genome.fa.s389.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000389.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2672246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213666--213758	19	5.2	19	77	15	90	12	20	19	47	1.82
213857--213893	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
215244--215310	21	3.2	21	66	6	55	20	19	35	23	1.95
215244--215366	42	2.9	41	79	7	113	23	17	36	21	1.95
215763--215852	19	4.9	19	75	15	91	46	21	21	11	1.81
215819--215858	19	2.1	19	90	0	62	50	25	17	7	1.72
215854--215879	12	2.2	12	100	0	52	73	19	7	0	1.07
215951--216326	94	4.1	94	93	2	620	47	19	11	21	1.81
218038--218136	34	2.9	34	89	1	146	42	23	22	12	1.87
218012--218158	19	8.1	19	70	18	116	44	20	22	12	1.85
218154--218242	33	2.7	33	85	1	106	12	22	22	42	1.87
218184--218252	20	3.8	19	70	20	67	11	23	21	43	1.85
218797--218864	20	3.3	20	87	4	109	20	22	17	39	1.92
218799--218892	41	2.3	41	84	0	116	23	21	21	34	1.97
220745--220834	26	3.5	25	88	7	119	37	14	18	28	1.91
221046--221337	146	2.0	147	93	1	505	36	5	10	47	1.61
221491--221778	154	1.8	160	84	4	399	43	6	9	39	1.65
236155--236260	45	2.3	47	90	6	162	30	9	20	39	1.84
245889--246056	16	10.1	15	71	24	67	76	0	15	7	0.99
245933--246047	21	5.8	20	71	20	71	77	0	13	8	0.99
245938--245978	18	2.2	19	86	4	57	73	0	14	12	1.11
245955--246029	7	10.7	7	84	13	93	74	0	14	10	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245972--246038	7	9.6	7	91	4	73	80	0	11	7	0.90
247409--247780	55	6.7	55	88	3	498	27	15	24	31	1.96
257939--257977	12	3.0	13	81	11	53	41	0	0	58	0.98
257925--257977	26	2.0	28	88	7	83	41	1	0	56	1.10
261289--261347	30	2.0	29	83	3	73	37	6	22	33	1.80
261578--261645	23	3.0	23	77	0	73	23	22	22	32	1.98
263617--263670	25	2.2	25	93	3	92	27	25	25	20	1.99
270414--270478	24	2.7	24	85	0	103	29	23	23	24	1.99
276419--276484	23	2.9	23	70	6	62	21	22	22	33	1.97
278139--278167	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
280742--280783	17	2.5	17	80	0	57	57	2	0	40	1.12
280760--280871	14	8.8	13	73	22	105	45	8	1	43	1.45
280746--280871	26	5.0	26	74	14	106	46	7	1	43	1.42
281266--281429	21	8.2	20	63	15	72	44	9	1	43	1.47
281279--281305	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
281256--281430	60	3.0	59	88	4	246	44	9	1	44	1.47
284338--284392	27	2.1	26	82	3	65	43	3	3	49	1.37
284767--284795	14	2.1	14	100	0	58	79	13	0	6	0.93
284765--284799	17	2.1	17	89	10	54	77	14	0	8	0.99
284938--284990	5	10.6	5	81	0	61	56	1	0	41	1.10
284931--284991	20	3.2	20	86	4	81	57	4	0	37	1.20
285131--285244	50	2.4	49	78	12	123	50	9	0	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285659--285696	19	2.0	19	100	0	76	31	15	42	10	1.81
285864--285957	47	2.0	47	91	0	152	21	26	36	15	1.94
285911--285966	29	1.9	29	85	0	76	21	28	33	16	1.95
286547--286623	33	2.3	32	82	10	84	54	2	1	41	1.22
286633--286671	20	2.0	20	85	10	53	56	2	7	33	1.41
287555--287597	22	1.9	22	85	4	59	44	9	18	27	1.80
290544--290760	108	2.0	108	94	1	382	34	14	18	31	1.92
293095--293157	19	3.7	19	66	27	59	26	17	9	46	1.79
293097--293170	31	2.4	31	100	0	148	28	16	8	47	1.75
301517--302220	182	3.9	181	83	4	846	45	12	13	27	1.80
302582--302680	23	4.3	23	90	0	135	40	13	5	41	1.66
302618--302828	115	1.9	114	85	4	295	34	13	9	43	1.76
302727--302804	23	3.2	23	80	9	84	34	20	7	37	1.81
302735--302807	28	3.0	23	76	18	83	38	19	8	34	1.81
309862--309895	15	2.3	15	94	0	59	55	0	0	44	0.99
310168--310233	31	2.1	32	88	2	98	27	21	19	31	1.97
311207--311270	31	2.1	31	100	0	128	40	18	12	28	1.87
313159--313199	3	13.3	3	87	10	57	31	2	0	65	1.05
316187--316313	31	4.1	31	85	0	164	24	22	23	29	1.99
320361--320425	31	2.1	31	91	0	103	24	20	24	30	1.98
321870--321904	15	2.3	15	95	0	61	28	34	20	17	1.95
328713--328747	15	2.3	15	100	0	70	28	34	22	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
329677--329701	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
332373--332406	4	8.5	4	100	0	68	26	47	0	26	1.53
334141--334183	16	2.6	16	85	7	52	58	4	4	32	1.39
334858--334896	20	2.0	20	89	0	60	76	7	0	15	0.99
336410--336447	12	3.3	12	89	7	53	0	13	5	81	0.85
336825--336946	25	4.9	25	96	0	217	28	16	21	33	1.95
337075--337116	3	14.3	3	80	5	50	69	2	2	26	1.13
337300--337585	141	2.1	136	89	5	430	23	19	29	27	1.98
349287--349329	16	2.6	16	85	7	52	58	4	4	32	1.39
350420--350505	30	2.8	31	72	10	88	59	4	16	19	1.54
351562--351600	13	3.1	13	92	3	62	0	15	5	79	0.90
351994--352093	25	4.0	25	96	0	182	28	16	21	35	1.94
352222--352263	3	14.3	3	80	5	50	69	2	2	26	1.13
353757--353785	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
358022--358047	3	8.7	3	100	0	52	0	30	34	34	1.58
366262--366298	19	1.9	19	89	10	58	27	0	0	72	0.84
368429--368551	39	3.2	39	89	0	183	20	42	5	31	1.75
370859--371590	182	4.0	181	86	3	936	41	12	16	29	1.86
370863--371587	362	2.0	364	85	2	974	41	12	16	29	1.85
372162--372295	20	6.6	20	74	3	124	16	20	22	41	1.90
372182--372298	41	2.9	41	94	0	207	17	19	23	39	1.92
372202--372275	21	3.6	21	74	3	87	20	18	25	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
372289--372338	22	2.3	22	89	0	73	22	16	26	36	1.94
373103--373157	20	2.8	20	77	0	65	36	23	20	20	1.95
373078--373157	40	2.0	40	82	9	99	38	23	18	18	1.93
373170--373291	20	5.9	20	79	7	138	37	25	22	14	1.92
373066--373254	95	2.0	95	93	0	324	37	23	20	17	1.94
373170--373291	41	3.0	40	84	6	122	37	25	22	14	1.92
373198--373299	41	2.5	41	85	1	143	37	26	21	14	1.92
373277--373315	12	3.2	12	88	3	60	43	25	20	10	1.83
375094--375148	24	2.4	23	80	11	69	45	0	3	50	1.19
375526--375569	21	2.1	21	82	0	52	43	9	29	18	1.80
375603--375698	33	2.9	33	92	0	156	29	1	44	25	1.61
375603--375653	15	3.0	18	66	16	54	33	0	39	27	1.57
375887--375937	15	3.2	15	91	8	75	52	0	41	5	1.25
377492--377540	19	2.6	19	86	0	71	32	0	12	55	1.37
377890--379009	402	2.8	397	85	5	1448	37	14	16	31	1.88
377890--379009	200	5.6	200	84	4	1389	37	14	16	31	1.88
381845--381887	15	2.8	15	78	3	50	39	16	6	37	1.75
382038--382583	179	3.1	177	78	8	587	39	14	15	30	1.87
382423--383000	200	2.9	198	86	3	732	38	13	15	31	1.87
389517--390052	55	9.7	55	84	3	616	28	23	17	29	1.97
390069--390176	37	2.9	37	88	2	155	22	20	18	38	1.93
392634--392746	47	2.4	47	79	10	131	39	20	13	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
396577--396622	23	1.9	25	86	8	69	45	4	4	45	1.43
396568--396633	23	2.8	24	78	15	66	42	4	4	48	1.44
399723--399764	3	14.0	3	94	0	75	66	2	0	30	1.04
400774--401472	120	5.8	119	77	7	608	41	17	15	26	1.89
400749--401472	240	3.0	239	78	4	733	41	16	15	25	1.88
402339--402455	22	5.3	22	94	1	207	22	21	19	36	1.95
404016--404066	25	2.0	26	85	14	72	27	1	27	43	1.66
407001--407049	17	2.9	17	96	3	91	34	24	18	22	1.96
417495--417562	33	2.2	32	86	7	95	41	0	0	58	0.98
417710--417748	17	2.3	17	86	0	51	38	0	5	56	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15