genome.fa.s482.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000482.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000916_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2886609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2363828--2363864	16	2.2	17	90	9	58	40	0	8	51	1.32
2363828--2363859	16	2.0	16	100	0	64	43	0	6	50	1.27
2368261--2368335	35	2.1	35	90	0	114	44	24	0	32	1.54
2369201--2369251	21	2.4	21	90	0	75	29	17	31	21	1.96
2377667--2377732	29	2.2	30	83	2	80	37	6	7	48	1.56
2381481--2381651	91	1.9	91	87	0	252	41	12	6	39	1.68
2390234--2390296	31	2.0	31	96	0	117	28	11	14	46	1.78
2390344--2390381	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2391416--2391456	22	1.9	21	95	5	73	26	0	2	70	0.99
2391491--2391530	20	2.0	20	85	0	53	12	2	5	80	0.98
2391567--2391617	7	6.7	7	76	24	50	15	1	3	78	0.99
2391567--2391613	17	2.9	15	82	14	58	14	2	4	78	0.99
2391712--2391753	19	2.2	19	83	8	50	21	9	0	69	1.17
2402786--2402817	15	2.1	15	94	0	55	40	0	15	43	1.47
2402808--2402971	30	5.4	30	74	6	145	34	7	8	49	1.62
2402808--2402972	60	2.7	60	85	2	215	33	8	8	49	1.64
2403778--2404370	173	3.3	177	84	6	698	43	14	15	26	1.85
2403778--2404370	182	3.3	179	84	5	763	43	14	15	26	1.85
2406579--2406625	18	2.6	18	82	0	58	31	4	55	8	1.49
2406649--2406682	15	2.3	15	89	0	50	32	2	50	14	1.58
2407036--2407075	18	2.2	18	95	0	71	57	0	37	5	1.21
2408466--2408545	3	26.7	3	84	5	108	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412004--2412043	11	3.7	10	87	12	53	27	0	0	72	0.85
2412068--2412117	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2421272--2421375	54	1.9	54	84	0	136	37	14	21	26	1.92
2422438--2423096	73	9.0	73	91	2	1005	28	18	20	32	1.96
2422438--2423095	295	2.2	293	90	2	1007	28	18	20	32	1.96
2423232--2423280	3	16.7	3	78	4	55	34	0	2	63	1.06
2428060--2428331	128	2.1	128	84	3	343	45	11	12	30	1.77
2428199--2429163	199	4.8	198	88	2	1301	39	14	14	31	1.87
2429462--2429507	15	2.9	15	81	15	56	30	39	4	26	1.75
2429462--2429518	18	3.4	16	76	23	55	24	38	5	31	1.78
2432446--2433385	199	4.7	199	87	2	1273	39	13	14	32	1.85
2432446--2433385	397	2.4	396	86	2	1287	39	13	14	32	1.85
2433355--2433397	21	2.0	22	90	4	70	30	6	9	53	1.59
2439505--2439533	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2439553--2439770	85	2.6	85	91	2	332	31	19	18	31	1.96
2439553--2439795	85	2.9	85	88	1	263	31	19	18	29	1.96
2440708--2440742	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2441191--2441237	23	2.0	23	91	0	76	31	19	12	36	1.89
2441043--2441424	158	2.4	158	93	0	649	31	14	12	41	1.83
2441346--2441389	23	1.9	23	95	0	79	34	20	9	36	1.84
2441426--2441470	23	2.0	23	90	0	72	40	15	6	37	1.74
2441331--2441501	87	2.0	87	88	2	254	34	15	8	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2441432--2441482	23	2.2	23	89	0	75	41	13	5	39	1.69
2443137--2443227	21	4.4	21	81	9	116	36	26	18	18	1.94
2443137--2443230	41	2.3	41	90	0	152	37	25	19	18	1.94
2444087--2444140	24	2.2	24	93	0	90	22	14	20	42	1.88
2446690--2446828	19	7.7	19	75	18	127	44	18	22	14	1.86
2446677--2446822	33	4.2	33	79	11	175	44	19	22	13	1.85
2446823--2446900	19	4.4	19	72	19	69	12	12	24	50	1.76
2446834--2446932	33	3.0	32	86	7	128	11	17	22	49	1.77
2446874--2446932	19	3.4	19	71	22	65	13	20	18	47	1.82
2447039--2447075	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2448940--2448991	14	3.4	14	72	23	50	44	21	25	9	1.82
2448920--2449015	33	2.9	33	93	0	156	45	20	22	10	1.81
2448881--2449018	19	7.8	19	67	19	84	46	21	21	11	1.82
2449025--2449077	19	2.8	19	91	0	79	9	18	24	47	1.78
2449195--2449574	94	4.1	94	94	2	640	47	18	12	22	1.81
2450361--2450403	21	2.0	22	82	13	54	48	2	4	44	1.36
2451261--2451316	20	2.8	20	89	10	96	41	21	23	14	1.89
2451252--2451364	19	6.1	19	77	13	101	44	20	22	13	1.86
2451371--2451448	20	3.8	20	78	9	86	11	16	19	52	1.74
2451750--2451783	17	2.0	17	100	0	68	17	5	35	41	1.74
2452000--2452191	20	9.4	20	73	13	142	18	17	25	39	1.92
2451998--2452252	40	6.3	40	84	5	289	18	18	25	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451998--2452191	40	4.8	41	90	1	302	18	18	25	38	1.92
2452200--2452252	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
2452079--2452251	61	2.8	60	76	8	154	17	19	26	37	1.93
2453681--2453757	38	2.0	39	87	7	113	35	2	3	58	1.30
2457027--2457062	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
2457420--2457457	20	1.9	20	94	0	67	23	21	21	34	1.97
2457564--2457615	25	2.1	25	96	0	95	28	7	17	46	1.75
2458003--2458039	18	2.1	18	94	0	65	35	5	8	51	1.55
2458007--2458047	18	2.3	18	86	0	55	41	4	4	48	1.46
2458342--2458428	39	2.2	39	91	0	138	49	18	13	18	1.80
2458608--2458645	20	1.9	20	100	0	76	42	21	15	21	1.89
2460253--2460325	21	3.5	21	74	7	76	20	19	35	24	1.95
2460305--2460342	21	2.0	20	85	15	53	26	21	31	21	1.98
2460253--2460352	42	2.4	42	81	6	121	23	18	35	24	1.96
2460492--2460537	4	11.5	4	85	0	65	69	2	0	28	1.00
2462594--2462625	13	2.5	13	94	0	55	78	12	6	3	1.06
2462842--2462883	22	1.9	22	90	0	66	23	9	38	28	1.86
2463016--2463100	20	4.2	20	88	5	136	16	17	24	41	1.90
2463092--2463158	21	3.2	21	93	0	116	35	17	26	19	1.94
2463170--2463219	20	2.5	20	83	0	64	28	8	32	32	1.86
2463370--2463423	11	5.3	11	74	17	62	40	5	9	44	1.60
2463359--2463419	9	6.4	9	73	17	52	39	3	9	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2463369--2463481	20	5.6	19	82	10	127	42	7	6	44	1.56
2463359--2463482	40	3.1	40	87	8	164	41	6	6	45	1.55
2463369--2463498	20	6.4	19	77	15	75	41	6	6	46	1.54
2463576--2464496	216	4.3	215	92	2	1531	29	12	7	50	1.68
2463578--2464496	435	2.1	431	92	2	1533	29	12	7	50	1.68
2464710--2464741	15	2.2	15	94	5	57	31	31	25	12	1.92
2465628--2465916	44	6.6	44	77	9	189	28	18	7	45	1.77
2465599--2465876	131	2.1	128	83	5	335	27	17	8	45	1.79
2465710--2465914	43	4.7	44	73	10	116	28	19	7	45	1.76
2466833--2466925	24	3.9	24	84	2	98	49	18	15	17	1.80
2466837--2466922	12	7.3	11	72	14	64	50	17	15	17	1.79
2466831--2466922	48	1.9	48	86	4	132	50	17	15	17	1.79
2468704--2468772	36	1.9	36	93	0	120	28	18	8	43	1.80
2470715--2470760	18	2.6	18	78	0	56	32	0	2	65	1.05
2470902--2470984	3	27.7	3	100	0	166	66	0	0	33	0.92
2470983--2471018	3	12.3	3	88	5	56	38	0	30	30	1.58
2475251--2475372	60	2.1	59	88	1	181	42	3	19	34	1.68
2476676--2476705	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2484212--2484272	29	2.1	29	87	0	86	39	13	4	42	1.65
2488105--2488204	24	4.2	24	74	5	94	47	17	14	22	1.82
2488098--2488206	48	2.3	48	77	0	119	48	16	13	21	1.80
2490711--2490735	13	1.9	13	100	0	50	20	24	40	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490727--2490762	18	2.0	18	88	0	54	16	11	47	25	1.79
2490769--2490833	10	6.5	10	74	11	53	40	27	18	13	1.89
2490766--2490833	30	2.3	30	97	0	127	39	29	17	13	1.88
2494876--2494996	35	3.4	35	72	4	134	28	16	15	38	1.90
2496672--2496828	65	2.4	65	89	4	228	30	19	21	29	1.97
2499517--2499571	23	2.5	23	82	8	71	32	29	20	18	1.96
2500449--2500493	21	2.1	22	87	4	65	26	17	4	51	1.65
2501805--2501927	65	1.9	65	85	6	169	30	17	26	26	1.97
2502692--2502756	30	2.2	30	91	0	103	26	21	21	30	1.98
2502703--2502764	30	2.1	30	100	0	124	24	19	24	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16