genome.fa.s1465.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11160956

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  43  of  55  ( 6520 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8631879--8632044	85	2.0	84	82	7	201	29	17	21	31	1.96
8632016--8632070	13	4.2	13	92	0	92	34	18	21	25	1.96
8640154--8640193	21	1.9	21	94	0	71	25	37	25	12	1.91
8640222--8640265	19	2.2	20	92	8	81	22	22	4	50	1.67
8640581--8640621	20	2.0	20	86	9	57	56	4	4	34	1.42
8644628--8644695	23	3.0	23	86	0	100	17	26	26	29	1.98
8645252--8645302	25	2.0	25	100	0	102	49	3	11	35	1.58
8646841--8646877	16	2.2	18	85	9	51	62	2	18	16	1.45
8649730--8649791	23	2.7	23	82	0	88	25	27	20	25	1.99
8659566--8659682	29	4.2	27	77	20	100	41	23	18	17	1.90
8659596--8659678	25	3.0	27	78	19	100	40	25	19	14	1.89
8660628--8660740	12	9.3	12	70	18	58	37	0	0	61	1.09
8660636--8660792	62	2.6	59	85	12	203	40	0	1	57	1.11
8660762--8660817	21	2.5	22	80	13	62	39	1	1	57	1.20
8660638--8660827	62	3.1	60	78	13	194	41	1	1	56	1.13
8661804--8662213	206	2.0	203	97	2	777	50	12	13	24	1.75
8663306--8663413	45	2.4	45	82	4	137	30	20	16	32	1.95
8671790--8671898	45	2.4	47	87	7	163	29	22	17	31	1.96
8673709--8673783	39	1.9	38	86	2	105	20	17	40	22	1.92
8673571--8673904	130	2.5	131	83	2	373	25	16	30	28	1.96
8674772--8674870	33	2.9	34	77	10	103	44	12	17	26	1.83
8675181--8675213	14	2.3	15	94	5	59	21	3	27	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8675188--8675226	18	2.2	18	86	9	53	25	0	25	48	1.51
8679993--8680026	17	2.0	17	94	0	59	47	2	5	44	1.42
8684567--8684600	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8689027--8689184	21	7.8	20	70	9	79	38	24	16	20	1.92
8689149--8689203	20	2.8	19	86	5	74	43	27	16	12	1.84
8689171--8689380	20	10.5	20	83	5	228	36	25	18	20	1.95
8690062--8690108	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
8692554--8692689	31	4.2	32	83	9	163	44	20	21	13	1.85
8692594--8692778	19	10.7	19	76	19	208	45	17	22	14	1.84
8692554--8692689	33	4.2	32	87	7	197	44	20	21	13	1.85
8692554--8692689	64	2.1	64	88	8	197	44	20	21	13	1.85
8692594--8692778	83	2.1	87	90	7	290	45	17	22	14	1.84
8692682--8692800	33	3.5	33	84	13	177	45	17	22	14	1.85
8692665--8692800	70	2.0	69	98	1	263	44	17	22	14	1.85
8692807--8692922	53	2.2	53	98	1	225	13	24	18	43	1.86
8692825--8692922	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
8693025--8693060	14	2.6	14	95	4	65	41	22	0	36	1.54
8694830--8694894	18	3.4	19	83	10	80	44	27	16	10	1.81
8694830--8694963	19	7.6	19	75	18	119	45	23	19	11	1.82
8694885--8694941	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
8694830--8694958	33	3.8	33	87	5	168	46	24	18	10	1.81
8694959--8695087	19	7.3	19	73	17	116	9	17	27	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8694959--8695050	33	2.8	33	91	3	141	8	18	27	45	1.78
8695135--8695509	93	4.1	93	97	1	718	46	18	12	22	1.83
8697200--8697283	19	4.7	19	80	14	106	44	22	22	10	1.84
8697178--8697283	52	2.0	52	96	0	194	45	20	23	10	1.82
8697302--8697379	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
8697303--8697378	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
8697456--8697526	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
8697706--8697759	22	2.5	22	81	0	72	20	16	38	24	1.92
8697907--8698100	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
8697907--8698100	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
8698087--8698169	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
8698067--8698165	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
8708023--8708074	22	2.4	22	86	0	77	7	26	0	65	1.20
8708603--8708647	20	2.2	20	96	0	81	28	20	26	24	1.99
8709030--8709057	12	2.3	12	100	0	56	50	0	14	35	1.43
8716628--8716659	3	11.3	3	87	12	50	68	0	0	31	0.90
8718499--8718580	40	2.0	40	95	0	146	35	8	10	45	1.70
8718953--8718997	21	2.1	21	92	8	74	62	0	0	37	0.96
8720263--8720301	20	1.9	20	84	5	51	43	17	12	25	1.85
8731049--8731090	18	2.3	18	100	0	84	35	30	14	19	1.91
8735221--8735298	23	3.3	23	81	1	93	32	23	20	24	1.98
8735309--8735522	103	2.1	103	95	0	383	37	24	12	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8748413--8748473	23	2.7	23	89	0	86	29	26	22	21	1.99
8748497--8748714	103	2.1	103	94	0	382	37	23	12	26	1.91
8752529--8752571	22	2.0	22	100	0	86	27	9	25	37	1.87
8753032--8753435	152	2.7	153	87	5	558	27	18	6	47	1.73
8754005--8754036	15	2.1	15	94	0	55	21	31	6	40	1.78
8755586--8755619	16	2.2	16	89	5	52	47	17	0	35	1.48
8763541--8763745	100	2.0	100	98	0	392	40	20	20	19	1.92
8764309--8764346	20	1.9	20	100	0	76	39	0	13	47	1.42
8764607--8764654	22	2.1	23	85	11	64	45	0	0	54	0.99
8764619--8764686	26	2.7	25	80	14	70	45	0	2	51	1.16
8774929--8774968	20	2.0	20	85	0	53	35	2	0	62	1.09
8781495--8781766	138	2.0	134	96	2	499	42	16	10	30	1.82
8784329--8784482	31	5.0	31	92	2	258	24	18	20	37	1.94
8784329--8784482	61	2.5	61	92	2	256	24	18	20	37	1.94
8787236--8787269	16	2.1	17	88	5	52	5	14	8	70	1.31
8791598--8791625	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8792237--8792269	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
8792702--8792773	22	3.2	22	79	15	85	52	1	1	44	1.18
8792550--8793005	229	2.0	227	88	10	684	38	10	7	43	1.67
8798674--8798717	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
8803273--8803318	22	2.1	22	87	0	65	56	6	6	30	1.50
8806644--8806693	14	3.6	14	72	20	50	28	6	2	64	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8809318--8809357	6	6.0	7	83	16	50	12	17	10	60	1.59
8809413--8809505	34	2.6	34	79	5	96	21	12	9	55	1.65
8809418--8809494	14	5.6	14	72	14	61	19	12	11	55	1.67
8811870--8811908	14	2.8	14	88	0	51	82	0	12	5	0.83
8814022--8814198	75	2.4	75	85	1	257	31	15	23	29	1.95
8815056--8815211	53	2.9	53	86	4	215	37	14	20	27	1.91
8815578--8815696	22	5.4	22	85	2	166	36	12	10	40	1.78
8816337--8816689	45	7.8	45	92	0	544	25	21	19	33	1.96
8816738--8816907	76	2.3	75	96	1	313	25	18	22	33	1.97
8816850--8817008	45	3.5	45	92	1	264	25	21	21	32	1.98
8816990--8817182	102	1.9	102	91	2	316	31	20	18	30	1.96
8817324--8817354	3	10.0	3	93	6	53	35	0	0	64	0.94
8818700--8818745	24	2.0	23	82	4	56	36	2	2	58	1.22
8818871--8818908	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
8818969--8819013	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
8819196--8819235	16	2.4	17	95	4	73	42	0	0	57	0.98
8823481--8823521	4	10.2	4	89	0	64	21	0	29	48	1.50
8834290--8834317	14	2.0	14	100	0	56	28	21	28	21	1.99
8842974--8843029	21	2.7	21	78	15	62	0	5	16	78	0.92
8842993--8843021	11	2.6	11	100	0	58	0	0	17	82	0.66
8850280--8850370	24	3.8	24	79	18	100	31	18	15	34	1.92
8850280--8850370	27	3.7	24	79	13	96	31	18	15	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8850326--8850369	23	2.0	22	86	8	63	38	18	11	31	1.86
8850627--8850755	35	3.7	34	85	8	100	32	6	17	42	1.76
8850662--8850722	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
8850654--8850772	35	3.3	37	88	8	174	31	5	19	43	1.72
8851178--8851222	16	2.8	16	100	0	90	33	6	26	33	1.83
8855298--8855358	21	3.2	21	63	29	55	31	4	19	44	1.72
8855290--8855408	35	3.3	36	88	4	179	31	5	19	43	1.72
8860083--8860134	3	17.3	3	95	0	95	34	1	0	63	1.06
8862314--8862388	30	2.8	27	74	18	68	36	5	1	57	1.30
8862327--8862386	29	2.1	29	87	6	86	36	5	1	56	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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