genome.fa.s1465.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11160956

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   

This is table  12  of  55  ( 6520 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241121--2241172	18	2.8	18	79	5	59	26	19	19	34	1.95
2242726--2242750	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
2244348--2244444	18	5.4	18	87	0	140	18	22	30	27	1.97
2253197--2253471	62	4.5	62	82	2	302	29	23	14	33	1.94
2253197--2253471	123	2.2	123	81	3	311	29	23	14	33	1.94
2253505--2254195	137	5.0	138	80	1	674	31	27	15	25	1.96
2254510--2254541	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
2256409--2256579	59	2.9	59	87	2	229	35	18	9	35	1.84
2256570--2256900	54	6.1	54	87	0	455	34	19	18	27	1.95
2259415--2259584	59	2.9	58	85	7	220	33	16	12	37	1.87
2259575--2259905	54	6.1	54	90	0	518	32	19	19	29	1.96
2260256--2260290	18	1.9	18	88	0	52	22	22	11	42	1.85
2260214--2260449	94	2.5	94	85	6	304	23	24	17	35	1.95
2261518--2261548	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
2265957--2265988	12	2.7	12	95	0	55	21	0	3	75	0.95
2266285--2266411	63	2.0	63	87	0	182	37	11	14	37	1.81
2267762--2267875	56	2.0	56	96	0	210	43	24	14	16	1.86
2269132--2269240	5	20.8	5	70	14	60	19	6	2	71	1.20
2269120--2269187	21	3.2	21	82	2	73	14	7	4	73	1.21
2269132--2269240	11	10.4	10	70	13	60	19	6	2	71	1.20
2270396--2270469	39	1.9	37	84	10	96	60	12	16	10	1.58
2273472--2273519	13	3.8	12	79	15	53	72	4	8	14	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284449--2284481	18	1.9	18	88	11	52	45	30	6	18	1.73
2292835--2292867	18	1.9	18	88	11	52	45	30	6	18	1.73
2304460--2304685	112	2.0	112	100	0	452	34	15	17	32	1.91
2311205--2311247	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2314133--2314163	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
2324030--2324080	20	2.5	20	81	6	59	9	19	0	70	1.14
2324008--2324086	26	3.0	27	75	17	69	13	21	0	64	1.28
2329665--2329716	20	2.6	20	96	0	95	17	28	15	38	1.90
2335148--2335206	21	2.8	21	92	0	91	18	5	25	50	1.67
2338035--2338059	13	1.9	13	100	0	50	36	0	32	32	1.58
2339208--2339288	35	2.3	36	85	6	103	41	19	2	35	1.65
2344455--2344492	20	1.9	20	88	0	58	26	34	26	13	1.93
2351982--2352030	23	2.1	22	82	14	55	10	2	26	61	1.39
2353912--2354002	20	4.6	20	85	0	128	35	13	18	32	1.90
2353905--2354002	40	2.5	40	100	0	196	35	12	19	32	1.89
2354977--2355026	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
2368634--2368681	20	2.4	20	100	0	96	31	14	10	43	1.79
2369213--2369555	136	2.6	136	90	3	520	34	17	21	26	1.95
2369341--2369906	240	2.4	240	94	0	988	36	16	21	25	1.94
2369584--2370239	332	2.0	330	89	2	1012	37	16	19	26	1.93
2370368--2370439	30	2.6	27	77	18	76	36	4	2	56	1.33
2375092--2375151	2	31.0	2	93	6	106	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2377344--2377379	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
2378468--2378531	17	3.9	17	76	19	73	1	14	3	81	0.89
2378468--2378539	24	3.0	25	78	19	73	1	13	4	80	0.92
2378465--2378532	23	3.1	22	74	18	61	1	14	2	80	0.89
2378449--2378539	18	5.1	17	75	22	73	2	13	5	79	1.00
2379676--2379708	16	2.0	17	94	5	59	60	9	12	18	1.57
2382720--2382803	37	2.3	38	83	10	111	70	7	0	22	1.11
2383881--2383941	2	33.0	2	82	15	78	49	1	0	49	1.10
2388429--2388493	35	1.9	34	81	12	80	23	9	1	66	1.29
2396652--2396722	28	2.5	28	79	0	88	29	19	23	26	1.98
2398876--2399073	37	5.2	38	67	13	111	35	5	18	40	1.72
2398902--2399241	78	4.4	78	85	2	470	33	5	18	42	1.74
2398902--2399241	155	2.2	154	88	3	493	33	5	18	42	1.74
2398902--2399285	155	2.5	155	79	6	334	35	5	16	41	1.73
2400826--2401247	54	7.8	54	89	0	592	31	21	18	28	1.97
2400893--2400979	28	3.2	27	65	23	65	36	22	13	26	1.92
2401128--2401213	27	3.2	27	63	28	65	29	20	18	31	1.97
2401205--2401311	55	2.0	55	85	5	146	34	13	16	35	1.88
2401603--2401690	46	1.9	46	90	0	140	47	13	17	21	1.81
2403512--2403576	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
2406169--2406216	20	2.4	20	96	0	87	43	0	35	20	1.52
2406865--2407278	54	7.7	54	82	1	479	34	21	15	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406923--2407013	26	3.2	31	61	28	74	37	25	12	25	1.90
2406990--2407072	26	3.1	26	66	19	71	30	18	16	34	1.93
2406994--2407073	27	3.0	26	65	20	65	30	17	18	33	1.94
2408464--2408898	101	4.3	101	78	4	382	38	14	11	36	1.81
2409202--2409310	19	5.4	19	78	13	101	31	27	5	35	1.80
2410567--2410629	3	21.7	3	74	6	58	34	1	1	61	1.15
2410567--2410616	18	2.8	17	82	8	64	36	2	2	60	1.20
2411497--2411540	18	2.4	18	100	0	88	61	0	34	4	1.16
2412944--2413004	24	2.7	21	76	16	52	32	4	1	60	1.28
2414630--2414702	27	2.8	26	83	4	92	26	15	4	54	1.58
2416969--2417051	11	6.8	13	72	17	54	80	3	10	4	0.98
2416980--2417052	17	4.2	16	78	16	67	83	4	9	2	0.87
2416986--2417052	18	3.8	18	88	2	82	83	4	8	2	0.88
2416980--2417043	11	6.1	10	77	18	60	84	4	9	1	0.83
2422160--2422238	22	3.6	22	91	0	131	31	15	15	37	1.88
2422910--2423091	76	2.4	76	87	1	267	25	19	20	34	1.96
2423114--2423780	124	5.6	114	85	7	679	38	13	20	26	1.90
2423101--2423780	225	2.9	229	80	11	725	38	13	20	27	1.90
2424078--2424156	3	26.7	3	72	7	63	37	1	1	59	1.14
2425739--2425959	122	1.8	122	84	3	302	40	8	9	42	1.66
2428238--2428294	23	2.5	23	85	0	69	31	21	19	28	1.97
2435028--2435125	23	4.3	23	85	2	128	29	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436691--2436743	21	2.5	22	81	9	65	39	16	13	30	1.87
2440901--2440942	22	1.9	22	90	0	66	38	4	9	47	1.57
2452588--2452638	20	2.5	20	96	0	93	39	17	19	23	1.92
2452627--2452714	20	4.4	20	94	0	140	26	27	20	26	1.99
2452607--2452698	40	2.3	40	84	3	114	30	23	20	25	1.99
2453539--2453589	24	2.1	24	92	0	84	21	19	21	37	1.95
2455926--2456195	140	1.9	140	96	0	504	28	12	15	42	1.84
2456166--2456468	20	16.4	20	70	15	206	34	21	18	24	1.96
2456177--2456330	54	2.9	54	90	0	245	35	24	18	22	1.96
2456228--2456468	74	3.3	74	88	1	333	35	21	19	23	1.96
2456248--2456458	34	5.9	34	73	13	154	36	21	18	23	1.95
2456619--2456680	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
2458686--2458741	20	2.8	19	81	5	67	37	25	17	19	1.94
2459086--2459126	21	2.0	21	90	0	64	26	34	21	17	1.95
2460709--2460815	20	5.4	20	85	3	119	45	23	16	14	1.84
2461195--2461251	22	2.6	22	80	0	69	19	21	38	21	1.93
2461416--2461509	20	4.7	20	91	0	134	25	22	25	26	2.00
2461839--2461913	2	38.0	2	86	7	109	48	1	2	48	1.24
2467265--2467311	21	2.2	21	85	7	60	70	0	2	27	0.99
2467422--2467464	19	2.1	21	83	8	54	55	0	6	37	1.27
2469637--2469668	16	2.0	16	93	0	55	46	6	21	25	1.74
2474750--2474956	74	2.7	74	82	5	238	23	31	23	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480739--2480789	23	2.3	23	83	6	70	17	43	21	17	1.88
2480771--2480810	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2483383--2483591	75	2.8	75	85	2	258	23	31	23	21	1.99
2486137--2486187	23	2.3	23	83	6	70	21	43	17	17	1.88
2494113--2494147	12	3.0	12	87	4	54	54	0	0	45	0.99
2506870--2506925	22	2.6	22	76	18	64	51	5	0	42	1.24
2508523--2508567	19	2.4	19	92	0	72	6	20	0	73	1.05
2510426--2510539	47	2.4	47	82	2	131	20	22	28	28	1.98
2510905--2510982	40	1.9	40	84	10	104	65	3	3	26	1.27
2510932--2510973	16	2.4	18	84	11	52	64	2	2	30	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55