genome.fa.s389.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000389.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2672246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711611--712589	248	3.9	248	91	0	1548	30	24	19	24	1.98
711594--712761	165	7.1	164	78	5	876	30	25	19	24	1.98
713451--713686	36	6.6	36	74	14	195	44	3	6	45	1.47
713729--713797	30	2.3	31	82	10	88	46	5	4	43	1.47
715103--715138	19	1.9	18	88	5	54	13	5	2	77	1.05
715119--715162	13	3.4	13	87	6	63	15	4	4	75	1.14
715118--715179	26	2.3	26	81	15	74	17	3	3	75	1.07
719025--719060	12	3.0	12	91	0	54	44	0	2	52	1.15
720344--720419	25	3.0	25	77	15	75	32	1	6	59	1.32
721485--721632	15	9.5	15	84	11	163	49	0	2	48	1.12
721577--721677	22	4.5	22	71	7	94	39	0	9	50	1.36
721612--721910	112	2.7	111	95	2	546	33	0	13	52	1.43
721612--721910	54	5.4	54	85	7	422	33	0	13	52	1.43
721747--721789	22	2.0	22	95	0	77	32	0	13	53	1.41
721858--721900	22	2.0	22	90	9	70	34	2	11	51	1.51
723038--723079	18	2.3	18	80	8	50	21	2	7	69	1.25
724171--724263	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
724171--724263	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
724306--724362	20	2.8	20	89	0	87	26	28	17	28	1.98
724553--724600	22	2.3	21	89	7	71	20	39	14	25	1.91
724818--724881	20	3.2	20	86	0	83	15	18	21	43	1.87
726201--726245	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726727--726772	20	2.3	20	84	0	56	39	26	19	15	1.91
726738--726793	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
726782--726839	14	3.9	14	75	16	62	48	22	17	12	1.80
726766--726856	32	2.8	33	91	3	157	47	20	18	13	1.82
726873--726930	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
726868--726946	32	2.4	33	95	2	142	11	18	22	46	1.81
726889--726988	19	5.5	19	77	12	77	14	21	22	43	1.87
726931--726985	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
728848--728883	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
729034--729091	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
730128--730181	24	2.2	24	86	0	72	25	14	20	38	1.91
730356--730380	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
732672--732802	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
732672--732798	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
732673--732805	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
732798--732839	19	2.2	19	91	0	66	16	19	23	40	1.91
732807--732873	19	3.8	19	75	18	81	11	22	20	44	1.84
732980--733016	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
734372--734438	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
734372--734494	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
734710--734896	91	2.0	90	89	6	286	47	17	12	22	1.81
736583--736637	20	2.8	19	83	5	74	49	14	21	14	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736583--736642	19	3.1	19	83	4	75	46	15	23	15	1.82
736638--736682	19	2.4	19	84	0	63	6	15	26	51	1.68
737236--737369	20	6.7	20	87	5	162	23	18	24	33	1.97
738366--738409	22	2.0	21	82	4	52	45	13	2	38	1.56
741410--741491	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
746178--746259	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
755014--755207	23	8.5	22	79	7	194	21	28	0	48	1.54
756937--757128	48	4.0	47	83	2	188	23	50	4	22	1.67
756952--757128	96	1.8	96	87	0	264	23	49	4	22	1.68
757052--757197	69	2.1	69	83	0	175	27	45	4	22	1.70
756979--757293	165	1.9	165	88	2	472	25	49	3	21	1.66
757121--757394	48	5.7	48	78	6	286	26	50	3	19	1.63
757144--757394	96	2.6	95	96	0	439	26	51	3	18	1.61
757004--757245	117	2.1	117	84	0	304	26	47	3	22	1.68
757121--757394	144	1.9	143	82	5	338	26	50	3	19	1.63
757438--757714	48	5.8	48	74	5	202	24	46	5	23	1.72
757404--757712	144	2.1	144	82	1	368	25	46	5	22	1.72
757390--757667	48	5.8	47	75	6	168	25	47	5	21	1.71
757580--757658	24	3.3	23	74	13	79	26	46	5	21	1.72
757405--757714	96	3.2	95	75	9	256	26	46	5	22	1.72
762740--762824	37	2.3	37	88	6	120	42	23	4	29	1.74
771690--771729	20	2.0	20	85	9	55	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771797--771853	28	2.1	28	81	12	66	42	3	5	49	1.42
771863--771943	19	4.3	19	72	20	64	46	1	2	49	1.23
771991--772064	30	2.6	27	83	12	94	54	1	0	44	1.08
772021--772070	23	2.1	24	85	10	68	54	0	0	46	1.00
772028--772087	23	2.7	23	80	12	63	53	0	0	46	1.00
773947--774011	32	2.0	32	96	0	121	29	21	35	13	1.92
774143--774186	23	1.9	23	100	0	88	22	22	27	27	1.99
774620--774668	21	2.3	21	82	3	62	30	2	16	51	1.56
774645--774707	28	2.2	30	94	5	112	30	0	12	57	1.36
778602--778823	49	4.4	49	94	2	363	41	0	12	46	1.41
779025--779060	12	3.1	12	88	4	56	50	0	2	47	1.15
779054--779115	8	7.5	8	77	15	56	33	0	12	53	1.39
779063--779125	19	3.5	19	75	20	80	33	0	15	50	1.45
779073--779167	11	9.2	11	78	19	82	36	0	13	49	1.43
779072--779233	35	4.6	34	77	11	164	38	1	12	48	1.49
779117--779393	14	21.1	13	75	17	163	44	1	9	44	1.47
779108--779393	12	23.2	11	72	16	140	43	1	9	44	1.47
779496--779543	24	2.0	25	87	4	71	37	4	6	52	1.46
779473--779583	59	1.9	56	92	5	186	36	3	5	54	1.41
779510--779558	24	2.0	24	84	7	64	38	2	4	55	1.31
779478--779598	59	2.1	56	89	4	179	38	4	7	50	1.50
780480--780524	23	2.0	23	86	0	63	55	0	2	42	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781799--781875	21	3.5	22	85	7	68	40	12	0	46	1.42
781816--781878	21	3.0	21	90	2	99	36	12	0	50	1.41
782100--782139	21	1.9	21	94	0	71	57	12	0	30	1.36
782168--782222	18	3.4	18	65	31	52	52	9	0	38	1.33
782352--782416	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
782620--782663	22	2.0	22	82	8	54	0	40	2	56	1.11
782767--782832	23	2.9	22	80	8	69	42	12	22	22	1.87
783240--783294	18	3.4	18	65	31	52	52	9	0	38	1.33
783425--783489	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
784263--784317	18	3.4	18	65	31	52	52	9	0	38	1.33
784446--784510	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
784564--784603	21	1.9	21	94	0	71	60	15	0	25	1.35
784713--784757	23	2.0	22	83	12	56	0	44	2	53	1.13
784861--784909	23	2.1	23	84	0	62	46	10	20	22	1.80
785876--785932	29	2.0	29	100	0	114	36	17	7	38	1.77
787138--787317	88	2.0	88	98	0	351	38	16	16	28	1.90
790078--790257	90	2.0	90	84	4	238	41	19	10	29	1.84
792748--792863	47	2.4	47	88	7	160	42	0	7	50	1.31
792802--792837	14	2.5	14	95	4	63	41	0	0	58	0.98
792735--792837	15	6.5	15	77	15	100	43	0	4	51	1.23
792831--792904	22	3.2	23	72	14	62	29	0	16	54	1.43
792817--793697	80	10.8	79	80	10	748	34	0	12	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792887--792972	32	2.7	32	98	0	163	34	0	12	52	1.40
792911--792967	18	3.4	18	69	18	59	33	0	12	54	1.38
792817--793600	112	7.1	111	80	12	793	35	0	12	52	1.43
792999--793106	32	3.7	31	75	23	126	36	0	11	51	1.44
792892--793617	54	13.2	54	76	14	616	35	0	12	51	1.44
793167--793230	22	2.9	22	88	0	101	39	0	10	50	1.38
793214--793520	32	9.5	32	76	14	285	36	0	11	51	1.41
793233--793321	18	5.4	18	65	20	68	33	0	12	53	1.38
793306--793350	22	2.1	21	91	4	72	35	0	11	53	1.37
793414--793456	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15