genome.fa.s482.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000482.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000916_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2886609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2038479--2038616	60	2.3	59	79	8	147	39	4	19	36	1.72
2040755--2040789	16	2.2	16	89	0	52	28	2	8	60	1.41
2045560--2045589	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
2046483--2046584	37	2.8	37	84	0	114	29	14	13	42	1.84
2047137--2047704	109	5.4	105	80	10	521	22	19	26	32	1.97
2047600--2047785	98	1.9	98	89	0	291	18	23	25	32	1.97
2048055--2048121	29	2.3	28	76	7	71	28	16	10	44	1.80
2048230--2048295	33	2.0	33	82	5	80	36	12	21	30	1.90
2048407--2048564	36	4.3	36	91	2	253	42	12	19	25	1.86
2048580--2048649	36	1.9	36	91	5	115	38	14	24	22	1.91
2048580--2048699	35	3.4	35	70	14	93	37	15	21	25	1.93
2049129--2049164	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
2049580--2049628	22	2.2	22	92	0	80	28	14	24	32	1.94
2049592--2049635	22	2.0	22	86	0	61	31	13	22	31	1.93
2050288--2050354	8	8.9	7	74	19	55	0	14	7	77	0.97
2050279--2050360	17	5.1	16	72	21	57	0	14	8	76	1.00
2051515--2051553	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
2051515--2051553	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
2052074--2052113	18	2.2	18	100	0	80	35	12	32	20	1.90
2054682--2054719	15	2.6	15	83	4	51	68	2	5	23	1.23
2057699--2057758	29	2.1	29	90	3	95	20	10	10	60	1.57
2057883--2058049	42	4.0	42	92	0	280	37	20	7	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057978--2058047	21	3.2	24	63	23	62	35	22	7	34	1.82
2059462--2059507	3	15.7	3	95	4	85	65	0	0	34	0.93
2059831--2059947	47	2.6	46	84	8	143	26	18	22	32	1.97
2059877--2060278	107	3.7	110	87	3	541	27	16	23	33	1.96
2061923--2062122	99	2.0	99	87	1	285	33	17	13	35	1.89
2069847--2070244	97	4.3	97	77	13	422	58	17	3	21	1.53
2069923--2070210	86	3.3	86	85	5	407	57	17	3	21	1.55
2070177--2070246	11	6.3	11	85	3	95	70	18	0	11	1.17
2070177--2070246	34	2.1	33	97	2	131	70	18	0	11	1.17
2070177--2070244	23	3.0	23	86	2	93	70	17	0	11	1.16
2075835--2075867	12	2.5	14	90	9	52	42	9	0	48	1.35
2076814--2076877	29	2.2	29	78	15	71	17	15	3	64	1.42
2088181--2088350	65	2.7	63	85	4	229	40	21	11	26	1.87
2089033--2089082	21	2.3	21	79	3	55	42	10	2	46	1.49
2089047--2089104	23	2.5	24	83	13	68	43	8	1	46	1.44
2090291--2090324	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2091024--2091077	5	10.8	5	93	0	72	5	40	37	16	1.72
2091075--2091123	6	8.2	6	95	0	80	4	16	48	30	1.64
2096987--2097040	5	10.8	5	93	0	72	5	40	37	16	1.72
2097038--2097086	6	8.2	6	95	0	80	4	16	48	30	1.64
2098180--2098215	17	2.1	17	100	0	72	66	16	0	16	1.25
2103118--2103142	13	1.9	13	100	0	50	52	0	16	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103163--2103193	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2105497--2105577	41	2.0	41	82	2	99	34	17	19	28	1.95
2105520--2105873	41	8.7	41	65	15	133	36	14	16	32	1.90
2105520--2105874	82	4.3	82	82	2	365	36	15	16	32	1.90
2105520--2105874	83	4.3	82	82	1	381	36	15	16	32	1.90
2106756--2106785	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
2109178--2109307	41	3.1	41	78	9	138	25	19	21	33	1.97
2109178--2109277	43	2.4	41	81	8	112	24	19	24	33	1.97
2110098--2110258	37	4.4	36	81	10	145	43	2	7	46	1.45
2110124--2110324	37	5.4	37	79	10	207	44	3	6	44	1.48
2110276--2110375	26	3.7	27	72	16	82	47	4	5	44	1.43
2110198--2110435	126	1.9	128	96	2	444	44	4	6	44	1.49
2110311--2110340	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
2110283--2110359	25	3.0	25	72	7	73	45	2	5	46	1.39
2110326--2110479	36	4.1	37	75	15	154	43	3	7	45	1.49
2111849--2111881	13	2.3	15	85	15	52	21	0	3	75	0.93
2113184--2113240	3	20.0	3	76	16	59	33	0	0	66	0.92
2113188--2113240	23	2.3	24	87	6	74	32	0	0	67	0.91
2113568--2113598	10	3.1	10	100	0	62	70	19	9	0	1.14
2115751--2115781	14	2.2	14	94	0	53	25	3	0	70	1.02
2119199--2119526	103	3.2	103	96	0	611	25	12	25	36	1.91
2119536--2119598	23	2.7	23	87	0	90	19	23	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125608--2125696	27	3.2	27	65	6	79	43	15	16	23	1.87
2125589--2125729	56	2.5	56	96	0	255	39	17	20	22	1.93
2125635--2125725	29	3.2	29	65	6	87	37	18	21	21	1.94
2126228--2126452	103	2.2	103	96	0	414	25	12	25	36	1.92
2126462--2126529	23	3.0	23	80	0	82	17	23	26	32	1.97
2127662--2127915	95	2.6	95	90	3	375	32	18	18	31	1.95
2129009--2129604	240	2.4	241	87	6	804	33	23	17	25	1.96
2129430--2129715	124	2.3	124	88	1	421	32	23	18	25	1.97
2130504--2130533	11	2.6	11	94	5	51	0	10	40	50	1.36
2132713--2132767	18	3.1	18	86	0	83	23	20	29	27	1.99
2132757--2132855	22	4.5	22	92	0	162	26	16	27	30	1.96
2134095--2134140	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
2137025--2137055	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2137631--2137824	20	9.7	21	73	15	110	39	21	15	23	1.91
2137631--2137758	40	3.2	39	79	12	152	39	22	16	21	1.92
2137631--2137820	80	2.4	81	84	5	244	39	22	15	23	1.91
2137648--2137778	40	3.3	40	75	9	133	42	21	14	21	1.88
2137768--2137826	19	2.9	19	85	7	73	37	20	13	28	1.91
2137782--2137818	19	1.9	19	100	0	74	37	21	10	29	1.88
2137587--2137826	20	12.0	20	71	13	104	37	23	15	24	1.93
2137769--2137838	19	3.6	20	81	9	65	37	20	12	30	1.90
2137987--2138023	16	2.4	16	86	8	51	29	5	0	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138765--2138818	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2138993--2139020	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
2141350--2141399	20	2.5	20	86	0	73	44	20	20	16	1.87
2143150--2143194	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
2143782--2143938	64	2.4	63	80	10	158	28	18	20	33	1.96
2150052--2150366	149	2.1	149	96	0	585	34	20	17	26	1.95
2150821--2150977	64	2.4	63	80	10	158	28	18	19	33	1.96
2152100--2152136	14	2.7	14	80	19	51	45	29	18	5	1.72
2152211--2152345	66	2.1	64	94	2	234	51	17	1	29	1.55
2152296--2152382	37	2.4	37	100	0	174	48	18	2	31	1.61
2152515--2152567	24	2.2	24	96	0	97	43	32	0	24	1.55
2153793--2153889	21	4.6	21	77	8	99	21	18	36	23	1.95
2153793--2153889	42	2.3	42	82	7	124	21	18	36	23	1.95
2156487--2156529	22	2.0	22	100	0	86	18	9	46	25	1.79
2156492--2156539	22	2.2	22	88	0	69	18	12	43	25	1.85
2156650--2156784	20	6.8	20	84	6	175	19	14	24	41	1.89
2156646--2156784	60	2.3	60	91	3	226	18	15	24	41	1.89
2156650--2156821	40	4.3	40	85	4	197	20	15	23	41	1.90
2157293--2157337	23	2.0	23	86	4	65	57	0	11	31	1.33
2158233--2158415	83	2.2	83	81	5	210	28	10	22	37	1.88
2158870--2158918	22	2.2	22	85	0	71	40	10	16	32	1.82
2160094--2160174	42	1.9	42	82	5	101	35	17	18	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162195--2162228	16	2.1	16	89	10	52	44	2	2	50	1.32
2167631--2167676	21	2.2	21	84	0	56	45	19	32	2	1.62
2167645--2167718	21	3.5	21	85	3	69	44	21	31	2	1.66
2168039--2168128	43	2.1	43	87	0	126	32	24	15	27	1.95
2170577--2170630	20	2.6	21	88	5	92	40	22	16	20	1.91
2170557--2170624	20	3.3	20	83	6	82	35	25	16	23	1.95
2170618--2170663	20	2.3	20	88	0	65	47	26	10	15	1.78
2171254--2171298	20	2.3	19	88	7	72	15	15	17	51	1.77
2171261--2171304	20	2.2	20	87	0	61	13	18	20	47	1.82
2173021--2173117	21	4.6	21	69	7	63	23	11	31	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16