genome.fa.s1465.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11160956

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   

This is table  14  of  55  ( 6520 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758051--2758090	20	1.9	22	90	10	66	40	2	0	57	1.12
2758046--2758093	20	2.4	18	81	18	60	37	2	0	60	1.09
2758034--2758135	23	4.5	22	74	12	91	40	1	1	55	1.22
2759415--2759448	18	1.9	17	88	5	50	50	0	26	23	1.50
2761830--2761871	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
2761830--2761871	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
2762385--2762456	3	24.0	3	94	0	126	63	0	1	34	1.03
2762736--2762839	41	2.7	38	82	11	131	21	23	7	48	1.75
2762874--2762976	41	2.5	40	87	3	161	22	22	6	48	1.74
2762715--2763092	142	2.6	149	86	7	517	27	19	11	41	1.85
2762917--2763203	113	2.5	113	93	0	475	29	20	10	39	1.86
2763031--2763359	154	2.1	154	92	0	552	28	20	10	39	1.87
2763141--2763243	41	2.5	40	84	3	152	24	23	5	46	1.74
2762857--2763472	267	2.3	267	97	0	1162	29	19	11	38	1.87
2763184--2763507	113	2.9	113	94	0	540	30	19	12	37	1.88
2764397--2765226	83	9.7	83	90	5	1237	36	21	14	27	1.92
2764235--2765229	432	2.3	424	88	7	1467	36	21	14	27	1.92
2764235--2765226	515	1.9	516	94	2	1738	36	21	14	27	1.92
2766386--2766446	11	5.6	10	84	11	68	0	16	0	83	0.64
2766379--2766450	27	2.6	27	80	12	92	0	16	0	83	0.65
2766379--2766449	18	3.8	18	85	10	99	0	16	0	83	0.66
2776987--2777057	30	2.3	30	78	4	79	64	1	5	28	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777723--2777768	15	3.3	15	76	14	53	60	0	0	39	0.97
2778665--2778702	14	2.7	15	84	12	53	2	18	0	78	0.86
2778671--2778709	18	2.1	19	90	4	62	0	17	2	79	0.84
2779211--2779288	3	26.0	3	92	0	129	62	0	1	35	1.03
2782986--2783063	23	3.3	23	81	1	93	32	23	20	24	1.98
2783070--2783390	103	3.1	103	94	0	570	35	23	13	27	1.92
2785536--2785586	20	2.6	20	87	3	68	33	15	23	27	1.95
2785875--2785924	22	2.3	22	86	6	66	30	30	16	24	1.96
2792198--2792222	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
2792221--2792249	8	3.8	8	90	9	51	10	0	0	89	0.48
2792596--2792627	14	2.2	15	94	5	57	65	6	9	18	1.42
2802652--2802719	35	1.9	35	84	0	91	33	22	17	26	1.96
2815031--2815062	16	2.0	16	100	0	64	25	31	43	0	1.55
2816012--2816078	35	1.9	35	84	0	89	34	22	17	25	1.96
2823553--2823599	18	2.6	18	93	0	76	23	23	25	27	2.00
2832616--2832662	19	2.5	19	100	0	94	38	10	17	34	1.84
2839859--2839911	24	2.2	24	96	0	97	39	35	7	16	1.78
2842102--2842156	20	2.8	20	97	0	101	21	25	18	34	1.96
2843359--2843478	60	2.0	60	81	3	143	29	7	10	53	1.61
2843858--2843917	19	3.1	18	81	11	66	53	8	6	31	1.57
2845753--2845778	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2846819--2846862	22	2.0	22	95	0	79	61	9	0	29	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2846963--2847175	89	2.4	89	82	2	248	59	10	11	18	1.60
2846963--2847234	30	9.2	30	74	6	205	58	10	11	18	1.61
2846977--2847239	59	4.4	60	79	3	228	58	9	12	19	1.61
2848686--2848732	3	15.7	3	83	16	62	65	0	2	31	1.04
2848670--2848735	24	2.7	23	84	9	87	65	0	1	33	1.02
2849348--2849430	31	2.7	30	80	15	82	34	14	19	31	1.92
2850790--2850907	33	3.8	30	79	14	116	2	11	11	75	1.14
2850802--2850910	16	6.8	15	70	13	74	2	10	12	74	1.18
2850891--2850935	23	2.0	23	90	0	72	0	15	11	73	1.10
2850901--2850933	17	2.0	17	94	5	59	0	18	9	72	1.10
2852167--2852206	21	2.0	20	85	5	53	47	15	22	15	1.82
2852165--2852207	13	3.2	13	81	18	61	51	13	20	13	1.76
2852924--2852981	31	1.9	30	86	13	84	60	8	13	17	1.58
2854014--2854043	15	1.9	16	93	6	53	53	6	6	33	1.53
2854578--2854647	22	3.1	23	80	10	72	62	11	1	24	1.36
2854748--2855012	30	8.9	30	74	8	186	56	10	13	19	1.64
2854801--2855022	59	3.8	59	82	5	261	58	9	13	19	1.62
2855721--2855780	19	3.1	19	79	9	75	21	36	26	15	1.93
2855721--2855777	21	2.9	19	80	10	69	22	33	28	15	1.95
2857443--2857511	3	23.0	3	83	16	90	65	0	1	33	1.02
2863931--2864204	36	7.4	36	83	10	286	45	4	6	43	1.47
2864186--2864217	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2864244--2864295	5	10.4	5	80	14	54	23	1	0	75	0.91
2864244--2864289	19	2.4	19	88	3	65	23	2	0	73	0.94
2865659--2865774	14	8.0	13	68	28	58	16	5	2	75	1.09
2865616--2865807	44	4.3	41	76	18	165	19	5	3	71	1.19
2865668--2865772	19	5.4	18	69	17	50	16	5	2	75	1.12
2865610--2865788	90	2.0	86	84	8	227	17	5	3	73	1.17
2865611--2865809	46	4.3	45	76	14	183	19	5	3	72	1.18
2865874--2865903	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
2866173--2866224	19	2.7	19	93	0	86	38	7	23	30	1.83
2870335--2870359	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2870757--2870782	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2870654--2870954	161	1.9	159	82	9	378	49	7	3	38	1.49
2872163--2872247	26	3.3	26	91	0	143	14	17	28	40	1.88
2872262--2872357	3	33.0	3	80	15	96	63	0	1	35	1.01
2872284--2872368	32	2.7	32	82	15	106	69	0	1	29	0.96
2873272--2873321	26	1.9	26	95	0	91	32	18	22	28	1.97
2873206--2873378	91	1.9	91	82	9	219	28	16	24	30	1.97
2873339--2873376	20	1.9	20	88	0	58	21	15	31	31	1.94
2874458--2874501	21	2.1	21	86	0	61	34	15	40	9	1.79
2879380--2879419	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2881409--2881500	45	2.0	46	87	2	132	25	20	25	29	1.99
2881518--2881555	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2881934--2882294	139	2.6	139	82	5	428	26	18	14	40	1.89
2882197--2882541	124	2.8	123	90	1	539	26	18	14	40	1.89
2883325--2883460	54	2.5	54	87	1	202	29	21	11	37	1.89
2884269--2884328	8	7.2	8	75	19	52	3	16	0	80	0.85
2884303--2884338	13	2.6	14	91	8	56	0	16	2	80	0.83
2884269--2884340	12	6.0	12	73	14	60	2	16	1	79	0.93
2884277--2884340	26	2.5	26	80	14	71	1	17	1	79	0.89
2891559--2891590	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
2894027--2894058	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
2899427--2899486	3	20.0	3	77	13	52	60	0	0	40	0.97
2899427--2899480	12	4.5	12	75	15	58	57	0	0	42	0.98
2899427--2899486	24	2.5	24	88	0	84	60	0	0	40	0.97
2900449--2900509	19	3.4	19	66	13	56	55	3	6	34	1.42
2900445--2900517	35	2.1	35	94	0	128	57	2	5	34	1.36
2900752--2900825	35	2.1	36	92	2	123	56	2	5	35	1.36
2903550--2903590	12	3.4	12	100	0	82	7	51	7	34	1.58
2909182--2909207	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2912964--2912988	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2916223--2920946	106	45.4	106	90	3	7336	34	25	18	22	1.96
2916762--2916917	43	3.4	43	66	17	118	33	25	19	21	1.97
2916962--2917117	43	3.4	43	67	14	125	33	26	19	20	1.97
2916220--2920946	518	9.1	510	87	7	6059	34	25	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2918210--2918365	43	3.4	43	66	17	118	33	25	19	21	1.97
2918410--2918565	43	3.4	43	67	14	125	33	26	19	20	1.97
2921156--2921368	86	2.5	86	87	0	291	32	20	21	24	1.97
2923487--2923605	40	2.9	41	79	12	145	40	1	1	56	1.19
2923576--2923635	23	3.0	19	83	11	59	50	1	0	48	1.11
2923487--2923636	81	1.9	81	80	5	178	42	2	1	54	1.20
2927007--2927110	53	2.0	52	90	3	165	45	19	9	25	1.81
2927364--2927425	28	2.2	28	88	0	88	40	11	6	41	1.66
2927492--2927569	31	2.6	31	86	6	99	46	11	5	37	1.62
2934784--2934823	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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