genome.fa.s389.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000389.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2672246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399997--2400046	25	2.0	25	92	0	82	42	22	10	26	1.84
2400125--2400172	20	2.5	20	86	10	64	16	22	16	43	1.87
2402929--2402962	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2403923--2404018	20	4.8	20	81	2	104	39	23	17	18	1.92
2403962--2404033	19	3.7	20	79	5	76	38	19	12	29	1.88
2403823--2404021	20	10.0	20	70	14	99	35	25	15	24	1.94
2404777--2404810	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2404939--2404988	24	2.1	24	88	0	73	30	18	16	36	1.92
2407509--2407558	20	2.5	20	90	6	75	46	24	18	12	1.82
2407766--2407815	25	2.0	25	96	0	91	26	4	22	48	1.68
2408201--2408237	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2408193--2408245	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
2408543--2408627	39	2.2	39	95	0	152	49	18	15	16	1.80
2408844--2408889	20	2.3	20	92	0	74	43	21	19	15	1.87
2408923--2408960	20	1.9	20	94	0	67	15	18	23	42	1.89
2410525--2410623	21	4.7	21	77	8	103	21	20	35	23	1.96
2410525--2410623	42	2.4	42	81	6	128	21	20	35	23	1.96
2412819--2412843	13	1.9	13	100	0	50	80	8	8	4	1.03
2413054--2413100	22	2.1	22	92	0	76	23	14	40	21	1.90
2413309--2413364	20	2.8	20	78	2	60	26	12	28	32	1.93
2413929--2413955	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2426016--2426099	21	3.9	21	72	14	64	14	25	36	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437692--2437768	29	2.8	26	75	7	66	41	1	7	49	1.40
2437745--2437851	35	2.9	36	82	6	126	41	2	9	46	1.50
2437855--2437899	20	2.2	20	84	7	56	26	0	2	71	0.98
2437856--2437916	17	3.3	17	78	19	52	26	1	1	70	1.06
2438269--2438327	25	2.3	27	82	8	70	71	20	1	6	1.18
2438994--2439018	9	2.8	9	100	0	50	8	12	0	80	0.92
2439418--2439478	29	2.1	30	84	9	81	18	16	16	49	1.80
2439959--2440008	27	2.0	27	84	11	70	40	0	0	60	0.97
2440086--2440143	29	2.0	30	86	3	82	53	12	15	18	1.72
2440240--2440334	2	48.5	2	93	4	167	48	1	0	50	1.07
2440334--2440389	27	2.1	27	100	0	112	46	3	17	32	1.66
2441766--2441801	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2446981--2447050	34	2.0	35	91	5	115	20	30	31	18	1.96
2451295--2451364	35	2.0	35	88	5	106	24	30	28	17	1.97
2468057--2468216	5	30.6	5	98	0	167	30	50	19	0	1.48
2468508--2468678	19	8.2	19	80	14	153	33	27	5	33	1.79
2468508--2468672	66	2.6	63	88	5	258	34	28	5	31	1.80
2468508--2468672	44	3.9	41	77	17	174	34	28	5	31	1.80
2473212--2473250	18	2.2	18	90	4	62	30	0	2	66	1.05
2477864--2478091	20	11.2	20	75	13	164	42	21	18	17	1.90
2477940--2478082	42	3.5	42	86	7	220	39	23	19	17	1.92
2477866--2478091	62	3.7	60	74	13	169	41	22	19	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477864--2478084	40	5.4	40	78	12	220	41	22	19	17	1.90
2478708--2478752	6	7.5	6	100	0	90	0	15	51	33	1.44
2478855--2479099	20	11.8	20	78	15	205	18	17	25	38	1.93
2478920--2479099	42	4.3	40	87	6	202	18	18	27	36	1.94
2478857--2479078	62	3.5	62	87	4	270	18	18	24	39	1.92
2478848--2479161	104	3.0	102	81	7	352	16	18	24	40	1.91
2478987--2479117	42	3.2	41	75	16	119	17	19	25	37	1.93
2478893--2479161	20	13.2	20	76	10	197	16	18	24	39	1.91
2481158--2481204	16	3.1	15	88	11	69	63	2	2	31	1.18
2483319--2483412	45	2.1	45	83	0	125	41	19	15	23	1.90
2483377--2483724	38	9.2	38	88	5	449	35	17	21	25	1.95
2483573--2484082	189	2.9	172	81	8	492	35	18	20	24	1.95
2483731--2484101	38	9.9	38	82	4	475	37	18	19	24	1.93
2483530--2484101	207	2.7	210	84	8	681	36	18	20	24	1.95
2483731--2484099	151	2.5	150	87	2	519	37	18	18	24	1.93
2483731--2484101	113	3.3	112	87	4	500	37	18	19	24	1.93
2493785--2493825	22	1.9	21	85	5	55	70	0	2	26	0.99
2494508--2494634	68	1.9	68	85	9	179	56	11	0	30	1.41
2496100--2496179	36	2.2	36	82	4	99	37	8	33	20	1.83
2500091--2500128	14	2.7	14	84	8	51	18	0	34	47	1.49
2500690--2500731	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2504958--2505002	21	2.1	21	87	4	63	31	6	11	51	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505092--2505246	76	2.0	77	93	1	267	36	9	18	36	1.83
2511945--2512003	28	2.1	28	93	6	102	38	25	1	33	1.66
2513692--2513728	3	12.7	3	94	5	67	35	0	0	64	0.94
2517208--2517236	14	2.1	14	100	0	58	48	6	0	44	1.29
2523398--2523457	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2526509--2526757	75	3.4	75	83	6	337	39	13	14	32	1.85
2533041--2533090	20	2.5	20	90	0	82	50	20	8	22	1.74
2536429--2536895	154	3.0	154	90	2	697	39	10	12	37	1.77
2537060--2537304	118	2.1	118	85	1	330	30	16	12	40	1.85
2547011--2547128	50	2.4	50	91	0	182	34	11	14	39	1.81
2547011--2547149	50	2.8	50	86	2	163	33	10	17	38	1.84
2558269--2558326	20	2.9	20	97	0	107	31	34	15	18	1.93
2564159--2564216	21	2.7	22	75	2	64	29	22	22	25	1.99
2564140--2564220	22	3.7	21	76	6	81	25	25	22	25	2.00
2566844--2566881	20	1.9	20	88	0	58	31	31	15	21	1.94
2566892--2567071	65	2.8	64	80	9	206	30	23	17	28	1.97
2566844--2567051	65	3.2	63	78	9	206	32	23	17	27	1.96
2567023--2567071	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
2568122--2568263	29	4.9	28	85	3	185	33	4	12	49	1.60
2576609--2576633	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
2582197--2582287	43	2.1	43	91	0	146	35	4	28	31	1.77
2587515--2587586	36	2.0	35	89	2	108	38	20	20	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589134--2589178	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2590032--2590156	31	4.0	31	88	2	180	20	20	22	36	1.96
2591182--2591212	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2591658--2591727	35	2.0	35	88	8	106	22	22	20	34	1.97
2592793--2592862	35	2.0	36	88	8	108	20	24	21	34	1.97
2606870--2606909	19	2.1	19	90	0	62	15	22	5	57	1.57
2616997--2617037	13	3.2	13	92	0	73	26	0	24	48	1.51
2620667--2620695	15	1.9	15	100	0	58	62	17	0	20	1.33
2630818--2630938	64	1.9	63	89	3	190	33	15	21	28	1.94
2630816--2630954	64	2.2	62	84	2	188	32	15	21	30	1.94
2631375--2631429	22	2.4	22	84	6	65	36	3	16	43	1.65
2631391--2631442	22	2.4	22	96	0	95	34	1	23	40	1.66
2633135--2633220	23	3.7	23	70	14	77	22	23	24	30	1.99
2633779--2633823	22	2.0	22	95	0	81	20	22	33	24	1.97
2638061--2638103	19	2.2	20	84	12	63	65	0	16	18	1.28
2642243--2642282	17	2.4	17	95	0	71	27	25	2	45	1.66
2649433--2649486	20	2.7	21	80	8	60	29	1	7	61	1.34
2649433--2649488	21	2.6	21	80	11	60	30	1	7	60	1.33
2649432--2649492	23	2.6	22	82	10	68	31	1	6	60	1.32
2649779--2649823	14	3.4	14	80	17	51	22	2	0	75	0.91
2649772--2649823	9	5.9	9	80	17	56	21	3	0	75	0.97
2653615--2653854	95	2.7	89	84	10	296	31	18	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654536--2654586	19	2.9	17	78	18	52	17	5	0	76	0.98
2654541--2654610	31	2.5	26	80	17	77	18	8	0	72	1.09
2655997--2656043	22	2.1	22	84	7	60	27	12	0	59	1.34
2656349--2656394	23	2.0	23	91	0	74	32	26	23	17	1.97
2659574--2659606	10	3.4	10	87	8	50	66	6	6	21	1.35
2660722--2660752	14	2.2	14	94	0	53	35	0	0	64	0.94
2665053--2665099	9	5.5	8	85	14	51	46	2	0	51	1.13
2665067--2665115	9	5.7	9	81	13	59	44	2	0	53	1.12
2665077--2665181	18	6.1	18	69	18	55	46	5	0	47	1.26
2665043--2665177	67	2.0	66	85	4	182	46	5	0	48	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15