	7.4	51	73	15	303	31	11	26	30	1.92
10180--10402	52	4.3	53	80	6	208	32	11	25	30	1.91
10074--10571	264	1.9	263	89	2	786	31	12	26	28	1.93
10385--10460	27	2.8	28	85	2	100	21	19	34	25	1.96
12916--12942	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
12987--13051	19	3.8	17	74	25	66	38	13	12	35	1.83
13004--13028	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
12987--13047	32	1.9	32	93	0	104	37	14	13	34	1.85
13311--13857	61	8.9	59	84	6	596	31	19	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13353--13857	121	4.1	120	84	7	624	31	19	24	25	1.98
13311--13857	182	3.0	181	89	2	772	31	19	23	25	1.98
15080--15124	24	1.9	24	90	4	74	4	13	13	68	1.35
15081--15131	24	2.2	24	82	3	59	3	19	11	64	1.41
20031--20312	78	3.7	78	80	7	276	34	15	24	26	1.95
20276--20372	28	3.4	28	81	12	126	32	23	21	21	1.98
20105--20527	212	2.0	213	97	0	794	35	16	23	24	1.95
20041--20589	290	1.9	291	83	6	711	34	16	24	25	1.95
20318--20655	78	4.3	78	81	5	342	34	14	24	25	1.94
22770--22841	36	2.0	36	100	0	144	25	13	19	41	1.88
28267--28319	27	2.0	26	85	10	72	58	32	1	7	1.37
33350--33383	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
33765--33797	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
39216--39241	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
54702--54866	28	5.7	28	83	7	195	28	32	16	22	1.96
54699--54866	90	1.9	88	86	4	239	28	32	16	22	1.96
54822--54892	28	2.6	27	84	4	88	36	29	14	19	1.91
54924--55333	49	8.5	49	74	10	326	24	25	19	31	1.98
55011--55188	87	2.0	89	85	4	243	26	25	20	28	1.99
55102--55234	48	2.7	49	84	1	160	25	22	18	33	1.97
54921--55273	188	1.9	189	84	1	485	24	25	18	31	1.98
55149--55333	99	1.8	99	82	2	235	23	22	19	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56078--56103	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
60762--60818	27	2.1	27	86	0	78	49	1	0	49	1.11
65354--65378	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
70662--70688	14	1.9	14	100	0	54	29	7	44	18	1.77
79732--79759	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
79714--79777	33	1.9	33	87	6	94	37	14	14	34	1.86
83356--83387	16	2.0	16	93	0	55	18	0	3	78	0.89
84348--84437	31	2.9	31	84	0	117	27	17	37	16	1.92
84964--85024	31	2.0	31	93	0	104	16	27	19	36	1.93
85063--85101	19	2.2	17	86	9	51	23	5	0	71	1.05
85645--85857	79	2.7	80	85	5	240	32	14	24	28	1.94
85721--85996	130	2.1	130	82	1	347	33	14	23	28	1.94
85851--86166	79	4.0	78	80	4	346	32	14	24	27	1.94
85696--86074	209	1.8	209	87	1	562	33	13	24	28	1.93
85851--86154	158	1.9	158	87	1	439	32	14	25	27	1.95
85875--86199	158	2.1	159	78	6	338	37	13	22	26	1.91
96247--96297	26	2.0	26	96	0	93	35	9	13	41	1.78
98042--98070	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
98044--98074	15	2.1	14	94	5	53	51	0	0	48	1.00
99094--99118	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
101058--101083	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
102710--102752	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103091--103136	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
103136--103174	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
103440--103471	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
103626--103653	6	4.7	6	100	0	56	35	28	17	17	1.93
104679--104711	16	2.0	17	88	5	50	48	30	18	3	1.63
112031--112056	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
116869--116905	2	18.5	2	94	0	65	51	45	0	2	1.15
118547--118597	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
126768--126796	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
135053--135081	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
137686--137727	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
141463--141492	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
149770--149819	12	4.2	12	75	17	50	56	0	0	44	0.99
150149--150288	6	23.5	6	67	20	62	35	0	1	62	1.10
150143--150287	43	3.7	41	77	15	121	36	0	1	61	1.10
150173--150290	8	13.4	9	69	18	72	35	0	0	62	1.07
150250--150304	9	5.5	11	75	16	50	29	0	0	70	0.87
150244--150311	29	2.3	29	85	9	93	32	1	0	66	1.01
150232--150289	19	3.1	19	73	14	57	34	0	0	65	0.93
155470--155520	24	2.2	23	86	6	68	52	0	1	45	1.12
155581--155634	25	2.1	26	89	3	83	59	0	0	40	0.98
155581--155634	13	4.2	13	85	4	83	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160593--160619	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
162970--163025	20	2.9	19	84	5	76	51	1	0	46	1.11
163029--163081	18	3.0	18	75	5	54	66	0	0	33	0.92
163030--163068	11	3.5	11	82	6	51	64	0	0	35	0.94
167315--167354	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
168905--168963	29	2.1	28	83	3	73	37	0	0	62	0.95
168924--168963	7	5.6	7	85	14	55	37	0	0	62	0.95
168908--168963	15	3.8	15	77	13	62	37	0	0	62	0.95
171113--171139	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
176170--176195	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
180954--181019	23	3.2	20	77	12	64	50	1	3	45	1.26
180986--181025	2	19.5	2	94	5	71	50	0	2	47	1.14
182563--182599	14	2.4	16	78	13	51	51	0	8	40	1.32
187447--187493	3	15.3	3	86	4	67	29	2	2	65	1.15
190554--190579	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
195427--195458	2	16.0	2	93	0	55	0	50	3	46	1.17
196160--196194	3	11.3	3	93	6	61	65	2	0	31	1.07
201068--201103	17	2.2	17	95	5	65	52	0	0	47	1.00
201111--201144	12	2.8	12	91	8	52	52	0	0	47	1.00
201073--201149	29	2.7	28	73	16	77	51	0	1	46	1.09
201162--201208	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
201370--201394	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202841--202882	9	4.7	9	87	0	57	69	4	26	0	1.08
207401--207473	18	4.2	18	79	6	89	45	12	5	36	1.65
216511--216548	15	2.6	15	87	4	51	44	10	0	44	1.38
227384--227414	6	5.0	6	96	4	53	35	64	0	0	0.94
227798--227826	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
229659--229684	13	2.0	13	100	0	52	23	46	7	23	1.78
247763--247788	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
250884--250911	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
256557--256590	17	2.1	16	88	5	50	47	2	2	47	1.32
260765--260810	15	2.8	17	80	12	51	50	2	0	47	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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