genome.fa.s92.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold92
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2337674

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193684--2193785	26	3.9	26	73	15	77	59	0	0	40	0.97
2194093--2194175	26	3.2	26	66	16	62	28	2	14	54	1.53
2194079--2194182	53	2.0	53	92	0	172	28	2	14	53	1.55
2194259--2194291	11	3.1	11	91	4	50	45	0	0	54	0.99
2194230--2194319	23	4.1	22	68	13	60	48	0	0	51	1.00
2195132--2195167	12	2.8	13	87	8	56	77	0	0	22	0.76
2195766--2195794	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
2196286--2196333	12	4.4	11	84	10	55	35	0	6	58	1.23
2196286--2196333	5	8.8	5	86	13	60	35	0	6	58	1.23
2196641--2196695	22	2.5	21	82	8	56	65	0	0	34	0.93
2196823--2196896	16	4.8	16	76	14	66	63	0	0	36	0.95
2196830--2196896	15	4.5	15	77	15	68	65	0	0	34	0.93
2196836--2196923	21	4.0	23	80	10	87	60	0	0	39	0.97
2196825--2196899	14	5.3	13	73	23	55	62	0	0	37	0.95
2196858--2196917	23	2.4	25	89	8	88	58	0	0	41	0.98
2196909--2196954	21	2.2	21	92	3	76	50	0	0	50	1.00
2197429--2197482	15	3.6	14	78	11	54	62	0	0	37	0.95
2197515--2197583	19	3.5	19	74	14	68	55	0	1	43	1.08
2197576--2197633	26	2.3	25	85	8	73	53	0	0	46	1.00
2197576--2197633	25	2.3	26	85	8	75	53	0	0	46	1.00
2198089--2198154	9	7.0	9	71	10	51	34	4	0	60	1.17
2198113--2198166	9	5.6	10	74	12	51	37	3	0	59	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198356--2198429	27	2.7	27	82	12	80	62	2	0	35	1.10
2198383--2198421	19	2.2	19	86	9	55	69	2	0	28	1.02
2198351--2198429	28	2.9	27	78	16	74	60	2	1	35	1.18
2201096--2201173	27	2.9	25	73	17	68	42	1	0	56	1.07
2201364--2201459	24	4.0	24	75	14	92	53	0	0	46	1.00
2201381--2201423	18	2.5	17	81	7	50	51	0	0	48	1.00
2202386--2202446	30	2.0	30	84	6	79	47	0	1	50	1.10
2202383--2202440	22	2.5	22	76	23	57	50	0	0	50	1.00
2203150--2203182	11	3.3	10	88	12	50	69	0	0	30	0.88
2203134--2203188	20	2.9	19	86	7	76	69	0	1	29	0.99
2203134--2203208	38	2.0	38	82	10	91	65	0	1	33	1.01
2203165--2203240	33	2.3	33	84	6	93	57	1	1	39	1.15
2203223--2203256	14	2.4	14	86	13	52	50	0	0	50	1.00
2207870--2207950	41	2.0	42	83	11	105	45	0	0	54	0.99
2207922--2207988	14	5.2	13	72	21	52	35	4	2	56	1.35
2208184--2208217	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
2208473--2208506	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
2208032--2208615	289	2.0	290	98	0	1143	39	9	9	41	1.70
2214097--2214175	17	4.3	18	76	17	65	54	0	1	44	1.08
2214711--2214744	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
2215160--2215214	17	3.4	16	72	20	51	56	0	0	43	0.99
2215160--2215233	16	4.2	18	74	20	59	55	1	0	43	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215677--2215725	14	3.5	13	78	10	53	75	2	0	22	0.90
2216432--2216473	16	2.5	17	80	3	50	30	0	2	66	1.04
2222384--2222417	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2222417--2222449	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2223058--2223145	28	3.2	28	77	16	85	37	0	2	60	1.10
2223071--2223146	25	2.8	27	82	11	93	40	0	0	59	0.98
2225860--2225896	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2228476--2228547	26	2.7	27	80	6	83	29	6	16	47	1.73
2228489--2228547	27	2.2	26	84	3	73	33	6	16	42	1.75
2233416--2233453	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
2234332--2234389	27	2.2	26	78	3	62	63	1	0	34	1.04
2239098--2239156	24	2.7	22	76	21	61	55	0	0	44	0.99
2239690--2239749	18	3.4	16	78	14	57	68	1	0	30	0.99
2240606--2240657	23	2.4	21	83	6	68	42	0	0	57	0.98
2240606--2240665	21	2.7	22	85	10	70	43	0	0	56	0.99
2242407--2242442	18	1.9	18	88	5	54	69	0	0	30	0.89
2244611--2244644	17	1.9	17	88	5	50	47	17	20	14	1.83
2250175--2250215	11	3.9	10	84	9	55	36	0	0	63	0.95
2251214--2251495	157	1.8	156	88	0	429	32	14	8	45	1.74
2251648--2251703	24	2.3	24	100	0	112	32	19	17	30	1.95
2253846--2253887	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
2254137--2254218	22	3.8	22	68	22	57	57	0	1	41	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256080--2256115	15	2.4	15	90	9	56	55	2	0	41	1.14
2257955--2258041	8	11.0	8	75	14	58	36	3	1	58	1.22
2257952--2258041	39	2.3	39	90	1	135	36	3	1	58	1.22
2257955--2258040	15	5.5	15	70	18	59	37	3	1	58	1.23
2259778--2259825	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2262259--2262332	36	2.1	36	100	0	148	44	5	16	33	1.70
2264583--2264618	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
2265308--2265359	19	2.7	19	78	0	50	40	1	3	53	1.30
2274214--2274246	17	2.0	17	88	5	50	51	0	3	45	1.16
2274212--2274257	21	2.2	21	84	0	56	47	0	2	50	1.13
2274365--2274430	22	3.0	22	80	8	71	37	3	13	45	1.59
2274376--2274437	22	2.8	22	90	0	97	37	3	12	46	1.58
2275790--2275859	19	3.8	19	82	15	78	71	1	0	27	0.94
2275898--2275937	15	2.7	14	88	7	53	50	0	0	50	1.00
2276128--2276172	19	2.3	19	84	3	54	46	0	0	53	1.00
2276313--2276347	16	2.1	16	89	5	52	37	0	0	62	0.95
2285601--2285633	14	2.4	14	100	0	66	87	0	0	12	0.53
2286175--2286228	22	2.4	23	85	14	78	44	0	0	55	0.99
2286249--2286294	7	6.4	7	85	14	67	47	0	0	52	1.00
2286249--2286290	13	3.0	13	86	13	57	45	0	0	54	0.99
2286692--2286734	19	2.3	18	80	11	52	46	0	2	51	1.13
2286944--2287000	23	2.6	23	89	8	84	64	0	0	35	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286952--2287009	19	3.2	18	77	15	57	67	1	0	31	1.01
2286934--2287037	40	2.6	38	76	20	95	59	0	0	38	1.10
2287703--2287766	24	2.7	24	79	13	62	65	0	3	31	1.08
2287689--2287779	35	2.6	33	81	10	101	65	0	3	30	1.08
2288007--2288036	9	3.4	9	90	9	53	63	0	0	36	0.95
2288545--2288630	24	3.5	24	73	17	70	53	1	1	44	1.15
2288607--2288688	30	2.8	29	77	15	80	57	1	0	41	1.06
2288575--2288699	24	5.2	24	68	25	68	59	0	0	40	1.03
2288602--2288698	29	3.4	27	76	17	90	57	1	0	41	1.05
2288638--2288699	22	2.7	23	77	5	63	61	0	0	38	0.96
2289139--2289185	22	2.1	22	84	7	60	40	0	0	59	0.97
2289550--2289577	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2292976--2293023	15	3.3	14	80	16	53	56	2	2	39	1.23
2293383--2293423	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2293675--2293715	12	3.3	12	82	3	55	21	0	0	78	0.76
2293886--2293924	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
2294846--2294891	19	2.3	19	88	7	65	56	0	2	41	1.11
2295191--2295282	40	2.3	40	92	0	157	45	8	15	30	1.76
2297580--2297635	20	2.9	20	80	12	55	44	0	0	55	0.99
2298042--2298075	12	2.8	12	90	4	50	82	0	5	11	0.83
2298833--2298874	22	1.9	22	85	9	59	40	0	0	59	0.97
2303455--2303522	21	3.0	21	72	8	55	44	7	10	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304043--2304079	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2305973--2305997	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
2306093--2306166	9	7.9	10	75	17	61	54	0	1	44	1.08
2307004--2307041	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2311730--2311784	14	3.7	15	76	13	51	60	0	0	40	0.97
2312249--2312296	17	2.8	17	77	3	51	41	2	6	50	1.39
2312960--2313024	28	2.2	30	81	8	80	36	1	0	61	1.05
2312972--2313023	19	2.7	19	82	11	70	38	0	0	61	0.96
2312952--2313025	28	2.6	28	80	6	78	40	1	0	58	1.07
2313160--2313203	16	2.7	16	85	3	52	34	0	2	63	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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