genome.fa.s1465.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11160956

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   

This is table  42  of  55  ( 6520 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8403373--8403431	20	3.0	20	82	5	66	22	20	20	37	1.95
8403383--8403469	41	2.2	40	85	2	111	20	18	20	40	1.92
8403381--8403469	20	4.4	20	74	5	81	20	19	21	39	1.93
8403466--8403511	21	2.2	21	84	0	56	39	17	26	17	1.91
8407038--8407095	13	4.3	14	72	14	59	60	0	0	39	0.97
8407017--8407100	17	5.2	17	72	20	65	61	1	0	36	1.04
8407013--8407141	16	8.3	16	69	21	62	59	0	0	38	1.08
8407017--8407114	46	2.1	44	81	14	108	61	1	1	36	1.10
8407227--8407259	14	2.4	14	95	5	59	66	0	0	33	0.92
8407218--8407284	18	3.6	18	73	13	55	59	0	0	40	0.97
8409520--8409747	117	2.0	116	92	2	377	34	14	14	37	1.86
8417850--8417933	43	2.0	43	100	0	168	26	16	13	44	1.84
8418036--8418207	43	4.0	43	83	4	195	22	17	25	35	1.95
8418042--8418220	85	2.1	86	82	5	211	22	17	25	34	1.96
8418619--8418678	21	2.9	21	84	0	75	3	31	20	45	1.67
8426624--8427060	189	2.3	188	79	4	477	32	17	16	33	1.92
8427929--8428533	301	2.0	301	99	0	1192	30	20	18	30	1.96
8430897--8431078	91	2.0	90	93	1	310	29	10	15	43	1.81
8434175--8434207	14	2.4	14	90	5	50	39	3	0	57	1.14
8436853--8436889	19	1.9	19	88	0	56	27	5	16	51	1.66
8442239--8442274	10	3.6	10	88	0	54	27	30	0	41	1.56
8442328--8442361	9	3.9	9	84	7	52	35	0	2	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8442327--8442365	17	2.4	17	95	4	71	33	0	5	61	1.18
8442327--8442372	17	2.8	17	90	3	58	32	2	4	60	1.28
8450746--8451430	4	174.0	4	92	3	1025	45	26	2	25	1.65
8451427--8451654	6	36.8	6	67	14	115	39	22	10	27	1.86
8451446--8451727	26	10.8	26	83	8	224	42	23	7	26	1.81
8452286--8456221	8	483.6	8	67	11	1074	49	35	0	14	1.46
8450747--8456243	10	547.0	10	72	15	973	48	32	0	17	1.54
8451653--8456227	6	783.8	6	86	10	5967	49	34	0	16	1.48
8459703--8459734	16	2.0	16	100	0	64	25	12	18	43	1.85
8464790--8464827	6	6.5	6	96	3	69	31	52	15	0	1.43
8465436--8465588	21	7.4	21	76	14	149	39	21	18	20	1.93
8465517--8465607	42	2.2	42	92	4	148	37	23	18	20	1.94
8465538--8465607	21	3.3	21	76	21	67	35	25	18	20	1.95
8481940--8481988	19	2.7	19	78	6	57	44	2	0	53	1.12
8482645--8482672	12	2.3	12	100	0	56	85	0	0	14	0.59
8484415--8484495	38	2.1	40	84	15	109	45	8	3	41	1.52
8484488--8484574	2	44.0	2	97	2	167	50	0	0	49	1.00
8484562--8484673	36	3.3	32	80	12	109	49	7	0	43	1.30
8484585--8484673	36	2.6	32	81	14	115	49	6	0	43	1.29
8484827--8485047	37	6.2	37	74	18	161	42	7	2	46	1.46
8484885--8484949	27	2.4	26	83	16	96	43	7	3	46	1.48
8485150--8485176	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8485598--8485672	18	4.4	17	73	21	68	30	2	4	62	1.27
8490952--8490999	20	2.4	20	82	0	60	10	29	58	2	1.43
8490969--8491000	17	1.9	16	93	6	55	9	31	59	0	1.29
8495626--8495759	14	9.4	14	69	17	64	76	3	14	5	1.09
8495626--8495684	15	3.8	15	75	20	50	74	0	18	6	1.03
8495588--8495707	32	3.9	30	75	14	95	72	3	15	9	1.23
8495627--8495741	32	3.7	32	74	15	96	74	3	15	6	1.15
8495721--8495770	14	3.5	15	76	17	52	82	6	12	0	0.85
8495702--8495769	10	6.9	10	72	3	57	82	7	10	0	0.85
8496792--8496881	32	2.8	32	82	0	108	33	15	20	31	1.93
8497269--8497323	3	17.7	3	81	7	65	32	0	1	65	1.03
8497269--8497328	28	2.0	28	84	9	75	31	0	3	65	1.09
8499025--8499100	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
8504100--8504135	18	2.0	18	100	0	72	38	22	0	38	1.54
8504501--8504541	22	1.9	21	90	5	64	73	2	0	24	0.96
8509121--8509167	24	2.0	24	100	0	94	34	0	38	27	1.57
8509539--8509588	23	2.2	23	85	0	64	38	8	18	36	1.80
8509485--8509673	87	2.2	87	89	2	283	41	10	15	32	1.80
8509719--8510191	198	2.4	199	89	2	729	32	14	13	39	1.85
8510160--8510212	21	2.5	21	90	0	88	37	9	9	43	1.70
8509964--8510373	221	1.9	220	86	3	583	32	13	13	40	1.84
8510470--8510554	31	2.8	30	80	18	81	48	0	1	50	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8510437--8510532	40	2.5	39	78	18	103	48	0	0	51	1.00
8510481--8510566	14	6.2	14	71	11	52	47	0	1	51	1.08
8511235--8511316	30	2.8	29	80	14	80	48	1	1	48	1.17
8511235--8511299	31	2.2	30	83	10	80	50	1	0	47	1.10
8511243--8511343	14	7.2	14	70	14	57	48	1	0	48	1.19
8511307--8511351	14	3.1	15	84	6	58	55	2	0	42	1.12
8511663--8511712	23	2.2	23	85	0	64	30	16	14	40	1.87
8511740--8511790	23	2.2	23	89	0	75	33	19	9	37	1.85
8511647--8511964	87	3.7	87	93	0	537	31	14	11	41	1.82
8511827--8511870	23	1.9	23	90	0	70	34	18	9	38	1.82
8511836--8511880	23	2.0	23	86	0	63	37	15	11	35	1.83
8511923--8511998	23	3.3	23	94	0	125	36	19	6	36	1.78
8518823--8518965	37	3.9	35	89	4	178	48	12	3	35	1.58
8518844--8518978	37	3.7	37	89	7	188	49	10	3	36	1.55
8523496--8523540	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
8524683--8524738	25	2.2	25	100	0	112	17	17	21	42	1.89
8535426--8535496	21	3.4	22	84	7	76	16	50	9	22	1.74
8539949--8540017	31	2.2	31	87	5	104	27	20	17	34	1.95
8541690--8541718	15	1.9	15	100	0	58	58	0	6	34	1.25
8543132--8543157	6	4.3	6	100	0	52	69	0	30	0	0.89
8545730--8545774	21	2.1	21	91	0	72	17	46	15	20	1.84
8546472--8546529	31	1.9	30	86	10	82	44	10	13	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8552819--8552862	16	2.6	18	85	10	65	34	15	11	38	1.84
8557680--8558300	22	28.5	22	80	9	686	41	0	10	47	1.39
8557675--8558300	44	14.4	43	89	4	834	41	0	10	47	1.39
8557675--8558300	66	9.6	66	83	6	785	41	0	10	47	1.39
8557779--8557808	14	2.1	14	93	0	51	36	0	10	53	1.35
8558942--8558980	20	2.0	20	90	10	62	35	0	20	43	1.52
8563397--8563534	64	2.2	64	80	7	147	28	19	23	28	1.98
8564308--8564345	20	1.9	20	89	10	60	21	26	21	31	1.98
8569427--8569459	15	2.2	15	100	0	66	18	15	27	39	1.90
8569719--8569759	22	2.0	21	85	9	57	26	19	21	31	1.97
8573461--8573508	23	2.0	25	92	8	82	33	8	54	4	1.50
8575062--8575120	29	2.0	29	96	0	109	50	13	11	23	1.74
8576633--8576705	21	3.5	21	96	3	139	31	26	15	27	1.95
8576714--8576834	63	1.9	63	86	0	170	35	20	19	23	1.96
8577243--8577297	21	2.7	20	80	11	58	41	3	18	36	1.68
8577400--8577493	18	4.9	19	75	10	102	21	20	29	28	1.98
8577400--8577493	38	2.5	38	94	0	170	21	20	29	28	1.98
8577400--8577494	20	4.9	19	74	18	90	22	20	29	28	1.98
8583137--8583208	30	2.4	30	90	0	108	31	25	19	23	1.98
8583195--8583318	31	4.0	31	76	10	101	32	20	17	29	1.96
8585216--8585297	2	41.0	2	100	0	164	50	0	0	50	1.00
8586607--8586727	63	1.9	63	88	6	183	35	19	20	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8587138--8587192	21	2.7	20	80	11	58	41	3	18	36	1.68
8587295--8587388	18	4.9	19	75	10	102	21	20	29	28	1.98
8587295--8587388	38	2.5	38	94	0	170	21	20	29	28	1.98
8587295--8587389	20	4.9	19	74	18	90	22	20	29	28	1.98
8600552--8600587	6	6.0	6	100	0	72	33	0	66	0	0.92
8605100--8605128	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8611050--8611091	17	2.5	17	96	0	75	11	4	33	50	1.60
8625844--8625924	42	1.9	42	89	0	126	23	20	28	27	1.99
8631839--8631875	14	2.6	14	100	0	74	45	5	5	43	1.49
8631817--8631845	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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