genome.fa.s482.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000482.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000916_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2886609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  1  of  16  ( 1801 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9123--9234	59	1.9	59	85	3	154	53	12	21	12	1.71
9975--10745	105	7.4	104	91	2	1215	33	24	19	22	1.97
9975--10745	316	2.5	310	91	2	1236	33	24	19	22	1.97
17225--17273	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
18514--18554	21	1.9	22	85	5	57	34	4	12	48	1.62
32700--32741	19	2.3	18	88	12	59	9	19	0	71	1.13
33319--33359	17	2.4	17	79	4	55	21	2	4	70	1.18
39173--39443	82	3.3	81	80	2	292	29	18	19	32	1.96
39173--39547	81	4.6	82	76	6	291	30	19	17	32	1.95
39614--39693	42	1.9	42	97	0	151	12	36	7	43	1.71
42909--43056	42	3.5	42	82	0	170	31	20	13	34	1.92
51358--51421	25	2.6	24	78	7	65	28	1	26	43	1.64
52024--52071	21	2.3	21	88	0	78	27	16	12	43	1.84
70312--70350	21	1.9	20	84	5	51	30	12	23	33	1.92
77733--77769	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
79374--79420	19	2.6	17	78	12	58	36	4	12	46	1.62
96629--96668	19	2.2	18	86	4	53	77	0	12	10	0.99
98569--98746	89	2.0	88	91	2	284	45	6	10	37	1.65
112775--112815	6	6.8	6	97	0	73	68	14	14	2	1.32
112774--112831	18	3.2	19	85	11	77	68	10	15	5	1.35
119535--119617	10	7.7	10	77	15	67	21	9	14	54	1.69
119535--119617	22	3.8	22	83	0	112	21	9	14	54	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119535--119632	44	2.2	44	90	0	151	22	11	15	51	1.75
119523--119629	22	4.9	22	77	0	97	23	12	14	49	1.77
120489--120532	23	1.9	23	95	0	79	15	29	27	27	1.96
120646--120714	23	3.0	22	79	12	75	18	23	26	31	1.97
120645--120706	24	2.6	24	84	2	81	17	24	27	30	1.97
122939--122975	17	2.1	18	90	5	58	54	2	0	43	1.14
124424--124484	3	20.0	3	93	3	86	60	0	0	39	0.97
124755--125174	113	3.7	113	92	0	705	27	20	14	37	1.92
124755--125197	226	2.0	227	94	0	780	28	20	14	37	1.92
125887--126111	114	2.0	114	94	0	396	30	21	16	32	1.95
126457--126496	20	1.9	22	90	10	66	55	2	12	30	1.50
126828--126888	9	6.8	9	79	7	61	6	9	0	83	0.80
126826--126863	10	3.8	10	89	10	60	2	10	0	86	0.66
126826--126869	19	2.3	19	92	4	70	4	11	0	84	0.77
126827--126893	11	6.0	11	80	17	68	7	11	0	80	0.90
137539--137576	17	2.2	17	86	9	51	65	0	2	31	1.06
138323--138357	17	2.1	17	88	0	52	48	0	0	51	1.00
139802--139860	3	20.0	3	92	3	84	61	0	0	38	0.96
161408--161448	21	2.0	21	95	0	73	9	39	7	43	1.65
161417--161460	18	2.4	18	88	0	61	6	36	11	45	1.67
161969--162022	10	5.2	11	75	16	53	42	1	1	53	1.22
161970--162078	31	3.6	30	71	16	89	44	4	2	47	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161976--162065	32	2.9	30	80	9	94	43	3	3	50	1.35
169043--169148	36	3.0	36	92	1	169	20	25	21	32	1.98
180047--180072	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
184867--184926	22	2.7	22	92	0	102	25	21	25	28	1.99
189076--189110	12	2.9	12	86	0	52	11	2	0	85	0.69
189973--190010	19	2.1	19	85	9	53	47	13	23	15	1.81
191712--191747	14	2.5	14	90	4	54	25	11	0	63	1.27
197403--197555	76	2.0	76	100	0	306	36	11	13	37	1.82
197537--197598	21	3.0	21	86	4	74	37	12	4	45	1.64
197823--197859	18	2.1	18	94	0	65	59	13	0	27	1.35
197897--197933	18	2.1	18	94	0	65	59	13	0	27	1.35
198358--198422	21	3.1	21	75	0	67	20	21	33	24	1.97
198400--198479	42	1.9	42	87	5	117	23	18	32	25	1.97
205652--205703	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
205692--205826	20	6.7	20	80	7	121	33	24	17	24	1.96
205689--205820	61	2.2	61	87	0	183	35	24	16	23	1.95
205996--206037	22	1.9	22	100	0	84	23	42	14	19	1.87
206302--206358	20	2.8	20	83	0	60	19	17	19	43	1.88
207675--207719	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
208212--208267	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
208256--208314	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
208240--208331	33	2.8	33	98	0	175	47	21	18	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208240--208336	19	5.6	19	71	22	97	46	21	19	12	1.83
208348--208434	14	5.6	14	73	21	75	11	18	24	45	1.82
208343--208454	33	3.4	32	95	3	197	12	18	22	46	1.82
208364--208454	18	5.4	18	71	24	90	14	18	20	46	1.84
208439--208490	20	2.6	19	85	8	68	15	25	23	36	1.93
210356--210394	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
210521--210593	19	4.4	16	78	21	64	49	19	19	12	1.79
210531--210598	19	3.8	19	83	14	92	48	17	20	13	1.80
210862--210919	20	2.9	20	89	0	80	25	20	24	29	1.99
210908--210959	20	2.5	21	81	3	61	23	23	15	38	1.92
211972--211996	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
214288--214395	33	3.3	33	84	5	155	43	20	22	13	1.87
214336--214399	19	3.6	19	70	20	66	42	20	25	12	1.87
214399--214470	19	4.1	18	74	18	71	13	22	19	44	1.86
214573--214609	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
215960--216048	42	2.1	42	81	8	101	22	20	33	23	1.97
216300--216484	91	2.0	91	90	6	293	46	18	12	22	1.83
218171--218316	33	4.1	37	77	16	121	45	19	23	11	1.83
218171--218316	19	8.1	19	74	17	132	45	19	23	11	1.83
218179--218316	52	2.6	52	90	2	204	44	21	23	11	1.84
218793--218866	21	3.5	21	98	0	139	44	18	22	13	1.85
219150--219225	31	2.5	31	80	2	91	38	6	1	53	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219174--219332	76	2.1	76	88	1	230	36	4	4	54	1.40
224016--224084	14	5.2	13	87	5	68	49	0	1	49	1.09
224037--224085	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
224667--224722	2	28.5	2	92	3	96	50	0	0	50	1.00
224990--225310	39	8.5	36	87	8	376	43	5	6	43	1.54
225254--225322	28	2.4	29	81	11	79	46	1	5	46	1.35
226514--226559	4	11.8	4	77	13	51	19	2	0	78	0.86
226511--226559	20	2.6	18	81	12	62	18	2	0	79	0.83
226588--226648	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
232001--233209	84	14.5	84	79	4	1070	32	22	19	25	1.97
233740--233787	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
233774--234122	39	9.2	37	87	8	395	42	5	7	44	1.54
234066--234162	30	3.3	29	84	9	94	45	2	4	48	1.33
234088--234184	30	3.2	30	88	5	133	45	2	4	48	1.33
234213--234269	3	18.7	3	92	3	96	29	1	0	68	1.00
235421--235461	19	2.2	19	86	4	57	19	7	2	70	1.22
235666--235704	4	10.0	4	83	5	53	25	0	5	69	1.09
235621--235674	25	2.2	25	80	12	58	11	14	1	72	1.21
239669--239699	9	3.4	9	95	0	53	16	12	0	70	1.16
241120--241187	21	3.2	21	93	0	118	20	25	16	38	1.92
241183--241295	20	5.7	20	81	8	122	38	20	18	22	1.93
241183--241313	40	3.3	40	90	4	176	37	21	19	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241242--241313	20	3.6	20	76	14	85	34	25	19	20	1.96
241493--241558	22	3.0	22	93	0	114	25	39	13	21	1.90
241883--241955	33	2.2	34	85	7	96	13	20	26	39	1.90
241926--241995	20	3.5	20	82	0	68	14	17	25	42	1.86
243887--244065	20	9.6	20	75	16	152	41	20	18	19	1.91
243910--244003	33	2.8	34	77	3	100	44	20	19	15	1.86
243987--244084	40	2.6	37	83	12	121	41	18	19	20	1.90
243943--244101	20	8.7	19	74	16	86	42	19	18	18	1.89
244110--244225	20	5.8	20	94	0	169	23	18	19	38	1.93
244720--244824	21	5.1	20	69	12	70	20	36	19	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16