genome.fa.s1465.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11160956

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   

This is table  13  of  55  ( 6520 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512697--2512756	30	2.0	30	90	0	93	51	0	1	46	1.10
2512697--2512738	15	2.8	15	92	0	75	47	0	0	52	1.00
2512755--2512904	80	1.9	80	92	0	255	33	0	12	53	1.44
2512834--2512941	32	3.7	32	73	23	128	35	0	10	54	1.34
2512835--2513133	54	5.6	54	73	15	269	35	0	10	53	1.36
2512867--2512909	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
2512750--2513038	134	2.2	133	94	2	515	34	0	12	52	1.41
2512889--2513118	80	2.9	79	92	2	372	34	0	11	53	1.37
2512992--2513045	22	2.8	18	75	20	54	37	0	11	51	1.37
2513001--2513073	22	3.1	22	77	11	83	35	0	10	53	1.36
2512910--2513118	40	5.2	40	65	17	121	34	0	11	53	1.37
2512750--2513133	134	2.9	131	87	6	429	35	0	11	52	1.39
2513081--2513123	22	2.0	22	95	0	77	41	0	6	51	1.29
2517724--2517781	14	4.4	14	77	16	61	17	10	13	58	1.62
2518353--2518392	16	2.5	16	100	0	80	15	12	15	57	1.66
2519835--2519867	7	4.7	7	100	0	66	30	0	45	24	1.53
2523332--2523503	80	2.1	83	80	9	185	29	17	23	29	1.97
2524123--2524171	22	2.2	22	92	0	80	42	12	16	28	1.84
2527861--2527910	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
2534373--2534422	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
2542030--2542086	21	2.7	21	94	0	96	43	14	38	3	1.62
2542032--2542078	12	4.2	11	79	20	53	44	14	38	2	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2542584--2542847	43	6.1	43	81	1	278	32	22	18	26	1.97
2542578--2542814	129	1.8	130	83	0	314	35	21	18	24	1.96
2553518--2553886	139	2.7	139	79	3	372	35	26	13	24	1.93
2553518--2553919	137	2.9	139	78	3	386	35	25	14	25	1.93
2554164--2554205	20	2.1	20	90	0	66	33	9	21	35	1.86
2554573--2554633	23	2.7	23	97	0	113	18	37	34	9	1.83
2558836--2558880	12	3.8	12	91	2	65	11	8	46	33	1.70
2558834--2558899	23	2.8	24	83	4	80	12	12	46	28	1.77
2558897--2558989	24	3.8	25	73	18	72	47	0	0	52	1.00
2558951--2558986	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2559007--2559050	13	3.5	13	93	3	72	13	15	52	18	1.75
2560024--2560092	24	2.9	24	80	0	93	31	28	23	15	1.95
2560363--2560404	18	2.3	18	95	0	75	42	28	16	11	1.84
2561447--2561489	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
2562939--2562979	22	2.0	22	90	9	68	29	34	2	34	1.71
2563688--2563726	14	2.7	14	88	4	51	33	0	0	66	0.92
2564126--2564169	22	2.0	22	81	0	52	61	15	9	13	1.56
2581305--2581362	28	2.1	28	96	0	107	20	13	20	44	1.85
2581514--2581540	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
2583614--2583691	3	25.7	3	71	17	54	66	0	1	32	1.00
2583614--2583668	15	3.7	15	95	0	92	70	0	0	29	0.87
2584038--2584138	42	2.4	41	77	3	112	29	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2584290--2584392	42	2.5	42	79	1	118	33	21	19	26	1.97
2583834--2584570	257	2.9	257	87	1	1084	33	16	16	33	1.92
2584331--2584808	216	2.2	217	88	1	712	33	18	15	31	1.93
2584763--2584869	42	2.6	41	77	2	124	31	21	21	25	1.98
2584087--2584993	474	1.9	474	88	1	1352	33	16	16	33	1.91
2590658--2590711	3	17.7	3	77	11	56	62	0	1	35	1.06
2590657--2590707	13	3.9	12	80	16	57	62	0	1	35	1.06
2592314--2592392	18	4.4	18	86	0	113	17	46	21	13	1.83
2592372--2592401	13	2.3	13	94	0	51	16	36	23	23	1.94
2594861--2594992	48	2.8	48	84	2	158	24	12	19	43	1.85
2594858--2594972	24	4.8	24	88	5	151	23	13	20	43	1.86
2596574--2596647	30	2.4	30	75	2	76	17	12	8	62	1.53
2596684--2596734	27	2.0	25	81	14	59	9	9	0	80	0.91
2596748--2596788	5	7.8	5	84	10	55	21	0	2	75	0.92
2596780--2596813	18	1.9	18	88	5	52	14	8	0	76	1.01
2596746--2596802	23	2.5	22	83	8	71	22	1	1	73	1.02
2598209--2598268	30	2.0	30	96	0	111	28	13	15	43	1.84
2612162--2612201	17	2.4	17	87	4	55	30	0	5	65	1.14
2612696--2612721	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2617576--2617623	22	2.2	22	88	0	69	29	22	29	18	1.98
2618599--2618666	27	2.5	27	97	0	127	41	14	11	32	1.82
2633017--2633056	21	2.0	20	85	14	55	30	17	15	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2634489--2634528	21	1.9	21	89	0	62	27	22	25	25	2.00
2635869--2635938	23	3.0	23	89	0	95	27	27	22	22	1.99
2635955--2636275	103	3.1	103	96	0	588	36	23	13	26	1.92
2641367--2641436	23	3.0	23	89	0	95	27	27	22	22	1.99
2641453--2641773	103	3.1	103	96	0	579	36	23	13	25	1.92
2643821--2643888	23	3.0	23	77	0	73	19	25	22	33	1.97
2645972--2646011	21	2.0	20	85	14	55	40	2	0	57	1.12
2645993--2646050	23	2.5	24	80	2	64	39	1	5	53	1.33
2647415--2647468	21	2.6	21	80	16	67	33	3	0	62	1.12
2650751--2650855	23	4.6	23	78	2	113	33	26	23	16	1.96
2658241--2658278	20	1.9	20	94	0	67	26	21	31	21	1.98
2660188--2660213	12	2.2	12	100	0	52	15	0	53	30	1.42
2660389--2660434	13	3.5	13	84	0	56	43	8	13	34	1.74
2666694--2666748	20	2.8	20	97	0	101	25	21	29	23	1.99
2670565--2670664	50	2.0	50	94	0	173	27	17	27	29	1.97
2683218--2683271	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
2689546--2689581	18	1.9	19	88	5	56	41	0	0	58	0.98
2689546--2689584	17	2.2	19	86	9	55	41	0	0	58	0.98
2697892--2697981	36	2.5	35	87	7	119	37	17	6	37	1.76
2698012--2698308	163	1.8	164	88	3	454	33	15	13	37	1.86
2698193--2698372	66	2.7	66	79	8	186	28	16	14	40	1.87
2698278--2698404	66	1.9	64	81	10	150	27	18	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2698880--2698911	3	11.0	3	93	6	57	34	0	0	65	0.93
2698879--2698908	14	2.1	14	100	0	60	36	0	0	63	0.95
2700464--2700647	64	2.9	63	80	6	210	34	21	17	26	1.95
2700994--2701051	28	2.0	29	83	3	73	46	13	18	20	1.83
2702758--2702831	30	2.5	30	82	14	91	22	14	12	50	1.77
2702758--2702840	30	2.8	27	79	17	69	21	13	13	51	1.74
2703167--2703231	31	2.1	32	83	13	82	15	6	6	72	1.25
2703177--2703232	15	3.5	15	79	13	51	16	7	5	71	1.27
2706748--2706804	24	2.4	24	85	5	71	35	22	21	21	1.96
2706799--2706894	46	2.1	46	84	0	120	37	23	21	16	1.93
2706793--2706894	23	4.4	23	72	0	69	37	25	20	16	1.93
2706980--2707038	31	1.9	31	82	6	75	44	16	6	32	1.74
2707632--2707671	20	2.0	20	85	4	55	37	17	15	30	1.90
2707693--2707766	36	2.1	36	100	0	148	32	16	10	40	1.83
2731296--2731378	31	2.7	31	81	5	89	46	7	3	42	1.48
2731321--2731380	31	1.9	31	90	6	95	50	8	0	41	1.33
2731645--2731743	31	3.2	29	79	11	92	39	1	18	41	1.57
2731646--2731721	31	2.5	31	85	6	93	39	0	15	44	1.47
2731646--2731733	30	2.9	30	78	8	88	39	0	15	44	1.47
2734504--2734532	5	5.8	5	100	0	58	20	37	41	0	1.53
2742471--2743018	113	4.9	113	94	0	936	27	20	14	37	1.91
2744556--2744624	10	6.7	10	77	14	61	2	17	0	79	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2744556--2744611	19	2.8	20	86	7	71	3	16	0	80	0.85
2744556--2744622	20	3.3	20	81	10	73	2	16	0	80	0.83
2744537--2744612	31	2.5	31	85	4	93	7	15	0	76	1.01
2744556--2744624	11	6.7	10	79	11	59	2	17	0	79	0.85
2751940--2751977	15	2.5	15	91	0	58	44	10	18	26	1.82
2756060--2756134	39	2.0	38	81	5	89	33	17	0	49	1.47
2756172--2756206	13	2.6	14	86	9	54	31	0	0	68	0.90
2756172--2756219	21	2.3	21	78	7	53	33	0	2	64	1.05
2756401--2756547	59	2.5	61	78	5	165	42	5	19	31	1.74
2757015--2758054	344	3.0	341	93	1	1789	38	10	12	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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