genome.fa.s92.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold92
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2337674

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030615--2030680	34	2.0	31	83	13	80	69	0	0	30	0.88
2033440--2033510	32	2.2	31	85	5	88	38	1	1	59	1.15
2033525--2033558	13	2.5	13	85	4	50	64	0	0	35	0.94
2033938--2033975	15	2.5	15	95	0	67	36	26	7	28	1.84
2034548--2034584	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
2034544--2034584	14	2.9	14	92	0	73	43	0	4	51	1.23
2043033--2043118	29	2.9	30	72	19	83	61	1	2	34	1.16
2043033--2043118	20	4.2	22	72	17	62	61	1	2	34	1.16
2048608--2048665	27	2.2	26	93	3	98	44	1	13	39	1.54
2048670--2048715	24	1.9	24	90	0	74	45	2	0	52	1.13
2049986--2050058	34	2.2	35	82	9	98	49	0	0	50	1.00
2049990--2050057	18	3.9	19	70	24	60	50	0	0	50	1.00
2053271--2053330	26	2.5	23	79	15	68	48	1	0	50	1.11
2054256--2054312	15	3.8	15	78	15	64	43	0	1	54	1.10
2055014--2055042	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2062255--2062279	13	1.9	13	100	0	50	32	8	0	60	1.26
2063057--2063094	15	2.5	16	91	8	62	57	0	0	42	0.98
2063058--2063096	16	2.5	17	88	12	57	56	0	0	43	0.99
2063846--2063904	21	2.6	22	79	15	68	54	0	1	44	1.10
2068342--2068392	25	2.0	27	88	7	79	45	1	1	50	1.24
2075754--2075816	25	2.6	23	83	14	74	66	0	1	31	1.01
2076646--2076693	24	2.0	24	87	4	69	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079663--2079750	37	2.3	39	74	5	90	57	0	1	40	1.06
2079678--2079741	27	2.3	29	81	5	78	60	0	0	39	0.97
2080029--2080071	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
2080741--2080844	42	2.5	42	84	6	138	25	15	18	40	1.90
2082861--2082891	6	5.2	6	100	0	62	83	0	0	16	0.64
2083809--2083834	12	2.2	12	100	0	52	73	0	0	26	0.84
2084971--2085023	22	2.3	24	81	15	67	56	0	1	41	1.10
2085362--2085410	23	2.1	24	84	3	64	57	2	2	38	1.22
2088520--2088546	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2090174--2090236	2	31.5	2	90	0	99	47	1	3	47	1.27
2092197--2092240	19	2.3	18	81	11	52	56	9	0	34	1.31
2095581--2095623	15	2.6	18	82	14	56	51	2	2	44	1.27
2096246--2096317	24	2.9	23	74	21	72	65	1	0	33	1.02
2096250--2096313	28	2.3	28	83	5	85	67	1	0	31	1.00
2097249--2097299	24	2.0	26	85	7	70	58	0	0	41	0.98
2099640--2099723	43	2.0	43	83	4	107	54	0	2	42	1.13
2099989--2100216	110	2.1	112	89	5	356	49	1	2	46	1.26
2101125--2101187	12	5.2	12	73	9	56	31	3	0	65	1.09
2101543--2101582	21	1.9	21	89	0	62	47	0	0	52	1.00
2101881--2101988	29	3.6	29	78	12	112	60	0	0	39	0.97
2101880--2101945	13	4.8	13	75	15	62	63	0	0	36	0.95
2101921--2101994	33	2.2	33	85	2	94	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102710--2102761	13	3.4	17	67	25	51	55	5	0	38	1.24
2102707--2102763	29	2.0	29	93	3	98	52	5	0	42	1.24
2102713--2102772	29	2.1	29	84	6	77	56	5	1	36	1.31
2103376--2103450	36	2.1	36	92	0	123	32	4	12	52	1.57
2110297--2110354	12	5.0	12	80	16	61	53	0	0	46	1.00
2110295--2110351	24	2.3	26	87	6	82	54	0	0	45	0.99
2110750--2110789	19	2.1	19	90	0	62	27	0	2	70	1.01
2111373--2111432	20	3.1	19	73	15	52	38	1	1	58	1.18
2111403--2111458	12	4.7	12	76	10	53	28	1	5	64	1.26
2112906--2112936	16	1.9	16	93	0	53	38	0	3	58	1.15
2112917--2112971	25	2.1	25	90	6	83	49	0	1	49	1.11
2113894--2113962	29	2.4	29	77	18	72	50	0	0	49	1.00
2115028--2115059	17	1.9	16	93	6	55	78	0	21	0	0.76
2115427--2115738	156	2.0	157	87	0	446	44	9	3	42	1.53
2115714--2115754	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2116383--2116439	24	2.5	22	78	18	62	42	1	1	54	1.21
2116434--2116476	19	2.2	20	87	4	61	65	2	2	30	1.18
2122252--2122281	3	9.7	3	92	7	51	33	0	0	66	0.92
2122774--2122806	16	2.0	17	88	5	50	18	6	3	72	1.18
2126853--2126928	32	2.5	30	82	6	107	39	0	5	55	1.23
2127010--2127074	27	2.4	27	78	0	67	21	6	15	56	1.60
2127331--2127374	20	2.3	19	85	14	63	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127643--2127671	13	2.2	13	100	0	58	31	6	13	48	1.69
2127731--2127773	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2128342--2128375	6	5.7	6	90	10	52	61	0	0	38	0.96
2128349--2128376	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2128647--2128677	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2128764--2128860	30	3.2	29	78	11	86	42	13	2	42	1.55
2128806--2128876	30	2.4	29	90	6	108	39	8	2	49	1.48
2129034--2129073	2	20.0	2	89	0	62	47	2	2	47	1.29
2129255--2129297	19	2.2	21	84	12	56	39	2	9	48	1.48
2129817--2129898	42	2.0	42	95	0	146	56	12	6	25	1.59
2130998--2131028	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2135656--2136116	72	6.5	72	87	3	628	43	18	7	30	1.77
2135674--2136094	210	2.0	210	88	0	626	43	18	6	30	1.76
2136001--2136121	39	3.3	39	67	17	121	42	20	8	28	1.81
2136384--2136436	27	2.0	27	84	0	70	28	3	41	26	1.73
2140991--2141037	21	2.2	21	84	0	58	23	14	14	46	1.82
2142590--2142727	66	2.1	67	91	1	224	36	15	13	34	1.87
2148991--2149035	20	2.2	20	84	7	56	86	0	6	6	0.70
2153993--2154029	13	2.8	13	91	4	56	62	0	0	37	0.96
2156994--2157037	7	5.9	7	85	15	61	75	0	0	25	0.81
2156983--2157044	24	2.7	22	83	13	81	77	1	0	20	0.85
2156983--2157044	23	2.7	23	88	9	92	77	1	0	20	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2156995--2157030	17	2.2	17	95	5	65	77	0	0	22	0.76
2162775--2162826	21	2.5	21	90	3	79	36	17	9	36	1.82
2163458--2163515	28	2.1	28	86	0	80	36	0	8	55	1.31
2164456--2164511	18	2.9	20	80	15	73	48	0	1	50	1.11
2175038--2175070	16	2.1	16	100	0	66	27	6	18	48	1.71
2177511--2177559	20	2.3	22	79	6	57	55	0	0	44	0.99
2177503--2177578	32	2.4	32	83	12	88	52	0	0	47	1.00
2177509--2177578	15	4.5	16	70	18	58	54	0	0	45	0.99
2177863--2177905	19	2.2	20	83	4	52	69	0	2	27	1.00
2179033--2179083	23	2.3	23	81	18	65	50	1	0	47	1.12
2179774--2179821	16	2.7	18	79	20	57	39	2	0	58	1.10
2179774--2179821	17	2.6	19	75	21	57	39	2	0	58	1.10
2181033--2181079	19	2.3	20	82	10	60	40	0	0	59	0.97
2181039--2181087	19	2.7	19	72	27	52	40	0	0	59	0.98
2181350--2181400	17	3.0	17	78	16	61	64	0	1	33	1.05
2181360--2181411	27	2.0	27	88	3	79	65	0	0	34	0.93
2181869--2181902	13	2.6	13	90	0	50	23	8	0	67	1.18
2182240--2182270	13	2.3	14	94	5	55	25	6	0	67	1.14
2182295--2182372	27	2.7	26	72	18	66	48	0	1	50	1.09
2182312--2182399	26	3.4	27	75	10	69	53	1	1	44	1.15
2186182--2186251	32	2.2	32	84	0	86	45	2	0	51	1.16
2187207--2187235	3	9.7	3	100	0	58	0	34	34	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2190547--2190586	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
2193220--2193259	16	2.4	17	84	15	57	47	0	0	52	1.00
2193223--2193258	18	2.1	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
2193237--2193408	25	7.5	24	67	26	81	49	2	0	47	1.18
2193237--2193290	26	2.1	25	82	3	63	51	1	0	46	1.11
2193262--2193303	19	2.2	19	83	8	50	50	0	0	50	1.00
2193353--2193416	21	2.8	23	77	15	71	51	0	0	48	1.00
2193713--2193744	15	2.1	16	94	5	57	65	0	0	34	0.93
2193707--2193780	26	2.8	27	84	13	100	62	0	0	37	0.96
2193748--2193777	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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