genome.fa.s92.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold92
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2337674

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
719325--719407	32	2.5	33	80	11	98	44	0	0	55	0.99
721966--722001	18	2.0	18	94	0	63	36	13	16	33	1.89
721975--722032	31	1.9	30	86	10	82	32	10	24	32	1.89
728182--728272	47	1.9	47	93	0	155	47	9	9	32	1.70
728933--729115	67	2.7	67	95	0	330	44	21	12	21	1.85
734310--734388	28	2.8	27	76	16	79	45	1	1	51	1.17
734304--734349	17	2.7	17	75	0	56	54	0	0	45	0.99
734373--734450	16	4.7	15	73	23	59	30	0	1	67	0.98
734388--734430	5	8.4	5	89	5	68	34	0	0	65	0.93
734385--734438	21	2.6	21	80	11	74	33	0	0	66	0.92
734612--734655	16	2.6	18	82	10	56	81	2	6	9	0.94
734977--735019	11	3.8	11	81	6	50	37	0	2	60	1.10
734975--735025	16	3.3	15	81	10	59	39	0	1	58	1.09
734963--735025	23	2.9	23	77	15	71	39	0	1	58	1.07
735341--735398	23	2.4	23	85	5	71	29	3	0	67	1.07
737252--737331	32	2.5	33	82	12	94	46	0	1	52	1.08
737206--737373	16	10.3	17	68	17	72	39	0	0	59	1.06
737315--737363	25	2.0	25	84	8	64	32	0	0	67	0.91
737759--737808	12	4.5	11	78	16	59	48	2	0	50	1.12
740438--740506	31	2.2	31	87	5	95	57	0	0	42	0.98
740442--740494	20	2.8	19	81	10	65	56	0	0	43	0.99
740445--740511	11	5.6	12	73	18	59	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740500--740543	22	2.0	23	86	8	65	54	2	0	43	1.12
740470--740557	17	4.9	17	72	13	61	52	1	0	46	1.08
741742--741802	22	2.8	22	90	2	88	32	4	24	37	1.77
749793--749840	14	3.4	14	77	11	53	60	2	6	31	1.33
749773--749855	29	2.8	29	77	14	89	55	1	6	37	1.32
750147--750176	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
752109--752187	17	4.8	16	73	17	63	35	0	1	63	1.03
752101--752153	20	2.6	21	74	14	56	37	0	0	62	0.96
752589--752645	11	4.9	12	83	12	66	61	0	0	38	0.96
753185--753252	29	2.4	29	83	9	79	44	5	2	47	1.42
753389--753491	28	3.7	27	80	13	95	39	5	4	49	1.48
753853--753901	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
753901--753928	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
757183--757212	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
757600--757655	20	2.7	22	77	22	68	44	0	0	55	0.99
760965--761032	16	4.2	15	77	20	66	47	0	0	52	1.00
760961--761039	32	2.3	35	85	10	101	48	0	0	51	1.00
761261--761362	51	2.0	51	92	1	170	39	2	1	55	1.26
761476--761505	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
764582--764611	7	4.3	7	95	0	51	3	33	26	36	1.73
764913--765000	43	2.0	43	100	0	176	38	2	9	50	1.47
765702--765803	29	3.4	29	71	10	91	52	8	2	35	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767329--767364	13	2.8	13	95	0	63	58	5	0	36	1.22
767765--767806	2	21.5	2	95	4	77	47	0	0	52	1.00
768447--768496	7	7.3	7	77	11	50	42	0	2	56	1.11
768463--768515	20	2.6	21	85	8	65	35	1	3	58	1.27
770211--770260	13	3.7	14	73	7	50	30	8	2	60	1.37
770911--770954	23	2.0	22	81	4	52	54	2	4	38	1.33
771963--772006	18	2.4	20	75	17	51	43	0	0	56	0.99
772675--772717	22	2.0	22	86	9	61	51	0	0	48	1.00
774683--774742	24	2.4	27	83	10	74	61	6	0	31	1.22
774791--774851	24	2.5	25	79	12	65	37	0	3	59	1.14
774868--774977	51	2.2	50	80	3	114	56	0	0	42	1.05
779262--779295	17	2.0	17	88	0	50	50	5	5	38	1.51
780365--780414	10	5.1	10	82	2	57	68	2	0	30	1.01
780375--780413	14	2.6	15	84	12	53	69	0	0	30	0.89
780372--780474	33	3.1	32	78	12	102	63	0	0	36	0.95
780416--780519	24	4.0	25	73	19	79	56	0	0	42	1.05
780395--780534	43	3.2	45	73	17	116	57	0	0	41	1.03
780409--780533	19	6.9	19	70	19	65	56	0	0	43	1.05
780480--780534	29	1.9	30	85	7	78	58	1	0	40	1.09
781120--781186	26	2.6	25	84	11	75	61	0	0	38	0.96
781131--781249	17	6.9	17	69	26	65	58	0	0	41	0.98
781190--781240	15	3.3	15	75	20	59	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781142--781260	39	3.2	36	73	19	95	55	0	0	43	1.05
785550--785609	23	2.5	25	78	10	70	53	0	0	46	1.00
788929--788962	16	2.1	16	88	0	50	52	8	2	35	1.47
788954--789019	33	2.0	33	100	0	132	36	12	9	42	1.74
788955--789031	33	2.5	31	91	6	120	38	12	10	37	1.78
793099--793153	29	2.0	29	86	13	80	30	1	0	67	1.01
793084--793141	20	3.2	18	82	7	55	36	1	0	62	1.06
793099--793153	28	2.0	29	86	13	80	30	1	0	67	1.01
794143--794238	31	3.3	29	75	16	99	44	0	0	55	0.99
794498--794575	38	2.1	35	84	15	97	44	0	2	52	1.14
794508--794604	37	2.7	35	77	16	101	44	0	3	52	1.16
794947--795002	20	2.6	23	77	16	73	48	0	1	50	1.11
797472--797510	20	1.9	21	84	5	53	38	0	12	48	1.42
799040--799084	17	2.8	17	83	12	51	48	0	0	51	1.00
799015--799088	29	2.6	28	79	6	87	55	1	0	43	1.08
800122--800156	16	2.2	16	89	0	52	48	0	2	48	1.16
800201--800258	26	2.4	24	83	16	75	46	0	0	53	1.00
800170--800252	27	3.4	24	74	18	64	44	1	0	54	1.08
800459--800488	11	2.6	11	94	5	51	63	0	0	36	0.95
803426--803463	19	2.1	19	95	5	69	57	0	0	42	0.98
807785--807848	31	2.1	31	85	2	85	51	7	3	37	1.47
808262--808408	27	5.4	27	67	26	71	36	1	0	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808275--808392	18	6.5	19	68	20	56	34	1	0	63	1.05
808279--808375	46	2.1	45	81	9	108	35	2	0	62	1.07
808321--808390	30	2.2	32	80	11	83	31	0	0	68	0.90
808317--808391	12	6.1	12	69	15	55	30	0	0	69	0.89
808613--808675	6	10.7	6	75	14	60	66	0	0	33	0.92
808598--808669	11	6.3	11	73	13	65	65	1	1	31	1.10
814283--814324	22	2.0	21	86	13	59	35	0	0	64	0.94
814362--814413	21	2.5	22	81	9	63	50	1	0	48	1.12
814420--814456	16	2.3	16	90	9	58	62	0	0	37	0.96
814515--814552	14	2.7	15	88	8	53	52	0	0	47	1.00
814970--814997	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
815009--815059	13	4.2	13	76	20	56	64	0	0	35	0.94
815009--815068	23	2.6	23	87	10	79	65	0	0	35	0.93
815034--815077	14	3.1	14	83	3	52	61	0	0	38	0.96
815000--815077	23	3.5	23	70	15	65	60	0	0	39	0.97
815331--815388	14	4.0	15	74	12	50	46	0	1	51	1.11
819475--819517	8	5.6	8	78	10	54	58	0	0	41	0.98
819466--819521	22	2.5	23	77	13	71	58	0	0	41	0.98
819468--819517	15	3.3	15	86	8	66	58	0	0	42	0.98
819475--819533	28	2.0	28	84	12	75	55	1	0	42	1.09
820114--820161	24	2.0	23	84	11	62	50	4	0	45	1.21
821271--821319	16	3.2	16	83	13	59	32	0	2	65	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824696--824804	18	5.5	19	72	12	78	54	0	1	43	1.17
825146--825187	22	1.9	22	85	9	59	59	0	0	40	0.97
827817--827845	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
828964--829001	16	2.5	15	84	12	51	57	0	0	42	0.98
830452--830493	14	2.8	15	82	10	50	50	0	0	50	1.00
831023--831063	15	2.5	16	88	11	57	48	0	2	48	1.14
831649--831703	13	4.4	12	80	17	51	49	0	1	49	1.11
831776--831807	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
832299--832355	26	2.4	24	82	11	64	45	0	0	54	0.99
832289--832374	36	2.5	32	76	16	84	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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