genome.fa.s1465.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11160956

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   

This is table  11  of  55  ( 6520 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029646--2029687	21	2.0	21	100	0	84	47	14	14	23	1.80
2032641--2032798	83	1.9	83	80	3	185	31	19	18	29	1.96
2032627--2032812	83	2.3	82	77	8	182	31	18	19	30	1.96
2033012--2033059	20	2.4	20	96	0	87	41	0	18	39	1.51
2038107--2038167	24	2.6	24	94	2	106	24	19	34	21	1.96
2038809--2038870	27	2.3	27	100	0	124	32	38	3	25	1.72
2039065--2039097	15	2.2	15	100	0	66	33	12	30	24	1.91
2043672--2043698	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2043809--2043837	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2043654--2043931	139	2.0	137	98	1	538	41	10	3	44	1.55
2044382--2044410	14	2.0	15	93	6	51	20	0	34	44	1.52
2044404--2044479	32	2.4	32	93	2	136	26	0	31	42	1.56
2054200--2054453	39	6.4	38	80	11	248	44	3	5	46	1.43
2054201--2054451	76	3.2	77	85	7	310	44	3	5	46	1.44
2054433--2054472	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2054358--2054546	103	1.9	99	85	12	264	43	3	4	48	1.40
2054396--2054511	61	1.9	59	86	10	164	45	3	3	47	1.36
2054558--2054621	19	3.2	20	77	18	78	25	1	1	71	1.03
2054558--2054616	7	8.4	7	72	20	52	25	1	1	71	1.05
2055720--2055978	25	9.9	25	66	21	90	18	4	2	73	1.12
2055801--2055978	4	45.2	4	66	22	67	19	3	2	74	1.10
2055850--2055896	9	5.1	9	82	12	60	17	2	0	80	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2055838--2055978	7	19.7	7	73	15	78	19	2	2	75	1.02
2060824--2062295	84	17.5	84	86	2	1873	33	22	18	25	1.97
2060824--2062386	419	3.7	419	85	2	1879	33	22	18	25	1.97
2062911--2063132	37	5.4	38	73	21	173	42	2	5	49	1.38
2062985--2063015	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2062945--2063052	53	2.1	52	91	5	175	43	1	4	50	1.33
2062911--2063091	90	2.0	91	91	5	296	42	2	5	49	1.38
2063114--2063147	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2063077--2063187	54	2.0	55	84	8	147	45	4	4	45	1.44
2063131--2063292	39	4.1	39	77	18	158	42	4	4	47	1.46
2063132--2063312	35	4.8	36	75	22	149	43	4	5	46	1.48
2063315--2063376	25	2.6	23	76	16	63	24	3	1	70	1.10
2063322--2063386	23	2.6	25	80	9	62	20	6	1	72	1.14
2068382--2068426	12	3.6	12	82	11	54	2	4	11	82	0.91
2068375--2068426	26	2.0	26	84	0	68	1	5	13	78	1.01
2070435--2070461	14	1.9	14	100	0	54	11	0	0	88	0.50
2070524--2070628	13	8.0	12	68	21	52	15	6	2	75	1.13
2070488--2070572	36	2.4	34	83	15	102	18	8	1	71	1.17
2070562--2070701	6	21.7	6	73	18	54	17	5	2	75	1.11
2070589--2070687	28	3.5	27	73	18	85	17	7	2	73	1.14
2070671--2070700	14	2.2	13	94	5	51	30	0	0	70	0.88
2070486--2070691	90	2.2	92	78	16	230	17	6	2	73	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071821--2072125	65	4.7	65	91	0	466	33	22	15	28	1.94
2076790--2076817	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2081037--2081066	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
2085757--2085835	16	5.0	16	75	17	76	55	24	10	10	1.63
2089765--2089803	12	3.3	11	86	13	51	46	2	0	51	1.14
2090287--2090400	53	2.2	53	82	4	142	42	32	9	15	1.80
2090365--2090426	31	2.0	31	81	9	72	51	20	6	20	1.69
2096166--2096206	18	2.3	18	100	0	82	36	46	0	17	1.48
2101189--2101245	28	2.0	28	82	0	69	31	15	17	35	1.92
2101914--2102018	53	2.0	53	96	0	192	20	22	8	48	1.76
2114219--2114245	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2121965--2122146	93	2.0	93	96	0	337	35	11	27	25	1.90
2137523--2137644	63	1.9	63	98	0	235	41	18	9	30	1.82
2140113--2140151	16	2.4	16	95	0	69	25	5	17	51	1.66
2140929--2140971	22	2.0	22	81	9	52	39	6	18	34	1.78
2142237--2142308	33	2.2	33	87	2	99	25	27	13	33	1.94
2142755--2142833	22	3.6	22	87	0	122	24	16	26	32	1.96
2142755--2142840	44	2.0	44	95	0	154	23	18	26	31	1.97
2143054--2143111	18	3.1	18	80	11	62	50	10	10	29	1.70
2144222--2144258	19	2.0	20	89	10	60	29	13	8	48	1.71
2145769--2145840	33	2.2	33	87	2	99	23	27	13	34	1.93
2146308--2146386	22	3.6	22	87	0	113	26	17	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146322--2146387	22	3.0	22	90	0	114	30	21	19	28	1.98
2148119--2148882	379	2.0	379	88	2	1151	32	26	12	28	1.93
2152102--2152166	3	22.7	3	75	9	64	60	1	0	38	1.07
2152109--2152168	26	2.3	25	86	8	84	60	1	0	38	1.07
2152109--2152175	26	2.6	25	81	9	80	59	1	1	37	1.16
2166660--2166708	23	2.1	23	100	0	98	40	0	12	46	1.41
2168602--2168633	12	2.7	12	100	0	64	40	0	34	25	1.56
2177648--2177691	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
2178847--2178924	19	3.7	19	72	21	75	28	26	17	26	1.98
2178839--2178950	45	2.5	45	98	0	215	25	24	18	31	1.98
2180328--2180396	23	3.0	23	86	0	102	33	26	24	15	1.95
2184406--2184435	13	2.3	13	94	0	51	26	0	6	66	1.16
2184699--2184758	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
2184782--2184824	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2184784--2184832	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2184772--2185419	54	12.0	54	83	8	804	52	13	0	34	1.43
2184879--2184929	14	3.1	17	72	27	56	54	7	0	37	1.29
2184884--2185394	32	18.3	32	70	26	355	52	12	0	34	1.41
2184948--2184990	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2184950--2184998	22	2.2	22	85	3	62	57	14	0	28	1.38
2184772--2185346	166	3.5	166	91	3	898	52	13	0	34	1.44
2185118--2185164	22	2.1	22	88	4	67	55	14	0	29	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185172--2185218	22	2.1	22	88	4	67	55	14	0	29	1.40
2185222--2185264	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2185224--2185272	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2185276--2185318	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2185278--2185326	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2185332--2185380	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
2185375--2185546	15	11.5	15	78	15	160	51	2	0	45	1.16
2185374--2185546	54	3.4	52	82	9	191	50	2	0	46	1.16
2188475--2188517	22	2.0	22	90	9	70	51	0	0	48	1.00
2188628--2188722	50	1.9	50	86	0	136	50	4	7	37	1.50
2190128--2190179	26	2.0	26	96	0	95	63	7	5	23	1.43
2190249--2190321	15	5.0	15	73	18	57	41	4	1	53	1.28
2198804--2198846	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2199037--2199073	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2201983--2202108	3	43.0	3	84	13	158	69	0	0	29	0.94
2202466--2202932	122	3.8	122	93	0	774	25	19	14	39	1.90
2202844--2202985	39	3.6	38	73	13	153	21	22	11	44	1.85
2202850--2202998	79	1.9	79	95	0	271	22	21	12	42	1.87
2203800--2203907	54	2.0	54	94	3	191	26	25	12	34	1.93
2204691--2204725	11	3.1	11	91	4	52	5	5	0	88	0.63
2208248--2208272	8	3.1	8	100	0	50	64	0	12	24	1.27
2215904--2215943	19	2.1	19	90	0	62	70	2	0	27	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215968--2216005	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2217473--2217532	14	4.2	14	73	12	50	20	5	10	65	1.42
2222902--2222955	21	2.6	21	93	0	90	29	27	22	20	1.98
2222916--2223000	21	4.1	21	77	17	79	29	22	22	25	1.99
2223116--2223150	10	3.2	11	92	8	54	28	54	17	0	1.43
2223766--2223897	58	2.1	61	86	9	180	37	21	19	20	1.94
2223804--2223916	42	2.6	42	91	2	181	36	23	20	19	1.95
2223804--2223922	21	5.5	22	78	13	124	36	23	21	19	1.95
2236087--2236147	20	2.9	21	74	13	63	63	9	21	4	1.43
2236797--2236860	28	2.2	30	80	5	78	35	6	1	56	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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