genome.fa.s482.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000482.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000916_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2886609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706031--706213	86	2.1	87	84	5	239	25	22	22	29	1.99
706382--706440	21	2.8	21	84	0	73	55	20	5	18	1.61
708581--708669	36	2.5	36	90	0	133	33	14	31	20	1.93
711045--711203	52	3.1	52	96	0	291	42	16	6	33	1.75
712263--712459	42	4.7	41	80	9	193	25	21	17	35	1.95
712277--712459	83	2.2	82	81	7	217	25	21	16	35	1.95
712300--712455	42	3.7	42	87	6	219	25	20	17	35	1.95
713329--713354	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
715402--715520	44	2.8	42	77	8	125	42	15	10	31	1.80
715565--715667	41	2.6	41	78	3	102	29	21	20	29	1.98
717012--717055	16	2.8	16	83	10	54	43	2	0	54	1.12
718934--718986	23	2.3	23	96	0	97	52	3	15	28	1.59
721759--721797	6	6.5	6	100	0	78	15	51	0	33	1.44
729745--729805	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
745025--745063	18	2.0	18	85	14	51	41	15	7	35	1.76
748019--748043	13	1.9	13	100	0	50	24	32	16	28	1.96
750272--750306	18	1.9	18	88	11	54	48	0	5	45	1.26
756691--756754	32	2.0	32	93	3	112	46	6	0	46	1.27
758343--758378	17	2.1	17	100	0	72	47	11	30	11	1.74
759665--759733	28	2.5	28	97	0	129	42	10	33	14	1.79
760677--760710	17	2.0	17	94	0	59	20	17	26	35	1.95
760963--760999	18	2.0	19	89	5	58	21	8	8	62	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771774--772356	82	7.2	80	86	3	596	32	19	21	27	1.97
771786--772360	164	3.5	164	83	3	660	32	19	21	26	1.97
775257--775307	14	3.6	14	74	10	50	41	3	1	52	1.31
775619--775697	38	2.1	38	90	0	122	41	11	26	20	1.86
786678--786753	2	38.5	2	97	2	145	50	0	0	50	1.00
789629--789735	37	2.9	37	94	0	196	37	17	21	23	1.94
789827--789895	36	1.9	36	90	0	111	40	14	23	21	1.90
789543--789895	193	1.8	193	88	3	541	32	18	21	26	1.97
789894--790487	81	7.3	81	80	4	466	33	18	19	27	1.96
794244--794272	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
797075--797109	13	2.8	13	91	4	54	45	2	8	42	1.49
797366--797431	23	3.0	22	74	12	55	57	27	0	15	1.38
798875--798919	20	2.3	20	81	7	58	68	15	0	15	1.21
799341--799391	21	2.4	21	80	6	59	31	15	29	23	1.95
810570--810621	21	2.6	20	90	6	79	36	13	5	44	1.68
811007--811037	11	2.8	11	100	0	62	29	38	0	32	1.57
814756--814792	19	1.9	19	88	0	56	37	10	5	45	1.62
816048--816121	36	2.1	36	100	0	148	33	24	10	31	1.90
818354--818407	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
819421--819507	29	3.0	30	78	5	90	34	17	6	41	1.76
820899--820991	33	2.8	32	91	6	143	25	16	3	54	1.56
822031--822078	24	2.0	24	100	0	96	41	4	8	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822036--822090	24	2.3	24	90	0	83	40	5	3	50	1.43
831273--831306	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
831420--831458	15	2.4	17	87	8	55	76	7	12	2	1.09
832209--832233	13	1.9	13	100	0	50	12	0	24	64	1.27
832820--832856	14	2.4	16	82	13	51	48	0	10	40	1.38
834544--834591	6	7.7	6	82	17	62	4	14	0	81	0.84
834544--834598	27	2.0	27	93	6	94	7	14	0	78	0.96
834630--834658	14	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
834569--834691	65	1.9	62	80	8	140	12	22	9	55	1.66
836707--836751	22	2.0	22	83	12	56	51	4	20	24	1.66
836739--836795	14	4.3	13	80	12	55	47	0	19	33	1.50
836814--836856	2	21.0	2	95	4	77	48	0	2	48	1.14
837999--838151	78	2.0	78	88	5	229	32	15	18	33	1.93
841101--841131	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
841247--841329	31	2.7	31	88	0	112	27	18	20	33	1.96
842281--842435	78	2.0	78	92	2	258	29	15	24	30	1.96
846138--846294	78	2.0	79	98	1	307	24	21	20	33	1.97
847951--847991	21	2.0	20	90	4	64	68	4	12	14	1.36
851358--851430	23	3.2	22	75	17	53	73	1	4	20	1.06
851474--851503	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
851527--851555	15	2.0	15	93	6	51	82	0	0	17	0.66
851558--851584	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851644--851669	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
854562--854615	24	2.3	23	81	9	65	61	12	16	9	1.56
859141--859183	17	2.5	17	92	0	68	27	32	13	25	1.94
860132--860185	24	2.3	23	81	9	65	61	14	16	7	1.55
862944--862976	13	2.7	13	90	9	52	42	0	30	27	1.56
864683--864725	17	2.5	17	88	0	59	27	30	16	25	1.97
865711--865794	2	43.0	2	89	9	129	51	2	0	46	1.14
866047--866071	13	1.9	13	100	0	50	12	32	8	48	1.69
866531--866563	15	2.2	15	94	0	57	39	3	0	57	1.14
874013--875027	132	7.7	131	76	5	715	28	16	21	33	1.95
874094--874977	263	3.4	263	79	3	832	28	16	21	33	1.95
876189--876251	32	2.0	32	87	12	94	3	11	3	82	0.90
876205--876245	19	2.2	19	86	8	57	0	9	4	85	0.73
876189--876245	13	4.5	12	78	10	51	1	10	3	84	0.82
876170--876252	22	3.7	22	77	19	82	6	14	2	77	1.07
886342--886396	2	28.5	2	82	14	71	47	3	0	49	1.19
886752--886823	28	2.6	29	80	14	73	50	5	6	37	1.53
890296--890359	26	2.4	26	86	5	92	40	0	1	57	1.08
890307--890358	26	2.0	26	96	3	95	36	0	1	61	1.07
897731--897755	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
902636--902682	2	23.5	2	95	0	85	48	0	0	51	1.00
902692--902744	3	17.3	3	88	3	79	32	1	0	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902853--902918	29	2.3	29	84	5	80	19	1	7	71	1.18
902861--902967	30	3.5	30	72	6	90	26	2	3	67	1.21
903110--903157	20	2.4	21	83	13	66	14	12	0	72	1.11
903110--903166	19	2.9	19	82	10	71	15	10	0	73	1.09
906691--906877	95	2.0	94	89	3	286	32	17	17	32	1.94
907747--907848	41	2.5	41	87	4	143	30	27	15	26	1.96
908005--908284	124	2.3	124	86	2	384	32	25	19	22	1.97
908635--908727	36	2.6	36	86	5	107	25	21	15	37	1.92
908660--908739	36	2.2	37	97	2	153	30	21	13	35	1.92
908759--908874	36	3.2	36	81	6	137	25	18	14	40	1.89
911216--911253	14	2.9	14	84	7	53	42	0	0	57	0.98
911248--911300	21	2.7	20	77	16	65	16	7	0	75	1.02
911387--911445	24	2.3	24	82	11	64	20	8	1	69	1.23
911404--911525	19	6.1	20	71	19	78	16	9	1	72	1.19
911485--911535	16	3.3	15	81	13	59	15	9	0	74	1.06
911417--911535	61	2.0	62	81	6	145	15	10	1	71	1.22
912566--912601	3	11.7	3	88	5	54	38	0	0	61	0.96
912570--912604	16	2.1	17	94	5	63	42	0	0	57	0.99
912562--912605	19	2.3	20	88	11	74	45	0	0	54	0.99
912848--912891	22	2.0	22	86	0	61	25	34	18	22	1.96
913897--913961	15	4.3	15	74	20	55	26	3	1	69	1.12
913909--913947	12	3.3	12	83	16	55	28	2	0	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915416--915506	46	1.9	49	84	10	127	36	14	19	29	1.91
919546--919577	11	2.8	11	95	4	55	87	0	12	0	0.54
928180--928240	23	2.7	23	89	0	95	29	27	24	18	1.98
934070--934126	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
934260--934319	12	5.0	12	72	8	59	51	16	15	16	1.76
934255--934342	24	3.7	24	78	3	88	50	17	13	19	1.79
934251--934356	48	2.2	48	81	6	117	50	16	15	17	1.78
934251--934354	24	4.3	25	74	11	83	50	16	14	18	1.77
936104--936176	36	2.0	36	91	0	119	30	19	8	42	1.80
937459--937530	24	3.0	24	100	0	144	29	16	16	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16