genome.fa.s389.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000389.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2672246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
378--495	43	2.7	43	86	2	166	40	11	5	41	1.66
7094--7125	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
10962--11011	2	26.0	2	84	8	68	52	0	0	48	1.00
10962--11011	17	3.1	17	88	11	79	52	0	0	48	1.00
10962--11010	19	2.7	18	87	6	64	53	0	0	46	1.00
11477--11543	23	2.9	23	84	4	73	14	17	11	55	1.69
12124--12185	30	2.1	30	100	0	124	33	9	9	46	1.69
17242--17348	39	2.7	39	88	0	151	44	19	22	13	1.85
17512--17612	33	3.1	33	92	0	166	34	14	18	31	1.92
17959--18010	24	2.2	24	96	0	95	48	9	38	3	1.54
17953--18029	24	3.2	24	84	0	73	44	12	38	3	1.62
18124--18168	12	3.8	12	81	0	54	46	4	40	8	1.55
18111--18168	24	2.4	23	82	5	62	44	5	43	6	1.53
22709--22743	18	1.9	18	100	0	70	28	5	34	31	1.81
26485--26642	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
26609--26878	20	13.5	20	81	6	269	37	25	17	20	1.94
27556--27602	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
30067--30299	33	6.9	33	84	12	271	45	18	22	13	1.84
30134--30188	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
30067--30299	67	3.4	67	82	9	305	45	18	22	13	1.84
30081--30277	19	11.4	19	74	21	202	46	18	21	13	1.84
30324--30420	19	5.4	19	81	13	125	15	22	16	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30306--30420	52	2.2	52	93	3	205	14	24	17	43	1.87
30324--30420	33	2.7	37	74	19	123	15	22	16	45	1.85
30526--30562	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
32536--32592	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
32517--32609	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
32480--32614	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
32610--32737	19	7.3	19	73	19	116	8	17	28	45	1.78
32610--32700	33	2.8	33	91	5	141	7	18	28	45	1.77
32785--33253	93	5.1	93	98	0	913	45	19	13	21	1.84
34944--35033	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
34938--35049	33	3.4	33	96	1	208	45	21	23	9	1.81
34955--35054	19	5.8	19	71	22	96	43	22	25	10	1.84
35066--35122	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
35050--35130	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
35107--35181	21	3.7	21	80	7	100	12	25	17	45	1.82
35106--35182	40	1.9	41	94	2	138	12	25	16	44	1.84
35261--35331	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
35514--35568	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
35715--35908	20	9.6	20	82	5	194	19	20	23	36	1.95
35715--35908	60	3.2	60	81	0	226	19	20	23	36	1.95
35895--35977	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
35875--35973	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37570--37778	110	1.9	109	89	1	319	40	19	24	15	1.90
41824--41871	23	2.1	23	100	0	96	47	8	12	31	1.71
45466--45773	156	2.0	156	93	0	526	29	23	13	33	1.93
49326--49381	24	2.3	24	96	0	103	25	37	7	30	1.82
54732--54821	32	2.8	32	81	5	103	18	13	8	58	1.60
57056--57095	21	2.0	20	85	5	53	20	17	15	47	1.83
61169--61331	64	2.5	65	76	8	163	31	20	20	26	1.98
62117--62332	101	2.1	102	95	1	389	25	13	23	36	1.92
62348--62414	23	2.9	23	88	0	89	23	22	23	29	1.99
65239--65384	46	3.3	46	68	21	137	26	25	21	27	1.99
65202--65459	88	3.0	88	91	4	406	26	24	20	29	1.99
65410--65904	128	3.9	124	77	10	384	25	28	18	27	1.98
65690--66013	129	2.5	127	81	8	355	25	27	16	29	1.97
65924--66048	52	2.4	52	98	1	243	28	29	15	27	1.96
69081--69138	29	2.0	29	90	6	91	36	15	3	44	1.63
74555--74588	18	1.9	17	88	5	50	64	5	0	29	1.17
76994--77050	29	2.0	29	89	6	89	36	17	3	42	1.67
78023--78063	2	21.5	2	90	9	68	48	0	0	51	1.00
81242--81303	24	2.5	26	75	17	69	46	0	1	51	1.10
81245--81301	29	2.0	29	82	6	71	47	0	1	50	1.11
84255--84293	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
88524--88604	15	5.5	15	75	5	76	40	4	16	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88524--88603	29	2.7	30	84	3	110	41	3	16	38	1.66
88520--88604	44	1.9	44	87	0	125	43	4	15	36	1.67
88587--88636	20	2.5	20	96	0	91	40	8	16	36	1.77
88911--88973	23	2.7	23	85	2	81	41	3	3	52	1.33
88964--89022	28	2.1	28	87	6	84	54	1	0	44	1.10
88957--89063	30	3.6	28	74	21	85	53	1	0	44	1.11
89085--89134	21	2.3	23	86	10	70	54	0	0	46	1.00
89015--89130	50	2.2	52	82	10	141	53	1	0	43	1.16
89323--89441	42	2.8	41	88	2	166	52	18	12	16	1.75
93743--93776	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
100127--100169	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
100126--100175	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
103999--104032	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
107943--108004	21	3.0	21	80	17	67	66	1	0	32	1.02
119349--119386	14	2.6	15	87	4	51	23	21	21	34	1.97
128804--128849	18	2.6	18	89	0	74	32	32	10	23	1.90
133402--133446	12	3.8	12	81	0	54	8	40	4	46	1.55
133402--133469	24	2.8	24	80	8	68	8	41	5	44	1.60
133510--133573	30	2.1	30	85	0	83	4	40	14	40	1.66
133541--133617	24	3.2	24	84	0	73	3	38	12	44	1.62
133958--134092	33	4.1	33	88	0	180	31	17	17	32	1.94
134224--134333	39	2.8	39	87	0	157	12	23	19	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140019--140086	23	3.0	22	77	12	57	55	11	17	14	1.68
142573--142647	37	2.0	37	100	0	150	29	18	13	38	1.89
151261--151387	44	2.9	45	88	2	186	43	5	11	39	1.65
154270--154323	26	2.1	27	82	6	67	61	3	1	33	1.25
165593--165630	19	2.0	19	89	0	58	21	21	7	50	1.74
165595--165721	40	3.2	38	82	9	139	25	24	11	38	1.89
165575--165725	20	7.5	20	69	12	87	25	24	12	37	1.91
166173--166247	20	3.8	20	82	5	98	22	18	24	34	1.96
166173--166307	60	2.3	60	82	8	152	26	15	22	34	1.94
167799--167856	22	2.6	22	94	0	98	29	13	20	36	1.91
172778--172812	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
173768--173807	6	6.7	6	97	0	71	35	17	12	35	1.88
177899--178072	86	2.0	86	100	0	348	48	14	14	21	1.81
178337--178379	2	22.0	2	80	4	52	51	4	0	44	1.22
189152--189211	20	2.9	21	90	7	95	30	25	26	18	1.98
190587--190795	103	2.0	103	94	0	364	26	13	23	36	1.92
190812--190878	23	3.0	23	88	2	91	20	28	25	25	1.99
194549--194605	20	2.7	21	86	8	89	33	21	26	19	1.97
195980--196190	101	2.1	102	92	1	352	25	14	24	36	1.93
196214--196274	23	2.7	23	89	0	86	19	26	26	27	1.99
200591--200665	35	2.1	35	100	0	150	49	8	0	42	1.32
203418--203459	20	2.2	20	86	4	59	40	0	7	52	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208390--209482	541	2.0	541	95	0	1972	34	18	12	34	1.89
210025--210077	21	2.6	21	81	3	63	41	16	20	20	1.90
210063--210180	41	2.9	41	96	0	200	38	22	17	20	1.93
210066--210201	20	6.7	20	72	9	114	36	23	18	21	1.95
210086--210161	21	3.7	21	74	10	84	42	23	17	17	1.89
210931--210984	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
211159--211183	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
213511--213621	19	6.4	19	71	19	98	45	15	23	15	1.84
213491--213621	52	2.5	52	88	1	190	44	16	23	15	1.86
213566--213656	33	2.8	33	93	3	148	45	17	26	10	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15