genome.fa.s389.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000389.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2672246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  12  of  15  ( 1688 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2022656--2022788	33	3.8	33	78	15	133	39	23	23	14	1.91
2022715--2022810	33	2.9	34	88	3	131	43	19	22	13	1.86
2022825--2022920	33	2.9	34	90	3	149	12	23	20	42	1.86
2022847--2022900	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
2023026--2023062	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2025023--2025071	19	2.5	19	86	3	62	34	20	22	22	1.97
2025061--2025242	20	9.8	20	80	15	194	17	19	21	41	1.90
2025086--2025219	33	3.8	34	81	7	135	14	19	22	43	1.87
2027123--2027245	20	6.6	19	73	11	103	47	21	17	13	1.81
2027142--2027257	53	2.2	52	83	6	135	45	22	18	12	1.84
2027582--2027665	22	3.8	22	83	0	114	23	13	35	27	1.92
2027582--2027679	44	2.2	44	85	0	133	22	15	36	25	1.93
2027868--2027917	20	2.5	20	96	0	91	18	20	22	40	1.92
2027927--2027974	20	2.4	20	96	0	87	39	25	20	14	1.91
2032254--2032328	21	3.7	21	76	7	91	32	24	20	24	1.98
2032243--2032321	40	1.9	42	92	5	135	34	21	18	25	1.96
2032378--2032729	178	2.0	178	93	1	607	27	15	21	34	1.94
2034136--2034160	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2034662--2034773	33	3.2	33	68	20	91	36	11	20	31	1.88
2034628--2034773	73	2.0	73	97	0	274	38	10	19	31	1.86
2035213--2035307	27	3.6	27	94	2	158	43	16	10	29	1.82
2039003--2039124	27	4.6	27	94	2	203	42	16	11	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2041926--2041983	25	2.3	25	90	0	89	43	18	13	24	1.87
2041947--2042020	25	3.0	25	85	0	85	36	20	14	28	1.92
2042639--2042675	18	2.1	18	100	0	74	21	32	27	18	1.97
2045032--2045094	29	2.1	29	82	2	72	28	26	14	30	1.95
2045114--2045233	51	2.4	51	84	2	143	20	31	26	21	1.98
2051025--2051245	110	2.0	111	95	0	399	44	10	9	35	1.71
2051555--2051653	51	1.9	51	83	4	128	22	28	31	18	1.97
2051667--2051742	29	2.6	29	87	2	98	30	13	28	27	1.94
2052338--2052390	26	2.0	28	82	14	67	30	9	1	58	1.40
2053960--2054005	23	2.0	23	100	0	92	39	13	8	39	1.75
2054311--2054343	16	2.0	17	88	5	50	45	0	3	51	1.16
2057496--2057541	23	2.0	23	100	0	92	26	26	26	21	2.00
2058054--2058078	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2058144--2058185	15	2.8	16	89	7	61	73	0	0	26	0.83
2058144--2058185	20	2.1	20	91	8	68	73	0	0	26	0.83
2059313--2059355	13	3.4	12	80	6	50	74	0	2	23	0.93
2059373--2059401	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2059374--2059491	37	3.2	37	81	7	123	44	2	2	50	1.29
2059408--2059595	104	1.8	103	80	10	231	45	3	4	46	1.42
2059500--2059631	36	3.8	36	78	14	134	45	4	5	44	1.46
2059523--2059624	31	3.1	31	80	7	96	44	4	5	45	1.49
2059621--2059656	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059639--2059787	39	3.6	41	76	7	149	48	6	2	42	1.41
2059713--2059821	41	2.7	41	77	8	105	47	9	4	38	1.56
2062665--2062888	44	5.1	44	96	0	394	29	22	8	39	1.84
2063021--2063133	59	1.9	59	85	3	156	34	16	11	37	1.85
2063165--2063570	58	6.9	59	73	9	310	31	23	10	34	1.88
2063076--2063570	117	4.2	117	88	1	668	30	23	10	35	1.89
2063064--2063562	59	8.5	61	73	8	363	30	22	10	36	1.88
2069172--2069211	21	1.9	21	89	0	62	27	25	20	27	1.99
2069643--2069910	44	6.1	44	95	0	473	30	22	8	39	1.83
2070027--2070139	59	1.9	59	87	3	165	32	20	12	34	1.90
2070173--2070568	58	6.7	61	76	8	399	30	23	10	35	1.88
2070082--2070576	117	4.2	117	90	1	713	30	23	10	35	1.89
2077182--2077226	16	2.7	17	80	13	58	64	2	11	22	1.36
2077193--2077231	15	2.4	16	91	8	62	61	2	10	25	1.41
2078281--2078412	2	68.0	2	73	21	104	50	5	0	43	1.30
2078270--2078393	17	6.9	19	74	18	79	53	4	0	41	1.25
2078280--2078408	46	2.9	44	78	16	117	51	5	0	42	1.30
2078281--2078412	5	22.7	6	74	21	104	50	5	0	43	1.30
2078270--2078404	9	15.1	9	75	16	113	52	4	0	42	1.26
2080054--2080086	14	2.4	14	100	0	66	24	45	24	6	1.75
2088009--2088150	69	2.1	69	100	0	284	47	4	22	25	1.69
2089578--2089636	30	2.0	29	83	3	73	37	6	22	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2089877--2089932	23	2.4	23	81	0	67	21	19	23	35	1.96
2098482--2098506	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
2102158--2102201	15	2.9	15	83	9	54	45	2	43	9	1.48
2112391--2112497	56	1.9	56	92	0	178	29	15	16	37	1.91
2118077--2118102	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2122924--2123004	28	2.9	28	88	0	126	39	27	17	16	1.90
2123877--2123935	26	2.5	23	81	10	66	28	25	15	30	1.96
2123892--2123933	22	2.0	22	81	13	52	28	28	14	28	1.95
2125486--2125539	20	2.7	20	79	0	63	29	25	20	24	1.99
2126149--2126212	23	2.9	23	86	4	87	34	26	3	35	1.72
2126418--2126510	23	4.1	23	84	8	111	38	25	15	20	1.91
2126425--2126585	21	7.5	21	81	6	135	37	25	14	22	1.92
2126425--2126527	44	2.3	44	86	6	138	36	27	15	20	1.93
2132478--2132522	2	24.0	2	78	13	51	48	2	2	46	1.26
2132480--2132536	18	3.2	17	80	9	51	45	1	3	49	1.29
2133148--2133220	13	6.0	12	77	16	53	16	5	1	76	1.04
2133111--2133220	45	2.4	44	82	8	116	17	5	1	75	1.08
2133157--2133221	12	5.2	12	78	15	62	16	3	1	78	0.96
2133163--2133229	19	3.6	19	75	17	61	17	4	1	76	1.04
2137285--2137328	17	2.6	17	96	0	79	18	20	29	31	1.96
2149275--2149539	97	2.7	97	90	5	394	32	17	16	33	1.93
2150672--2151035	124	2.9	123	90	2	559	32	25	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151073--2151934	84	10.3	84	85	0	1064	33	24	18	23	1.97
2151085--2151934	252	3.4	252	89	1	1204	32	24	18	24	1.97
2153474--2153511	13	3.2	12	85	11	51	18	7	2	71	1.23
2153555--2153645	20	4.5	20	75	14	80	17	5	2	74	1.11
2153584--2153624	14	2.8	15	86	13	59	12	9	2	75	1.13
2153753--2153809	3	19.0	3	92	0	96	29	0	0	70	0.88
2153559--2153771	114	1.8	116	82	10	276	20	7	2	69	1.27
2154453--2154501	24	2.0	24	100	0	98	16	8	20	55	1.66
2154999--2155036	19	2.0	19	89	0	58	39	7	0	52	1.31
2155285--2155320	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2159777--2159828	23	2.2	23	83	10	61	42	7	7	42	1.62
2164259--2164313	20	2.8	20	73	15	51	34	29	10	25	1.90
2164319--2164372	21	2.6	21	81	0	63	31	18	16	33	1.93
2165253--2165306	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
2167554--2167588	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
2167759--2167943	20	9.9	20	76	13	187	34	22	18	24	1.97
2167759--2167903	54	2.7	54	92	0	236	35	24	17	22	1.95
2167801--2167992	94	2.1	93	85	3	251	33	22	20	23	1.97
2167759--2167983	74	3.0	74	73	6	213	35	21	19	24	1.96
2167982--2168042	20	3.0	20	90	0	95	11	18	22	47	1.80
2168133--2168241	36	3.3	35	69	21	108	53	15	2	28	1.56
2168132--2168263	63	2.1	63	97	0	246	53	16	2	28	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168241--2168277	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
2169640--2169762	42	2.9	42	80	7	151	22	18	37	21	1.94
2169640--2169754	21	5.5	21	73	4	97	21	19	37	21	1.94
2170061--2170088	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2170272--2170339	20	3.4	20	79	4	75	39	23	16	20	1.91
2170474--2170533	20	3.0	20	85	0	84	18	21	23	36	1.95
2170810--2170849	21	1.9	21	85	10	55	27	32	17	22	1.96
2172460--2172498	20	2.0	20	94	0	69	58	17	12	10	1.61
2172537--2172599	20	3.2	20	79	2	65	44	22	14	19	1.86
2172963--2173020	22	2.6	22	88	0	89	17	17	44	20	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15