genome.fa.s482.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000482.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000916_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2886609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511587--2511655	19	3.6	18	71	21	52	49	1	1	47	1.19
2511550--2511635	27	3.1	27	71	18	70	47	1	2	48	1.22
2511622--2511703	23	3.4	23	78	8	76	53	2	0	43	1.13
2511613--2511707	23	4.3	21	69	21	70	51	2	0	46	1.12
2511790--2511828	20	2.0	19	85	5	51	58	0	2	38	1.12
2519848--2519891	22	2.0	21	83	12	54	54	0	4	40	1.21
2519985--2520095	51	2.2	51	98	0	213	42	21	6	29	1.77
2521837--2521873	18	2.1	18	90	10	58	40	0	0	59	0.97
2521873--2521980	39	2.7	38	76	18	103	70	1	2	25	1.11
2521899--2521964	26	2.6	25	73	19	66	69	1	1	27	1.06
2521914--2521965	26	2.0	26	84	3	68	67	1	1	28	1.12
2521884--2521980	13	7.1	15	69	16	52	70	2	2	25	1.09
2521873--2521972	42	2.4	41	75	11	105	70	1	3	26	1.08
2523087--2523154	3	22.0	3	85	11	77	60	1	0	38	1.06
2523517--2523650	40	3.4	40	93	1	216	20	21	8	49	1.76
2523590--2524245	113	5.8	113	94	0	1120	27	20	15	37	1.92
2524651--2524705	22	2.5	22	84	0	74	38	12	14	34	1.84
2525574--2525618	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
2525586--2525899	149	2.1	148	89	1	468	35	21	15	27	1.94
2527193--2527353	64	2.5	63	85	8	200	26	21	18	33	1.96
2528402--2528455	26	2.1	26	100	0	108	33	31	0	35	1.58
2530682--2530987	149	2.1	148	92	0	504	35	21	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2531533--2531560	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2532416--2532576	64	2.5	63	85	8	200	26	21	18	33	1.96
2533633--2533686	26	2.1	26	100	0	108	33	31	0	35	1.58
2536755--2536788	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2537644--2537804	64	2.5	63	85	8	200	26	21	18	33	1.96
2540972--2541191	114	1.9	114	88	5	329	30	19	15	34	1.93
2543315--2543406	10	10.9	8	70	25	57	4	21	0	73	1.00
2543333--2543426	8	9.8	10	70	23	53	7	19	0	73	1.06
2543344--2543390	15	3.1	15	81	6	58	4	21	0	74	0.99
2543334--2543398	24	2.7	23	81	11	67	6	21	0	72	1.06
2543315--2543428	8	13.4	8	70	18	52	6	19	0	74	1.02
2543413--2543465	26	2.0	26	100	0	106	3	15	11	69	1.31
2546254--2546309	6	9.5	6	78	3	51	57	5	14	23	1.58
2546282--2546321	12	3.2	12	89	10	62	52	7	15	25	1.68
2546368--2546409	15	3.0	14	76	10	50	52	9	19	19	1.72
2547893--2547933	20	2.0	20	85	4	55	60	0	9	29	1.28
2548685--2548718	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
2548744--2548816	26	2.8	24	80	15	74	68	1	1	28	1.06
2548719--2548764	3	15.3	3	82	8	58	69	0	4	26	1.07
2549965--2550027	3	21.0	3	81	12	67	58	1	0	39	1.07
2549967--2550035	9	8.5	8	75	19	63	60	1	0	37	1.06
2549965--2550039	21	3.5	22	75	13	75	61	1	0	37	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2550971--2551193	71	3.2	71	81	7	253	44	17	12	26	1.83
2555269--2555330	21	3.0	21	90	0	97	25	24	22	27	2.00
2555352--2555395	21	2.1	21	91	0	70	25	25	22	27	2.00
2555928--2555978	22	2.3	22	82	3	66	31	17	23	27	1.97
2558189--2558324	58	2.3	60	82	3	168	34	15	12	37	1.85
2569237--2569362	63	2.0	63	100	0	252	14	14	36	34	1.86
2569870--2569922	24	2.3	23	86	3	70	20	52	15	11	1.72
2572162--2572226	30	2.2	30	86	5	87	12	35	10	41	1.78
2571870--2572485	324	1.9	315	89	2	953	20	20	13	44	1.85
2572962--2573002	19	2.2	19	90	0	64	48	17	7	26	1.73
2573040--2573103	33	1.9	33	90	0	101	50	26	0	23	1.50
2573998--2574037	19	2.1	19	90	0	62	42	22	2	32	1.67
2574646--2575450	276	2.8	281	80	12	938	20	19	14	45	1.85
2578501--2578553	2	27.5	2	77	7	56	50	0	0	49	1.00
2578501--2578591	45	2.0	44	91	2	146	49	0	0	50	1.00
2582318--2582414	20	4.8	20	89	2	77	27	22	17	31	1.97
2582346--2582655	20	15.4	20	80	6	232	32	19	19	29	1.96
2582346--2582633	61	4.8	61	76	8	266	32	18	19	28	1.96
2582357--2582635	41	6.9	40	80	7	235	33	18	19	28	1.95
2583217--2583261	19	2.4	19	88	0	63	48	26	15	8	1.74
2583257--2583422	20	9.1	19	79	15	154	12	22	19	44	1.85
2583279--2583334	14	3.6	14	74	21	58	8	25	23	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2583262--2583422	33	4.5	34	84	10	173	12	22	19	45	1.84
2584271--2584337	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2584219--2584337	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
2585678--2585713	14	2.6	14	100	0	72	36	0	22	41	1.54
2585820--2585909	19	4.9	19	76	16	84	47	20	18	13	1.82
2585852--2585914	19	3.3	19	88	4	92	44	22	17	15	1.86
2585910--2586027	19	6.7	19	67	19	85	11	24	20	43	1.85
2585914--2586007	33	2.8	33	96	0	170	11	24	19	44	1.84
2585980--2586073	20	4.7	20	72	13	68	21	20	23	35	1.96
2588520--2588573	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
2589315--2589409	20	4.7	20	76	2	82	24	18	24	32	1.97
2589294--2589408	61	1.9	61	88	0	176	24	19	23	33	1.97
2589342--2589430	41	2.2	41	84	8	110	24	17	22	34	1.96
2589398--2589449	20	2.5	21	81	3	61	21	21	17	40	1.91
2589439--2589491	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
2600393--2600459	20	3.3	20	81	8	91	49	4	17	28	1.66
2605401--2605483	41	2.0	41	95	0	148	38	15	30	15	1.89
2620197--2620345	36	4.2	36	80	12	157	36	16	12	34	1.86
2620219--2620344	69	1.9	66	86	5	180	34	17	11	35	1.87
2620858--2620920	31	2.0	31	96	0	117	26	30	9	33	1.88
2622190--2622352	64	2.5	64	82	5	179	32	20	19	26	1.97
2622923--2622996	18	4.0	18	79	6	85	20	21	31	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2624870--2624902	12	2.8	12	90	0	57	42	0	48	9	1.35
2628612--2628637	8	3.2	8	100	0	52	0	34	0	65	0.93
2629167--2629288	64	1.9	64	86	3	174	34	19	18	27	1.96
2629167--2629329	64	2.5	64	81	7	172	31	19	20	28	1.97
2632192--2632344	36	4.2	36	90	5	236	34	16	14	33	1.90
2632192--2632345	71	2.1	74	89	3	242	35	16	14	33	1.89
2635359--2635403	3	15.3	3	86	4	65	64	2	0	33	1.06
2635601--2635943	130	2.6	133	81	5	410	26	17	30	25	1.98
2635957--2636135	64	2.8	64	85	2	223	36	15	22	25	1.93
2636290--2636396	37	2.9	37	84	8	121	34	12	19	33	1.89
2640390--2640450	29	2.1	30	93	3	106	59	11	18	11	1.61
2643556--2643595	3	13.3	3	94	0	71	70	0	0	30	0.88
2663871--2663914	23	1.9	24	90	9	74	29	15	2	52	1.55
2663603--2664148	273	2.0	275	92	1	918	27	23	15	33	1.95
2671251--2671361	30	3.7	30	86	0	150	57	8	16	18	1.62
2671246--2671361	60	1.9	61	89	1	180	57	7	15	18	1.62
2676288--2676479	40	4.6	42	74	12	175	23	19	33	23	1.97
2676251--2676498	83	3.0	82	85	4	297	23	19	34	22	1.97
2676241--2676498	40	6.4	39	71	14	148	22	18	35	22	1.96
2676288--2676519	83	2.8	83	86	3	299	21	19	34	23	1.96
2676698--2676750	27	2.0	27	81	3	63	49	13	9	28	1.73
2680140--2680169	14	2.1	15	93	6	53	53	13	20	13	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2680690--2680747	28	1.9	31	83	13	77	62	10	10	17	1.54
2686270--2686338	31	2.2	31	86	2	93	42	7	15	34	1.75
2686351--2686479	67	2.0	68	86	6	185	37	16	6	39	1.75
2686375--2686506	67	2.0	66	92	1	219	34	14	7	43	1.74
2686441--2686603	81	2.0	81	91	2	265	36	14	7	41	1.75
2686515--2686879	159	2.3	160	89	3	565	38	14	9	38	1.77
2686617--2686812	94	2.1	93	85	3	268	37	14	9	39	1.78
2686723--2686879	66	2.3	66	85	9	194	38	12	9	39	1.76
2688208--2688340	46	2.9	45	86	3	194	39	8	6	45	1.59
2688345--2688420	8	9.6	8	92	2	73	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16