genome.fa.s1465.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11160956

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   

This is table  1  of  55  ( 6520 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1305--1872	4	145.0	4	94	4	1018	0	24	50	25	1.50
2154--10834	4	2215.0	4	92	6	14882	24	0	25	49	1.52
27534--28212	138	4.9	137	83	5	823	25	18	17	37	1.93
29175--29291	42	2.8	42	80	5	121	35	23	18	22	1.96
29207--29269	20	3.0	22	81	9	94	31	28	15	23	1.96
29276--29605	144	2.3	144	87	0	471	30	16	26	26	1.96
29497--29653	84	1.9	85	93	4	273	32	17	24	25	1.97
29637--29750	42	2.7	41	78	6	122	32	21	18	28	1.96
29793--30336	55	10.1	52	77	8	308	41	18	8	31	1.81
29881--30128	53	4.7	52	76	6	176	40	17	10	31	1.83
29974--30171	107	1.8	108	84	3	274	38	17	9	34	1.82
29821--30173	160	2.2	162	78	6	396	41	18	9	31	1.82
29844--30336	54	9.2	53	76	10	267	41	18	9	31	1.81
30082--30345	54	4.9	55	81	7	274	42	16	7	32	1.76
30133--30338	108	1.9	110	87	4	310	42	16	7	33	1.76
30272--30417	72	2.0	73	90	1	231	44	13	8	33	1.74
30328--30365	17	2.2	18	90	4	60	50	15	7	26	1.72
31485--31633	77	1.9	79	85	10	209	44	5	8	42	1.56
33624--33735	7	14.6	7	76	14	89	2	18	2	75	1.03
33624--33735	15	7.3	14	73	16	89	2	18	2	75	1.03
33655--33736	31	2.8	29	75	15	78	2	18	2	76	1.00
33716--33778	25	2.6	25	78	14	69	9	11	1	77	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33726--33776	22	2.3	23	86	6	70	11	7	1	78	1.04
36872--36936	28	2.3	28	100	0	130	43	6	10	40	1.65
41805--41846	7	6.0	7	100	0	84	28	14	0	57	1.38
42330--42394	28	2.3	28	91	0	112	21	32	21	24	1.98
48821--48848	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
53659--53839	94	1.9	94	88	2	274	21	17	15	45	1.85
53660--53856	47	4.2	47	84	1	234	22	19	15	42	1.89
54254--54331	21	3.9	20	70	15	63	24	29	12	33	1.92
55143--55212	13	5.0	13	79	16	77	22	44	14	18	1.86
55157--55215	31	1.9	31	92	0	100	22	44	15	18	1.87
55170--55210	18	2.3	18	86	0	55	21	46	14	17	1.84
56531--56566	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
57675--57790	24	4.8	24	87	4	162	25	15	18	40	1.90
58004--58068	2	32.5	2	96	0	121	49	1	0	49	1.10
60004--60073	18	4.2	18	78	17	87	20	48	18	12	1.80
60026--60062	13	2.8	13	83	0	56	18	45	21	13	1.84
60065--60096	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
60062--60105	15	2.8	15	93	6	70	13	34	29	22	1.93
62546--62661	24	4.8	24	87	4	153	25	14	18	40	1.89
64235--64303	21	3.2	21	63	25	54	31	17	8	42	1.80
64152--64304	45	3.4	45	90	2	238	32	18	7	41	1.78
64404--64565	40	4.1	40	92	0	261	34	25	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65382--65415	17	2.0	17	100	0	68	47	17	0	35	1.48
71877--72115	47	5.1	47	84	4	304	22	19	15	43	1.87
75025--75054	10	3.0	10	100	0	60	80	0	10	10	0.92
77140--78035	259	3.4	258	87	2	1199	34	15	15	33	1.90
78693--78755	20	3.2	20	86	6	76	15	34	26	22	1.94
79720--79816	48	2.1	46	81	9	117	36	9	4	50	1.54
84347--84385	21	2.0	21	90	10	64	25	5	28	41	1.77
92698--92745	17	2.8	17	93	0	78	39	10	8	41	1.69
92888--92936	17	2.9	17	87	0	71	28	22	30	18	1.97
99813--99870	24	2.4	24	88	0	89	25	24	29	20	1.99
100993--101067	35	2.1	35	90	4	116	40	0	16	44	1.47
106841--107001	66	2.5	65	87	2	216	29	17	23	29	1.97
108793--108825	15	2.1	16	88	5	50	36	6	6	51	1.51
115783--115841	24	2.4	25	88	8	86	25	25	28	20	1.99
116033--116098	31	2.2	31	91	2	107	34	25	1	37	1.66
122589--122673	24	3.4	24	78	12	82	23	21	28	27	1.99
125156--125361	103	2.0	103	99	0	403	44	16	20	17	1.87
131409--131460	24	2.1	26	85	7	72	38	0	3	57	1.17
133136--133192	28	2.0	28	100	0	114	36	7	21	35	1.80
140963--141083	59	2.1	59	88	3	181	27	15	22	34	1.94
160939--163747	937	3.0	936	88	1	3947	29	9	20	39	1.85
166646--166692	21	2.2	21	100	0	94	36	4	25	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171064--171114	19	2.6	19	90	3	75	19	0	1	78	0.85
171066--171111	11	4.3	11	76	13	51	17	0	2	80	0.81
171068--171110	14	2.9	14	83	16	52	18	0	2	79	0.85
171068--171119	22	2.3	21	81	15	59	19	0	3	76	0.93
171127--171174	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
171383--171478	14	6.8	13	74	17	68	10	6	3	80	1.00
171379--171478	43	2.4	40	80	11	110	11	6	3	80	1.00
171379--171478	22	5.1	19	69	26	66	11	6	3	80	1.00
171527--171560	18	1.9	17	88	5	50	23	2	2	70	1.15
174168--174430	95	2.7	94	90	4	393	30	17	18	33	1.94
175436--175604	84	1.9	88	84	10	229	37	20	15	25	1.93
175636--175856	120	1.8	120	88	1	336	34	24	16	23	1.95
175999--176224	124	1.8	124	92	1	382	32	25	18	23	1.97
176224--176665	84	5.2	84	87	0	578	32	21	20	24	1.98
178247--178302	14	4.0	14	86	6	69	21	1	0	76	0.87
178311--178344	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
178527--178614	19	4.6	18	76	18	72	12	4	3	79	1.01
178527--178626	41	2.4	42	79	12	107	13	6	3	78	1.06
178550--178731	10	17.4	10	65	15	57	14	6	3	75	1.12
178571--178630	19	3.3	18	71	23	54	11	8	0	80	0.92
178609--178654	24	1.9	24	86	0	65	15	6	2	76	1.09
178566--178701	36	3.8	36	78	10	111	16	6	1	75	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178573--178654	15	5.6	14	73	15	60	13	7	1	78	1.02
178545--178692	9	16.8	9	68	17	55	16	5	2	75	1.10
178640--178694	17	3.2	17	75	7	58	25	3	1	69	1.15
181700--181742	20	2.2	20	86	0	59	30	6	18	44	1.76
183183--183255	3	24.3	3	94	0	128	34	2	0	63	1.09
183254--183288	14	2.4	15	95	4	63	62	0	0	37	0.95
183757--183781	13	1.9	13	100	0	50	80	4	16	0	0.87
196077--196152	7	10.4	7	84	16	68	84	0	10	5	0.77
196075--196153	9	9.0	9	75	12	67	83	0	11	5	0.79
196077--196152	24	3.1	23	78	14	73	84	0	10	5	0.77
196074--196131	1	58.0	1	75	0	53	87	0	5	6	0.65
196462--196506	16	2.8	16	83	10	56	28	8	6	55	1.56
197245--197552	83	3.7	83	93	0	528	26	13	22	37	1.92
198462--198510	17	2.9	17	74	14	57	46	12	18	22	1.82
198462--198512	16	3.1	16	73	15	59	45	11	17	25	1.83
198203--199063	220	3.8	225	88	5	1145	37	14	19	29	1.91
198222--199063	114	7.5	113	89	4	1157	37	14	19	28	1.91
199200--199299	3	33.3	3	97	0	191	34	1	0	65	1.00
199298--199332	14	2.4	15	95	4	63	62	0	0	37	0.95
199798--199824	14	1.9	14	100	0	54	81	3	14	0	0.82
202145--202590	73	6.0	73	85	4	556	39	13	12	34	1.82
202145--202587	149	3.0	149	85	2	581	40	13	12	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208863--208902	21	1.9	21	89	0	62	25	35	25	15	1.94
214216--214248	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
217608--217660	19	2.7	19	70	2	52	56	0	3	39	1.17
217969--218030	32	2.0	31	83	3	79	30	30	14	24	1.95
218000--218103	48	2.1	48	87	5	147	39	29	8	22	1.84
218000--218122	48	2.5	48	82	3	131	38	28	9	23	1.87
221916--221948	16	2.1	16	88	11	50	42	0	9	48	1.35
223402--223438	16	2.3	16	85	0	56	37	13	8	40	1.74
223403--223455	16	3.3	16	81	0	52	33	16	11	37	1.85
231146--231239	31	3.0	31	87	3	136	37	8	24	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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