genome.fa.s1465.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11160956

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1804196--1804232	18	2.1	18	89	0	56	54	8	0	37	1.30
1804222--1804261	21	1.9	21	89	0	62	50	5	0	45	1.23
1805561--1805604	15	2.9	15	89	3	61	63	4	0	31	1.14
1805534--1805587	3	18.0	3	88	7	65	61	0	0	38	0.96
1805819--1805897	28	2.8	28	77	11	79	40	6	0	53	1.26
1805865--1805960	50	1.9	50	85	8	133	44	2	0	53	1.12
1805903--1805976	37	2.0	37	81	0	85	48	1	0	50	1.09
1805982--1806008	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1806079--1806116	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1806146--1806271	28	4.3	29	75	15	100	55	2	3	38	1.31
1806146--1806273	57	2.2	57	78	14	145	56	2	3	37	1.31
1807373--1807944	111	5.1	112	92	1	900	45	14	14	25	1.83
1807373--1807944	223	2.6	223	91	2	918	45	14	14	25	1.83
1807816--1808267	179	2.5	180	92	2	744	42	13	16	27	1.85
1811206--1811248	21	2.1	21	83	8	54	20	6	2	69	1.23
1814005--1814034	13	2.4	13	94	5	53	73	0	6	20	1.05
1817527--1817584	30	1.9	30	82	0	71	46	3	3	46	1.36
1818064--1818115	14	3.7	14	97	0	95	15	19	30	34	1.93
1823450--1823484	18	1.9	18	88	0	52	42	17	8	31	1.79
1831553--1831685	70	1.9	70	87	0	194	33	24	25	16	1.96
1834423--1834882	45	10.2	45	89	1	647	40	14	21	24	1.90
1834423--1834882	224	2.0	225	88	1	699	40	14	21	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1838558--1839010	45	10.1	45	86	1	595	41	12	21	24	1.88
1838558--1838997	179	2.4	180	86	3	575	40	12	22	24	1.89
1841416--1841464	24	2.0	24	92	0	80	42	10	14	32	1.79
1846537--1847009	55	8.6	55	89	0	615	33	16	18	31	1.93
1852398--1852440	20	2.2	20	100	0	86	25	23	27	23	2.00
1855517--1855578	31	2.0	31	96	0	115	38	20	12	27	1.90
1867866--1867891	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1878034--1878108	36	2.1	36	100	0	150	21	14	22	41	1.89
1881441--1881633	89	2.1	90	89	4	300	20	25	26	27	1.99
1886130--1886322	89	2.1	90	89	4	300	20	24	26	28	1.99
1893783--1893816	18	1.9	17	88	5	50	29	29	23	17	1.97
1900297--1901077	39	20.2	39	82	5	829	36	15	17	29	1.91
1900854--1901317	76	6.1	76	74	10	350	39	12	15	32	1.86
1900752--1901160	226	1.8	227	86	2	599	38	13	15	32	1.87
1900752--1901223	226	2.1	225	84	4	592	38	13	16	32	1.87
1912723--1912770	24	2.0	24	91	0	78	50	20	4	25	1.66
1920243--1920268	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
1924799--1924843	21	2.1	22	84	12	58	75	4	2	17	1.07
1924860--1924910	17	3.1	16	83	13	59	74	1	3	19	1.07
1931731--1931792	20	3.0	20	83	9	70	24	32	24	19	1.98
1934692--1935013	38	8.7	36	77	14	140	45	5	4	44	1.46
1934699--1935013	36	8.5	37	79	11	299	46	5	4	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1934699--1935013	37	8.5	36	80	11	316	46	5	4	43	1.46
1935609--1936556	84	11.4	84	80	5	946	24	20	25	30	1.99
1935609--1936556	165	5.7	163	85	2	1106	24	20	25	30	1.99
1935743--1936556	329	2.5	332	88	2	1199	24	20	25	29	1.99
1939302--1939338	15	2.5	15	90	0	56	8	16	67	8	1.40
1941657--1941714	5	11.6	5	75	14	57	75	1	3	18	1.03
1941780--1941839	17	3.6	16	82	15	68	73	1	3	21	1.07
1941602--1941820	34	6.2	33	67	23	99	71	3	8	15	1.25
1943068--1943240	73	2.4	71	89	4	240	46	5	4	43	1.46
1943068--1943240	36	4.8	35	83	8	215	46	5	4	43	1.46
1942925--1943240	37	8.5	36	78	12	291	45	5	3	45	1.44
1943068--1943263	73	2.7	71	82	7	173	49	5	4	41	1.44
1943253--1943294	16	2.6	16	85	7	50	76	4	9	9	1.15
1944584--1944616	3	11.3	3	93	6	59	36	0	0	63	0.95
1944916--1944962	22	2.1	22	84	7	60	59	23	8	8	1.54
1951460--1951552	38	2.6	34	78	13	96	30	17	12	39	1.87
1951469--1951550	34	2.3	37	85	8	107	34	15	12	37	1.85
1958162--1958200	21	1.9	21	89	5	62	28	28	7	35	1.85
1961498--1961578	22	3.7	22	76	0	81	23	19	25	30	1.98
1969830--1969955	42	3.0	42	81	2	146	29	18	19	32	1.96
1970360--1970618	44	5.9	44	73	5	177	30	19	15	34	1.93
1970360--1970618	87	3.0	88	76	6	240	30	19	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974659--1974701	20	2.0	23	86	13	65	25	2	2	69	1.12
1974804--1974849	22	2.1	22	95	0	83	39	4	4	52	1.41
1974811--1974864	22	2.5	22	84	6	65	44	5	5	44	1.50
1974999--1975040	15	2.6	16	82	17	52	33	4	0	61	1.17
1977743--1977800	23	2.6	23	83	2	73	18	17	6	56	1.62
1982205--1983104	67	13.5	67	79	4	820	28	21	18	32	1.96
1982205--1984422	134	16.8	134	79	6	2078	27	21	18	32	1.97
1982956--1983075	38	3.4	36	70	19	101	27	20	21	30	1.98
1982205--1984422	201	11.2	199	80	5	2098	27	21	18	32	1.97
1982989--1983155	29	5.7	29	66	20	78	30	20	21	26	1.98
1983062--1983158	51	1.9	51	95	0	176	35	15	22	26	1.94
1982994--1983222	118	1.9	118	88	0	341	30	19	20	29	1.97
1983113--1984422	67	19.7	67	82	2	1503	26	21	19	31	1.97
1983521--1983750	29	7.3	29	72	16	172	26	22	20	30	1.98
1983803--1983922	38	3.4	37	67	19	103	25	23	21	29	1.99
1984508--1985175	55	12.1	55	85	2	813	30	20	18	30	1.96
1985244--1985518	82	3.4	82	83	3	338	36	22	17	23	1.95
1987186--1987228	20	2.0	23	86	13	65	25	2	2	69	1.12
1987325--1987366	21	2.0	22	86	9	61	45	4	0	50	1.23
1993295--1993329	18	1.9	18	88	0	52	31	31	14	22	1.94
1994176--1994224	21	2.3	22	86	13	75	24	24	16	34	1.95
1997826--1997875	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1998410--1998486	21	3.6	21	77	10	84	25	24	16	32	1.96
2006647--2006733	31	2.8	31	94	1	147	50	11	0	37	1.39
2009074--2009131	3	20.0	3	76	13	59	27	3	1	67	1.17
2010270--2010323	20	2.6	23	75	22	64	27	1	12	57	1.46
2011288--2011331	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
2015583--2015627	24	1.9	24	90	4	74	40	8	4	46	1.55
2015912--2015957	4	12.2	4	82	13	62	52	21	0	26	1.47
2015920--2015955	18	2.1	17	94	5	63	52	22	0	25	1.47
2016299--2016436	36	3.9	35	80	7	161	31	19	12	36	1.89
2016410--2016648	105	2.3	102	83	7	288	30	20	11	37	1.88
2016616--2016713	36	2.8	34	80	6	108	34	19	12	33	1.89
2016955--2017059	29	3.8	27	87	7	140	28	9	16	45	1.78
2016955--2017059	55	1.9	53	84	9	138	28	9	16	45	1.78
2017109--2017171	30	2.1	30	91	5	101	36	11	11	41	1.76
2017015--2017201	93	2.0	90	90	5	295	31	11	14	42	1.81
2017070--2017337	148	1.8	146	94	2	475	32	12	14	39	1.84
2017257--2017320	30	2.1	30	91	5	103	35	10	14	39	1.81
2017481--2017704	120	1.9	121	79	9	262	30	13	12	43	1.81
2017602--2017724	65	1.9	64	88	1	183	27	14	12	45	1.81
2017844--2017891	15	2.9	16	82	14	53	31	25	6	37	1.81
2018201--2018339	66	2.1	65	82	5	172	26	22	14	36	1.92
2018498--2018551	28	1.9	28	84	0	72	22	18	16	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2018580--2018897	46	7.4	45	71	18	178	23	30	19	26	1.98
2018609--2018898	42	6.9	42	73	15	233	23	31	19	25	1.98
2019054--2019111	3	20.0	3	76	13	59	27	3	1	67	1.17
2020248--2020301	20	2.6	23	75	22	64	27	1	12	57	1.46
2021266--2021309	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
2023791--2023815	11	2.3	11	100	0	50	20	12	16	52	1.75
2028423--2028461	19	2.0	20	85	5	53	51	5	12	30	1.62
2028932--2029018	43	2.0	44	86	4	122	35	17	24	22	1.95
2029023--2029180	43	3.7	43	80	8	169	33	17	23	25	1.96
2029022--2029191	88	2.0	86	82	3	207	32	17	24	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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